甲基化引物设计完整攻略Word格式文档下载.docx
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1、UCSCUCSC主页(http:/genome.ucsc.edu/)点击菜单栏中Tools Gene SorterGenome 中选择物种选中Human,search框中键入基因名: NKX2-5,Go!出现以下页面,选择第一个,进入!选择第一个,点击sequence可以通过以上四个选项获得该基因的蛋白,mRNA,promoter以及基因组序列信息,我们这里关注的是promoter,选中包含转录起始位点上游2000bp,下游050 bp碱基,点击即获得启动子序列。第二种方法 ensembleEnsemble (http:/asia.ensembl.org/index.html)选择物种为hum
2、an,键入基因名 NKX2-5 GO!选取基因 NKX2-5(Human Gene)点击左侧的sequence后页面显示如下:序列橙色区域的为外显子,第一个外显子前的序列是启动子,默认为600bp,设置一下。点击左侧configure this page设置需要的启动子长度,一般我们需要2000 bp(同上:),点获得页面橙色序列前面部分即为启动子序列。2.设计甲基化引物利用Methyl primer1.0软件,将启动子序列复制进去点击 Design Primers,选择select Target Sequence 一般将序列全部选中,后点击Next则根据需要,选择BSP/MSP,点击Next即获得所需要引物信息。点击 显示所有引物信息另外,在线设计网址:http:/www.urogene.org/cgi-bin/methprimer/methprimer.cgi 直接输入启动子序列,选择BSP/MSP,点击SUBMIT即可。