基因工程实验报告.docx
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基因工程实验报告.docx
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基因工程实验报告
基因工程实验报告
LT
1、
2、
3、Eppendorf管、离心管架
4、10,50,200,1000μL微量加样器
5、Eppendorf台式高速离心机
6、电泳仪系统
7、恒温水浴箱
8、凝胶成像仪
9、摇床等
一、实验步骤
(一)质粒提取
1、柱平衡步骤:
向吸附柱CP3中(吸附柱放入收集管中)加入500μL的平衡液BL,12,000rpm离心1min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放回收集管中。
2、取1.5mL过夜培养的菌液(已备好),加入1.5mL离心管中,使用12,000rpm离心1min,尽量吸除上清,再收集一次菌体(根据浓度选择)。
3、向留有菌体沉淀的离心管中加入250μL溶液P1(请先检查是否已加入RNaseA),使用移液器或涡旋振荡器彻底悬浮细菌沉淀。
4、向离心管中加入250μL溶液P2,温和地上下翻转6-8次使菌体充分裂解。
5、向离心管中加入350μL溶液P3,立即温和地上下翻转6-8次,充分混匀,此时将出现白色絮状沉淀。
12,000rpm离心10min,此时在离心管底部形成沉淀。
6、将上一步收集的上清液用移液器转移到吸附柱CP3中(吸附柱放入收集管中),注意尽量不要吸出沉淀。
12,000rpm离心1min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CP3放入收集管中。
7、向吸附柱CP3中加入600μL漂洗液PW(请先检查是否已加入无水乙醇),12,000rpm离心30-60sec,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CP3放入收集管中。
重复漂洗一次。
8、将吸附柱CP3放入收集管中,12,000rpm离心2min,目的是将吸附柱中残余的漂洗液去除。
9、将吸附柱CP3置于一个干净的离心管中,向吸附膜的中间部位滴加50μL洗脱缓冲液EB,室温放置2min,12,000rpm离心2min将质粒溶液收集到离心管中。
(二)琼脂糖凝胶电泳法检测提取的质粒DNA
吸取4μL所提质粒,加入2μLloadingbuffer混匀后点样至0.8%琼脂糖凝胶中,电泳20min左右后拿出放入凝胶成像系统,根据图像判断所提质粒浓度及质量。
(三)质粒载体DNA酶切
1、按下表将各种试剂分别加入每个Eppendorf管中。
2、加样后混匀,置于37℃水浴中,保温5h。
3、吸出8μL酶切产物,加入2μLloadingbuffer混匀后点样琼脂糖凝胶电泳,鉴定酶切是否正确,两个酶切位点之间片段大约150bp左右,理论上双酶切电泳应出现两条带,一条较亮的长片段和一条很暗的小片段。
而单酶切只出现一条带,即线性化载体。
同时应点样质粒作为阳性对照。
4、确认酶切正确后,在酶切产物中加入loadingbuffer终止反应,准备胶回收。
(四)载体片段的获得
1、取酶切产物经琼脂糖凝胶电泳检测确认酶切完全后,然后进行载体片段的回收。
2、制备胶回收的琼脂糖凝胶。
3、将双酶切样品加入点样空中,进行电泳分离。
4、将凝胶板染色后,在凝胶成像仪中切取DNA大片段。
5、柱平衡步骤:
向吸附柱CB2中加入500μL平衡液BL,12,000rpm离心1min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放回收集管中。
6、将单一的目的DNA条带从琼脂糖凝胶中切下放入干净的离心管中,称取重量。
7、向胶块中加入等倍体积溶胶PC,50℃水浴放置10min,其间不断温和地上下翻转离心管,以确保胶块充分溶解。
8、将上一步所得溶液加入一个吸附柱CB2中,12,000rpm离心1min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CB2放入收集管中。
9、向吸附柱中加入600μL漂洗液PW,12,000rpm离心1min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CB2放入收集管中。
重复漂洗一次。
10、将吸附柱CB2放回收集管中,12,000rpm离心2min,尽量除去漂洗液。
将吸附柱CA2置于室温放置数分钟,彻底地晾干。
11、将吸附柱放到一个干净离心管中,向吸附膜中间位置悬空滴加35μL洗脱缓冲液EB,室温放置2min。
12,000rpm离心2min,收集DNA溶液,此就为连接所用载体Vector。
二、实验结果及分析
1.质粒提取检测结果
由此结果可知,质粒提取的质量比较好,且浓度也比较高。
可以作为下一步酶切的模板。
2.载体双酶切结果
由于未点样质粒对照,且单酶切条带离双酶切较远,不好比较,故此次结果不能充分说明载体切开。
但从图上来看,11,12,13,14泳道很可能是未切开的载体,而1,2,3,4,5,6,7,8泳道的产物与其相比可判断为已切开的载体。
此外,此图上未能看到两个酶切位点间的大约150bp左右的小片段,可能是浓度太低亮度不够,也可能是由于片段太小已跑出凝胶。
所以,先将1-8泳道的酶切产物胶回收,拟与回收的目的基因连接转化,通过后来的菌落PCR鉴定是否正确。
另外,此次试验酶切做了两次,第一次结果如下图:
很明显看出有三条带,同样,由于没有质粒对照,不好说明最上面是切开的还是未切开的载体,但通过底下两条带可以推断出,此质粒可能有问题。
其载体上两个酶切位点有可能并非一个,除了我们预计的那两个,可能序列中还存在同样的酶切位点,所以导致酶切产物出现多条带的现象。
故更换实验材料重新提取质粒和做双酶切。
实验二、目的基因的获得及酶切处理
一、实验目的
1、学习PCR反应的基本原理和实验技术。
2、了解引物设计的一般要求。
3、掌握PCR产物的回收及酶切过程
二、实验原理
聚合酶链反应(polymerasechainreaction,PCR)是体外酶促合成DNA片段的一种技术。
利用PCR技术可在数小时之内大量扩增目的基因或DNA片段,以用于基因工程操作。
PCR进行的基本条件:
⑴DNA模板
⑵引物
⑶dNTP(dATP、dTTP、dGTP、dCTP)
⑷TaqDNA聚合酶
⑸反应缓冲体系
PCR循环由三个步骤组成:
⑴变性使模板DNA解离成单链;
⑵退火使引物与模板DNA所需扩增序列结合;
⑶延伸DNA聚合酶利用dNTP合成与模板碱基序列互补的DNA链。
每一个循环的产物可作为下一个循环的模板,通过30个左右循环后,目的片段的扩增可达106倍。
三、实验仪器及试剂
(一)仪器
PremixEXTaqDNA聚合酶
10×反应缓冲液(含25mmolMgCl2)
引物F1:
5'-CATGCCATGGGCGAGGGCAAAGCCCGCAC-3’;
R1:
5'-CCGCTCGAGTCAGACATAAGAAAAGCCATTGG-3’
NcoⅠ酶,XhoⅠ酶(Takara)
胶回收试剂盒(天根生物科技)
DNA模板
(二)试剂
PCR扩增仪等
四、实验步骤
(一)PCR扩增
1、按下表加入试剂,并小心混匀。
2、设置PCR程序并运行:
(二)PCR产物鉴定
反应结束后,取5μLPCR产物进行1%琼脂糖电泳分析。
(三)目的基因片段的回收
步骤同载体片段回收。
(四)目的基因片段的酶切
加样后混匀,置于37℃水浴中,保温7~12小时。
然后每个管中加入Loadingbuffer终止反应。
(五)目的基因片段酶切后回收
同载体片段回收的步骤进行。
此为Insert,为连接做好准备。
五、实验结果及分析
1.目的基因的获得
目的基因为VP60,是兔出血热病毒外壳蛋白,目的片段大约1700bp左右,点样所用的Marker为DL2000。
从图上看出,PCR产物大小位于2000偏下一些,大致与目的基因大小一致。
可以说明目的基因获得正确。
由于引物设计加了酶切位点,所以该产物序列两端带有两个酶切位点,便于下一步酶切回收后与载体连接转化。
实验三、质粒载体和外源DNA的连接及转化
一、实验目的
1、掌握DNA体外连接的基本技能,了解连接反应的注意事项。
2、掌握感受态细胞制备和转化的基本方法。
二、实验原理
DNA片段之间的连接是通过DNA连接酶的催化实现的。
DNA连接酶催化具有平末端或互补粘性末端的DNA片段间相邻碱基通过3’-5’磷酸二酯键连接起来,该反为需能反应,通常需要加入ATP或NADH,DNA连接酶对粘性末端的连接效率要远高于对平末端的连接效率。
在基因基因工程实验中,最常用的来源于T4噬菌体的T4DNA连接酶。
对于平末端或互补的粘性末端可直接进行连接反应。
一个片段是平末端,另一片段为粘性末端或两个片段都是粘性末端但不配对,则需要通过各种方式使其可一匹配或通过平末端进行连接。
通常采用末端补平、加同聚物尾、加接头等方式是目的片段之间能够匹配。
进行连接反应时,为了减少片段的自连,通常要进行去磷酸化,去磷酸化可通过碱性磷酸酶完成。
比如将目的片段和载体进行时通常要将载体去磷酸化,以减少载体的自连。
同要进行连接反应也经常对目的片段进行磷酸化以增强目的片段的连接,在相邻碱基间如果没有磷酸在连接效率大幅下将,如果载体进行了去磷酸化,目的片段可进行磷酸化,以增强目的片段和载体的连接。
在连接反应中,目的DNA片段和载体的比例是一个关键问题,对于长度为1kb的片段和3kb的载体而言,通常目的片段和载体的比例设为2:
1或3:
1,如果目的片段越长该比例应再升高,因为主要考虑的是载体和目的片段之间的分子数的比例。
反应体系中核酸的浓度也是一个重要问题,通常反应体系中反应物浓度应保持在25--100ng/μL。
连接反应和其它酶不同,需要在较低的温度下进行,通常在12~16℃过夜,也可在4℃过夜连接,如果是平末端连接,可适当提高连接温度。
除上述因素外,DNA样品的纯度、盐浓度等会影响连接效率。
所谓感受态细胞是通过一定的试剂处理细胞,使细胞处于易于接受外源DNA的生理状态。
通常用0.1MCaCl2处理细胞,就可得到感受态细胞。
细胞原本所处的生理状态制备对感受态细胞的制备很关键。
将重组DNA导入细胞的方法有多种,如热休克法,电击法等。
通过这些方法可以使细胞膜出现暂时的松弛,导致外源DNA进入细胞。
三、实验材料、仪器及仪器
(一)材料
大肠杆菌DH5α菌株
(二)仪器
1、冷冻离心机
2、恒温水浴
3、微量移液器
4、无菌操作台
5、电子天平
(三)试剂
1、目的DNA片段(NcoⅠ/XhoⅠ)
2、载体(pET-28aNcoⅠ/XhoⅠ)
3、T4DNA连接酶(Thermo)
4、ddH2O
5、0.1mol/LCaCl2
6、LB液体培养基
7、LB固体培养基
8、卡那霉素(100毫克/毫升)
四、实验步骤
(一)连接
取一个200μL的PCR管依次加入下列试剂:
使反应体系充分混合,离心30s,37℃连接20,min。
(二)感受态细胞的制备(0.1MCaCl2方法)
1、取1.5ml摇好的菌液于1.5mL的EP管中,4℃4000rpm离心3min,弃上清。
2、加250μL0.1MCaCl2(预冷)温和悬浮菌体,4℃8000rpm离心1min弃上清。
3、加100μL0.1M的CaCl2(预冷)温和悬浮菌体,即为感受态细胞。
置于4℃存放。
12h内使用效果最佳。
(三)连接产物对大肠杆菌的转化
1、1、将连接产物全部加入100μL制备好的感受态细胞中。
2、冰上放置10min。
3、42℃热激90S。
4、冰浴3min。
5、加入800μLLB液体培养基,37℃培养复苏60min。
6、离心浓缩后,留下大约100μL悬起细胞,超净台中涂布于含有卡那霉素的平板上。
7、37℃倒置培养16-20h。
五、实验结果及分析
本次转化结果不是很好,平板上过夜长的菌都比较小且很少,可能是连接效果不好,也可能是转化所用感受态细胞活力不高。
故将所有的单克隆都挑出,放入LB培养基中扩大培养,注意做好标记。
然后吸出少量菌液进行菌落PCR鉴定,而后提取重组质粒进行酶切鉴定,通过鉴定结果判断单克隆是否正确。
实验四、重组质粒鉴定及转化
一、实验目的
掌握快速细胞破碎法测定大小不等的众多的质粒DNA;和菌落PCR快速鉴定克隆。
二、实验原理
在这个实验方法中,用设计好的引物,做菌落PCR快速鉴定克隆;然后将有扩增信号的菌落经培养后提取质粒,再进行酶切进一步鉴定;最终将确定好的重组子转入表达菌株中。
三、实验材料、仪器及试剂
(一)材料
大肠杆菌菌株BL21(DE3);BL21(DE3)plysiS
(二)仪器
1、电泳仪
2、1.5ml离心管
3、培养皿
4、PCR扩增仪
5、台式离心机
6、凝胶成像仪
(三)试剂
1、点样缓冲液Loadingbuffer(10×)
2、2×MixTaqDNA聚合酶
3、TBE电泳缓冲液(5×)
4、引物F1:
5'-CATGCCATGGGCGAGGGCAAAGCCCGCAC-3’;
R1:
5'-CCGCTCGAGTCAGACATAAGAAAAGCCATTGG-3’
5、卡那霉素(100毫克/毫升)
6、NcoⅠ酶,XhoⅠ酶(Takara)
四、实验步骤
(一)菌落PCR快速鉴定法
1、直接用牙签或接种针挑取少许菌体加入1.5mLLB液体培养基中37℃摇约3h。
2、吸取1μL菌液作为模板加入20μLPCR体系中(剩余菌液继续摇):
设置PCR程序:
3、运行PCR程序
4、反应结束后,取5μLPCR产物进行1%琼脂糖电泳分析。
(二)重组质粒酶切鉴定
1、重组质粒提取
挑取菌落PCR鉴定的阳性克隆,进行培养后提重组质粒,重组质粒提取参见前述质粒提取的方法和步骤。
2、重组质粒的酶切鉴定
按下表将各种试剂分别加入每个200μl的Eppendorf管中。
加样后混匀,置于37℃水浴中,保温5~6h。
然后进行琼脂糖电泳分析。
(三)重组质粒的转化
用重组质粒转化表达菌BL21(DE3)和BL21(DE3)pLysS,感受态的制备及转化参考实验三进行。
BL21(DE3)pLysS菌株携带pLysS质粒,具有氯霉素抗性。
pLysS含有表达T7溶菌酶的基因,T7溶菌酶可以作用于大肠杆菌细胞壁上的肽聚糖溶解大肠杆菌,,能够降低目的基因的背景表达水平,但不干扰IPTG诱导的表达,适合表达毒性蛋白和非毒性蛋白。
该菌株染色体整合了λ噬菌体DE3区(DE3区含有T7噬菌体RNA聚合酶)。
BL21(DE3)是大肠杆菌表达菌株,用于高效表达克隆于含有噬菌体T7启动子的表达载体(如pET系列)的基因,是以T7 RNA 聚合酶为表达系统的高效外源基因的蛋白表达宿主,T7噬菌体RNA聚合酶基因的表达受控于λ噬菌体DE3区的lacUV5启动子,该区整合于BL21的染色体上。
该菌株适合于非毒性蛋白的表达。
五、实验结果及分析
1.菌落PCR鉴定
由上图可以看出,大部分单克隆菌是可以扩出目的基因条带的,说明连接转化成功,故可将扩大培养菌液中菌落PCR鉴定正确的菌液保留提取质粒,不正确的丢弃。
2.重组质粒酶切鉴定
重组质粒酶切鉴定,预计结果应是:
双酶切切出两条带,分别是目的基因和载体,单酶切只是线性化质粒,只有一条带。
加上质粒对照进一步说明酶切结果的可信度。
上图结果说明,重组质粒正确,可硬用于下一步的转化表达菌株进行IPTG诱导蛋白表达。
3.转化
此次转化结果较上次好一些,单克隆很多且菌落比较大。
可以用于下一步蛋白诱导。
实验五、目的蛋白的诱导及表达
一、实验目的
1.学习用诱导物诱导外源基因表达;
2.掌握SDS-PAGE原理和技术,
3.应用于基因工程产物的分析鉴定。
二、实验原理
SDS-PAGE(sodiumdodecylsulphate-polyacrylamidegelelectrophpresis)是目前用于测定蛋白质分子量的一种最好方法。
该技术在1967年由Shapiro等建立,此方法用于多肽分子量的测定,变性蛋白的分离,和溶解在离子去污剂中的膜蛋白和层析分离的蛋白和酶的纯化控制。
SDS是一种阴离子去污剂,作为蛋白的变性剂和助溶剂,它能断裂多肽分子内和分子间的氢键,破坏蛋白的二级,三级结构,使的多肽链失去天然构型折叠。
强的还原剂例如巯基乙醇(β-mercaptoethanal)或者二硫苏糖醇(dithiothretol,DTT)多肽链间和链内的二硫键断裂。
当样品和凝胶中加入还原剂和SDS后,分子解聚并结合SDS,形成蛋白质-SDS胶束,带有大量负电荷的SDS掩盖了蛋白质本身所带电荷,这一胶束在水溶液中,短轴对不同蛋白亚基均为,18AO;而长轴则与亚基分子量大小成正比。
根据经验所得,当SDS的浓度在8×10-4mol/L以上时,1g蛋白质几乎恒定的结合1.4g的SDS。
当处理好的样品进行SDS-PAGE时,不同亚基将根据所带负电荷和和凝胶介质的分子筛效应而相互分离,其中浓缩胶和分离胶,PH值的不连续凝胶系统使的各亚基得到更好的分离。
三、试剂与仪器
(一)试剂
1、标准分子量蛋白溶液
2、Tris-Gly电极缓冲液:
Tris6g,Gly28.8g,SDS1g,ddH2O溶解后,用HCL调PH至
8.3,水定容至1000mL。
3、30%(w/v)凝胶贮存液:
Acr30g,Bis0.8g加蒸馏水溶解至100mL。
过滤,棕色
瓶4℃保存。
4、Tris-HCL分离胶缓冲液(3mol/LpH8.7):
Tris36.3g,1mol/LHCL48mL,加ddH2O
至100mL。
5、Tris-HCL浓缩胶缓冲液(0.5mol/LpH6.7):
Tris5.98g,1mol/LHCL48mL,加
ddH2O至100mL。
6、10%SDS:
1gSDS加水10mL溶解。
7、10%过硫酸铵(AP):
1gAP加水10mL溶解(现配)。
8、四甲基乙二胺(TEMED)4℃棕色瓶中贮存。
9、样品处理液:
Tris-HCL浓缩胶缓冲液20mL,β-巯基乙醇10ml,SDS2g,甘
油20mL,溴酚蓝0.1g,加ddH2O至100mL。
10、0.05%(W/V)考马斯亮蓝染色液:
考马斯亮蓝R-2500.5g异丙醇250ml,冰乙酸
110ml,蒸馏水740mL。
11、脱色液:
异丙醇100mL,冰乙酸100mL,蒸馏水800mL。
12、标准分子量蛋白溶液
13、卡那霉素(100毫克/毫升)
14、IPTG(1M,0.1M)
15、LB液体培养基
(二)仪器
1、稳压稳流电泳仪
2、垂直板电泳槽
3、烧杯(50mlx2)
4、脱色摇床
5、台式高速离心机
6、恒温摇床
7、无菌操作台(含酒精灯、)
四、实验步骤
(一)目的蛋白的诱导
1、分别挑取空载菌和重组菌菌落,接入5ml含Kan(50μg/ml)的LB培养液,37℃振荡培养过夜,同时设置空菌对照,接入不含Kan的LB培养基作为空白对照。
2、取5ml过夜培养物接入500ml含Kan(50μg/ml)的LB培养液,37℃振荡培养2h左右,至对数中期(OD600=0.5~0.6)。
3、向诱导管中加入0.1和1M的IPTG,同时设置不加IPTG的阴性对照管,25℃振荡培养过夜。
(二)SDS-PAGE检测目的基因的表达
1、将制胶装置固定在制胶架上。
2、按照下表配制分离胶。
(注意TEMED和APS最后加,防止凝胶)
将分离胶注入玻璃夹层中。
上部25%乙醇或蒸馏水封面,保持胶面水平,待分离胶聚合
好,再配制浓缩胶。
3、配制浓缩胶(4%。
15ml)
灌入浓缩胶,插入梳子。
胶凝固后待用。
点样前再拔掉梳子。
4、样品处理
收集过夜诱导的菌液,10000rpm离心1min收集菌体,而后倒掉上清,加入200μL的蒸馏水混匀后,加入loadingbuffer,100℃水浴5分钟,然后插入冰浴冷却后离(10000r/min.5min),取上清备用。
5.加样
电泳槽中加入电极缓冲液,拔掉点样梳,用微量进样器点样,上样量40μL,蛋白Marker
9μL。
点样顺序按照:
①Marker、②DE3空菌+IPTG、③pET28a空载+IPTG、④pET28a-IPTG、⑤重组质粒5DE3-IPTG、⑥5DE3+IPTG、⑦18DE3-IPTG、⑧18DE3+IPTG、⑨19DE3-IPTG、⑩19DE3+IPTG。
6、电泳
接好电路,打开电源,在低电压100V下电泳,至样品在浓缩胶部分聚集成线,改用电压140V电泳,待溴酚蓝前沿到达凝胶底部时停止电泳。
7、剥胶和染色
倒掉电极缓冲液,轻轻敲开玻璃板,取出凝胶并在角上做好记号(注意不要污染了凝胶);
用蒸馏水洗涤凝胶;然后将凝胶置于染色液中,振荡染色2小时。
8、脱色
取出凝胶,先用蒸馏水漂洗数次,然后置于脱色液中振荡脱色至背景干净,条带清晰。
9、照相保存
五、实验结果及分析
目的蛋白大小为60KD左右,本次蛋白胶结果不好,可能由于上清较为粘稠(尽管已经离心),但没有过柱子进一步纯化,导致上样样品较粘;且点样时存在飘样情况,这对于胶图结果也有影响。
空载泳道在目的蛋白区无明显条带,符合预期结果,但其他泳道加IPTG诱导和未加IPTG诱导区分不是很明显,理论上未加IPTG诱导应该无目的蛋白或含量极少,这有可能是由于点样时产生的飘样,也可能表达的蛋白未经纯化浓缩,导致胶图上出现很多杂带。
从上图来看,66KD-45KD区域有蛋白条带,但量不是很大,也可以初步判断目的蛋白表达。
如果要进一步确认目的蛋白的表达及其表达量,则可以进行westernblot验证,将蛋白胶转膜后采用目的蛋白的特异抗体与其杂交,只有目的蛋白部分能杂交上带,照相后可以看出是否有目的蛋白以及它的含量。
致谢:
感谢学院提供的实验平台,特别感谢张老师一周以来的实验讲授和指导,从目的基因的获得到载体酶切验证再到蛋白表达,一个基本完整的实验流程走下来收获很多,而且此次制蛋白胶也没有出现生化实验中多次反复胶未混匀不凝的情况,说明多联系还是有用的;此外,对于一些实验突发状况,如载体出现问题,老师为保证实验进度做处理方法:
一边保存菌液培养,一边进行酶切和PCR验证,而后综合两者,获得正确重组质粒。
既保证了质量,又节省了时间,通过这点也学到了一些处理方法。
总之,通过本次大实验,在生化实验的基础上又新学到了很多技能,而且对于以后的实验也是非常有帮助的,再次感谢老师!
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