MS常见的几种出错信息整理.docx
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MS常见的几种出错信息整理.docx
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MS常见的几种出错信息整理
MS
MS常见的几种出错信息(原创整理)
对于初学者而已,面上的常见的出错信息有以下几种:
1、安装问题
主要是LICENSE
2、GATEWAY
主要是没有在客户端设置服务器的地址
3、网络问题
4、计算时问题
系统资源不够,多是内存不够,或者由于系统分析时间过长而出现的超时问题
5、收敛问题
很常见,原因很多,特别是对于大系统
6、其他具体问题
MS
1、安装问题--出错信息就不提供了
1)Windows系统
(1)主要是LICENSE问题,特别是在Windows系统中安装--只要把LICENSE,一般名为“”拷贝到
C:
\ProgramFiles\Accelrys\LicensePack\Licenses
即可
(2)注意MS运行时需要一定的硬盘空间来放置临时数据,所以,千万注意你的磁盘情况;
(3)还有,对应于内存的虚拟内存
(4)服务器如果链接不上,请检查网卡是否正常;网卡正常,那请查看防火墙设置是否正确
-----------------------
2)UNIX/LINUX
(1)LICENSE
对于UNIX,license文件应该放在licensepack/licenses下面,文件名应改为
(2)没有root帐号,不能mountiso文件
可以刻录到光盘上安装
(3)安装用户
不要用超户安装,要有普通用户
(4)shell
每次进入bash时显示
Theshellbashisnotsupported
计算的时候,也出现这个提示,
/home/msi/MaterialStudio/CASTEP/bin/:
errorwhile
loadingsharedlibraries:
:
cannotopensharedobjectfile:
Nosuchfileordirectory
然后退出
--》
把-sbash改为sh就可以了
(5)选择是否启动Gateway服务,一般选是
(6)没有制定临时文件夹
如果用的是csh,在安装用户根目录下修改.cshrc(bash用户修改.bashrc),内容如下:
eval`/home/msi/MaterialsStudio/Licensing/Setup/-scsh`
eval`/home/msi/MaterialsStudio/share/bin/-scsh`
setenvTMPDIR/home/msi/tmp
setenvDMOL3_DATA/home/msi/MaterialsStudio/Data/Resources/Quantum/DMol3
setenvDMOL_TMP/home/msi/tmp
setenvMESODYN_HOME/home/msi/tmp
setenvPATH${PATH}:
/home/msi/MaterialsStudio/DMol3/bin
并在安装用户根目录下建一个tmp临时文件夹
------------------------
3)LINUX集群
问题比较多
(1)
Installingeverything...
Error:
PackageArchive'/'doesnotexist
--》可以找其他正常安装的拷贝一个
(2)没有root帐号,不能mountiso文件
可以刻录到光盘上安装
(3)不能并行,只能单机版
装cluster还得明确指定installtype,加个参数-tcluster
(4)Gatewaystartfailed-process6194isnotrunning.
装的时候不要用root帐户,用自己的帐户,并且装在自己的主目录里,再启动就不会有问题了。
(5)不能多节点多CPU并行
在windows下提交任务的时候总是不能选多机并行。
在Runinparallelon选项那里一直只能显示1。
--》
主要是没有指定节点,而且没有为各节点制定CPU数量。
要修改两个文件里面的cpu数目,具体路径在../Gateway/root_default/dsd/conf下的和里把cuptotal改成cluster的数目。
--》
copyMaterialsStudio\to/etc/或者自己新建一个
内容如下:
localhost
compute-0-0
compute-0-1
compute-0-2
.
.
.
compute-0-6
compute-0-7
.
.
.
在安装用户根目录下建一个.rhosts文件,内容跟一样
---》
修改MaterialsStudio/MPICH/share/文件,把要用的计算节点写上去,格式如下:
compute-0-0:
2
compute-0-1:
2
compute-0-2:
2
.
.
.
compute-0-6:
2
compute-0-7:
2
.
.
.
冒号后为每个节点的cpu
--》
修改MaterialsStudio/Gateway/root_default/dsd/conf下两个文件中的totalcpu
否则在客户机上的job_control中只能看到安装节点上的cpu
(6)没有mpi临时文件夹
rshlocalhost
Tryingkrb4rlogin...
krb_sendauthfailed:
Youhavenoticketscached
tryingnormalrlogin(/usr/bin/rlogin)
Lastlogin:
ThuMay 517:
02:
10on:
0
--》
mpi没有写文件的地方
MS
2、GATEWAY问题
这个好像不应该单列,但是既然单列了,就写点东西吧!
1)Windows系统
(1)单机版
如果不准备提供其他计算机访问,可以不安装GATEWAY
(2)服务器--本机
如果安装了服务器,并安装了GATEWAY,那么,在MS客户端的GUI程序里面已经设置了GATEWAY,可以看见LOCALHOST项;
如果提交任务的时候失败,一般是网卡不正常,或者防火墙问题;
(3)提交到其他Windows服务器中
如果失败,可以先检查下超时时间的设置;
然后检查网络可达性;
如果对端计算机没有问题,那么,只能考虑网络上是否有防病毒措施把端口封住了;
还可以核实下端口是否是18888--可以用浏览器查看下:
看看返回什么
2)LINUX
(1)安装时要安装GATEWAY
(2)在启动中启动
其他类似上面
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请高手指正补充!
MS
3、网络问题
牵涉到网络问题的主要有以下几个方面:
1)网络可达性
主要有:
*网络的链接状态
*网络拥塞状况
*病毒,比如最近的arp病毒
*如果服务器和客户端在一个网段,还有地址盗用问题
*防火墙:
本机,对端,交换机,路由器,网络防火墙
*流量控制
以上很多都和学校的网络策略有关
2)服务器/客户端的访问
*用户控制
*进程管理
*队列
*超时的设置
3)并行主机之间
由于并行主机之间要交换数据,如果网络传输出现错误或故障也会导致失败
请补充!
MS
4、计算时问题
1)Communication-failure
在使用CASTEP计算一个作业时,出现如下错误提示:
ErrorwhilemonitoringjobRT390:
Failureingatewaycommunicationwhilegettingjobmessage.
JobStatus:
Communication-failure
尽管出现以上错误提示,但是此时计算机的内存及cpu使用仍然很高(cpu100%),好像作业仍在计算。
关掉那个错误提示小窗口,Jobcontrol窗口中显示作业仍然处于Communication-failure状态。
-->
计算大系统时,经常会出现这样的问题,多与超时,或系统繁忙有关。
a)增加GATEWAY的连接时间;
b)计算时,需要保存中间数据,默认的保存间隔对于小系统不存在问题,计算大系统时,应该延长这个时间,比如CASTEP默认的是每分钟保存一次,可延长到2小时或更多;
c)一个不经意的问题是磁盘空间,大系统的计算时,会产生很大的数据文件,尤其是在几何优化和分子动力学的计算中,磁盘空间的耗尽也会导致这样的问题;
d)与上一个问题相关的,系统内存的耗尽。
一般地,物理内存之外,系统有虚拟内存,如果这两者之和仍然不够使用,就会出现这样的问题;可通过windows的任务管理器监测,如果不够,调大虚拟内存或增加物理内存;
e)Castep&Dmol计算的时候,自动产生存档文件和相关的目录,MaterialsStudio有两个限制:
一是不能使用中文目录和文件名;二是目录和文件名层层嵌套后的总长度<255个字符,比如D:
\MaterialsStudio2006\MS_work_dir\Al6O9Files\Documents\Al2O3DMol3GeomOpt\Al2O3DMol3GeomOpt\,这个限制来源于早期的DOS版本对文件路径总长度的限制(FFH),长了以后也会有这样的问题;
f)单机运行MaterialsStudio应该不存在网络通讯和并行错误的问题;一般的,不要使用License服务器的License;
2)Errorallocatingreal_bands_qpinnlxc
主要可能是内存不够
3)Errorinallocatingwvfn%coeffsinwave_allocate_wv
多可能是由于系统较大,导致内存等资源不能满足要求;
可以尝试增加缓存,或在jobcontrol里的optimization选memory;但这不是根本;
增加内存试试,如果不行,只能考虑更换平台,或者降低精度和系统复杂度了。
4)停电
这个问题比较复杂,我把自己最近查到的列下:
.........................................................
使用CASTEP做并行结构优化,就快结束优化的时候停电了。
这样的情况下,还是能够继续在前面已经优化的基础上继续优化。
方法有如下几种:
a)把OUT文件中有关优化出来的结构信息拷贝出来,替换原来输入文件中描述的结构的部分
(一般的作法)。
大部分的程序都是每优化一步,都会写出相应这一步优化得到的结构。
b)如果保存着计算中的.check文件,仍可以继续优化。
但是只有在standalone的模式下计算才能得到停电这种情况下的.check文件,通过gateway的话必须在点击downloadresult以前就去临时文件夹下面copy。
如果你将断电前的最后得到的结构继续优化的话,得到的结果将和你原来计算的结果有差异。
这是因为如果你是按断电前的结果优化,就等于是一个新的结构优化计算,这个计算的结果可能会和不断电的情况下得到的结果有差异。
但是未必这样的结果就不准确,能不能用要靠你对计算的结果进行分析了,这个要看具体的情况,.check文件在的话只是说你可以按照断电前的情况继续算下去,就是说应该是和没断电的结果是一样的。
在.castep和.geom两个文件中都有结构坐标,但是这两个文件中的坐标不一样,不知道该用哪一个文件中的坐标。
还有,是不是用上述文件中的结构坐标代替所有.cel文件中的坐标,然后就可以继续进行结构优化。
5)其他计算时的出错
一般来说,小系统出现计算溢出或其他错误的可能要小些,对于具体的出错,可以先看看是不是和系统资源有关系。
MS
5、收敛问题
很常见,原因很多,特别是对于大系统
一般来说,小系统出现计算溢出或其他错误的可能要小些,对于具体的出错,可以先看看是不是和系统资源有关系。
1)SCF最大仍不收敛
一般来说,MS默认的SCF次数100对于小系统是够用的,但是,原子数一多,就不一定了。
a)首先结构的合理性,如果自建的结构偏离最低能量太大(或失配度太大),可能会难以收敛
b)取消一切对称性,充分驰豫晶格
c)有些结构本身就是亚稳态,scf的各项收敛指标如果设的太高,对于亚稳态就可能达不到如此的精度。
d)改变收敛的条件,降低精度(能量的截断值)
e)增加循环次数
f)改变赝势
2)对于绝缘体,可以设置能带占据情况的OPTIONBOX;
3)磁性材料的自旋设置;
4)supercell
可以增加长度尺寸
5)过渡元素,重元素等
f层电子问题;
相对论修正问题。
6)未找到基态能
在计算过程中经常遇到计算失败的情况,文件给出的警告是:
*Warning*max.SCFcyclesperformedbutsystemhasnotreachedthegroundstate.
Warning:
electronicminimisationdidnotconvergewhenfindinggroundstate.
-->
参照上面
和收敛有关的参数主要有能量的CUTOFF,SCF的次数,SMEAR,以及K点选取等,可以尝试一下。
7)优化不收敛
增加设的大小
interations是定义积分精度的,相当于gaussian里的int选项;根据gauss的经验,对重原子如果不用细的积分网格,结果就不准确,特别是频率计算,可能会把正的频率算成负的频率。
提高interations的确可以提高精度,特别是对于过渡态和频率计算。
3)优化后计算性能参数,还要再优化
目前据我的理解是,可能是计算几何优化的时候选取的一些参数和计算性能,比如能量时的不同。
目前我还不清楚,请各位达人给出解答。
6)总能和文献不一致,而且多种方法都不同
很正常,只要相对值近似就可以
在倒空间进行电子结构计算的方法中,都存在一个能量零点的取法的问题,不同的程序,取的不同.根本原因是V(G)在G=0是发散的(可以去.Martin的电子结构那本书).
castep是利用周期性,在倒空间进行电子结构计算的.我没有记错的话,Dmol3是在实空间来进行电子结构计算的.能量零点的取法就跟不同前者了。
因此在进行电子结构计算中,不要比较任何绝对能量值的大小,这样是毫无意义的,即使是同一个程序中也是这样,更不用说是两个不同的程序。
能量的相对值才具有物理意义。
MS
6、其他问题
有很多了。
比如:
*优化时同时选择计算能量,与优化后再计算能量,为什么得到的结果不同;
*用ULTRAFINE进行优化,计算能量,同时选择计算光学性质,为什么和试验数据差别这么大
*赝势的选择问题
*如何计算特定温度下的材料性能参数
*......
大家可以举出很多问题,希望能够加强交流,共同进步!
MS
VAMP常见错误及原因
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bySunkiller
--------------------------
1VAMP任务运行失败(IfaVAMPjobfails)
MS会在任务运行前检查绝大多数数据及参数设置,如果设置不合要求,
MS会提示出错及出错原因,用户可以根据提示在VAMPCalculation对话框
中修改参数设置。
但是有些任务在运行前检查无错,在运行过程仍会出错。
这种情况下,出
错信息会在中显示或只在输出文件中显示。
服务器任务目录中保存的文件也
会对分析出错原因有所帮助,可是使用服务器控制ServerConsole(Tools
|ServerConsole)来查看这些文件。
以下内容为常见出错原因,可以帮助用户纠正常见错误。
提示:
可以使用View|ProjectLog来及时查看错误信息或警告信息。
不能运行任务:
Run按钮灰色不可用(CannotstartaVAMPjob:
Run
buttonisgrayedout.)
1.当前文件不是3D结构文件。
如果当前文件不是3D结构文件如图表文
件或文本文件,则Run按钮呈现灰色不可用,此时可以激活3D结构文
件使之为当前文件,则Run按钮可用;
2.当前文件为周期性结构。
VAMP只能对单个分子进行操作。
不能运行任务:
网关与网络问题(Gatewayandnetworkcommunication
problems)
VAMP任务不能运行的大多数问题都源于此。
1.客户端的网关没有注册:
在客户端安装的MS不设置远程服务器地址,
用户可以用ServerConsole检查网关注册情况,也可以用它添加网关;
2.可用服务器的客户端网关没有注册:
VAMP需要服务器程序才能运行
任务,且只有服务器网关被选中才能运行,用户可以用ServerConsole
查看可用服务器的网关设置;
3.本地网关过期:
网关信息保存在相应的网关中,它包含可用服务器的
基本信息。
当通过ServerConsole在PC机上注册一个新的网关时,服
务器列表被拷贝到客户端PC机上。
但当添加一个新的服务器或从网关
删除一个服务器时,PC机上的网关信息仍保存,所以必须更新才可使
用,可以通过ServerConsole更新;
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4.网关不可用:
如果计算机的网关关闭或网关程序出错,则任务不能运
行,用户可以选择不同的网关进行运算,通过ServerConsole进行设置;
5.网络问题:
MS需要与网关进行交流,如果网络出现问题,则任务不能
进行。
用户可以用ServerConsole检查网关是否开通及是否运行,如果
用同一网关在不同的PC机上能进行任务,则说明是PC机的问题;
6.分离服务器管理程序(DisconnectedServerManagerprogram,DSMgr)
问题:
MS与网关的交流通过分离服务器管理程序完成,此程序为后台
运行且不能直接查看,但以下特征可能说明该程序处问题:
在用户的PC机上不能运行,但通过同一网关在别的PC机上可以运
行同一任务;
网络连接正常但任务不能运行,用户可以在网络浏览器中输入服务
器地址如,查看网关信息;
使用ServerConsole时得不到任何网关信息。
为确认哪里出现问题,用户需要退出MS并结束DSMgr程序,该程序会
在重启MS时自动启动。
7.网关对用户权限限制:
如果网关设置安全密码,则合法用户需要用户
名和密码才能通过网关运行任务,如果用户名或密码错误,则任务不
能运行。
不能运行任务:
客户端问题(Clientsideproblems)
MS在运行过程中会创建很多文件,如结构文件及任务信息文件等,这些
文件一般在一个临时文件夹中,如"C:
\TEMP",如果这些文件不能被创建,说
明PC机磁盘已满,用户需要释放空间。
不能运行任务:
服务器端问题(Serversideproblems)
1.服务器磁盘空间已满:
MS需要创建任务信息文件和任务输出数据文
件,如果这些文件不能被创建,则说明服务器空间已满,需要释放空
间;
2.请求失败:
服务器只能接受一定数量的任务请求,如果任务太多,则
请求会被拒绝,不能运行计算,此时用户可以尝试不同的网关或等待;
3.服务器处理及资源问题:
如果服务器资源太少,则任务不能完成,可
能是因为服务器运行的任务太多,此时用户可以尝试不同的网关或等
待。
运行过程中任务失败:
服务器端问题(Serversideproblems)
1.磁盘空间不足:
可能导致很多问题致使任务不能完成;
2.内存不足:
运行过程中如果内存不足则会导致很多错误,同时VAMP
会停止任务,且出现如下警告信息:
Notenoughmemoryavailable
Unabletocontinue:
Terminatingprogram
遇到这种情况用户需要选用资源较为丰富的服务器,或者简化要研究的
分子结构,如删除完全无用的侧基等;
3.交流失败:
如果网关的网络延时设置不够高,网速慢也会导致任务失
败,此时可以将延时设置高一些;
4.分子几乎为线性:
此时VAMP会停止并出现如下信息:
RerunoptimizationinCartesiancoordinatesusingkeywordXYZ
andaddkeywordGEO-OK
这种情况出现在使用内坐标对分子进行几何优化时,三个原子几乎程一
条直线,因为此时与原子有关的张力角不能计算。
如果出现这种情况,
则需要使用笛卡儿坐标系对体系进行优化;
5.CI计算时出现退化能水平:
运行CIcalculation计算时,VAMP会检测
退化轨道设置,但并不完全。
如果出现这种情况,则CIcalculation会
停止并出现如下信息:
Jobstopped.Tocontinue,specify"LEV-OK"
在VAMPElectronicOptions对话框中勾选Ignoredegenerateorbitals,可
以继续任务,此操作会在输入文件中添加关键词LEV-OK;
6.自洽场收敛失败:
如果VAMP对波函数收敛失败,则任务终止且出现
如下信息:
"""""""""""""UNABLETOACHIEVESELF-CONSISTENCE
参见改善收敛,然后重新进行;
7.几何优化收敛失败:
默认的几何优化周期为1000,如果此时几何构型
仍没有收敛,则会出现如下信息:
Maximumnumberofcyclesreached
出现这种情况,可以采取如下措施:
接受最终优化结果:
检查最终优化梯度,如果该梯度已经很小(小于
2或3),则进一步的优化对几何构型和能量改变很小,且不一定能
达到最终收敛;
重启优化:
将优化但没有收敛的的结构重新优化。
如果梯度已经很小,
则可以考虑放松优化标准;
重启优化但减少最大优化周期:
有时优化耗用周期较长但结果不一
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致,此时可以减少周期。
8.振动计算(即FORCEcalculation)启动失败:
进行振动计算时,VAMP
会首先计算原子梯度,,如果原子梯度太大,则会出现如下错误信息:
Gradientsaretoolargeto
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- 特殊限制:
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