最新PubMed中文使用手册.docx

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最新PubMed中文使用手册

PubMed-中文使用手册

PubMed使用手冊

PubMed使用手冊

PubMed為NationalLibraryofMedicine（NLM）之NationalCenterforBiotechnologyInformation（NCBI）所研發製作之醫學相關文獻資料庫，免費提供外界查詢使用。

◆Coverage:

1.MEDLINE:

mid-1960’s

15millioncitations,4,800biomedicaljournals

70+countries

English-languagesourcesorabstractinEnglish

2.OLDMEDLINE

1950-1965

2millioncitations

noMeSHindexandabstract

3.InProcessCitations

4.在收錄MEDLINE資料庫前的基本書目資料，為日更新（TuesdaythroughSaturday）而且顯示註記[PubMed-inprocess]. 新增資料加上MeSHterms,publicationtypes,GenBankAccessionnumbers等相關資料後顯示註記[PubMed-indexedforMEDLINE].

5.Publisher-SuppliedCitations

6.出版社提供PubMed電子書目資料註記[PubMed-assuppliedbypublisher]，新出版社提供資料更新從星期二至星期六，多數資料處理過程從"in-process"到後來的"indexedforMEDLINE"。

 然而沒有做索引的書目資料將維持註記[PubMed-assuppliedbypublisher]or[PubMed]。

◆PubMed檢索功能

1.關鍵字：

可使用AND,OR,NOT（需大寫）

2.作者：

∙Entertheauthor’snameintheformatoflastnamefollowedbyinitials.Omitpunctuation.如Simthja

∙如要停止系統做自動作切截查詢，可輸入雙引號和作者欄位名稱，e.g.,"smithj"[au]

3.期刊名：

有下列方式

∙fulljournaltitle（e.g.,molecularbiologyofthecell）

∙titleabbreviation（e.g.,molbiolcell）

∙ISSNnumber,astandardizedinternationalcode（e.g.,1059-1524）

4.片語：

PubMed自動將檢索詞對照MESH主題表，如需直接以phrase查詢，用雙引號註明。

∙Enclosethephraseindoublequotes:

“kidneyallograft”

∙Useasearchtag:

kidneyallograft[tw]

∙Useahyphen:

SARS-CoV

∙Truncate:

kidneyallograft*

5.切截Truncate：

在字根後輸入星號，eg.Flavor*。

如結果超過六百個變化字，系統將出現警示語。

◆

SearchResult

∙Display有Summary,Brief,Abstract,MEDLINE….等格式，如批次轉入DDS，需為Summary格式。

如要轉入EndNote/RM，需為MEDLINE格式。

∙Show螢幕顯示筆數可設定5,10,20,100,200,500筆

∙Sortby可以Author,Journal,PublicationDate作排序

∙Sendto可選擇Text,File,Clipboard,E-mail,RSSFeed,Order。

∙以RSS為例，勾選檢索結果的紀錄後，選擇SendtoRSSFeed，再按下CreateFeed：

∙

點選XML之後產生新視窗，將其URL加入RSS閱讀器內，便可隨時由RSSReader（如:

Mxie）收到最新資料。

另一種方式為設定MyNCBI，將以e-mail寄送最新資料。

其設定方式在最後一個章節介紹。

∙CitationFilter,檢索結果自動產生All和Review文章兩種結果。

除了Review文章外，可由MyNCBI自訂filters，亦將在MyNCBI介紹設定方式。

∙

∙每篇紀錄之圖示

無摘要/有摘要，如本院有訂購此電子期刊，在IP範圍內可閱讀全文。

本院電子期刊清單詳圖書館網頁。

（橘色）PubMedCentral,isafreedigitalarchiveoffull-textjournalarticlesmaintainedbyNIH

（綠色）Freefrompublisher

∙RelatedArticles依據該筆記錄Title,Abstract,MESH欄位搜尋相關文獻。

∙Links依據該筆記錄連結至其他資源，如：

CitedArticles參考文獻

CitedinPMC

FreeinPMC

Books電子書

LinkOut:

publishers,aggregators,libraries,biologicaldatabases,sequencecenters等。

◆FeatureBar工具列介紹

1.Limitation

可作欄位、資料類型、年齡、語言、人類或動物、子類目Subset、性別及日期的限制查詢。

2.Preview/Index

輸入檢索詞後按Preview顯示檢索筆數，可用來調整檢索策略進行AND,OR,NOT查詢。

或者按Index顯示索引典和資料筆數，可term按住CTRL選擇多個，再點選AND,OR,NOT作查詢。

在此只顯示最近三筆檢索策略。

3.History

顯示檢索歷史，但只保存八小時，可再用布林邏輯作檢索策略整合查詢。

e.g.,#2AND#6

4.Clipboard

從PubMed檢索結果勾選需要的紀錄，在Sendto欄位選擇Clipboard存放在暫存區，所選擇的筆數將轉為綠色號碼，最多可存500筆記錄，可保留八個小時。

另外，Clipboard的書目編號訂為#0,可再和其他檢索策略作布林邏輯查詢

5.Detail要查驗檢索詞的執行情況，可選擇“Details”鍵。

可進行編輯檢索策略或按URL產生網頁加入「我的最愛」。

備註：

如果用History功能#1AND#2執行檢索者，無法產生URL。

◆

PubMedServices

⏹JournalDatabase，查詢該期刊的資訊：

全名、簡稱、ISSN。

⏹MESH（MedicalSubjectHeadings）是MEDLINE的控制詞彙索引典，提供詞彙的層級關係，做更有效的檢索。

如以AIDS查看MESH，其Display格式中的PubMedLink可連至PubMed以該term檢索，如勾選多個標題彼此以OR關係做查詢。

每個標題右側的Links包括下列連結：

∙PubMed–連至PubMed查詢MeSHterm

∙ClinicalQueries–連至theClinicalQueriesquerybox

∙NLMMeSHBrowser–連至NLMMeSHBrowser

在Sendto欄位中，SearchBox功能提供標題的布林邏輯檢索

1.選擇FullDisplay，勾選MeSH標題及其副標題

2.使用Sendtopull-downmenu選擇SearchBoxwithAND,OR,NOT作查詢

3.可再查詢其他MeSHterm,加入SearchBox

4.完成後點選SearchPubMed

⏹SingleCitationMatcher單筆引文查詢:

可利用journal、date、volume、issue…來查該篇文章的資料

點選Go之後出現該篇文章

BatchCitationMatcher批次引文查詢，輸入100筆之記錄以取得該文獻之PMID號碼。

資料輸入特定格式的順序依次為:

|Journal_Title|year|volume|first_page|Author_Name|Your_key|

再以PMID號碼輸入PubMed檢索欄內，獲得該筆記錄資料。

如果該篇紀錄無法找到，將顯示下列三種情況：

∙INVALID_JOURNAL期刊縮寫不正確

∙NOT_FOUND有效的期刊名，但其他資訊錯誤

∙AMBIGUOUS所提供資訊查到超過一篇紀錄

⏹ClinicalQueries包括三類

（1）SearchbyClinicalStudyCategory:

限制在特殊方法上的臨床文獻，可設定查詢範圍較廣或較小。

如查詢囊胞性纖維症診斷的研究researchondiagnosingcysticfibrosis

ClinicalQueriesusingResearchMethodologyFilters

Category

OptimizedFor

Broad/Narrow

PubMedEquivalent

therapy

sensitive/broad

99%/70%

（（clinical[Title/Abstract]ANDtrial[Title/Abstract]）ORclinicaltrials[MeSHTerms]ORclinicaltrial[PublicationType]ORrandom*[Title/Abstract]ORrandomallocation[MeSHTerms]ORtherapeuticuse[MeSHSubheading]）

specific/narrow

93%/97%

（randomizedcontrolledtrial[PublicationType]OR（randomized[Title/Abstract]ANDcontrolled[Title/Abstract]ANDtrial[Title/Abstract]））

diagnosis

sensitive/broad

98%/74%

（sensitiv*[Title/Abstract]ORsensitivityandspecificity[MeSHTerms]ORdiagnos*[Title/Abstract]ORdiagnosis[MeSH:

noexp]ORdiagnostic*[MeSH:

noexp]ORdiagnosis,differential[MeSH:

noexp]ORdiagnosis[Subheading:

noexp]）

specific/narrow 

64%/98%

（specificity[Title/Abstract]）

etiology

sensitive/broad

93%/63%

（risk*[Title/Abstract]ORrisk*[MeSH:

noexp]ORrisk*[MeSH:

noexp]ORcohortstudies[MeSHTerms]ORgroup*[TextWord]） 

specific/narrow

51%/95%

（（relative[Title/Abstract]ANDrisk*[Title/Abstract]）OR（relativerisk[TextWord]）ORrisks[TextWord]ORcohortstudies[MeSH:

noexp]OR（cohort[Title/Abstract]ANDstud*[Title/Abstract]））

prognosis

sensitive/broad

90%/80%

（incidence[MeSH:

noexp]ORmortality[MeSHTerms]ORfollowupstudies[MeSH:

noexp]ORprognos*[TextWord]ORpredict*[TextWord]ORcourse*[TextWord]）

specific/narrow

52%/94%

（prognos*[Title/Abstract]OR（first[Title/Abstract]ANDepisode[Title/Abstract]）ORcohort[Title/Abstract]）

clinicalpredictionguides

sensitive/broad

96%/79%

（predict*[tiab]ORpredictivevalueoftests[mh]ORscor*[tiab]ORobserv*[tiab]ORobservervariation[mh]）

specific/narrow

54%/99%

（validation[tiab]ORvalidate[tiab]）

（2）FindingSystematicReviews:

查詢系統化評論文獻，包括下列主題之生醫文獻：

osystematicreviews

ometa-analyses

oreviewsofclinicaltrials

oevidence-basedmedicine

oconsensusdevelopmentconferences

oguidelines

ocitationsfromjournalsspecializinginclinicalreviewstudies

如查詢SystematicReviewsoninhalationtherapyforpneumonia肺炎吸入療法

（3）MedicalGeneticsSearches,developedinconjunctionwiththestaffofGeneReviews:

GeneticDiseaseOnlineReviewsatGeneTests,UniversityofWashington,Seattle.作遺傳基因學方面不同主題查詢，如查詢geneticcounselingforsicklecellanemia鐮狀細胞性貧血的相關資料

MedicalGeneticsSearchFilters

Category

PubMedEquivalent

Diagnosis

（DiagnosisANDGenetics）

DifferentialDiagnosis

（DifferentialDiagnosis[MeSH]ORDifferentialDiagnosis[TextWord]ANDGenetics）

ClinicalDescription

（NaturalHistoryORMortalityORPhenotypeORPrevalenceORPenetranceANDGenetics）

Management

（therapy[Subheading]ORtreatment[TextWord]ORtreatmentoutcomeORinvestigationaltherapiesANDGenetics）

GeneticCounseling

（GeneticCounselingORInheritancepatternANDgenetics）

MolecularGenetics

（MedicalGeneticsORgenotypeORgenetics[Subheading]ANDgenetics）

GeneticTesting

（DNAMutationalAnalysisORLaboratorytechniquesandproceduresORGeneticMarkersORdiagnosisORtestingORtestORscreeningORmutagenicitytestsORgenetictechniquesORmoleculardiagnostictechniquesANDgenetics）

All

（（DiagnosisANDgenetics）OR（DifferentialDiagnosis[MeSH]ORDifferentialDiagnosis[TextWord]ANDgenetics）OR（NaturalHistoryORMortalityORPhenotypeORPrevalenceORPenetranceANDgenetics）OR（therapy[Subheading]ORtreatment[TextWord]ORtreatmentoutcomeORinvestigationaltherapiesANDgenetics）OR（GeneticCounselingORInheritancepatternANDgenetics）OR（MedicalGeneticsORgenotypeORgenetics[Subheading]ANDgenetics）OR（DNAMutationalAnalysisORLaboratorytechniquesandproceduresORGeneticMarkersORdiagnosisORtestingORtestORscreeningORmutagenicitytestsORgenetictechniquesORmoleculardiagnostictechniquesANDgenetics））

⏹SpecialQueries提供PubMed各種特殊主題限制查詢

⏹LinkOutisafeatureofEntrezthatisdesignedtoprovideuserswithlinksfromPubMedandotherEntrezdatabasestoawidevarietyofrelevantweb-accessibleonlineresources,includingfull-textpublications,biologicaldatabases,consumerhealthinformation,researchtools,andmore.

⏹MyNCBI可執行下列功能：

（1）Savesearches

（2）Setupe-mailalertsfornewcontent

（3）DisplaylinkstoWebresources（LinkOut）

（4）Choosefiltersthatgroupsearchresults

必須先註冊UserName（3-10alpha-numericcharacters）andaPassword（6-8alpha-numericcharacters）.

¤Savesearches

¤註冊進入MyNCBI後執行檢索，在欄位右邊點選SaveSearch，將詢問是否要收到emailupdate

¤Filter

先選擇資料庫PubMed:

（1）

QuickPicklistofcommonly-requestedfilters

（2）

BrowsetobrowsefiltersandLinkOutprovidersbycategory.

（3）SearchtosearchthefilterandLinkOutprovidernamesanddescriptions.例如查詢台灣所提供的連結

（4）MySelectionstoseealistofyourcurrentfilterandLinkOutprovidericonsettings

設定完成後檢索PubMed便可看到所設定的filter頁籤。

¤OutsideTool

OutsideToolallowsinstitutionstodisplayaniconlinkbacktotheirinstitutionontheAbstractandCitationformatforallPubMedcitations.TheiconlinkisthebaseURLprovidedbytheinstitutionandthePMIDofthecitation.機構的SFX連結可再檢索結果詳細紀錄內顯示

¤UserPreference

∙更改檢索結果格式

∙更改e-mailaddress設定

∙HighlightPubMedsearchwordsinyourretrieval必須設定才能從檢索結果看到所查詢的字