苹果品种PCR扩增用引物序列信息及参考数据库.docx
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苹果品种PCR扩增用引物序列信息及参考数据库
附 录 APCR扩增用引物序列信息及参考数据库
∙PCR扩增用引物序列信息见表A.1。
表A.1 PCR扩增用引物序列信息
序号
名称
引物方向
序列(5’-3’)5’端标记荧光基团
扩增条件
扩增大小bp
文献来源
1
CH01d08
F
ctccgccgctataacacttc
94℃2min30sec;
94℃30sec,
52℃30sec,
72℃30sec,
40cycle;
72℃,10min。
238-290
1、GeraldS.DanglJudyYangÆ
DeborahA.GolinoThomasGradziel.Apracticalmethodforalmondcultivaridentification
andparentalanalysisusingsimplesequencerepeatmarkers
Euphytica(2009)168:
41–48.
2、L.Gianfranceschi,N.Seglias,R.archini,M.Komjanc,C.Gessler.Simplesequencerepeatsforthegeneticanalysisofapple.TheorApplGenet(1998)96:
1069-1076.
R
actctggagggtatgtcaaag
2
CH01e01
F
ggttggagggaccaatcatt
106-120
R
cccactctctgtgccagatc
3
CH02b03b
F
ataaggatacaaaaaccctacacag
77-109
R
gacatgtttggttgaaaacttg
4
CH02b07
F
ccagacaagtcatcacaacactc
180-202
R
atgtcgatgtcgctctgttg
5
CH02b10
F
caaggaaatcatcaaagattcaag
121-159
R
Caagtggcttcggatagttg
6
CH02b12
F
ggcaggctttacgattatgc
101-143
R
cccactaaaagttcacaggc
7
CH02d11
F
agcgtccagagcaacagc
118-148
R
aacaaaagcagatccgttgc
8
CH02f06
F
ccctcttcagacctgcatatg
135-158
R
actgtttccaagcgatcagg
9
CH02g09
F
tcagacagaagaggaactgtatttg
98-138
R
Caaacaaaccagtaccgcaa
10
CH02h11a
F
cgtggcatgcctatcatttg
104-132
R
ctgtttgaaccgcttcctc
11
CH03d07
F
caaatcaatgcaaaactgtca
186-226
R
ggcttctggccatgatttta
12
CH04d02
F
cgtacgctgcttcttttgct
118-146
R
ctatccaccacccgtcaact
13
CH04d10
F
gagggatctgtagctccgac
138-204
R
tggtgagtatctgctcgctg
14
CH05c07
F
tgatgcattagggcttgtactt
111-149
R
gggatgcattgctaaataggat
15
CH05g03
F
gctttgaatggatacaggaacc
135-192
R
cctgtctcatggcattgttg
∙PCR反应体系见表A.2。
表A.2 PCR反应体系
试剂名称
工作液浓度
25μL反应体系加样体积/μL
dNTP
2.5mmol/L
2μL
PCR缓冲液
10×
2.5μL
TaqDNA聚合酶
5U/μL
0.3μL
上游引物
10pmol/µL
0.3
下游引物
10pmol/µL
0.3
DNA模板
100±50ng
2
超纯水
-
17.6
∙
∙部分苹果品种SSR基因型数据见表A.3。
表A.3 部分苹果品种SSR基因型数据
品种
果实或者
茎枝
SSR位点
CH02b12
SSR位点
CH01e01
SSR位点
CH02b03b
SSR位点
CH02b10
SSR位点
CH02d11
SSR位点
CH02f06
SSR位点
CH01d08
SSR位点
CH02b07
SSR位点
CH02g09
SSR位点
CH02h11a
SSR位点
CH03d07
SSR位点
CH04d02
SSR位点
CH05c07
SSR位点
CH05g03
SSR位点
CH04d10
Akagi
Fruiting
128/144
114/116
79/95
129/137
119/121
148/162
275/275
110/132
111/120
124/134
185/199
138/152
153/153
166/170
168/191
Akane
Fruiting
130/130
114/122
95/95
129/141
121/133
148/162
244/297
130/132
111/138
107/124
183/203
126/152
117/153
166/174
168/209
Akibae
Fruiting
130/140
112/116
79/95
125/129
119/133
148/162
244/244
110/112
107/120
132/134
185/199
126/152
117/153
166/170
154/191
AkitaGold
Fruiting
144/144
112/116
79/79
125/135
119/133
142/148
244/254
112/132
107/120
132/134
203/223
126/126
117/143
166/170
164/191
Aodai3
Rootstock
146/148
110/122
91/101
118/149
127/133
144/162
244/260
110/112
138/152
107/132
160/223
126/144
117/127
140/166
166/176
Baskatong
Others
134/134
126/138
91/101
121/139
123/125
152/152
242/299
104/110
103/138
140/146
181/181
126/134
143/151
162/166
150/152
Braeburn
Fruiting
144/146
112/114
99/99
123/161
123/133
154/154
258/258
110/110
111/136
132/136
203/223
126/126
129/153
166/166
164/209
Chinatsu
Fruiting
130/134
114/114
95/99
127/141
133/133
144/148
254/297
110/132
111/120
124/132
203/203
126/138
117/117
140/166
166/168
Cox’sOrangePippin
Fruiting
132/144
110/114
75/97
123/135
121/133
154/158
244/258
110/124
97/111
107/132
215/215
126/126
129/129
168/199
154/209
Cripp’sPink
Fruiting
144/146
112/116
79/97
125/129
119/149
148/148
254/258
118/124
120/120
132/132
185/223
126/126
145/153
170/174
164/191
Discovery
Fruiting
130/142
114/114
95/97
133/133
121/133
148/162
244/297
118/130
107/111
128/132
183/203
126/152
117/143
140/166
164/164
Fiesta
Fruiting
130/132
110/114
75/95
123/129
121/133
154/162
258/275
112/124
97/111
107/132
203/215
124/126
129/145
168/189
154/166
Fuji
Fruiting
144/144
112/116
79/108
135/137
133/133
142/162
244/258
112/112
107/111
132/132
223/223
124/126
117/139
140/166
164/209
G.65
Rootstock
113/142
112/148
75/91
125/149
123/149
150/154
258/258
104/112
111/138
112/124/132
183/223
138/138
133/153
140/176
164/164
Gala
Fruiting
132/144
114/116
75/79
129/135
119/121
142/162
244/275
110/118
111/120
134/136
185/215
126/138
117/143
170/199
154/191
Geneva
Fruiting
134/140
120/124
95/101
133/139
121/125
150/162
242/244
108/118
101/138
107/140
181/185
126/134
143/153
140/166
150/168
表A.3 部分苹果品种SSR基因型数据(续)
品种
果实或者
茎枝
SSR位点
CH02b12
SSR位点
CH01e01
SSR位点
CH02b03b
SSR位点
CH02b10
SSR位点
CH02d11
SSR位点
CH02f06
SSR位点
CH01d08
SSR位点
CH02b07
SSR位点
CH02g09
SSR位点
CH02h11a
SSR位点
CH03d07
SSR位点
CH04d02
SSR位点
CH05c07
SSR位点
CH05g03
SSR位点
CH04d10
GoldenDelicious
Fruiting
144/144
112/116
79/99
125/129
119/133
148/162
254/275
110/118
120/138
132/134
185/203
126/138
143/153
140/170
191/191
GrannySmith
Fruiting
144/150
114/116
81/103
125/129
133/149
150/162
258/258
110/114
120/138
132/132
189/223
124/126
143/145
174/189
166/209
Gunmameigetsu
Fruiting
128/144
112/116
79/79
135/137
119/133
142/148
258/275
112/132
111/120
132/134
185/223
124/152
117/153
140/170
164/191
Hacnine
Fruiting
144/144/144
112/116
79/108
129/135/137
133/133/133
142/162
244/258/275
112/132
107/111
126/132
185/223
124/126/138
117/139/153
140/166/197
164/191/209
Haruka
Fruiting
144/144
112/116
79/99
129/135
119/133
142/148
254/258
110/112
111/120
134/136
203/203
126/138
117/143
166/170
191/209
Hatsuaki
Fruiting
128/144
112/116
79/97
129/129
133/133
154/162
275/275
110/112
120/136
107/134
185/199
126/126
143/153
170/197
191/209
Himekami
Fruiting
130/144
112/114
79/95
135/137
121/133
162/162
244/275
112/112
107/111
107/132
203/223
124/126
139/153
166/197
164/168
Hokuto
Fruiting
144/144/144
112/114/116
79/108
135/137/161
133/149
142/162
244/258
110/112
107/111/120
132/132/132
185/223
124/126/152
117/139/153
140/166/170
164/166/209
HoneyQueen
Fruiting
130/146
114/116
91/108
125/161
121/133
148/162
258/275
112/112
107/120
107/134
203/203
126/126
153/153
166/197
191/209
Idared
Fruiting
130/144
114/116
95/97
129/161
121/133
154/162
275/297
112/112
111/136
107/126
199/203
124/152
145/145
166/189
166/209
Indo
Fruiting
140/144
114/116
79/97
137/147
133/149
142/148
258/258
110/118
111/167
132/132
215/223
124/152
117/153
166/166
154/209
Iwakami
Fruiting
128/144
114/116
97/108
129/135
121/133
142/154
244/244
112/112
107/136
107/132
203/223
124/126
117/153
140/166
164/168
JM1
Rootstock
132/146
110/118
101/106
118/149
133/143
144/154
244/250
110/110
99/152
128/132
213/223
126/144
117/127
164/166
152/166
JM2
Rootstock
144/148
110/118
91/101
118/149
127/131
144/154
250/293
110/110
136/138
128/130
160/223
126/126
131/153
140/166
152/164
JM5
Rootstock
146/148
110/118
101/106
118/149
131/143
144/154
250/293
110/110
99/152
107/132
160/223
138/144
127/131
140/166
166/176
JM7
Rootstock
146/148
110/118
91/101
137/149
131/143
152/154
244/250
110/110
99/136
128/132
213/223
138/144
131/153
140/174
152/166
JM8
Rootstock
144/148
110/122
101/106
118/129
127/131
144/162
260/293
110/110
99/152
128/132
160/223
126/144
117/127
164/166
152/166
表A.3 部分苹果品种SSR基因型数据(续)
品种
果实或者
茎枝
SSR位点
CH02b12
SSR位点
CH01e01
SSR位点
CH02b03b
SSR位点
CH02b10
SSR位点
CH02d11
SSR位点
CH02f06
SSR位点
CH01d08
SSR位点
CH02b07
SSR位点
CH02g09
SSR位点
CH02h11a
SSR位点
CH03d07
SSR位点
CH04d02
SSR位点
CH05c07
SSR位点
CH05g03
SSR位点
CH04d10
Jonagold
Fruiting
128/144
112/114/116
79/95/99
125/129/137
119/133
148/154/162
244/254/275
110/112/118
111/120/138
124/132/134
185/199/203
126/138
143/145/153
140/170/197
191/209
Jonathan
Fruiting
128/130
112/114
95/97
129/137
121/133
154/162
244/275
112/132
111/136
107/124
199/203
126/152
145/153
166/197
168/209
Kanki
Fruiting
140/144
112/116
79/79
125/129
133/133
142/162
244/244
110/112
107/120
134/134
185/223
152/152
117/153
166/170
164/168
Kinsei
Fruiting
144/146
114/116
79/108
125/135
119/133
148/154
254/258
110/112
111/120
132/134
185/203
126/138
153/153
166/170
191/209
Kiou
Fruiting
144/144
116/116
79/97
125/129
133/149
148/162
244/254
110/112
120/120
132/132
185/223
138/152
153/153
140/166
154/154
Kitakami
Fruiting
144/144
112/116
93/108
129/149
133/133
150/154
275/297
112/114
107/120
107/136
185/223
126/138
143/153
170/174
168/191
Kitaro
Fruiting
144/144
112/116
79/79
129/135
133/133
142/162
244/275
112/112
107/120
107/132
185/223
126/126
117/143
140/170
191/209
Kizashi
Fruiting
132/132
114/116
75/79
127/135
119/133
142/154
244/244
110/118
120/120
132/134
203/215
124/138
117/131
140/199
166/191
Kotaro
Fruiting
144/144
112/116
97/108
129/137
133/133
154/162
244/275
112/112
111/120
132/134
199/223
124/126
139/153
166/170
164/191
M.26
Rootstock
130/144
110/114
99/101
129/149
133/149
150/154
244/258
110/132
136/152
107/132
189/223
126/138
127/143
164/174
164/168
M.27
Rootstock
113/146
112/116
91/97
135/149
133/149
154/154
258/293
112/124
111/136
128/132
213/223
126/138
143/153
140/140
164/166
M.9
Rootstock
144/146
110/116
91/101
129/149
131/133
154/162
244/293
110/112
136/152
107/128
223/223
126/138
127/153
140/164
164/166
Malusniedzwetzkyana
Others
134/134
120/126
101/101
139/139
123/125
152/162
242/299
110/118
134/138
132/140
181/203
126/134
143/151
160/166
15
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