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分子生物学复习题
分子生物学复习题总库
一、名词解释
1.癌基因:
是细胞内控制细胞生长的基因,具有潜在的诱导细胞恶性转化的特性。
2.DNA变性:
是指DNA分子在某些条件下(加热、极端pH、有机溶剂、尿素及酰胺等)稳定的双螺旋结构受到破坏,双链解开形成无规则线性结构的现象。
3.分子杂交:
由两条单链核酸分子结合成为双链核酸分子的过程,称为核酸杂交。
任何两条单链核酸分子只要大部分的碱基序列互补,都可以结合为双链分子。
4.假基因:
与正常基因结构相似但丧失正常功能的DNA序列,往往存在于真核生物的多基因家族中,缺少内含子,末端有多个A,两端有顺向重复序列。
5.反式作用因子:
和顺式作用元件结合的蛋白质都有调控转录的作用,统称为反式作用因子。
6.无义突变:
由于碱基对的取代,使原来可以翻译某种氨基酸的密码子变成了终止密码子的突变。
7.SD序列:
Shine及Dalgarno等发现几乎所有原核生物mRNA上都有一个5‘-AGGAGGU-3’序列,这个富含嘌呤序列与30S亚基16SrRNA3‘端的富含嘧啶区序列5'-ACCUCCU-3'相互补,称之为SD序列。
8.增强子:
指能使与它连锁的基因转录频率明显增加的DNA序列,增强子是通过启动子来增加转录的。
9.质粒:
是独立于染色体之外的双链环状DNA分子,能进行自主复制,并传至子代细胞,具有DNA复制起始位点,用于克隆的载体。
10.C值矛盾:
一个基因组中的DNA含量用C值表示,C值的大小并不能完全说明生物进化的程度和遗传复杂性的高低。
也就是说,C值和它进化复杂性之间并没有严格的对应关系,这种现象称为C值矛盾。
11.抑癌基因:
是正常细胞内可以抑制细胞过度生长与增生的的基因,具有抑制肿瘤细胞增殖的作用。
12.顺式作用元件:
真核生物基因转录上游调控序列统称为顺式作用元件,主要包括启动子、增强子、负调控序列元件和可诱导元件等。
13.同义突变:
基因突变导致mRNA密码子第三位碱基的改变但不引起密码子意义的改变,其翻译产物中的氨基酸残基顺序不变,但有时可引起翻译效率降低。
14.DNA变性:
是指DNA分子在某些条件下(加热、极端pH、有机溶剂、尿素及酰胺等)稳定的双螺旋结构受到破坏,双链解开形成无规则线性结构的现象。
15.C值矛盾:
一个基因组中的DNA含量用C值表示,C值的大小并不能完全说明生物进化的程度和遗传复杂性的高低。
也就是说,C值和它进化复杂性之间并没有严格的对应关系,这种现象称为C值矛盾。
16.转座子:
能够反复插入到基因中许多位点的特殊DNA片段,它们可从一个位点转移到另一个位点,从一个复制子到另一个复制子。
17.分子杂交:
由两条单链核酸分子结合成为双链核酸分子的过程,称为核酸杂交。
任何两条单链核酸分子只要大部分的碱基序列互补,都可以结合为双链分子。
18.假基因:
与正常基因结构相似但丧失正常功能的DNA序列,往往存在于真核生物的多基因家族中,缺少内含子,末端有多个A,两端有顺向重复序列。
19.SD序列:
Shine及Dalgarno等发现几乎所有原核生物mRNA上都有一个5‘-AGGAGGU-3’序列,这个富含嘌呤序列与30S亚基16SrRNA3‘端的富含嘧啶区序列5'-ACCUCCU-3'相互补,称之为SD序列。
20.增强子:
指能使与它连锁的基因转录频率明显增加的DNA序列,增强子是通过启动子来增加转录的。
21.核酶(ribozyme):
由核糖核酸和酶组成,其本质为RNA或以RNA为主含有蛋白质辅基的一类具有催化功能的物质,它与普通的酶有所区别:
一般的酶是蛋白质,而核酶的主要功能成分为RNA;有的核酶既是催化剂又是底物,随着反应的进行,自身也消失了。
22.亮氨酸拉链:
出现在DNA结合蛋白质和其它蛋白质中的一种结构基元(motif)。
当来自同一个或不同多肽链的两个α-螺旋的疏水面(常常含有亮氨酸残基)相互作用形成一个圈对圈的二聚体结构时就形成了亮氨酸拉链。
23.Z型DNA(Z-DNA):
Z型DNA(Z-DNA)是B型DNA的另一种变构形式,活性明显降低,富含G-C,嘌呤与嘧啶交替出现,左手螺旋,每个螺圈含有12个碱基对。
分子直径为18Å,并只有一个深沟。
现在还不知道,Z-DNA在体内是否存在。
24.第二信使:
通常将Ca2+、DAG、IP3、cAMP 、cGMP等这类在细胞内传递信息的小分子化合物称为第二信使。
cDNA与cccDNA:
cDNA是由mRNA通过反转录酶合成的双链DNA;cccDNA是游离于染色体之外的质粒双链闭合环形DNA。
25.CAP:
环腺苷酸(cAMP)受体蛋白CRP(cAMPreceptorprotein),cAMP与CRP结合后所形成的复合物称激活蛋白CAP(cAMPactivatedprotein)
回文序列:
DNA片段上的一段所具有的反向互补序列,常是限制性酶切位点。
micRNA:
互补干扰RNA或称反义RNA,与mRNA序列互补,可抑制mRNA的翻译。
信号肽:
在蛋白质合成过程中N端有15~36个氨基酸残基的肽段,引导蛋白质的跨膜。
26.弱化子:
在操纵区与结构基因之间的一段可以终止转录作用的核苷酸序列。
27.魔斑:
当细菌生长过程中,遇到氨基酸全面缺乏时,细菌将会产生一个应急反应,停止全部基因的表达。
产生这一应急反应的信号是鸟苷四磷酸(ppGpp)和鸟苷五磷酸(pppGpp)。
PpGpp与pppGpp的作用不只是一个或几个操纵子,而是影响一大批,所以称他们是超级调控子或称为魔斑。
28.上游启动子元件:
是指对启动子的活性起到一种调节作用的DNA序列,-10区的TATA、-35区的TGACA及增强子,弱化子等。
30.蓝-白斑筛选:
含LacZ基因(编码β半乳糖苷酶)该酶能分解生色底物X-gal(5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷)产生蓝色,从而使菌株变蓝。
当外源DNA插入后,LacZ基因不能表达,菌株呈白色,以此来筛选重组细菌。
称之为蓝-白斑筛选。
31.Klenow酶:
DNA聚合酶I大片段,只是从DNA聚合酶I全酶中去除了5’3’外切酶活性
32.DNA的转座:
是由可移位因子介导的遗传物质重组,转座可被分为复制性和非复制性两大类。
33.错义突变:
DNA分子中碱基对的取代,使得mRNA的某一密码子发生变化,由它所编码的氨基酸就变成另一种的氨基酸,使得多肽链中的氨基酸顺序也相应的发生改变的突变。
34.PCR:
多聚酶链式反应(polymerasechainreaction,PCR)的原理类似于DNA的天然复制过程。
在待扩增的DNA片断两侧和与其两侧互补的两个寡核苷酸引物,经变性、退火和延伸若干个循环后,DNA扩增2n倍。
35.端粒酶:
由RNA和蛋白质构成的复合物,为特殊的逆转录酶,能以自身的RNA为模板逆转录合成端粒DNA,维持端粒的长度。
36.选择性拼接:
基本转录体通过选择使用外显子以不同方式加工,产生表达不同基因产物的相关成熟转录本的拼接方式。
二、问答题
1.真核染色体末端端粒DNA是如何进行复制的?
2.真核生物的蛋白质合成起始和大肠杆菌有何区别?
3.原核生物、真核生物及病毒基因组有何特点?
4.简述基因工程的一般过程。
5.如何制备1%琼脂糖凝胶?
6.典型PCR的反应体系包括哪些组分?
7.mRNA前体的加工包括哪几个方面的内容?
8.如果电泳图谱出现连续模糊的带纹,原因是什么?
9.感受态细胞有何特点?
如何保证它的质量?
10.在感受态细胞制备及转化中为什么要设置阴性对照?
11.在感受态细胞制备及转化中,如果阴性对照中长出菌,可能的原因有哪些?
12.在Amp培养板中,菌的密度过高或培养时间过长时会在阳性菌的周围长出一些小的卫星菌落,它们是Amps的,原因是什么?
13.大肠杆菌感受态细胞制备及转化的影响因素有哪些?
14.蓝白斑筛选的原理是什么?
15.PCR基因扩增的原理是什么?
16.简述原核生物蛋白质生物合成过程。
17.试述原核生物基因转录的基本过程
18.试比较原核生物和真核生物启动子的组成及特点。
19.请就真核基因各类内含子的剪接方式进行比较。
20.何为DNA的转座子?
DNA转座产生什么遗传效应?
21.参与DNA复制过程的主要酶类有哪些?
22.RNA的种类主要有哪些(列举6种)?
它们的主要功能是什么?
23.请简述mRNA5′帽结构在真核基因表达中的意义及mRNA3′端多聚A尾的作用。
24.细胞癌基因与病毒癌基因的区别是什么?
25.原癌基因的激活机制有哪些?
1.真核染色体末端端粒DNA是如何进行复制的?
答:
真核生物染色体线性DNA分子末端的结构叫端粒,是由末端单链DNA序列和蛋白质构成,末端DNA序列是多次重复的富含G、T碱基的短序列。
真核染色体末端端粒DNA是由真核生物体内存在的端粒酶催化的,它是由RNA和蛋白质构成的复合物,为特殊的逆转录酶。
在复制端粒时,端粒酶以自身的RNA为模板,在随从链模板DNA的3′OH末端延长DNA,再以这种延长的DNA为模板,继续合成随从链。
2.真核生物的蛋白质合成起始和大肠杆菌有何区别?
答:
(1)起始因子不同:
原核为IF-1,IF-2,IF-2,真核起始因子达十几种。
(2)起始氨酰-tRNA不同:
原核为fMet-tRNAf,真核Met-tRNAi。
(3)核糖体不同:
原核为70S核粒体,可分为30S和50S两种亚基,真核为80S核糖体,分40S和60S两种亚基。
(4)真核生物mRNA的5′端帽子结构和3′端polyA都参与形成翻译起始复合物。
(5)原核生物中30S小亚基首先与mRNA模板相结合,再与fMet-tRNAfMet结合,最后与50S大亚基结合。
而在真核生物中,40S小亚基首先与Met-tRNAMet相结合,再与模板mRNA结合,最后与60S大亚基结合生成80S·mRNA·Met-tRNAMet起始复合物。
3.原核生物基因组有何特点?
答:
原核生物基因组特点:
1)基因组通常仅由一条环形或线性双链DNA分子组成
2)只有一个复制起始点
3)有操纵子结构
4)编码蛋白质的结构基因为单拷贝的,但rRNA基因一般是多拷贝的
5)非编码DNA所占比例比较少
6)基因组DNA具有多种调控区
7)与真核生物基因组类似,也具有可移动的DNA序列组分
4.简述基因工程的一般过程。
答:
材料的准备:
目的基因、载体、工具酶和受体细胞(宿主)的准备。
用限制性核酸内切酶分别将外源DNA和载体分子切开。
目的基因与载体DNA的体外连接重组,形成重组DNA分子。
重组的DNA分子转入受体细胞,并建立起无性繁殖系。
筛选出所需要的无性繁殖系,大量扩增繁殖。
检测并保证外源基因在受体细胞中稳定遗传、正确表达。
进一步可将基本步骤概括为:
切、接、转、增、检
5.如何制备1%琼脂糖凝胶?
答:
称取0.3g琼脂糖,放入锥形瓶中,加入30ml0.5×TBE缓冲液,置微波炉或水浴加热至完全溶化,取出摇匀,则为1%琼脂糖凝胶
6.原核生物和真核生物基因组各有何特点?
答:
原核生物基因组特点:
1)基因组通常仅由一条环形或线性双链DNA分子组成;
2)只有一个复制起始点;
3)有操纵子结构;
4)编码蛋白质的结构基因为单拷贝的,但rRNA基因一般是多拷贝的;
5)非编码DNA所占比例比较少;
6)基因组DNA具有多种调控区;
7)与真核生物基因组类似,也具有可移动的DNA序列组分。
真核生物基因组的特点:
1)真核基因组的分子量大;
2)真核生物细胞一般有多条呈线装的染色体。
每条染色体DNA有多个复制起点;
3)细胞核DNA与蛋白质稳定地结合,形成染色质的复杂高级结构。
染色质内除含有DNA和组蛋白之外,还有大量非组蛋白;
4)真核细胞被核膜分隔成细胞核和细胞质,在基因表达中,转录和翻译在时间和空间上被分隔,不偶联;
5)真核细胞基因组DNA有大量的重复序列,这些重复序列的单位长度不一,重复程度各异;
6)真核生物的蛋白质基因一般以单拷贝形式存在,转录产物为单順反子mRNA;
7)真核生物基因组存在着可移动的DNA序列;
8)绝大多数真核生物基因都含有内含子,因此,基因的编码区不是连续排列的。
(5分)
7.真核生物基因表达的调控有何特点?
答:
1)真核多细胞生物有序的、不可逆的分化和发育,有特殊的调控机制在特定的时间和特定的细胞中激活特定的基因。
2)转录前,转录模板DNA及染色质结构的变化对真核基因活性的调节。
3)转录调节依赖不与RNA聚合酶直接作用的转录因子。
4)缺乏原核生物操纵子的协同顺式转录。
5)以正调控为主。
6)多种转录后的调控机制。
7)翻译及翻译后的控制。
8.典型PCR的反应体系包括哪些组分?
DNA模板、反应缓冲液、dNTP、MgCl2、PrimerF、PrimerR、
耐热Taq聚合酶、ddH2O。
9.反式作用因子的概念是什么?
它主要包括哪几种DNA结合结构域?
反式作用因子的概念:
能直接或间接地识别或结合在各类顺式作用元件核心序列上,参与调控靶基因转录效率的蛋白质。
为DNA结合蛋白,核内蛋白,可使邻近基因开放(正调控)或关闭(负调控)。
它主要包括以下几种DNA结合结构域:
螺旋-转折-螺旋(Helix-turn-helix,H-T-H)
锌指结构(zincfinger)
碱性-亮氨酸拉链(basic-leucinezipper)
碱性-螺旋-环-螺旋(basic–helix/loop/helix,bHLH)
10.葡萄糖是如何影响涉及糖代谢的操纵子(葡萄糖敏感型操纵子)的表达?
答:
在缺乏葡萄糖时,cAMP的水平升高,CAP蛋白同每一个葡萄糖敏感操纵子中启动子内的CAP位点结合,转录作用协同起始;如果有葡萄糖,cAMP的水平下降,CAP蛋白不再结合,转录的速率协同下降。
11.mRNA前体的加工包括哪几个方面的内容?
答:
a.内含子的剪接
b.5′端添加帽子结构
c.3′端添加多聚腺苷酸
12.分别说出5种以上RNA的功能?
转运RNA tRNA 转运氨基酸
核蛋白体RNA rRNA 核蛋白体组成成
信使RNA mRNA 蛋白质合成模板
不均一核RNA hnRNA 成熟mRNA的前体
小核RNA snRNA 参与hnRNA的剪接
小胞浆RNA scRNA/7SL-RNA 蛋白质内质网定位合成的信号识别体的组成成分
反义RNA anRNA/micRNA 对基因的表达起调节作用
核酶 RibozymeRNA 有酶活性的RNA
13.原核生物与真核生物启动子的主要差别?
原核生物
TTGACA---TATAAT------起始位点
-35 -10
真核生物
增强子---GC---CAAT----TATAA—5mGpp—起始位点
-110 -70 -25
14.激活蛋白(CAP)对转录的正调控作用?
答:
环腺苷酸(cAMP)受体蛋白CRP(cAMPreceptorprotein),cAMP与CRP结合后所形成的复合物称激活蛋白CAP(cAMPactivatedprotein)。
当大肠杆菌生长在缺乏葡萄糖的培养基中时,CAP合成量增加,CAP具有激活乳糖(Lac)等启动子的功能。
一些依赖于CRP的启动子缺乏一般启动子所具有的典型的-35区序列特征(TTGACA)。
因此RNA聚合酶难以与其结合。
CAP的存在(功能):
能显著提高酶与启动子结合常数。
主要表现以下二方面:
①CAP通过改变启动子的构象以及与酶的相互作用帮助酶分子正确定向,以便与-10区结合,起到取代-35区功能的作用。
②CAP还能抑制RNA聚合酶与DNA中其它位点的结合,从而提高与其特定启动子结合的概率。
15.大肠杆菌染色体的分子量大约是2,5x1000000000Da,核苷酸的平均分子量是330Da。
邻近核苦酸对之间的距离是0.34nm;双螺旋每一转的高度(即螺距)是3.4nm,
(1)该分子有多长
(2)该DNA有多少转?
答:
(1)1碱基=330Da,l碱基对=660Da碱基对数=2.5×10000000000/660=3.8×1000000=3800kb每个碱基对相距0.34nm,这样:
染色体DNA分子的长度=3.8×1000000×0.34nm=1.3×1000000nm=1.3mm
(2)该DNA双螺旋中的转数=3.8×1000000×0.34/3.4=3.8×100000
三、论述题
1.试述真核细胞与原核细胞在基因转录、翻译及DNA的空间结构方面有哪些差异?
答:
1)在真核细胞中,一条成熟的mRNA链只能翻译出一条多肽链,很少存在原核生物中常见的多基因操纵子形式。
2)真核细胞DNA与组蛋白和大量非组蛋白相结合,只有一小部分DNA是裸露的。
3)高等真核细胞DNA中很大部分是不转录的,真核细胞中有一部分由几个或几十个碱基组成的DNA序列,在整个基因组中重复几百次甚至上百万次。
此外,大部分真核细胞的基因中间还存在不被翻译的内含子。
4)真核生物能够有序地根据生长发育阶段的需要进行DNA片段重排,还能在需要时增加细胞内某些基因的拷贝数,这种能力在原核生物中也是极少见的。
5)在原核生物中,转录的调节区都很小,大都位于启动子上游不远处,调控蛋白结合到调节位点上可直接促进或抑制RNA聚合酶与它的结合。
而在真核生物中,基因转录的调节区相对较大,它们可能远离启动子达几百个甚至上千个碱基对。
虽然这些调节区也能与蛋白质结合,但是并不直接影响启动子区对于RNA聚合酶的接受程度,而是通过改变整个所控制基因5’上游区DNA构型来影响它与RNA聚合酶的结合能力。
6)真核生物的RNA在细胞核中合成,只有经转运穿过核膜,到达细胞质后,才能被翻译成蛋白质,原核生物中不存在这样严格的空间间隔。
7)许多真核生物的基因只有经过复杂的成熟和剪接过程,才能顺利地翻译成蛋白质。
2.试述大肠杆菌乳糖操纵子的基因表达调控机制。
答:
1)乳糖操纵子的组成:
大肠杆菌乳糖操纵子含Z、Y、A三个结构基因,分别编码半乳糖苷酶、透性酶和半乳糖苷乙酰转移酶,此外还有一个操纵序列O,一个启动子P和一个调节基因I。
2)阻遏蛋白的负性调节:
没有乳糖存在时,I基因编码的阻遏蛋白结合于操纵序列O处,乳糖操纵子处于阻遏状态,不能合成分解乳糖的三种酶;有乳糖存在时,乳糖作为诱导物诱导阻遏蛋白变构,不能结合于操纵序列,乳糖操纵子被诱导开放合成分解乳糖的三种酶。
所以,乳糖操纵子的这种调控机制为可诱导的负调控。
3)CAP的正性调节:
在启动子上游有CAP结合位点,当大肠杆菌从以葡萄糖为碳源的环境转变为以乳糖为碳源的环境时,cAMP浓度升高,与CAP结合,使CAP发生变构,CAP结合于乳糖操纵子启动序列附近的CAP结合位点,激活RNA聚合酶活性,促进结构基因转录,调节蛋白结合于操纵子后促进结构基因的转录,对乳糖操纵子实行正调控,加速合成分解乳糖的三种酶。
4)协调调节:
乳糖操纵子中的I基因编码的阻遏蛋白的负调控与CAP的正调控两种机制,互相协调、互相制约。
3.试述原核生物蛋白质生物合成的主要过程
答:
原核生物蛋白质生物合成分为起始,延伸和终止3个阶段。
1.首先进行氨酰-tRNA的活化,这能使每个AA和tRNA分子共价连接,以确保加入正确的AA(即接头)作用;并能使aa与延伸中的多肽链末端反应形成新的肽链。
活化步骤:
1)aa+ATP=aa-AMP+PPi2)aa-AMP+tRNA→aa-tRNA+AMP+PPi
(1分)
2.合成的起始:
1)起始tRNA识别AUG(起始密码子)编码甲硫氨基酸,以确定翻译的正确阅读框架。
2)30S核糖体小亚基中的16SrRNA与富含嘌呤并位于AUG起始密码子的5’端的Shine-Dalgarno序列结合,然后,核糖体沿着mRNA向3‘端移动,直到遇到AUG起始密码子。
因而Shine-Dalgarno序列将核糖体亚基传送至正确的AUG用于起始翻译。
3)然后起始因子开始催化蛋白质的合成。
原核生物中用三种起始因子IF1、IF2、IF3是必需的。
a.三元复合物(IF3-30S亚基-mRNA三元复合物形成。
b.30S前起始复合物(IF2-30S亚基-mRNA-fMet-tRNAMef复合物)形成,此步亦需要GTP和Mg2+参与。
c.70S起始复合物(70Sinitiationcomplex)形成。
50S亚基与上述的30S前起始复合物结合,同时IF2脱落,形成70S起始复合物,即30S亚基-mRNA-50S亚基-fMer-tRNAMet复合物。
此时fMet-tRNAMet占据着50S亚基的肽酰位(peptidylsite,简称为P位或给位),而50S的氨基酰(aminoacylsite,简称为A位或受位)暂为空位。
(4分)
3.肽链合成的延长
这一过程包括进位、肽键形成、脱落和移位等步骤。
肽链合成的延长需两种延长因子(Elongationfactor,简写为EF),分别称为EF-T和EF-G.此外尚需GTP供能加速翻译过程。
①进位
结合在mRNA上的fMet-tRNAiMet(或肽酰-tRNA)占着P位,新的氨酰-tRNA和EF-Tu及GTP形成的AA-tRNA·EF-Tu·GTP利用GTP水解的能量进入A位,并与mRNA上相应的密码子结合。
EF-Tu·GDP由EF-Ts协助再生成EF-Tu·GTP。
②成肽
50S亚基上肽酰转移酶催化P位的肽(氨)酰-tRNA把肽(或氨酰基)转给A位的AA-tRNA,并以肽键相连。
P位的氨基酸(或肽的C端氨基酸)的α-COOH基,与A位氨基酸的α-NH2形成肽链。
催化肽键形成的是23SrRNA的肽酰转移酶活性。
在A位上的tRNA负载着二肽酰基(或肽酰基),P位上成为无负载的tRNA脱落。
③转位
在EF-G协助下,由EF-G·GTP提供能量,核糖体构象改变,沿mRNA的5’→3’相对移动一个密码子距离,使下一个密码子定位于A位,原来处于A位上的肽酰tRNA转移到P位上,空出A位点。
再依次进位、形成肽键、脱落和移位循环返复,直到mRNA上的终止密码子进入A位,翻译终止。
肽链的延伸是从N端开始。
延长过程每重复一次,肽链延伸一个氨基酸残基,多次重复使肽链增长到必要的长度。
(4分)
4.肽链合成的终止(termination)
肽链合成的终止,需释放因子(releasingfactor,RF)参与。
原核生物的RF1识别UAA、UAG;RF2识别UAA、UGA,使肽链释放,核糖体解聚。
原核核糖体释放因子RF1、RF2、eRF1或RF3都有和延伸因子EF-GC端同源的保守基序,而EF-GC端的3个结构域又分别和tRNA的氨基酸柄、反密码子螺旋、T柄结构相似。
由于RF与tRNA结构相似,所以可通过tRNA的反密码子与终止密码子互作而识别终止密码子。
RF3、eRF3与EF-G的N端和EF-Tu相似,所以RF1/2-RF3复合物和EF-G或EF-Tu-GTP-氨酰tRNA
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