platon常用功能.docx
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platon常用功能.docx
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platon常用功能
platon常用功能
PLATON常用功能1---画图(ORTEP格式)
常用的有
Graphic里的ORTEP/ADP,点击此选项可以画出类似ORTEP要求的图片,但是比ORTEP-3用起来要方便的多
Incl-Hatoms 可以让你选择是否显示H原子
Probability让您选择椭球度(10%-90%)
ViewOptions让您选择程序认为的重叠最少的几个视角,如果还是遮挡,则用RotX,RotY,RotZ来调节
LablSize调节标号的大小
Decoration可以让土周围的那些字去掉(点一下您就知道了)
最后画完了,点击b&w-EPS-col,点击时,偏左即选择黑白,偏右即彩色
这时在您的数据所在的原文件夹中产生一个 .ps各式的文件,用photoshop等软件打开即可。
Platon常用功能2--计算晶体结构及结果的读取
计算起来比较方便,用calcall功能即可
结果保存在platon.lis或platon.lst文件中
1.27972.8318
Number 56 32 32 1 7 16
2.计算3元-24元环平面
搜索词:
Nr示例:
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Nr 1 P Q R S Sigref 0.003 Sigpln 0.006 Chisq 8.2 Pl.Hyp. P<5
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Ring 0.9488(6) -0.1535(17) -0.2760(17) 3.45
(2)#O(3) 0.003
(2)#N
(2) -0.003(3)#N(3) 0.005(4)#C(16) -0.005(4)
说明:
Nr1代表第一个环
#O(3) 0.003
(2)#N
(2) -0.003(3)#N(3) 0.005(4)#C(16)代表这个环(或者平面)是由O(3)N
(2)C(16)组成的
3.计算二面角:
搜索词:
Angles(Degrees)BetweenPlanes示例:
1,2= 75.1(3) 1,3= 1.95(19) 1,4= 3.6
(2) 1,5= 72.0
(2) 1,6= 8.62(14) 1,7= 57.37(17) 1,8= 61.32(19)
1,9= 86.15(17) 1,10= 52.05(18) 1,11= 34.29(19) 1,12= 1.95(15) 1,13= 19.0
(2) 1,14= 20.5
(2) 1,15= 39.6
(2)
1,16= 75.3
(2) 1,17= 14.2
(2) 1,18= 72.05(19) 2,3= 74.0(3) 2,4= 72.0(3) 2,5= 4.8(3) 2,6= 73.7
(2)
2,7= 69.6
(2) 2,8= 31.5(3) 2,9= 19.4
(2) 2,10= 58.4(3) 2,11= 80.4(3) 2,12= 73.5
(2) 2,13= 83.6(3)
说明:
1,2= 75.1(3)代表由环1、环2平面的二面角为75.1(3)度
4.计算平面Q,T值(每个原子偏离由该组原子构成平面的程度)
搜索词:
RingPuckeringAnalysis示例:
====================================================================================================================================
6-MemberedRing
(1) Cu
(1) --> O(3) --> C(21) --> C(16) --> C(15) --> N(3) -->------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
sp3 sp2 sp2 sp2 sp2
Dev.(Ang) -0.2468 0.1930 -0.0247 -0.0898 0.0361 0.1322
Cs(I)-Asym-Par(Deg) 9.47 17.77 27.11 9.47 17.77 27.11
C2(I)-Asym-Par(Deg) 41.03 38.18 32.23 41.03 38.18 32.23
RingBondAngle(Deg) 91.46 125.24 122.00 122.78 127.35 121.97
Tors(I-J)(Deg) 33.15 -26.30 1.64 4.54 12.84 -26.10
Cs(I-J)-Asym-Par (Deg) 38.44 28.94 35.98 38.44 28.94 35.98
C2(I-J)-Asym-Par (Deg) 7.92 31.08 26.11 7.92 31.08 26.11
RingBondDistance(Ang) 1.9005 1.3627 1.4050 1.4777 1.2575 2.0189
WeightedAverageRingBondDistance=1.5704(999,999)Ang.-NOTE:
1stesd.Internal,2ndesdExternal.
WeightedAverageAbs.TorsionAngl.= 17.43(41,528)Deg. see:
e.g.Domenicanoetal.,ActaCryst.(1975),B31,221-234.
Cremer&PoplePuckeringParameters
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Q
(2) = 0.2978Ang., Phi
(2) =191.7850Deg
Q(3) = -0.1922Ang.
:
:
C&P-PuckeringAnalysismaybeDUBIOUSsince%(BondDistanceRange/Average)= 48.5> 25.0%
PuckeringAmplitude(Q)= 0.3544Ang,Theta= 122.84Deg, Phi =191.7850Deg
说明:
该六元环由Cu
(1) --> O(3) --> C(21) --> C(16) --> C(15) --> N(3)组成
计算结果为PuckeringAmplitude(Q)= 0.3544Ang,Theta= 122.84Deg, Phi =191.7850Deg
但有时程序不能计算Puckering,如果计算的话就会给出数值。
5.pi-pi等弱相互作用
搜索词:
ShortRing-Interactions示例:
====================================================================================================================================
AnalysisofShortRing-InteractionswithCg-CgDistances< 6.0AngstromandBeta<60.0Deg.
====================================================================================================================================
-Cg(I) =PlanenumberI(=ringnumberin()above)
-Alpha =DihedralAnglebetweenPlanesIandJ(Deg)
-Beta =AngleCg(I)-->Cg(J)orCg(I)-->MevectorandnormaltoplaneI(Deg)
-Gamma =AngleCg(I)-->Cg(J)vectorandnormaltoplaneJ(Deg)
-Cg-Cg =DistancebetweenringCentroids(Ang.)
-CgI_Perp=PerpendiculardistanceofCg(I)onringJ(Ang.)
-CgJ_Perp=PerpendiculardistanceofCg(J)onringI(Ang.)
-Slippage=DistancebetweenCg(I)andPerpendicularProjectionofCg(J)onRingI(Ang).
-P,Q,R,S =J-PlaneParametersforCarth.Coord.(Xo,Yo,Zo)
Cg(I)Res(I) Cg(J) Cg-Cg TransformedJ-PlaneP,Q,R,S Alpha Beta GammaCgI_PerpCgJ_PerpSlippage
Cg
(1) ->Cg
(1) 4.282
(2) -0.94880.15350.2760 -0.0349 0.00 37.10 37.10 3.415 3.415 2.583
Cg
(1) ->Cg
(1) 4.299
(2) -0.94880.15350.2760 -6.9128 0.00 36.35 36.35 3.463 3.463 2.548
Cg
(1) ->Cg
(2) 5.489(3) -0.0914-0.47010.8779 -1.6886 75.12 51.28 56.49 3.030 3.433
Cg
(1) ->Cg
(2) 5.099(3) -0.0914-0.47010.8779 -2.3511 75.12 47.51 62.33 2.368 3.445
Cg
(1) ->Cg(3) 4.267
(2) -0.95280.11990.2790 -0.4655 1.95 37.13 38.43 3.342 3.402
Cg
(1) ->Cg(3) 5.939
(2) -0.95280.11990.2790 -7.3721 1.95 54.17 53.12 3.565 3.476
Cg
(1) ->Cg(4) 5.891
(2) -0.94620.09990.3079 -0.6473 3.58 55.13 55.82 3.309 3.367
Cg
(1) ->Cg(4) 4.357
(2) -0
里面的符号如Cg-Cg等在数据前面都有解释:
Cg-Cg环重心间的距离
CgI_Perp环I到环J的垂直距离
6.氢键作用分析
搜索词:
PotentialHydrogenBonds示例:
====================================================================================================================================
AnalysisofPotentialHydrogenBondsandSchemeswithd(D...A)
====================================================================================================================================
Note:
-ARUcodesin arewithreferencetotheCoordinatesprintedabove(Possiblytransformed,whenMOVE.NE.1.555)
====================================================================================================================================
NrTypResDonor---H....Acceptor D-H H...A D...A D-H...A A..H..A*A'..H..A"Sum(XY,YZ) Sum(XZ)
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
1Intra1O(3) --H(37) ..O(4) 0.91 2.24 2.6084 104
2 1O(3) --H(37) ..O(5) 0.91 2.11 2.9767 161' 85' 350.00
3Intra1O(6) --H(38) ..O(7) 0.89 2.18 2.6027 108
4 1O(6) --H(38) ..O(10) 0.89 2.09 2.9482 163' 88' 359.00
5 1O(5) --H(39) ..O
(1) 0.90 2.14 2.8616 137
6 1O(5) --H(39) ..O
(2) 0.90 2.24 3.0557 150' 72' 359.00
7 1O(5) --H(40) ..O(3) 0.89 2.40 2.9767 122
8 1O(5) --H(40) ..O(4) 0.89 2.12 2.9481 153' 70' 345.00
9 1O(10)--H(41) ..O(6) 0.89 2.52 2.9482 110
10 1O(10)--H(41) ..O(7) 0.89 2.08 2.9566 166' 68' 344.00
11 1O(10)--H(42) ..O(8) 0.90 2.21 2.9609 141
12 1O(10)--H(42) ..O(9) 0.90 2.20 2.9627 143' 72' 356.00
3>O(15)--H(44) ..?
0.90
13 1C
(1) --H
(1) ..N(7) 0.93 2.40 3.3012 163
14Intra1C(36)--H(36A)..O(3) 0.97 2.50 3.3334 144
15 1C(36)--H(36B)..O(11) 0.97 2.49 3.3706 151
TranslationofARU-codetoEquivalentPositionCode
===================================================
=2-x,-y,-z
=1-x,1-y,-z
=1-x,-y,-z
说明:
分析出分子内氢键(intra)和分子间氢键(标有对称性代码的如2755.01,对称操作见底部的注释:
=2-x,-y,-z)
需要指出,platon有时计算的值是错误的,最好用mercury检查一下,相差太大肯定就有问题。
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- 关 键 词:
- platon 常用 功能