福建农林大学分子生物学教案.docx
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福建农林大学分子生物学教案
教案
2005~2006学年第一学期
学院、系室 生命科学学院 生物技术系
课程名称 生物化学与分子生物学实验
专业、年级、班级 20XX级生物科学、生物技术
20XX级生物技术(专升本)
主讲教师 甘纯玑、李今煜、谢苗、沙莉
实验 酵母RNA的提取与分离
实验 大蒜细胞SOD的提取与分离
实验SDS-PAGEE电泳
实验凝胶排阻层析
实验 多糖的水解及水解物的薄层层析测定
实验菜花(花椰菜)中核酸的分离和鉴定
实验质粒DNA的提取及酶切
实验琼脂糖凝胶电泳检测DNA
实验PCR基因扩增
实验探针制备
实验Southern杂交
福建农林大学
教案编写说明
教案又称课时授课计划,是任课教师的教学实施方案。
任课教师应遵循专业教学计划制订的培养目标,以教学大纲为依据,在熟悉教材、了解学生的基础上,结合教学实践经验,提前编写设计好每门课程每个章、节或主题的全部教学活动。
教案可以按每堂课(指同一主题连续1~4节课)设计编写。
教案编写说明如下:
1、编号:
按施教的顺序标明序号。
2、教学课型表示所授课程的类型,请在理论课、实验课、习题课、实践课及其它栏内选择打“√”。
3、题目:
标明章、节或主题。
4、教学内容:
是授课的核心。
将授课的内容按逻辑层次,有序设计编排,必要时标以“*”、“#”“?
”符号分别表示重点、难点或疑点。
5、教学方式、手段既教学方法,如讲授、讨论、示教、指导等。
教学媒介指教科书、板书、多媒体、模型、标本、挂图、音像等教学工具。
6、讨论、思考题和作业:
提出若干问题以供讨论,或作为课后复习时思考,亦可要求学生作为作业来完成,以供考核之用。
7、参考书目:
列出参考书籍、有关资料。
8、日期的填写系指本堂课授课的时间。
福建农林大学教案
编号:
课时安排:
8学时
教学课型:
理论课√实验课□习题课□实践课□其它□
题目(教学章、节或主题):
理论讲授、学生预习实验、实验预习报告面批
教学目的要求(分掌握、熟悉、了解三个层次):
掌握实验准备的基本步骤
熟悉实验操作步骤
掌握实验中需要溶液的配制
熟悉实验内容
教学内容(注明:
*重点#难点?
疑点):
(*)实验室规则——→实验室安全及防护知识——→(*)实验预习、实验记录与实验报告——→实验室基本操作——→(#)缓冲溶液与pH测定——→生化实验室的基本设施与装备
教学方式、手段、媒介:
讲授
板书设计:
1.1实验室规则
1.2实验预习、实验记录与实验报告格式
1.3实验室安全及防护知识
1.4缓冲溶液与pH测定
1.5实验室基本操作
1.6生物化学与分子生物学实验室的基本设施介绍
讨论、思考题、作业:
预习下周安排的实验
参考书目:
杨安钢,毛积芳,药立波主编,生物化学与分子生物学实验技术,高等教育出版社,20XX年版
周先碗,胡晓倩编,生物化学仪器分析与实验技术,化学工业出版社,20XX年版
苏拔贤主编,生物化学制备技术,科学出版社,1994年
何忠效,张树政主编,电泳(第二版),科学出版社,1999年
张龙翔,张庭芳,李令媛主编,生化实验方法和技术(第二版),高等教育出版社,1997年
卢圣栋主编,现代分子生物学实验技术,高等教育出版社,1993年
教师姓名:
甘纯玑李今煜谢苗沙莉职称:
教授讲师讲师助教2005年11月05日
福建农林大学教案
编号:
课时安排:
8学时
教学课型:
理论课□实验课√习题课□实践课□其它□
题目(教学章、节或主题):
实验酵母RNA的提取与分离
教学目的要求(分掌握、熟悉、了解三个层次):
掌握冷冻离心机的使用
掌握缓冲液的配制
熟悉RNA的特性反应及苯酚-乙醇提取法
做好实验记录
教学内容(注明:
*重点#难点?
疑点):
原理
酵母细胞置于含有SDS的缓冲液中,加等体积的苯酚水溶液,通过激烈振荡一段时间,将RNA和蛋白质分开,然后离心分层,RNA溶于上层水溶液中,DNA和蛋白质在酚层,RNA可用乙醇沉淀析出。
步骤
1、取50g新鲜湿酶母或8g干酵母,加入50mlSDS一Tris缓冲液,再加入75m190%苯酚水溶液,在室温下激烈振荡1h,然后冷却至0~4℃,以下操作均在0~4℃进行。
2、上述提取液以4000r/min离心5min,分离出上层水相,加入1/10体积的乙酸钾溶液,再加入2倍体积的95%乙醇。
在一16℃左右放置使RNA沉淀析出。
此沉淀可在冰箱中(0-4℃)长期保存。
亦可将沉淀以4000r/min离心10min,取沉淀用少许35%乙醇、95%醇和无水乙醇各离心洗涤一次,然后将沉淀溶于少量1mmol/LNaCl溶液中,4℃保存备用(或真空干燥)。
3、RNA含量测定
教学方式、手段、媒介:
实验讲授、操作示范、指导
板书设计:
讨论、思考题、作业:
完成实验报告
参考书目:
杨安钢,毛积芳,药立波主编,生物化学与分子生物学实验技术,高等教育出版社,20XX年版
周先碗,胡晓倩编,生物化学仪器分析与实验技术,化学工业出版社,20XX年版
苏拔贤主编,生物化学制备技术,科学出版社,1994年
何忠效,张树政主编,电泳(第二版),科学出版社,1999年
张龙翔,张庭芳,李令媛主编,生化实验方法和技术(第二版),高等教育出版社,1997年
卢圣栋主编,现代分子生物学实验技术,高等教育出版社,1993年
教师姓名:
甘纯玑李今煜谢苗沙莉职称:
教授讲师讲师助教2005年月日
福建农林大学教案
编号:
课时安排:
8学时
教学课型:
理论课□实验课√习题课□实践课□其它□
题目(教学章、节或主题):
实验 大蒜细胞SOD的提取与分离
教学目的要求(分掌握、熟悉、了解三个层次):
掌握冷冻离心机的使用
掌握缓冲液的配制
掌握研磨等基本操作
熟悉SOD酶的一种提取法
做好实验记录
教学内容(注明:
*重点#难点?
疑点):
原理:
超氧化物歧化酶(SOD)是一种具有抗氧化、抗衰老、抗辐射和消炎作用的药用酶。
它可催化超氧负离子(O2-)进行歧化反应,生成氧和过氧化氢:
202-+H2=O2+H202。
大蒜蒜瓣和悬浮培养的大蒜细胞中含有较丰富的SOD,通过组织或细胞破碎后,可用pH7.8磷酸缓冲液提取。
由于SOD不溶于丙酮,可用丙酮将其沉淀析出。
步骤:
1、组织或细胞破碎
称取5g左右大蒜蒜瓣或大蒜细胞,置于研磨器中研磨,使组织或细胞破碎。
2、SOD的提取
将上述破碎的组织或细胞,加入2~3倍体积的0.05mol/L,pH7.8的磷酸缓冲液,继续研磨搅拌20min,使SOD充分溶解到缓冲液中,然后用离心机在5000r/min下,离心15min,弃沉淀,得提取液。
3、除杂蛋白
提取液加入0.25倍体积的氯仿-乙醇混合溶剂搅拌15min,5000r/min离心15min,去杂蛋白沉淀,得粗酶液。
4、SOD的沉淀分离
将上述粗酶液加入等体积的冷丙酮,搅拌15min,5000r/min离心15min,得SOD沉淀。
将SOD沉淀溶于0.05mol/L,pH7.8的磷酸缓冲液中,于55~60℃热处理15min,离心弃沉淀,得到SOD酶液。
将上述提取液、粗酶液和酶液分别取样,测定各自的SOD活力。
5、SOD活力测定
取3根小试管,按下表分别加进各种试剂和样品液。
试剂 空白管 对照管 样品管
碳酸缓冲液 5.0 5.0 5.0
EDTA溶液 0.5 0.5 0.5
蒸 馏 水 0.5 0.5 -
样 品 液 - - 0.5
混合均匀
肾上腺素液- .5 0.5
在加入肾上腺素前,充分摇匀并在30℃水浴中预热5min至恒温。
加入肾上腺素(空白管不加),继续保温反应2min,然后立即测定各管在480nm处的光密度。
对照管与样品管的光密度值分别为A和B。
在上述条件下,SOD抑制肾上腺素自氧化的50%所需的酶量定义为一个酶活力单位。
即:
酶活力(单位)= 2·(A-B)·N/A
式中 N——样品稀释倍数;
2——抑制肾上腺素自氧化50%的换算系数(100%/50%)。
若以每毫升样品液的单位数表示,则按下式计算
酶活力单位/ml=[2·(A-B)·N/A][V/V1]=26·(A-B)·N/A
式中 V——反应液体积(6.5ml);
V1——样品液体积(0.5ml)。
最后,根据提取液、粗酶液和酶液的酶活力和体积,计算纯化过程收率。
教学方式、手段、媒介:
实验讲授、操作示范、指导
板书设计:
讨论、思考题、作业:
完成实验报告
参考书目:
杨安钢,毛积芳,药立波主编,生物化学与分子生物学实验技术,高等教育出版社,20XX年版
周先碗,胡晓倩编,生物化学仪器分析与实验技术,化学工业出版社,20XX年版
苏拔贤主编,生物化学制备技术,科学出版社,1994年
何忠效,张树政主编,电泳(第二版),科学出版社,1999年
张龙翔,张庭芳,李令媛主编,生化实验方法和技术(第二版),高等教育出版社,1997年
卢圣栋主编,现代分子生物学实验技术,高等教育出版社,1993年
教师姓名:
甘纯玑李今煜谢苗沙莉职称:
教授讲师讲师助教2005年月日
福建农林大学教案
编号:
课时安排:
8学时
教学课型:
理论课□实验课√习题课□实践课□其它□
题目(教学章、节或主题):
实验SDS-PAGEE电泳
教学目的要求(分掌握、熟悉、了解三个层次):
掌握SDS-PAGE的操作
掌握电泳测定蛋白质分子量的方法
掌握凝胶电泳中各种试剂的作用
教学内容(注明:
*重点#难点?
疑点):
原理:
SDS与蛋白质结合后引起蛋白质构象的改变。
SDS-蛋白质复合物的流体力学和光学性质表明,它们在水溶液中的形状,近似于雪茄烟形状的长椭园棒,不同蛋白质的SDS复合物的短轴长度都一样(约为18Å,即1.8nm),而长轴则随蛋白质分子量成正比地变化。
这样的SDS-蛋白质复合物,在凝胶电泳中的迁移率,不再受蛋白质原有电荷和形状的影响,而只是椭园棒的长度也就是蛋白质分子量的函数。
由于SDS和巯基乙醇的作用,蛋白质完全变性和解聚,解离成亚基或单个肽链,因此测定的结果只是亚基或单条肽链的分子量。
操作过程:
1、准备步骤
1)将凝胶板依次用水、SDS、水、无水乙醇、水洗涤干净,然后使其自然风干或烘干。
2)试样格(梳子)临用前用无水乙醇擦拭,让其挥发至干。
3)灭菌枪头、eppendorf管。
2、制备凝胶
1)安装玻璃板、板条,并将玻璃板固定在电泳槽中,以5%琼脂封底。
2)配制10%的分离胶(20ml):
依次将8ml蒸馏水,6.7ml30%丙烯酰胺贮存液,5ml1.5mol/LTris(pH8.8)溶液,0.2ml10%SDS溶液,0.2ml10%过硫酸铵,0.008mlTEMED混合,立即灌胶。
3)迅速在两玻璃板间隙中灌注分离胶,直至剩余的板宽比梳子长度多1cm。
小心在胶上覆盖一薄层正丁醇。
4)在分离胶聚合的过程(约40分钟)中,配制5%的积层胶(8ml):
依次混合5.5ml蒸馏水,1.3ml30%丙烯酰胺贮存液,1.0ml1.0mol/LTris(pH6.8)溶液,0.08ml10%SDS溶液,0.08ml10%过硫酸铵,0.008TEMED。
TEMED应在灌胶前才加入。
5)分离胶聚合完全后,倒去正丁醇,用蒸馏水冲洗胶面数次,用滤纸吸干胶面上的残余水。
6)灌注积层胶,立即插入干净的梳子,避免产生气泡。
7)积层胶聚合完全后,小心拔出梳子,用移液器吸取电极缓冲液清洗加样孔数次,以除去未聚合的丙烯酰胺。
8)在上下电泳槽中加入足够的电泳缓冲液。
3、样品的制备
在蛋白溶液中加入等体积的2×样品溶解液,使蛋白的终浓度为3-4mg/ml,混合液在沸水浴中加热3分钟,冷却后即可上样。
4、上样
用微量进样器上样,每加入一种样品,应在下槽中洗涤加样器数次,最后在空白加样孔中加入等体积的SDS样品溶解液。
5、电泳
装好冷凝水系统,打开电源,初始电压为100-120V,当染料进入分离胶(这段时间约为20min)后,将电压提高到200-220V,继续电泳直至染料到达离凝胶底部1cm处。
6、后处理
1)固定:
从电泳装置上卸下玻璃板,用镊子小心撬开玻璃板,除去积层胶部分,将分离胶移入固定液(固定液的量至少为胶体积的5倍)中固定,直至染料由蓝绿色变为黄色。
2)染色:
除去固定液,加入染色液(用量同上),室温染色8小时或60℃染色2小时。
3)脱色:
回收染色液,将凝胶浸泡于脱色液中,直至背景脱至无色,其间更换脱色液3-4次。
结果
绘制蛋白图谱,并对其进行必要说明。
注意事项
N,N’-亚甲双丙烯酰胺为神经毒性物质,可经皮肤直接吸收,使用时应避免其直接接触皮肤,必要时应戴手套。
但其凝固后就变成无毒物质。
教学方式、手段、媒介:
实验讲授、操作示范、指导
板书设计:
讨论、思考题、作业:
完成实验报告
参考书目:
杨安钢,毛积芳,药立波主编,生物化学与分子生物学实验技术,高等教育出版社,20XX年版
周先碗,胡晓倩编,生物化学仪器分析与实验技术,化学工业出版社,20XX年版
苏拔贤主编,生物化学制备技术,科学出版社,1994年
何忠效,张树政主编,电泳(第二版),科学出版社,1999年
张龙翔,张庭芳,李令媛主编,生化实验方法和技术(第二版),高等教育出版社,1997年
卢圣栋主编,现代分子生物学实验技术,高等教育出版社,1993年
教师姓名:
甘纯玑李今煜谢苗沙莉职称:
教授讲师讲师助教2005年月日
福建农林大学教案
编号:
课时安排:
8学时
教学课型:
理论课□实验课√习题课□实践课□其它□
题目(教学章、节或主题):
实验凝胶排阻层析
教学目的要求(分掌握、熟悉、了解三个层次):
通过杂蛋白的分离,学习分子筛层析的基本原理及操作方法。
教学内容(注明:
*重点#难点?
疑点):
原理:
凝胶层析(gelchromatography)又称为凝胶排阻层析(gelexclusionchromatography)、分子筛层析(molecularsievechromatography)、凝胶过滤(gelfiltration)、凝胶渗透层析(gelpermeationchromatography)等。
它是以多孔性凝胶填料为固定相,按分子大小顺序分离样品中各个组分的液相色谱方法。
一个含有各种分子的样品溶液缓慢地流经凝胶色谱柱时,各分子在柱内同时进行着两种不同的运动:
垂直向下的移动和无定向的扩散运动。
大分子物质由于直径较大,不易进入凝胶颗粒的微孔,而只能分布颗粒之间,所以在洗脱时向下移动的速度较快。
小分子物质除了可在凝胶颗粒间隙中扩散外,还可以进入凝胶颗粒的微孔中,即进入凝胶相内,在向下移动的过程中,从一个凝胶内扩散到颗粒间隙后再进入另一凝胶颗粒,如此不断地进入和扩散,小分子物质的下移速度落后于大分子物质,从而使样品中分子大的先流出色谱柱,中等分子的后流出,分子最小的最后流出,这种现象叫分子筛效应。
具有多孔的凝胶就是分子筛。
各种分子筛的孔隙大小分布有一定范围,有最大极限和最小极限。
分子直径比凝胶最大孔隙直径大的,就会全部被排阻在凝胶颗粒之外,这种情况叫全排阻。
两种全排阻的分子即使大小不同,也不能有分离效果。
直径比凝胶最小孔直径小的分子能进入凝胶的全部孔隙。
如果两种分子都能全部进入凝胶孔隙,即使它们的大小有差别,也不会有好的分离效果。
因此,一定的分子筛有它一定的使用范围。
操作过程:
1.凝胶的预处理称取适量的凝胶加入过量的缓冲液在冰箱(或室温)中充分膨胀,或在沸水中煮,膨胀时间应根据不同型号的凝胶而定。
为使粒子均匀一致需进行浮选,即加入凝胶粒子后,轻轻搅拌,静置20min,倾去沉淀的粒子,如此反复数次即可。
2.装柱纯化蛋白质时,柱床体积应为样品体积的25~100倍。
柱太短,影响分离效果。
柱长一些,分离效果好,但柱太长,则延长分离时间,样品也稀释过度。
层析柱的内径也要选择适当。
内径过细,会发生“器壁效应”,即靠近管壁的流速要大于中心的流速影响分离效果。
所以层析柱的内径和高度应有一定的比例。
对于除盐来说应为1︰5~1︰25;对于纯化蛋白质来说应为1︰20~1︰100。
将层析用的基质(如吸附剂、树脂、凝胶等)在适当的溶剂或缓冲液中溶胀,并用适当浓度的酸(0.5N~1N)、碱(0.5N~1N)、盐(0.5M~1M)溶液洗涤处理,以除去其表面可能吸附的杂质。
然后用去离子水(或蒸馏水)洗涤干净并真空抽气(吸附剂等与溶液混合在一起),以除去其内部的气泡。
关闭层析柱出水口,并装入1/3柱高的缓冲液,并将处理好的吸附剂等缓慢地倒入柱中,使其沉降约3cm高。
打开出水口,控制适当流速,使吸附剂等均匀沉降,并不断加入吸附剂溶液。
注意不能干柱、分层,否则必须重新装柱。
最后使柱中基质表面平坦并在表面上留有2~3cm高的缓冲液,同时关闭出水口。
3.平衡
柱子装好后,要用所需的缓冲液(有一定的pH和离子强度)平衡柱子。
用恒流泵在恒定压力下走柱子(平衡与洗脱时的压力尽可能保持相同)。
平衡液体积一般为3~5倍柱床体积,以保证平衡后柱床体积稳定及基质充分平衡。
4.加样与洗脱
样品体积不宜过多,最好为床体积的1%~5%,最多不要超过10%。
样品浓度也不宜过大,浓度过大粘度大,分离效果差,一般不超过4%。
洗脱液应与膨胀一致,否则更换溶剂,凝胶体积会发生变化,影响分离效果。
洗脱液要有一定的离子强度和pH值。
分离血清蛋白常用0.02~0.1Mol/LpH6.9~8.0的PBS液(0.14Mol/LNaCl)和0.1Mol/LpH8.0Tris-HCl缓冲盐溶液(0.14Mol/LNaCl)。
5.洗脱液收集
由于检测系统的分辨率有限,洗脱峰不一定能代表一个纯净的组分。
因此,每管的收集量不能太多,一般1ml-5ml/管。
如果分离的物质性质很相近,可低至0.5ml/管。
这视具体情况而定。
在合并一个峰的各管溶液之前,还要进行鉴定。
教学方式、手段、媒介:
实验讲授、操作示范、指导
板书设计:
讨论、思考题、作业:
完成实验报告
参考书目:
杨安钢,毛积芳,药立波主编,生物化学与分子生物学实验技术,高等教育出版社,20XX年版
周先碗,胡晓倩编,生物化学仪器分析与实验技术,化学工业出版社,20XX年版
苏拔贤主编,生物化学制备技术,科学出版社,1994年
何忠效,张树政主编,电泳(第二版),科学出版社,1999年
张龙翔,张庭芳,李令媛主编,生化实验方法和技术(第二版),高等教育出版社,1997年
卢圣栋主编,现代分子生物学实验技术,高等教育出版社,1993年
教师姓名:
甘纯玑李今煜谢苗沙莉职称:
教授讲师讲师助教2005年月日
福建农林大学教案
编号:
课时安排:
8学时
教学课型:
理论课□实验课√习题课□实践课□其它□
题目(教学章、节或主题):
实验 多糖的水解及水解物的薄层层析测定
教学目的要求(分掌握、熟悉、了解三个层次):
通过氨基酸的分离,学习薄层层析法的基本原理及操作方法。
教学内容(注明:
*重点#难点?
疑点):
原理:
多糖是生物体的重要组成成分,是由各种糖单元组成的大分子化合物。
在酸或酶的作用下,最终可水解成单糖。
由于硅胶对各种单糖的吸附力不同,所以用硅胶制备的薄层层析板可以对单糖混合液进行分离。
操作过程:
(1)样品水解
取样品10mg,放入10ml胶木螺口离心管中,在冰水浴上冷却,加入0.1ml80%硫酸溶液,旋紧螺口盖,于室温下水解18h。
再于冷水浴中冷却,加入1.3ml蒸馏水,使硫酸的浓度为1mol/L,旋紧螺口盖,于沸水浴中加热水解5小时。
室温冷却,开管。
用稍过量的碳酸钙粉末中和,于4000转/min下离心沉淀5min。
移取200μl清液,置2ml离心管中,于离心真空干燥器中干燥2h,备用。
点样前加0.1ml蒸馏水,将干燥的样品溶解。
(2)点样
将样品分别点在经活化的薄层层析板上,点样量约20-30μl,分次滴加,使点扩散后的直径不超过3mm。
(3)展层
将点样后的薄层板置于密闭的薄层层析缸中,用新配制的展开剂,采用上行法展层,至展开剂距薄层板的上端约1cm时取出,用吹风机吹干。
(4)显色
采用苯胺-二苯胺-磷酸(2g二苯胺,加2ml苯胺,10ml85%磷酸,1ml浓盐酸,100ml丙酮,溶解后混匀)显色剂丙酮溶液喷雾法显色,然后于85℃烘箱中烘30分钟,各种糖即呈现出不同的颜色。
(5)结果计算
小心量出原点至溶剂前沿,以及各斑点中心的距离,计算出它们的Rf值。
根据标准糖的颜色和Rf值,鉴定出样品中糖的种类,并绘出层析图谱。
原点至斑点中心的距离
Rf=──────────────。
原点至展开剂前沿的距离
教学方式、手段、媒介:
实验讲授、操作示范、指导
板书设计:
讨论、思考题、作业:
完成实验报告
参考书目:
杨安钢,毛积芳,药立波主编,生物化学与分子生物学实验技术,高等教育出版社,20XX年版
周先碗,胡晓倩编,生物化学仪器分析与实验技术,化学工业出版社,20XX年版
苏拔贤主编,生物化学制备技术,科学出版社,1994年
何忠效,张树政主编,电泳(第二版),科学出版社,1999年
张龙翔,张庭芳,李令媛主编,生化实验方法和技术(第二版),高等教育出版社,1997年
卢圣栋主编,现代分子生物学实验技术,高等教育出版社,1993年
教师姓名:
李今煜谢苗沙莉职称:
讲师助教助教2004年月日
福建农林大学教案
编号:
课时安排:
8学时
教学课型:
理论课□实验课√习题课□实践课□其它□
题目(教学章、节或主题):
实验菜花(花椰菜)中核酸的分离和鉴定
教学目的要求(分掌握、熟悉、了解三个层次):
初步掌握从菜花中分离核酸的方法,和RNA、DNA的定性检定。
教学内容(注明:
*重点#难点?
疑点):
原理:
用冰冷的稀三氯醋酸或稀高氯酸溶液在低温下抽提菜花匀浆,以除去酸溶性小分子物质;再用有机溶剂,如乙醇、乙醚等抽提,去掉脂溶性的磷脂等物质。
最后用浓盐溶液(10%氯化钠溶液)和0.5mol/L高氯酸(70℃)分别提取DNA和RNA,再进行定性检定。
由于核糖和脱氧核糖有特殊的颜色反应,经显色后所呈现的颜色深浅在一定范围内和样品中所含的核糖和脱氧核糖的量成正比,因此可用定糖法来定性定量测定核酸。
1.核糖的测定:
测定核酸的常用方法是苔黑酚(即:
3,5-二羟甲苯)法(Orcinol反应)。
当含有核糖的RNA与浓盐酸及3,5-二
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