整理Popgene132中文手册.docx

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整理Popgene132中文手册

8.编制安全预评价报告

（3）建设项目对环境可能造成影响的分析、预测和评估。

（1）内涵资产定价法

（五）建设项目环境影响评价文件的审批

②既包括天然的自然环境，也包括人工改造后的自然环境。

（3）生产、储存烟花爆竹的建设项目；

（1）资质等级。

评价机构的环评资质分为甲、乙两个等级。

环评证书在全国范围内使用，有效期为4年。

价值=支付意愿=市场价格×消费量+消费者剩余

（3）生产、储存烟花爆竹的建设项目；

用户快速指导

POPGENE

版本1.32

1

一、POPGENE窗口概览

该软件由C++语言书写。

POPGENE窗口计算环境有两种类型：

Datadisplaywindows（数据显示窗

口）和Dialogboxes（对话框）.

其窗口菜单包含八部分：

File：

用于建立新的数据文件或打开存在的文件

Edit：

用于从其他窗口修改和复制文本

Search：

寻找或取代选择的文本

Co-Dominant:

用于通过用co-dominant标志去调用物种遗传分析

Dominant：

用于通过用dominant标志去调用物种遗传分析

Quantitative：

用于通过用量化特征去调用物种遗传分析

Window：

用于布置、选择和控制窗口分布

Help：

帮助，告诉你如何使用该软件

在菜单栏下面有工具栏，可以快速容易的使用窗口的特色部分。

底部有状态栏，它提供的信息包括光标位置和输入数据大小。

二、POPGENE计算程序窗口概览

POPGENE/Co-Dominant和Dominantmarkers两个对话框：

HaploidData

Analysis和DiploidDataAnalysis。

每个对话框里有3个等级的Hierarchical

Structure：

SinglePopulations,Groups和Multiplepopulations。

SingleLocus

和Multilocus遗传参数的评定通过选择一个或多个HierarchicalStructure核对

框实现的。

HAPLOIDDATAANALYSIS

GeneFrequency:

从原始数据中判断每个locus的基因频率

AlleleNumber:

计数非零频率等位基因的数量

2

EffectiveAlleleNumber:

评价彼此的结合性

PolymorphicLoci:

不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比

GeneDiversity：

判断Nei’s（1973）基因多样性

ShannonIndex:

判断Shannon信息指数，以此作为基因多样性的程度

HomogeneityTest:

构建双向相依表和进行（χ2）和相似率（G2）测试

F-Statistics:

为Groups或MultiplePopulations判断Nei’s（1973）GST，以及GST

和GCS

GeneFlow:

从GST或FST中的判断中来进一步判断基因流

GeneticDistance:

判断Nei’s（1972）遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗

传距离

Dendrogram:

用UPGMA做基于Nei’s遗传距离的树形图

NeutralityTest:

用Manly提出的算法，为临界稳定执行Ewens-Watterson测试

Two-locusLD:

判断loci和χ2测试之间的gameticdisequilibria

Brown:

计算观察的和预想的K的moments

Smouse:

编码常出现的等位基因为1，假的等位基因为0.判断平均内在关系

DIPLOIDDATAANALYSIS

GenotypicFrequency:

从针对co-dominantmarkers的原始数据中判断每个

locus的基因频率

HWTest:

在随机杂交的情况下，用Levence计算法则计算预想的遗传型频率，

并且执行基于Hardy-Weinberg平衡（χ2）和相似率（G2）的测试，仅限于

co-dominantmarkers

FixationIndex:

判断FIS作为异形接合体缺失或过多的判据

AlleleFrequency:

判断原始数据的基因频率

AlleleNumber:

计数非零频率等位基因的数量

EffectiveAlleleNumber:

评价彼此的结合性

PolymorphicLoci:

不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比

Obs.Homozygosity:

判断给定locus观察到杂合子的比例，仅对于co-dominant

markers

3

Exp.Homozygosity:

判断随即杂交的情况下，预想杂合子的比例，仅对于

co-dominantmarkers

ShannonIndex:

判断Shannon信息指数，以此作为基因多样性的程度

HomogeneityTest:

构建双向相依表和进行（χ2）和相似率（G2）测试，测试针对于

Groups或者MultiplePopulations

F-Statistics:

为Groups或MultiplePopulations判断F-statistics

GeneFlow:

从GST或FST中的判断中来进一步判断基因流

GeneticDistance:

判断Nei’s（1972）遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗

传距离

Dendrogram:

用UPGMA做基于Nei’s遗传距离的树形图

NeutralityTest:

用Manly提出的算法，为临界稳定执行Ewens-Watterson测试

Two-locusLD:

判断loci和χ2测试之间的gameticdisequilibria

Smouse:

编码常出现的等位基因为1，假的等位基因为0，他们的异形接合体为

1/2.判断平均内在关系

三、软件的使用

输入文件格式

输入文件应该由表头和数据两部分构成。

表头的格式应该是这样：

（1）用

/*...*/符号限定；

（2）populations的数量；（3）loci数量；（4）locus的名字。

数据开始为每个population的ID#和population的名字，这两个都是可

选项。

如果这两项没有给出的话，就应该在populations之间留下至少一个空白

行，该软件会自动给你产生population的ID。

如果这两项给出来的话，你的

population的ID#和population的名字之间必须是不重复的。

原始数据的格式很

自由，纵行之间可以带或不带1个或更多的空格，但他们之间不能有空行。

对于

haploids和dominantmarkers像RAPDs无值的位置要以“.“代替（也就是

说把出现或未出现等位基因的代表为一个点），对diploidsco-dominantmarkers

的用“..“。

下面给出三个例子。

头两个例子纵行之间有空格，第三个数据中是

4

空格和无空格的混合以说明数据输入的灵活性。

例1：

haploiddata的输入格式

/*Haploidnumericdataof3populationseachwith3records（gametes）&19loci

*/

Numberofpopulations=3

Numberofloci=19

locusname:

AAT-1AAT-2ACOADHAPHDIA-2DIA-3GDHG6HIDHMDH-1MDH-2MDH-3MDH-4

MEPGI

PGM6PG-16PG-2

ID=1

1112111121112111111

1112111121112111111

3113111121112111211

ID=2

1112111121113111111

1111111121116311111

1111111121133111111

ID=3

113231*********1111

1112311121112111111

113211*********1111

例2：

diploiddata,co-dominantmarker的输入格式

/*Diploidalphabeticdataof3populationseachwithvaryingrecords

（genotypes）&21loci*/

Numberofpopulations=3

5

Numberofloci=21

Locusname:

AAT-1AAT-2AAT-3ACOADHDIA-1DIA-3EST-2GDHG6PHA

IDHMDH-1MDH-2MDH-3MDH-4PEP-1PEP-2PGI-2PGMSPG-2

AAAAAAAAAAAAAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAABBBA3AAABBBAAAAAAAAAAAAAAAAAAABAAAA

AAAAAAAABCACAAABABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAABBCCAABBABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAABACAABBAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAABAA

AAAAAAABABACAAABABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

ABAAAAAABCACAAABABAAAAAAAAABAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAA

AAAAAAAAAABCAAABAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAABBCBCAABBABAAAAAAAAABAAAAAAAAAAACAA

AAAAAAABACABAABBBBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAABACAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAABCABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAA

AAAAAAABAAACAAABABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAAABBBBAAAAAAAAAAAAAAAAAAABAAAA