Clustalx 多重序列比对图解教程图解使用.docx
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Clustalx多重序列比对图解教程图解使用
Clustalx多重序列比对图解教程(ByRaindy)
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13559330,接头暗号:
您所擅长的生物学软件名称ﻫ软件简介:
ﻫCLUSTALX—是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。
ClustalX为进行多重序列与轮廓比对与分析结果提供一个整体的环境、ﻫ 序列将显示屏幕的窗口中。
采纳多色彩的模式能够在比对中加亮保守区的特征、窗口上面的下拉菜单可让您选择传统多重比对与轮廓比对需要的所有选项、
主要功能:
ﻫ您能够剪切、粘贴序列以更改比对的顺序;ﻫ 您能够选择序列子集进行比对;ﻫ 您能够选择比对的子排列(Sub—range)进行重新比对并可插入到原始比对中;ﻫ可执行比对质量分析,低分值片段或异常残基将以高亮显示。
ﻫ当前版本:
1、83ﻫPS:
假如您是新手或喜爱中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx 1、81版ﻫ 链接地址:
:
ist&ID=7435(请完整复制)ﻫ应用:
Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提
实例:
植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例ﻫ流程:
载入序列―>编辑序列―〉设置参数―〉完全比对―>比对结果
1、载入序列:
运行ClustalX,主界面窗口如下所图(图1),依次在程序上方的菜单栏选择“File”—“LoadSequence”载入待比对的序列,如图2所示,假如当前已载入序列,此时会提示是否替换现有序列(Replaceexistingsequences),依照具体情形选择操作。
ﻫ
图1ﻫ
图2ﻫ 2、编辑序列:
对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作,主要有Cutsequences(剪切序列)、Pastesequences(粘贴)、SelectAll sequences(选定所有序列),Clearsequence Selection(清除序列选定)、Searchfor string(搜索字串)、Remove Allgaps(移除序列空位)、RemoveGap-Only Columns(仅移除选定序列的空位)ﻫ
图3ﻫ 3、参数设置:
能够依照分析要求设置相对的比对参数、通常情况下,我们能够使用默认参数、比对参数主要有六个,分不是Reset NewGaps beforeAlignment(比对前重置新的空位参数),ResetAllGapsbeforeAlignment(比对前重置所有空位参数),PairwiseAlignmentParameters(两两序列比对参数),MultipleAlignmentParameters(多重序列比对参数),ProteinGapParameters(蛋白空位参数),Secondarystructure Parameters(二级结构参数),如图4所示:
图4ﻫ 修改参数只需点击相应标签,示例比对的是多序列比对,故可选择“MultipleAlignmentParameters”弹出参数设置窗口,如图5所示:
ﻫ
图5ﻫ4、完全比对:
返回菜单栏选择“pleteAlignment”标签,此时会弹出输出文件路径的设置窗口,设置GuideTreeFile(向导树或指导树文件)、AlignmentFile(比对文件)的保存位置(存放路径),点击“Align”按钮程序自动开始序列的完全比对,比对所需时间因序列文件大小与长度、计算机性能而异,如图6-8所示:
图6ﻫ
图7ﻫ
图8ﻫ当主界面的左下状态栏会提示“CLUSTAL—Alignment[]”时讲明比全完毕,这时文件保存位置的目录下会生成生成两个文件,分不是*、aln与*、dnd,aln是序列比对的文件,能够进一步用于构树系统发 育树,dnd是向导树文件(指导树),这两个文件能够用Windows系统中的“记事本”或第三方程序“UltraEdit”等打开,如:
ﻫ
图9 ALN文件ﻫ
图10dnd文件ﻫ 5、后续分析:
ﻫ 1)Clustalx比对生成的结果可读性不是太好,一般需要专业的序列着色软件处理,如Boxshade、ESPript,这两个工具都是在线进行,其中Boxshade图解教程详见本Blog日志。
ﻫBoxshade在线网址:
ﻫESPript在线网址:
ﻫ 2)转换ALN文件,进一步构建系统发育树,转换格式依不同软件而有所不同,如在PHYLIP分析前需要将ALN格式转换为PHY格式方可、、、
注意事项:
1)dnd是向导树文件,能够用TreeViews软件查看树图、注意:
向导树不是系统发育树,两者区不敬请关注近期—系统发育分析专题。
ﻫ2)多重比对文件推荐要求为规范的FASTA格式,文件扩展名不限,格式大致如下:
引用:
>RGDV_BAA02676ﻫMSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVN
〉RGDV_ABC75537ﻫMSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFCHLWVIMSFIAVFGRYYTVNﻫ〉RGDV_AAO64253
MSRQAWIETSALIERISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVNﻫ>RGDV_AAY14576
常见问题:
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