全国细菌耐药监测网上传数据标准V601.docx
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全国细菌耐药监测网上传数据标准V601.docx
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全国细菌耐药监测网上传数据标准V601
全国细菌耐药监测网信息系统
数据上报标准V6.0
2017年1月1日修订
全国细菌耐药监测网通过“全国细菌耐药监测网信息系统”收集所有成员单位的耐药监测数据,系统具备完善的数据筛选和容错处理功能,支持上传的数据文件格式为WHONET5.6软件所导出的通用数据文件格式,文件后缀无要求。
除此以外,系统还支持Excel表格,包括Excel2003以下版本生成的(*.xls)以及Excel2007/2010所生成的*.xlsx。
一、科室代码设置
监测网成员单位首次登录时须先使用【本院科室管理】功能,登记注册医院临床科室并将其映射至系统所要求的标准科室分类上,该映射关系可随着本院的科室变化随时进行调整(增加、删除、修改),调整之后不影响曾经上传过的文件,仅影响在调整时间点后上传的数据。
而各医院临床科室对应上报数据文件中的WARD字段保存的值,可以为本院临床科室名称或本院临床科室代码,取决于各院在WHONET中是如何管理的,或者是如何从LIS系统导出的。
完成医院科室设置后,在上传本院数据时,系统会自动将已经设置好的本院科室信息与系统标准的科室分类进行映射,并将映射结果直接写入DEPARTMENT字段,不影响WARD字段中上传的原始值,DEPARTMENT字段实际上可以不填写,甚至是整列都不存在。
建议在上报的数据文件中直接将DEPARTMENT字段设置成系统内置的标准科室代码(3位字符)。
二、数据文件各字段要求
1、来源ORIGIN
非必填字段,最长1个字符。
若填写,则其必须为“h”,若不填写,数据上传后系统会自动补充,若填写值不为“h”,系统将自动替换成“h”。
2、国家COUNTRY_A
非必填字段,最长3个字符。
若填写,则其必须为“CHN”,若未填写,数据上传后系统会自动补充。
3、医院INSTITUT
非必填字段,为国家卫生计生委统一分配的标准代码,标准6字符,前两位为国家标准省级代码(如北京为11,福建为35等),后4位为各省编码(从0001开始),例如福建省立医院为350001,若未填写,数据上传后系统自动补充已注册的医院标准代码,若填写则必须与本院的代码一致,否则系统会自动替换为正确代码。
在数据上传时此字段不建议填值。
4、实验室LABORATORY
非必填字段,最长3个字符。
系统不再将此作为医院标识,无具体格式要求,只要不超长,系统均可接受。
5、病历号PATIENT_ID
对于门诊病历号不要求必须填写,但是如果姓名字段也没有填写,则会导致系统无法接收该文件;对于住院病历号要求必须写,即不能为空,否则会导致整个数据文件系统无法接收,该字段最长15个字符。
6、姓氏LAST_NAME、名字FIRST_NAME、姓名FULL_NAME
在填写了病历号【PAITENT_ID】字段的前提下,系统不要求这三个字段必须填写,即可以为空;但是,如果没有填写病历号字段,则这三个字段必须至少填写一个,原则上系统根据FULL_NAME是否填写进行判断,如果未填写则系统可根据LAST_NAME和FIRST_NAME自动推算FULL_NAME的值。
请根据本院实际情况填写以上三个字段中的任意一个字段即可,如果考虑到本院病人隐私问题,可将病人姓名加密,只要不超长,系统依然可以正常接收。
以上三个字段的长度要求分别为:
LAST_NAME(30字)、FIRST_NAME(20字)、FULL_NAME(50字)。
7、性别SEX
必填字段,最长1个字,WHONET要求只能填写“f”或者“m”,系统提供了相关的容错处理机制,允许填写“男”和“女”,系统会自动将“男”替换成“m”,将“女”替换成“f”。
8、年龄字段AGE
必填字段,最长3个字符。
(1)不带任何后缀的1~3位整数或者2位数字+"y"后缀,代表年龄是按岁计算。
(2)2位数字+"d",代表年龄按天计算。
(3)2位数字+"w",代表年龄按周计算。
(4)2位数字+"m",代表年龄按月计算。
(5)空值或其他字符,系统默认是非法值,需补充修改后才能上报。
9、年龄类别PAT_TYPE
非必填字段,系统会根据年龄AGE自动生成,即使填写了该值,系统也会强制替换,因此,该字段可以不填,若要填写,长度必须为3位字符,且要符合系统的计算规则,具体计算规则如下:
(1)当AGE后缀为“d”,代表“天”时:
①<=28d,生成“new”,代表“新生儿”;
②>28d,生成“ped”,代表“儿童”;
(2)当AGE后缀为“w”,代表“周”时:
①<=4w,生成“new”,代表“新生儿”;
②>4w,生成“ped”,代表“儿童”;
(3)当AGE后缀为“m”,代表“月”时:
①0m,系统无法识别,需修正后才能上报;
②>=1m,生成“ped”,代表“儿童”;
(4)当AGE为纯数字,代表“岁”时:
①0或者0y,系统无法识别,需修正后才能上报;
②>=1或者>=1y并且<=14或者<=14y,生成“ped”,代表“儿童”;
③>=15或者>=15y并且<=65或者<=65y,生成“adu”,代表“成人”;
④>65或者>65y,生成“ger”,代表“老年”。
10、科室(送检科室)WARD
必填字段,最大长度为15字,中英文不限,此字段所填写的值应该对应为本院科室维护模块中所录入的信息,可以是本院科室代码或本院科室名称,而填写的值不在本院科室列表中时,系统会认为该值为非法值,需要修改之后再上传。
11、科室类别WARD_TYPE
非必填字段,最大长度为3个字。
如果不填写,系统不进行校验,如果填写,则必须与WHONET内置的代码要求一致,见附表1。
12、专业类别DEPARTMENT
填字段,最大长度为3个英文字符,此字段所填写的值,必须为系统所规定的标准专业类别代码,见附表2。
未在该附表中的值为非法值,无法通过系统校验。
系统提供了容错处理,可直接通过WARD字段自动推算此列的值。
13、标本类型英文代码SPEC_TYPE
必填字段。
最低校验通过率为100%,要求100%必填,不能为空白,否则将导致整个文件校验失败,系统拒绝接收。
系统只接受WHONET标准【标本字典】中的英文代码,见附表3。
意外情况:
如果本字段所填写值,与从【SPEC_CODE】字段所推算出来的值不匹配,会导致整个文件校验失败,并且被系统拒绝接收,必须改正之后才可以重新上传,且不仅仅是影响单列通过率的问题!
例如:
痰标本的英文代码为“sp”,数字代码应该对应为“3”,如果填写了其它数字代码,会导致整个文件校验失败,并且被系统拒绝接收,必须改正之后才可以重新上传!
14、标本类型数字代码SPEC_CODE
必填字段。
最低校验通过率为100%,要求100%必填,不能空,否则将导致整个文件校验失败,并且被系统拒绝接收。
校验规则如下:
系统只接WHONET标准【标本字典】中的数字代码,具体请参照或者下载《全国细菌耐药监测网信息系统数据上报标准》中的《附表3:
SPEC_TYPE与SPEC_CODE对照字典》中的【SPEC_CODE】列。
除此以外的值,均为非法值,如果有一项填写错误,将导致整个文件校验失败,并且被系统拒绝接收。
意外情况:
如果本字段所填写值,与从【SPEC_TYPE】字段所推算出来的值不匹配,则同样会导致整个文件校验失败,并且被系统拒绝接收,必须改正之后才可以重新上传。
例如:
痰标本的英文代码为“sp”,数字代码应该对应为“3”,如果填写了其他数字代码,会导致整个文件校验失败,并且被系统拒绝接收,必须改正之后才可以重新上传。
容错处理:
如果本字段未填写值,则系统会自动从【SPEC_TYPE】字段推算出本列的值,并且会给出警告提示,这不影响通过率,但这会影响高质量数据占比。
15、关于标本字段的其他规则
如果标本代码的确没有在系统所给出的字典库中列中,可以将SPEC_TYPE填写为“ot”,将SPEC_CODE填写为“89”,代表“其它”。
如果出现了SPEC_TYPE与SPEC_CODE两者都填写了值,但两值并不匹配的情况,例如:
痰标本的英文代码为“sp”,数字代码应该对应为“3”,如果填写了其他数字代码,系统会给出提示,要求修正不匹配的数据后再次上传。
超出附表(3)内的标本类型系统视为非法值,需修正后才能上报数据。
另外,当标本类型为质控标本(即SPEC_TYPE为qc并且SPEC_CODE为75,或者SPEC_TYPE为ex并且SPEC_CODE为99)时系统会忽略这些数据,给出提示并自动忽略该条数据。
14、标本编号SPEC_NUM字段
填字段,最大长度15字。
15、检验结果(细菌)ORGANISM
填字段,标准3位英文字符代码,此代码为WHONET5.6标准细菌代码;系统仅接收革兰阳性菌与革兰阴性菌,见附表(4),不接受真菌、支原体、厌氧菌和分枝杆菌等。
当发现在附表(4)所规定的标准代码外的数据时,系统会给出提示并自动忽略该条数据。
16、细菌类别ORG_TYPE
系统仅接受革兰阳性菌代码“+”和革兰阴性菌代码“-”,最大允许1字符,此字段可不填写。
当系统发现未填写时会自动根据ORGANISM字段的值推导出来,当系统发现本字段中填写的值与系统所推导的合法值不匹配时,会自动将其替换成合法值。
17、β-内酰胺酶BETA_LACT
非必填字段,1字符,且值仅能为“+”或“-”,若填写为“n”“ne”“neg”“negative”或者中文全角“-”,系统会自动将其修正为半角英文“-”,若填写为“p”“po”“pos”“positive”或者中文全角“+”,系统会自动将其修正为半角英文“+”。
18、超广谱β-内酰胺酶ESBL
规则同上。
19、耐甲氧西林葡萄球菌检测试验MRSA_SCRN
规则同上。
20、诱导型克林霉素耐药试验INDUC_CLI
规则同上。
21、霍奇试验HODGE
非必填字段,规则同上。
22、碳青酶烯酶CARBAPENEM
规则同上。
23、送检日期(标本日期)SPEC_DATE
必填字段,最低校验通过率为100%。
所填写的日期范围为:
上报数据季度的上一个月的1号至该季度末的最后一天,例如:
上报的数据是2014年第二季度的数据,则该字段可接受的日期范围为(2014年3月1日到6月30日),四个月的时间比该季度的日期范围(2014年4月1日到6月30日)向前放宽了一个月。
系统只接收特定的日期格式,例如日期2014年11月5日可以有如的表示方式:
20141105(如果没有分隔符,那么长度必须为8位);
20141105或者2014115(中间是由半角空格分隔);
2014-11-05或者2014-11-5(中间是由半角中横线分隔);
2014/11/05或者2014/11/5(中间是左斜线分隔);
2014年11月05日或者2014年11月5日(中文的年月日分隔);
Nov052014,其中Nov为英文11月的简写;
Nov-05-2014,其中Nov为英文11月的简写;
Nov/05/2014,其中Nov为英文11月的简写;
05Nov2014,其中Nov为英文11月的简写;
05-Nov-2014,其中Nov为英文11月的简写;
05/Nov/2014,其中Nov为英文11月的简写;
201405Nov,其中Nov为英文11月的简写;
2014-05-Nov,其中Nov为英文11月的简写;
2014/05/Nov,其中Nov为英文11月的简写;
2014Nov05,其中Nov为英文11月的简写;
2014-Nov-05,其中Nov为英文11月的简写;
2014/Nov/05,其中Nov为英文11月的简写。
错误的日期格式举例:
2014115中间没有任何分隔符,并且长度不为8位,或使用\作分隔符,系统将无法识别。
英文月份的简写请参照下表:
月份
英文代码
月份
英文代码
1
Jan
7
Jul
2
Feb
8
Aug
3
Mar
9
Sep
4
Apr
10
Oct
5
May
11
Nov
6
Jun
12
Dec
24、报告日期(数据录入日期)DATE_DATA
非必填字段,规则同上。
25、抗生素
所有抗生素代码采用Whonet5.6标准代码。
抗生素代码见附表(5)。
(1)纸片法(K-b法):
填写结果只能为6至80之间的整数,否则视为填写错误,系统会将该值忽略,这会影响该列的通过率。
对应的字段名应为:
抗生素英文代码+“_ND”+抗生素含量,例如:
AMK_ND30、AMX_ND25。
切记:
不能为(S、I、R)、不能有小数、不能带任何符号(.><=等等)。
(2)MIC法:
对于除高浓度庆大霉素和高浓度链霉素以外的MIC法字段,系统要求只能为小数或者1,2,4,8,16,32,64,128,256,512,不在这些数字范围内的,均为非法值。
可以有前导【>、<、=】符号。
合法情况举例:
等于纯整数数字或者小数数字:
4,4.0;大于或者大于等于上述两类数字:
>4,>=4,>4.0,>=4.0;小于或者小于等于上述两类数字:
<4,<=4,<4.0,<=4.0;对应的字段名应为:
抗生素英文代码+“_NM”;例如:
AMK_NM、AMX_NM;不能为(S、I、R)不能为非2的平方数,如6,7,99,100等。
(3)MIC法特殊字段-【GEH_NM】高浓度庆大霉素的填写规则:
以下特殊规则将直接替代普通MIC法的校验规则,具体如下:
①仅允许出现如下值:
250,256,500,512,513,1000,1024,1025,不在这些数字范围内的,均为非法值,影响通过率;
②可以有前导【>、<、=】符号;
③如果填写了【SYN-S】,系统将自动替换为【<=500】;
④如果填写了【SYN-R】,则将自动替换为【>=1000】。
(4)MIC法特殊字段-【STH_NM】,高浓度链霉素的填写规则:
以下特殊规则直接替代普通MIC法的校验规则,具体如下:
①仅允许出现如下值:
500,512,1000,1024,2000,2048,2049,不在这些数字范围内的,均视为非法值;
②可以有前导【>、<、=】符号;
③如果填写了【SYN-S】,系统将自动替换为【<=1000】;
④如果填写了【SYN-R】则将自动替换为【>=2000】。
(5)MIC法特殊字段-【SXT_NM】复方新诺明的填写规则:
该结果上传后系统自动将数据为320的字符替换为16,160替换为8,80替换为4,40替换为2,20替换为1,10替换为0.5,其余字符保持原始数据。
系统会将数据中出现的一些特殊字符替换为合法字符,具体如下:
①全角“≧”或“≥”将替换为半角“>=”
②全角“≦”、“≤”将替换为半角“<=”
③全角“>”将替换为半角“>”
④全角“<”将替换为半角“<”
⑤全角“=”将替换为半角“=”
⑥全角“.”与“。
”将替换为半角“.”
在数据中若出现未在附表(5)中的其他抗生素字段,系统会自动忽略该字段的数据,不予保存。
本系统目前抗菌药物敏感性执行标准为CLSIM100-S23,上传数据如果有未达到该折点标准的数据,系统会将该组数据中的未达到CLSIM100-S23标准的抗生素结果忽略。
如某一抗生素,CLSIM100-S23折点为S:
<=2,I:
4-8,R:
>=16,测定结果为<=8,这样的数据系统无法判断是敏感还是中介,系统在统计时会自动将该组数据中的这个抗生素结果忽略,不予统计。
2014年版细菌耐药监测信息系统具备强大的数据容错处理功能,能将上传的不合格数据自动修正或删除,处理为合格的数据文件,同时具备一定的学习功能,用户可以下载经容错处理后的数据,发现并纠正错误,不断改进,提高数据质量,同时可将修正后数据用于本机构细菌耐药监测统计分析。
附表1:
WARD_TYPE字典
代码
含义
out
门诊病人
in
住院病人
inx
住院病人(非-ICD)
icu
重症监护病房
int
过度监护病房
eme
急诊
nur
家庭护理
com
社区
hos
其它医院
lab
实验室
aba
Abattoir(屠宰场)
vet
Veterinaryclinic(兽医诊所)
far
Farm(农场)
fie
Field(野外)
sto
Store/Market(商店/超市)
res
Restaurant(饭店)
zoo
Zoo(动物园)
mix
混合
unk
未知(不明来源)
oth
其他
附表2:
系统内置标准科室分类字典
代码
名称
代码
名称
neu
神经内科
obg
妇产科
car
心内科
ped
儿科
res
呼吸内科
pes
小儿外科
dis
消化内科
neo
新生儿科
end
内分泌内科
oph
眼科
hem
血液内科
oto
耳鼻咽喉科
nep
肾脏内科
sto
口腔科
ger
老年病内科
der
皮肤性病科
rhe
风湿免疫科
inf
感染疾病科
med
(大)内科
chi
中医科
oim
其它内科
rad
放射治疗科
sur
外科
onc
肿瘤科
ort
骨科
eme
急诊科
urs
泌尿外科
out
门诊科
ces
胸外科
icu
重症医学科
cas
心脏外科
rcu
呼吸监护室
bus
整形烧伤外科
ccu
心脏监护室
nes
神经外科
ecu
急诊监护室
vas
介入血管外科
reh
康复医学科
ots
其它外科
oth
其它
附表3:
SPEC_TYPE与SPEC_CODE对照字典
名 称
SPEC_CODE数字代码
SPEC_TYPE英文代码
名 称
SPEC_CODE
数字代码
SPEC_TYPE
英文代码
鼻腔拭子
1
no
水
96
wa
咽拭子
2
th
食物
97
fo
痰
3
sp
不明标本
98
un
支气管分泌物
4
br
质控
99
qc
耳部标本
5
ea
头发
100
hr
眼分泌物
6
ey
指甲
101
nl
口腔拭子
7
mo
鼻咽拭子
102
np
皮肤拭子
8
sk
足拭子
103
ft
关节拭子
9
jt
尸检标本
104
au
导尿管尿
10
uc
异物
105
fb
尿液
11
ur
胎粪
106
mc
血液
12
bl
子宫内避孕器
107
iu
脑脊液
13
sf
前段尿
108
fv
肺穿刺液
14
lu
脐部拭子
109
us
腹水
15
ab
隔离标本
110
is
胃液
16
ga
腹部脓肿
111
ad
排泄物
17
dr
烧伤标本
112
bs
液体
18
fl
永久导管
113
cp
胆汁
19
bi
角膜标本
114
cr
伤口拭子
21
wd
脓胸
115
ee
外科手术伤口拭子
22
sw
胸膜脓肿
116
ep
脓肿
23
as
硬膜下脓肿
117
es
脓液
24
ps
人工心脏瓣膜
118
hp
羊水
25
am
小支气管肺泡灌洗液
119
mb
气管插管
26
tr
起博器
120
pm
窦道拭子
27
si
胰腺标本
121
pn
棉签
28
sb
心包积液
122
pd
吸气管
29
at
导管尖端
123
cs
无菌体液
30
fn
人工骨
124
pb
器官
31
og
人工分流管
125
sh
宫颈拭子
32
cx
人工血管
126
pv
脐带标本
33
um
保护性导管刷
127
pc
阴道拭子
34
va
扁桃体穿刺液
128
tn
活检组织
35
bx
褥疮溃疡
129
ud
组织
36
ti
非导管尿
130
uz
脑部组织
37
bn
肾穿刺尿
131
uo
心脏标本
38
he
未知来源尿
132
uu
心脏瓣膜
39
hv
扁桃体脓肿
133
pt
肝脏穿刺液
40
li
牙龈脓肿
134
de
粪便
41
st
肛周脓肿
135
ac
直肠拭子
42
re
皮肤脓肿
136
ak
肌肉标本
43
mu
阑尾
137
ap
手部拭子
44
ha
外周导管
138
ch
手臂拭子
45
ar
培养基
140
cm
腋窝拭子
46
ax
前庭大腺囊肿
141
cb
结膜拭子
47
co
引流液
142
dn
中耳拭子
48
em
心内膜
143
ec
外耳拭子
49
eo
附睾标本
144
ed
瘘管
50
fi
会厌拭子
145
eg
生殖器拭子
51
gn
食管拭子
146
eh
男性外生殖器拭子
52
gm
输卵管
147
fa
女性外生殖器拭子
53
gf
疖
148
fu
胎盘组织
54
pl
胆囊标本
149
gb
乳房穿刺液
55
bt
髋关节标本
150
hi
乳汁
56
mi
髋关节液
151
hf
精液
57
sm
昆虫
152
it
尿道拭子
58
ue
关节腔积液
153
jf
清洁中段尿
59
cv
膝盖拭子
154
kn
分泌物
60
se
膝关节液
155
kf
骨组织
61
bo
喉拭子
156
lx
骨髓
62
bm
唇拭子
157
lp
支气管肺泡灌洗液
63
ba
恶露
158
lo
胸水
64
pf
卵巢组织
159
ov
下呼吸道标本
65
rl
阴茎拭子
160
pe
上呼吸道标本
66
ru
阴茎分泌物
161
pg
气管抽出液
67
ta
会阴拭子
162
pi
外部溃疡标本
68
ux
血浆
163
pa
内部溃疡标本
69
ui
前列腺组织
164
po
筛选标本
70
sc
前列腺液
165
pu
筛选MRSA标本
71
mr
直肠子宫陷凹穿刺液
166
rc
筛选VRE标本
72
vr
检测寄生虫用透明胶带
167
tp
科研标本
73
rs
血清
168
sr
实验室标本
74
la
分流液
169
su
外部质控
75
ex
脾组织
170
sl
呼吸道标本
76
rp
抗酸染色痰
171
sa
溃疡标本
77
ul
诱导痰
172
in
膀胱尿
78
ub
吞线试验检测寄生虫
173
sg
肾脏尿
79
uk
睾丸穿刺液
174
te
耻骨弓上穿刺尿
80
ua
牙齿
175
to
肾脏标本
81
ki
蠕虫
176
wo
子宫拭子
82
ut
胸
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