基于高通量测序的基因序列分析软件.docx
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基于高通量测序的基因序列分析软件
基于高通量测序的基因序列分析软件使用说明
第一章简介
本软件是一款综合性的基因序列分析软件,界面友好、操作简单,能够快速方便的获取、贮藏
和分析基因序列,并通过数据库查询获得的序列相关信息。
本软件兼容性很强,能把几乎所有文本文件打开作为序列。
当程序不能辨别序列的格式时(通
过寻找常用序列格式的特征),会显示这个文件的文本形式,以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序
列,编辑后可以再被载入程序。
此外,本软件在一个项目中可以加入几千个序列或引物,并在整个项目中分析这些序列及标题,每个序列或引物都会自动添加文本标题。
第二章文件菜单
1•保存文件
保存PSG文件一允许用户保存序列文件的不同的亚组,依据不同的选项设置选定。
2.查看菜单
允许用户选定哪种类型的信息用于生成序列列表。
如果方案包含超过700个序列,用于展示序
列列表的列表框容量将过载。
为了避免这些,序列列表的每一行被修短以容纳当前方案中的所有序
列。
基于高通盘滴序的基因序列分析软杵
File
yie^SortingQuwtomi铮Ref馆肉
Ce:
Ril
Fri
Frv
Oui
Oui
In(
SequenceDdaw*Header,1.Line
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Header,4.Line
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亡itias亡rasper^iilus,,
2homolog;3Chizas.*
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membraneproteinporin.,m亡iubraneproteinpotin・*
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Htif1^s&c匚hanoitYU己凸cerevisia&
Advanced
HeaderSection*
Preference!
3.加工菜单
C00005-P.
C00007-F.
COCOlO-F.
C00010-R,
C00013-F.
C00013-R.coccie-F.C00016-R.coooi0-r.
MainDisplavLineTvpe
DefineSubstituteLineCriteria
DefineRemoveWordsCriteria
SelectDptimisalionMethod匚
00060009
0015
0016□019
0020
0025
0026
0027
0031
0D32
0035
0337
TOTAL=31LUSTED=16UNIQUE三14NOTSHOWN:
Noinfo5QuUiderange1
FileViewSortPtocesf卜-「》
140sriba
NormalDi^plap
C匚aaO22-R.
1
1
1
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40sribosomalptotemsi!
:
CellularserineproteinastGe^h7protein-grassmiltIggfcbindingprotein[ho
NormalDhpla*Number$First
7Nufriber$
Nane-Numbers,TvbDebmited,NamesFirst►
Name-Numbers,TDelimited.Name?
Last►
Percent,Prcject
Percent,SortedList
InorganicphosphatetransporterphoS7〉gi|2・++0x£2[sacchatouiYcescetevi3iae]
Rev亡unutranscriptase,tnaseh[glcmecellaCi«++Pibosomalpcotein122homolog[schizod^■■Sensorykinase[erwiniacacDtovotasub3・.*Subtilisln^likesetliieproteaa&[podospota,T*TraiLScriptioninitiationfactot:
tfiid(tati...Fructose-bisphosphat-ealdolase>gi1682321pir...Outermitochondri&lmemtiraneproteinparin*-*
5&-14
C00016-F*
oc
3e-26
C0D016-R+
DC
0.002
C0D004-n+
OC
5e-29
CDD0D7-F.
oc
0.005
cooooa-p.
M
2e-5
C0a005-F¥
DC
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caaai-5-R.
OC
4e-14
coaoio-F.
OC
Le-S3
匚aaai3-R.
OC
C
1
1
1wl
1
4.一般设置
从下拉列表中选择的期望终止值被用于程序的每个部分以区别重要的和不重要的blast比
对。
选定的值被用于所有的blast程序选择。
若用户希望使用不同的终止值用于blastn比对,
用户必须改变优先选择表中的值。
5.截短行
通过选择选项2(onlyUIDremnants)或选项3(UIDremnantsandnameoftheorganism)行的右端移除这些残余部分。
基于髙通盘测序的基因序列分析软件F
GeneralSettingsUniqueIdentifier|HideLines|RemoveWords|
Uniqueidentifieroptions
「Di$ptayoriginalheadersectionlinesf**I」seoriginalheadersectionlines
「Placeuniqueidentifierinfornnationatendo'fline
厂’Removeuniqueidentifierinformationfromline
Right-huficalelineoptions
hubiiitsgsb・・LLtiibtKsbiaaaaujjjj.i■■■i.LhiihLBbiissBaaad4J4J4 f*;Donot.dqhItruncateIirie 广Removeremnantsoltheuniqueidentifi砂 「Removeremnantsofuniqueidenkilierandorganismname ClearFormatSetFormat 6.隐藏行 基于离通蜀测序的基因住列分析软件 GeneralSettings|UniqueIdentifier WordsidentifyinglowihfDonationlines [hypothetical |unknowr| HideLines|ReinoYeWords| Thisoptionallotsyoutoimproveth巳informationdisplayedinthelist Iftheheaderlinetobedisplayedincludesoneofthewordsinthetistthenextlineoftheselectedheadersection円ill: b&displayedinstead Tiyforexampleunknown,hypothetical,,predicted CleaFormatSeiFamatI 7.移除行 输入“()”强迫移除括号中的关键词。 “<-: ”暗示: 若在行的前15字符找到“: ”,行是被 左截短的。 选项对于“,”同样适用。 基于岛通吐测序的基因序列分析软件 GenerafSettings1UniqueIdentifier|HideLinesRemoveWords Thisoptionallowsyoutoimprovealphabeticalsortingofthelist WordsorsinglechafactersincludedinthetwoH$tsareremovedifth刖appearatthebeginningdaline. (]removewordifinbrackets< 'left-truncatelineatfirst*+' CleatFormat SetFofmatI 第三章基本操作 1.序列名称 当一个方案包含几千个序列时,本软件可以使用户功能展示序列中展示序列文本标题的一个选 择的行(行1—5是指定的引导部分)。 使用View选项获得菜单结构,显示如下。 (1)序列名批编辑 C00022-F.40SRIBOSOMALPROTEINS3>gi1120390- MddescriptionlistforseciuenceCOiS^layer-likeprotein[Thermusaquat: GLUCOSE-REPRESSIBLEGENEPROTEIN>g: ENOLASE(2-PHOSPHOGLYCERATEDEHYDRAFENOLASE(2-PH05PH0GLYCEPATEDEHYDFA'h&at;shockptrot&in70[TrichophytonrithDNAhelicasi ChangeFileNames FileNameChars.(— |WF—P0S'==> Pos.<==I No.Chars.: 2 Replace® Insertafter0 FileExtensionChars,(— Pos.―>| Pos.<==I No.Chars.: ReplaceCInsertafter0Increment厂 OriginalnamesNewnames pLCOOODS-f'匕|1~CWWF08-RSEQ Renamingiscomplete.Click'Apply'toimplementthenewnames. Close| Clear| Reset| Apply RenameI 专.—』・•! ・■Wi.―丄■二 (2)序列名批创建 ConstructRenamingTemplate Countercontrols I7l[7[7|7 clw000l8T-F^BsFeq Charactersfornametemplate Newnames 1.CW0008-F.SEQ Originalnames (1.C00008-R[5 Renamingcomplete. Close| Clear Reset Apply ? Renamel| %■ (3)单个文件名的手动编辑 DirectorvToo|$ File File/Foldername D04A01.abd DOUOl.deta D04A01.Fasta D04A01.gep_qscore.fdsto D04A01.qscore.fasta D04A02.abd D04A02fa^ta D04A02qscore,fasta D04A03.abd DOIADldata D04A03.fasta D04A03.gap_q$core.fasta D04A03.qscore.fasla D04A04.abd D04A04.Fasta D04A04gap_qs Manualeditfilename: File/Folderextension ModifySTART nDfrectronofMod ModifyEND D0^AC2.g^p_qscore.f叙』 AocepHl Delete BatchMode Characterstoadd/remove: Progress; Right-clicktextbowboacceptchangesortocancel. eadOdu Exit Remove Add 2.打开序列方案 _基于离趙嶽测序的基因序列分析软怦£iis NewPoteet EcftProteinSearchAnal^siisHeaderProjectPreference? LaunchUtilities且创p OpenPiOfecl. ConvertProjectType Newfnstarrce... CrealeEmptyFileAddFiesTcProject,, Okl+E 匚lx®CurertFile Chi*Q DeleltCultentFile CttltD Save... DiJ+S PrirteiSetup... Print-, 饲+P MailCunerrtSequines,., ExpalFoi(Mt$ ATGTG ACC7\A CAAAT GAAGGGGATT AATTT e: \! fungtE\ies...edfr\c0032G-me: \H1ngus\e5...edfr\c0031S-mprlfr^rnn^A^-m DNASequence! Ctrl+N ProteinSequonces... SequenceDesign PrimerD&sign TCATGTATCA GTTTGCTMT AC7VAGATCTT AGTCTGCAATAAAAGGGCGA GCGAAAACM GAAATCATCCCTTCGATGTTACTAGTTTCC GTATTGAGGG CGATCCCTTT GTTCT7UVACAACCAGGCCTTATTTTCGGGAAA TAGTCATGCC AACTTCTAGG .AATTGG7VAGC ATA7UYATCTAGATTCTTCAAATTTTTGAAT CAGGCCTGGT ATTAAAGTTA 2||? |LocdBla$tN 1Fomat : File1oH N |t0029^M. lihAii> 00.J2 Backup: ilerval=10DNAT'3: format 3.密码子使用表 F表包含三个域,显示当前序列的密码子使用、主要密码子表和当前序列的序列数据。 華于•高通肚测序的基丙序列分析软件 -inn Fil&CurrentMainBuildInkPreference®Help Codon倨自孚』currentMaincodontableSequencedata The口匸oteinsequencelacksastartcodanandmay匸epresenttheC-terainaiof&protein* Proteinsequence: 1FLAIVKFDIFYHKVTPEDVGLSIGRYPKSPPRKFVLKLADPRYIKQLNEF 51NPST* DNAsequence: Name: C00008-f** Length: 165basepairs Basecomposition: Number Percent A: 58 35,2% C; 33 20*0% 1UA** CodonfrequencyincodonusagetableAna$pcut 使用主要的密码子使用表来逆向翻译蛋白质序列,以设计 PCR引物。 I基于AiSA测* 宇的基IS序列分析软件1 FilsCurrent Main BuildInfoP(TerencesHeip Frequency,AmtncAcid$F2 °%”Percentage,AminoAcidsF3 Ala: Fiequency”PtoteinPercentage,Protein F4 F5 Asn: ART Asp: GAT Cys: TotalNumberOfCodonsFG Glu: GAA Gly: GGT 7PreferredCodons F7 His: AvoidedCodonsF8 Leu: TTA Lys: AAA Met: ATGPhe: ITT Pro: CCT Ser: TCT Thr: ACATrp: TGG Tyr: TAG Vai: GTT End: TAA Thirdpos: G=13. 6焉C=24.3%A=33.0% T=29.l^s codontable * Sequencedata Ana$pcut Totalcodorrs: 33,894 中。 在用户可以减少 允许用户为当前蛋白质序列增加或减少密码子使用数据到主密码子使用表密码子使用数据之前务必显示和翻译想要移除的序列。 Codonfrequency(ortranslatedfegionofsequenceC00008-F.Frame2 4.逆向翻译氨基酸序列 1x1 在回复翻译一个蛋白质序列之前,必须从文件菜单中选择密码子格式来装载密码子使用表。 基于鬲轴址测序的基因序列分析软件 FileCurrentMainBuildInfoPrefersnc: 虫 Theproteinsequence丄aclcsastartcodonandmayrepresenttheC-terimina丄ofaprotein・ Proteinsequence: 1FLAIVKFDIFYHKVTPEDVGLSIGRYPKSPPRKFVLKLADPRYIKQLNEF 51NPST* DNAsequence: Maine: C00008-F* Length;1€5basepairs Basecomposition: CodorifrequericyhcodonusagetableAna$p.cut 回复翻译的退化程度可以通过选择退化水平1-6进行控制,1暗示只有首选的密码子才可以 使用于回复翻译(结果的链是没有退化位点的)。 Back-TranslationOptions CodonFile: ACCCUT Degenerationlevel Preferredcodonsonly*level1O Degenerationlevel2C Degene旭tionlevel3CfDegenefatipnlevel4J® Degenerationlevel5CAllcodons,level6O Strand TranslatetoWatsonstrand(■TranslatetoCrickstrandC Cancel|Tianwlal~| 第四章序列比对 1.手动搜索 点击“手动”命令按钮以隐藏方案选项,并且展示一个文本域以用于手动进入或经过一个寻求行。 一个DNA行必须至少是8个碱基,而蛋白质行则至少是4个氨基酸残基。 2.自动搜索 点击“方案”命令按钮隐藏手动选项,同时允许用户选择包含于当前方案中的序列。 3.比对两个序列相同的区域 Search/CompareTwoSequences”命令的比较是在选自于文件列表中的两个序列中进行的。 另外,两个序列被展示在图谱中,并显示出相同的部分。 4.比对两个序列点阵 在比较序列之前,当用户点击“文件/选择序列”时,这些序列必须从展示的文件列表中选择。 在选择一个或两个序列之后,点击“建造”以生成完整的点阵。 对于长序列,可能需要一些时间。 当矩阵完成时,点击“过滤”以清晰的展示矩阵。 表大小可变,但是没有被刷新的话自己是不会重画的。 Finidied. Cutoff|p2 DotMatrixPlot Filter Refresh Ckise (1)过滤矩阵 用最小值4进行过滤: DotMatrixPlot File Coordinates: 307•716 Cutoff|4 Buid Filter Refresh Ckise 用最小值5进行过滤: DotMalrtKPlot Cutoff 5 Buid f“““ntef"l|Refresh Clo^B 用最小值9进行过滤: DotMatrixPlot Finished. Cutoff Refresh Build (2)寻找和观察一个匹配 当用指示器搜索点阵时点下左鼠标键,展示在两个序列中的匹配的部分。 释放左键并突然靠近最近的对角线(如果用户靠得足够近的话)以显示匹配的属性(对角线)。 □Tx] LDotMatrixMatch Propattiesofmatch: *I Seq1: C00003-F.Len: 1049Match: 1-1049 Seq2: C00008-F.Len: 1049Match: 丄-1049 Lengtho£match=1045— 1Tl'ri'l'l'GGCAATAGTTAAGTTCGATATTTTCTATCATAAAGTGACGCCTG 51AAGATGTA&GCCTCAGCATAGGCAGATACCCAAAAAGCCCCCCCAUAAAG 1.01TITGTGCTTAAATTGGCTATAGASACAACGGGATTTCTCGAAGGCTC&AA 151GTGAAAGATAACAAGAT
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