vasp53安装方法.docx
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vasp53安装方法.docx
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vasp53安装方法
1.采用Centos6.4光盘安装系统。
安装系统时,将有如下几个配置可供先择:
(1)Desktop,
(2)MinimalDesktop,(3)Minimal,(4)BasicServer,(5)DatabaseServer,(6)WebSever,(7)VirtualHost,(8)SoftwareDevelopmentWorkstation。
任选一个选项即可。
选择一个选项后,对系统进行配置。
语言配置只选英语。
除语言配置外,其余所有配置全部选上。
选上所有其它配置之原因,是使系统文件更全面,以减少后续安装软件时由于软件依赖所带来的麻烦。
所有安装软件都在/home目录下。
安装目录可以任意,但在/home目录下容易管理。
为使安装软件时拥有最大的系统操作权限,用root身份安装。
2.安装Python。
版本为Python-2.5.2。
在/home下建Python文件夹,则安装命令如下:
#tar–jxvfPython-2.5.2.tar.bz2’解压
#cdPython-2.5.2’进入解压后的文件目录
#./configure’配置文件,不要指定路径,直接覆盖
#make’编译
#makeinstall’安装
检测是否安装成功:
在任意目录下的命令行输入python,如果出现python的解析器,则表示已正确安装,如未出现,则未正确安装,需重新安装。
安装Python是为了系统能够识别后续将要安装的mpich编译器。
3.GCC编译器采用Centos6.4系统自带的即可,不用安装。
对于Centos6.4系统,安装系统时,除语言配置外,如果选择了其余全部系统配置软件,并且第2步已正确安装Python的话,安装完Python时,在命令行输入python以检验是否安装成功时,如果Python已安装成功,则可同时显示Python和与之本匹配的GCC版本信息。
对于Centos6.4系统内已预定安装的所有GCC版本中,与Python相匹配的版本为GCC4.4.7(RedHat4.4.7-3)。
如果在任意目录下的命令行输入rpm–qa|grepgcc,则可列出系统内所有已安装的GCC的信息。
预安装的GCC版本较多。
4.安装MPI编译器。
此步骤极为关键,即使已安装好MPI后,路径配置不正确的话,将会导致后续安装的VASP不能正常运行。
采用mpich-3.2.1版本。
首先在/home下建一个mpich的文件夹,将mpich-3.2.1.tar.gz放入mpich文件夹中。
安装时,由于需要配置安装文件的路径,因此,安装后的软件不一事实上在mpich文件夹中,这由安装过程具体配置的路径确定。
本安装的mpich文件配置路径为/home/mpichexe,则安装命令如下:
#tar-zxvfmpich-3.2.1.tar.gz’解压
#cdmpich-3.2.1’进入解压后的文件目录
#exportF90=ifortFC=ifort’引入环境变量
#./configure--prefix=/home/mpichexe/--enable-f90--enable-f77’指定安装路径,并指定可使用mpif90及mpi77编译器红色的是解压目录
#make’编译
#makeinstall’安装
#vi~/.bashrc’修改环境变量,在bashrc文件的最后加入以下三行后,保存退出
exportPATH=/usr/local/mpi/:
$PATH
exportLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/mpi/lib/:
$LD_LIBRARY_PATH
ulimit-sunlimited
#source~/.bashrc’永久保存
#export PATH=$PATH:
/opt/mpich3/bin ’添加环境变量
#export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:
/opt/ mpich3/lib
# source /etc/profile
然后, 在/etc/目录中新建一个名为mpd.conf的文本文件,在里面填写上:
MPD_SECRETWORD=mr45-j9z ,最后保存退出
# chmod 600 /etc/mpd.conf’增加权限
安装完毕后,检查环境变量是否正确:
#whichmpicc’显示路径则表示正确
#whichmpirun’显示路径则表示正确
以下为网上某安装mpich的方法,复制于下,以作参考:
安装mpich3:
将mpich3压缩包解压,然后进入,执行:
[root]# ./configure --prefix=/opt/mpich3 --enable-fortran=all --enable-cxx F77=ifort FC=ifort FCFLAGS="-O2 -xHost" FFLAGS="-O2 -xHost" \ CC=icc CXX=icpc CFLAGS="-O2 –xHost" CXXFLAGS="-O2 -xHost" \ --enable-threads=multiple --enable-fast=all --enable-mpit-pvars=all
[root]# make -j 8
[root]# make install
然后添加环境变量:
export PATH=$PATH:
/opt/mpich3/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:
/opt/ mpich3/lib
然后在终端执行:
[root]# source /etc/profile
注意,安装完并行库(不论是openmpi还是mpich)后,都要设置一下:
在/etc/目录中新建一个名为mpd.conf的文本文件,在里面填写上:
MPD_SECRETWORD=mr45-j9z
然后保存退出,给这个文件加上权限:
[root]# chmod 600 /etc/mpd.conf
5.安装Intel编译器。
文件为parallel_studio_xe_2018_update1_composer_edition_for_fortran.tgz。
安装不难,按网上各年的版本安装即可,但中间涉及的文件很长很长,不写于下。
安装完毕后,配置环境变量如下:
#vi~/.bashrc’修改环境变量,在bashrc文件的最后加入以下三行后,保存退出
exportPATH=/usr/local/mpi/:
$PATH
exportLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/mpi/lib/:
$LD_LIBRARY_PATH
ulimit-sunlimited
#source~/.bashrc’永久保存
跟配置MPI的配置一样即可。
安装完毕后,
#rpm–qa|grepmpi’出现版本号即表示安装成功
6.安装fftw傅里叶变换库。
安装目录为/home/fftw。
命令如下。
#tar-zxvffftw-3.3.4.tar.gz
#cdfftw-3.3.4
#./configure--prefix=/home/fftwCC=ifortF77=ifort--enable-mpi
#make
#makeinstall
至此,fftw安装完毕。
7.编译vasp。
此过程分两部分。
所用vasp版本为vasp.5.3.5。
此处,由于vasp编译过程繁锁,且编译文默认的引用库路径为相对路径,因此,把vasp.5.3.5.tar.gz和vasp.5.3.5.lib.tar.gz解压后,放在同一目录下,且目录的路径尽量浅。
本安装将vasp.5.3.5.tar.gz和vasp.5.3.5.lib.tar.gz解压后共同放在/home/vasp下面。
下面是安装过程。
7.1编译vasp.lib。
#tar-zxvfvasp.5.3.5.lib.tar.gz’解压,并把解压文件放在/home/vasp下面。
因此,文件路径为/home/vasp/vasp.5.3.5.lib
#cdvasp.5.3.5.lib’进入解压目录。
由于文件解压后经过移动,具体进入的命令会不同
#ls’显示所有文件的列表
#cpmake.linux_ifort_P4makefile’复制make.linux_ifort_P4文件,并重命名为makefile
#vimakefile’修改编译文件,文件主要内容及修改如下:
#C-preprocessor’此处的#是文件中的注释,不执行
CPP=gcc-E-P-C$*.F>$*.f
FC=ifc
将FC=ifc修改为FC=ifort,保存退出。
#make’编译
7.2编译vasp主程序。
#tar-zxvfvasp.5.3.5.tar.gz’解压,并把解压文件放在/home/vasp下面。
因此,文件路径为/home/vasp/vasp.5.3.5
#cdvasp.5.3.5’进入解压目录。
由于文件解压后经过移动,具体进入的命令会不同
#ls’显示所有文件的列表
#ls’显示所有文件的列表
#cpmake.linux_ifort_P4makefile’复制make.linux_ifort_P4文件,并重命名为makefile
此时,将/hom/fftw-3.3.4/api/fftw3.f拷贝到解压后的VASP安装源代码文件夹下(/home/vasp/vasp.5.3.5)。
#vimakefile’修改makefile文件。
具体修改过程非常复杂,需要很细致的过程。
下面是第二次安装vasp时的makefile文件。
红色的为执持语句,#为注释,不是执行语句。
Makefile修改完毕后,输入如下操作:
#make’编译过程需要大约半小时,编译过程会出现多次错误,导致编译无法继续进行,需要不断修改makefile并不断make,直到提示make:
‘vasp’isuptodate.,则表示已成功编译。
编译成功后,在安装目录生成可执行的二进制文件,文件名为vasp。
测试vasp是否可用:
将典型物质的或正确的INCAR,POSCAR,KPOINTS,POTCAR放于同一文件中,并将可执行的vasp复制后与INCAR,POSCAR,KPOINTS,POTCAR放置于同一文件中,在命令行输入:
#./vasp’单机单核运行
或输入
#mpirun–npy./vasp’y为想让vasp运行的cpu核数目,例如,mpirun–np4./vasp为单机四核运行
vasp能正常运行则表明已真正成功编译。
以下是第二次成功地在手提电脑安装vasp的vasp.5.3.5的makefile的全部内容:
.SUFFIXES:
.inc.f.f90.F
#-----------------------------------------------------------------------
#MakefileforIntelFortrancompilerforPentium/Athlon/Opteron
#basedsystems
#werecommendthismakefileforbothIntelaswellasAMDsystems
#forAMDbasedsystemsappropriateBLAS(libgoto)andfftwlibrariesare
#howevermandatory(whereastheyareoptionalforIntelplatforms)
#ForAthlonwerecommend
#)tolinkagainstlibgoto(andmklasabackupformissingroutines)
#)oddenoughlinkinlibfftw3xf_intel.a(fftwinterfaceformkl)
#feedbackisgreatlyappreciated
#
#ThemakefilewastestedonlyunderLinuxonIntelandAMDplatforms
#thefollowingcompilerversionshavebeentested:
#-ifc.7.1worksstablesomewhatslowbutreliably
#-ifc.8.1failstocompilethecodeproperly
#-ifc.9.1recommended(bothfor32and64bit)
#-ifc.10.1partiallyrecommended(bothfor32and64bit)
#testedbuild20080312PackageID:
l_fc_p_10.1.015
#thegammaonlympiversioncannotbecompiles
#usingifc.10.1
#-ifc.11.1partiallyrecommended(someproblemswithGammaonlyandintelfftw)
#Build20090630PackageID:
l_cprof_p_11.1.046
#-ifort.12.1stronglyrecommended(weusethistocompilevasp)
#Version12.1.5.339Build20120612
#
#itmightberequiredtochangesomeoflibrarypathways,since
#LINUXinstallationsvaryalot
#
#Hencecheck***ALL***optionsinthismakefileverycarefully
#-----------------------------------------------------------------------
#
#BLASmustbeinstalledonthemachine
#thereareseveraloptions:
#1)veryslowbutworks:
#retrievethelapackagefromlib.org
#andcompiletheblasroutines(BLAS/SRCdirectory)
#pleaseuseg77orf77forthecompilation.WhenItriedto
#usepgf77orpgf90forBLAS,VASPhangupwhencalling
#ZHEEV(howeverthiswaswithlapack1.1nowIuselapack2.0)
#2)moredesirable:
getanoptimizedBLAS
#
#thetwomostreliablepackagesaroundarepresently:
#2a)IntelsownoptimisedBLAS(PIII,P4,PD,PC2,Itanium)
#
#thisisreallyexcellent,ifyouuseIntelCPU's
#
#2b)probablyfastestSSE2(4GFlopsonP4,2.53GHz,16GFlopsPD,
#around30GFlopsonQuadcore)
#KazushigeGoto'sBLAS
#http:
//www.cs.utexas.edu/users/kgoto/signup_first.html
#http:
//www.tacc.utexas.edu/resources/software/
#
#-----------------------------------------------------------------------
#allCPPprocessedfortranfileshavetheextension.f90
SUFFIX=.f90
#-----------------------------------------------------------------------
#fortrancompilerandlinker
#-----------------------------------------------------------------------
FC=ifort
#fortranlinker
FCL=$(FC)
#-----------------------------------------------------------------------
#whereisCPP?
?
(IneedCPP,can'tusegccwithproperoptions)
#that'sthelocationofgccforSUSE5.3
#
#CPP_=/usr/lib/gcc-lib/i486-linux/2.7.2/cpp-P-C
#
#that'sprobablytherightlineforsomeRedHatdistribution:
#
#CPP_=/usr/lib/gcc-lib/i386-redhat-linux/2.7.2.3/cpp-P-C
#
#SUSEX.X,maybesomeRedHatdistributions:
CPP_=./preprocess<$*.F|/usr/bin/cpp-P-C-traditional>$*$(SUFFIX)
#thisreleaseshouldbefppclean
#wenowrecommendfppaspreprocessor
#ifthisfailsgobacktocpp
CPP_=fpp-f_com=no-free-w0$*.F$*$(SUFFIX)
#-----------------------------------------------------------------------
#possibleoptionsforCPP:
#NGXhalfchargedensityreducedinXdirection
#wNGXhalfgammapointonlyreducedinXdirection
#avoidallocavoidALLOCATEifpossible
#PGF90workaroundsomeforsomePGF90/IFCbugs
#CACHE_SIZE1000forPII,PIII,5000forAthlon,8000-12000P4,PD
#RPROMU_DGEMVuseDGEMVinsteadofDGEMMinRPRO(dependsonusedBLAS)
#RACCMU_DGEMVuseDGEMVinsteadofDGEMMinRACC(dependsonusedBLAS)
#tbdynMDpackageofTomasBucko
#-----------------------------------------------------------------------
CPP=$(CPP_)-DHOST=\"LinuxIFC\"\
-DCACHE_SIZE=12000-DPGF90-Davoidalloc-DNGXhalf\
-DRPROMU_DGEMV-DRACCMU_DGEMV
#-----------------------------------------------------------------------
#generalfortranflags(theremustatrailingblankonthisline)
#bytereclisstrictlyrequiredforifc,sinceotherwise
#theWAVECARfilebecomeshuge
#-----------------------------------------------------------------------
FFLAGS=-FR-nameslowercase-assumebyterecl-heap-arrays64
#-----------------------------------------------------------------------
#optimization
#wehavetestedwhetherhigheroptimisationimprovesperformance
#-axKSSE1optimization,butalsogeneratecodeexecutableonallmach.
#xKimprovesperformancesomewhatonXP,andaisrequiredinorder
#torunthecodeonolderAthlonsaswell
#-xWSSE2optimization
#-axWSSE2optimization,butalsogeneratecodeexecutableonallmach.
#-tpp6P3optimization
#-tpp7P4optimization
#-----------------------------------------------------------------------
#ifc.9.1,ifc.10.1recommended
OFLAG=-O2-ip
OFLAG_HIGH=$(OFL
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