pymol做图简单教程.docx
- 文档编号:4317442
- 上传时间:2022-11-29
- 格式:DOCX
- 页数:13
- 大小:1.58MB
pymol做图简单教程.docx
《pymol做图简单教程.docx》由会员分享,可在线阅读,更多相关《pymol做图简单教程.docx(13页珍藏版)》请在冰豆网上搜索。
pymol做图简单教程
pymol做图简单教程
1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会把几个ligand当作一个
2.Merge后exportstructure,存成pdb格式
3.在pymol中打开.pdb
4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/rename
Rename这个ligand,这里命名为lig
10.然后再找氢键作用的残基,可以在上面直接点选,但最好找出氨基酸代码来选取(因为这里面点不准)
Rename它们,以便以后好找,这里rename为res,show它们为line,color为byelement
11.再选display,将background改成white
12.然后分别点选这几个res(因为颜色不同,所以很容易找出来),右键label/residues
13.label出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了
12.大体已经完成了,再进行一些修饰
Setting/transparency/cartoon/50%蛋白的透明度
Setting/label/size18调节字体的大小
Setting/editall
cartoon的颜色改回白色(在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车)
//或者输入命令Pymol>setcartoon_colorwhite
在改氢键的线型,在dashgaplengthwidth进行调整把虚线改好看点
Stick也可以改细点
13.电子密度
1)首先,登陆http:
//eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白
2)downloadmaps
3)选ccp4格式,generatemap
4)下载后解压,重命名为*.map.ccp4
5)在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue
6)选中lig,在PyMOL输入isomeshmap,2j50.map,2.0,sele,carve=1.6
7)这样就从原来的map里iso出lig周围的蛋白的电子密度,把2j50.map_mesh关了就可以看见了
然后再调整它的粗细
电子密度周围的线好像有些奇怪,可能设置里哪个地方还没调好吧.
另外,ray1900,980就能生成1900*980分辨率的图片,然后file/saveimageas输出.png
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- pymol 简单 教程