排错过程.docx
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排错过程
对3QL-Bi2Se3,5QL-Bi2Se3,3QL-Bi2Te3,5QL-Bi2Te3四个体系进行测试,设置以下7种情况:
1(3QL-SB3QL-TB1-4已验证)
SYSTEM=Bi2Se3relax
ENCUT=340
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
#ELECTRONICPARAMETERS
NELM=200
NELMIN=2
EDIFF=1E-6
IALGO=48
#Atomlocationpotimization
IBRION=2
NSW=200
EDIFFG=-0.01
ISIF=4
PREC=Accurate
LREAL=.TRUE.
NPAR=1
AMIN=0.01
LCHARG=.F.
LWAVE=.F.
SYSTEM=Bi2Se3scf
ENCUT=340
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
#ELECTRONICPARAMETERS
NELM=200
NELMIN=2
IALGO=48
EDIFF=1E-6
LELF=.F.
PREC=A
LREAL=.TRUE.
LCHARG=.T.
LWAVE=.F.
NPAR=1
LORBIT=11
AMIN=0.01
ISPIN=2
LSORBIT=.TRUE.
SYSTEM=Bi2Se3bands
ENCUT=340
ISTART=0
ICHARG=11
ISMEAR=0
SIGMA=0.01
#ELECTRONICPARAMETERS
NELM=200
NELMIN=2
EDIFF=1E-6
LELF=.F.
PREC=A
IALGO=48
LREAL=.True.
NPAR=1
LORBIT=11
AMIN=0.01
LCHARG=.F.
LWAVE=.F.
LSORBIN=.TRUE.
ISYM=0
GGA_COMPAT=.FALSE.
结果:
logrelax
Internal内部的、内在的ERRORRSPHER:
runningoutofbuffer缓冲00
1310
nonlr.F:
OutofbufferRSPHER
.....
rananNPARoptimisation最优testandfoundthatifNCPUistoohighandNPARtoolowthejobwillquitwithERRORRSPHER.OntheotherhandifNCPUistoolowandNPARtoohighthejobwillhangduringiterations迭代次数andceaseto停止writeanyoutput.ThereisanoptimumvalueofNCPU/NPARwhichcanbedeterminedbyrunningaseriesof1or2hourjobswithNPAR=1,2,4,8,16,32foragivennumberofCPUs.NPARmustalwaysbeafactor因子ofNCPUandIbelieveoptimumisusuallyclosetoNCPU/16,althoughthisisprobablycluster集群dependant相关、依赖andpossiblyalsodependantonthetypeofcalculationbeingperformed.
得到的CONTCAR是空文件:
说明结构优化部分出现了问题。
Logscf
runningon32totalcores
distrk:
eachk-pointon32cores,1groups
distr:
onebandon32cores,1groups
usingfromnow:
INCAR
vasp.5.3.318Dez12(buildMay19201515:
36:
57)complex
Logbands
...
vasp.5.3.318Dez12(buildMay19201515:
36:
57)complex
POSCARfound:
0typesand0ions
对策1:
修改KPOINTS测试7718819911010111111
对策2:
修改NPAR=1,测试NPAR=1,2,3,4,5,6
验证结果:
修改NPAR=2,NPAR=4计算都没有出错,但算出来能带结构与文献不符,如下图所示(左我右文):
在此基础上,调整其他参数,得到正确的结果。
分别设置NPAR=4(或2),设置KPOINTS6789101112131415比较计算结果。
由于在高能区域能带出现不平滑的情况,所以,算能带时,加大K点数,从31,加到51。
如果还不行,则做一个逐步加大K点的运算。
并考虑设置NBANDS参数。
但据目前算出来的K点为9,10,11情况下的能带如上左图所示差别不大。
再考虑修改其他参数。
2
SYSTEM=Bi2Se3relax
ENCUT=340
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
#ELECTRONICPARAMETERS
NELM=200
NELMIN=2
EDIFF=1E-6
ALGO=Fast
#Atomlocationpotimization
IBRION=2
NSW=200
EDIFFG=-0.01
ISIF=4
PREC=Accurate
LREAL=.FALSE.
NPAR=1
AMIN=0.01
LCHARG=.F.
LWAVE=.F.
SYSTEM=Bi2Se3scf
ENCUT=340
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
#ELECTRONICPARAMETERS
NELM=200
NELMIN=2
ALGO=Fast
EDIFF=1E-6
LELF=.F.
PREC=A
LREAL=.False.
LCHARG=.T.
LWAVE=.F.
NPAR=1
LORBIT=11
AMIN=0.01
ISPIN=2
LSORBIT=.TRUE.
SYSTEM=Bi2Se3bands
ENCUT=340
ISTART=0
ICHARG=11
ISMEAR=0
SIGMA=0.01
#ELECTRONICPARAMETERS
NELM=200
NELMIN=2
EDIFF=1E-6
LELF=.F.
PREC=A
ALGO=Fast
LREAL=.False.
NPAR=1
LORBIT=11
AMIN=0.01
LCHARG=.F.
LWAVE=.F.
LSORBIN=.TRUE.
ISYM=0
GGA_COMPAT=.FALSE.
结果:
Logrelax:
WARNING:
Sub-Space-MatrixisnothermitianinDAV4
-4.681828688433112E-002
有时,VASP在电子自洽计算的中间步骤中会出现如下的错误
WARNING:
DENTET:
can'treachspecifiedprecision
NumberofElectronsisNELECT= 196.0137087990377
RMM:
7 -0.461353114525E+03 0.15540E+03 -0.29356E+02 6562 0.456E+01BRMI
X:
veryseriousproblems theoldandthenewchargedensitydiffer oldchargedensity:
195.99999new 196.01370
0.758E+01
出现此警告(DENTET)的原因是因为无法通过tetrahedron方法得到足够精确的费米能级。
也就是将态密度积分到费米面的电子数和体系的价电子数目不一致。
可以尝试采用以下方法得以解决此问题:
a)选择另一种布里渊区内的积分方法(改变ISMEAR)
VASP计算中Sub-Space-Matrix is not hermitian in DAV的错误
我在计算界面体系时候,其他计算条件不变,仅改变了一些k格点数,就一直提示如下的错误:
DAV:
13-0.242323773333E+030.98155E+02-0.87140E+01488320.949E+01BRMIX:
veryseriousproblemstheoldandthenewchargedensitydifferoldchargedensity:
252.00012new252.29979
0.809E+01
WARNING:
Sub-Space-MatrixisnothermitianinDAV9
0.133********4753
.....
解决办法只需调整 AMIX,BMIX的值,把他们设置小一些。
【Mixing方法:
IMIX=typeofmixing混合、混频,AMIX=linearmixingparameter,AMIN=minimalmixingparameter,
BMIX=cutoffwavevectorforKerkermixingscheme,AMIX_MAG=linearmixingparameterformagnetization,
BMIX_MAG=cutoffwavevectorforKerkermixingschemeformag,WC=weightfactorforeachstepinBroydenmixingscheme,
INIMIX=typeofinitialforeachstepinBroydenmixingscheme,MIXPRE=typeofpreconditioninginBroydenmixingscheme,
MAXMIX=maximumnumberstepsstoredinBroydenmixer.
一般采用其默认值,除非在电子迭代难以收敛的情况,才手动设置AMIX和BMIX等参数值。
】
对策:
grepAMIXOUTCAR
AMIX=0.40;BMIX=1.00
AMIX_MAG=1.60;BMIX_MAG=1.00
initialmixingisaKerkertypemixingwithAMIX=0.4000andBMIX=1.0000
设置:
AMIX=0.01、0.1、0.2、0.3、0.4,
BMIX=0.0001、0.001、0.01、0.1、1
1)设置AMIX=0.01、BMIX=0.0001的情况:
grepAMIXOUTCAR
AMIX=0.01;BMIX=0.00
AMIX_MAG=0.04;BMIX_MAG=0.00
initialmixingisaKerkertypemixingwithAMIX=0.0100andBMIX=0.0001
说明初始值AMIX=0.0100andBMIX=0.0001,最后变成了AMIX=0.01;BMIX=0.00。
计算过程没有错误,计算得到的能带图如下:
2)设置AMIX=0.1、BMIX=0.001的情况:
grepAMIXOUTCAR
AMIX=0.10;BMIX=0.00
AMIX_MAG=0.40;BMIX_MAG=0.00
initialmixingisaKerkertypemixingwithAMIX=0.1000andBMIX=0.0010
初始值:
AMIX=0.1000andBMIX=0.0010,最后AMIX=0.10;BMIX=0.00(和第一种情况一样)
3)设置AMIX=0.2、BMIX=0.001的情况:
grepAMIXOUTCAR
AMIX=0.20;BMIX=0.01
AMIX_MAG=0.80;BMIX_MAG=0.01
initialmixingisaKerkertypemixingwithAMIX=0.2000andBMIX=0.0100
收敛值等于初始值.
计算无误,能带图如下:
4)设置AMIX=0.3、BMIX=0.1的情况:
grepAMIXOUTCAR
AMIX=0.30;BMIX=0.10
AMIX_MAG=1.20;BMIX_MAG=0.10
initialmixingisaKerkertypemixingwithAMIX=0.3000andBMIX=0.1000
收敛值等于初始值。
计算过程无误,能带图如下:
5)设置AMIX=0.4的情况:
grepAMIXOUTCAR
AMIX=0.40;BMIX=1.00
AMIX_MAG=1.60;BMIX_MAG=1.00
initialmixingisaKerkertypemixingwithAMIX=0.4000andBMIX=1.0000
初始设置:
AMIX=0.40,BMIX默认等于1.0。
收敛值等于初始值。
计算过程中,静态log出现警告:
WARNINGinEDDRMM:
calltoZHEGVfailed,returncode=63**,有计算结果。
能带图如下:
6)设置AMIX=0.02的情况:
grepAMIXOUTCAR
AMIX=0.02;BMIX=1.00
AMIX_MAG=0.08;BMIX_MAG=1.00
initialmixingisaKerkertypemixingwithAMIX=0.0200andBMIX=1.0000
初始设置:
AMIX=0.02,BMIX默认等于1.0。
收敛值等于初始值。
计算过程无误,能带图如下所示:
以上几种情况对比,此参数对能带的影响不大,之后情况不再作图,仅检查数据。
7)设置AMIX=0.1的情况:
grepAMIXOUTCAR
AMIX=0.10;BMIX=1.00
AMIX_MAG=0.40;BMIX_MAG=1.00
initialmixingisaKerkertypemixingwithAMIX=0.1000andBMIX=1.0000
初始设置:
AMIX=0.10,BMIX默认等于1.0。
收敛值等于初始值。
计算过程中,静态log出现警告:
WARNINGinEDDRMM:
calltoZHEGVfailed,returncode=63**,有计算结果。
8)设置AMIX=0.3的情况:
grepAMIXOUTCAR
AMIX=0.30;BMIX=1.00
AMIX_MAG=1.20;BMIX_MAG=1.00
initialmixingisaKerkertypemixingwithAMIX=0.3000andBMIX=1.0000
初始设置:
AMIX=0.30,BMIX默认等于1.0。
收敛值等于初始值。
计算过程中,静态log出现警告:
WARNINGinEDDRMM:
calltoZHEGVfailed,returncode=63**,有计算结果。
9)设置BMIX=0.0001的情况:
grepBMIXOUTCAR
AMIX=0.40;BMIX=0.00
AMIX_MAG=1.60;BMIX_MAG=0.00
initialmixingisaKerkertypemixingwithAMIX=0.4000andBMIX=0.0001
初始设置:
BMIX=0.0001,AMIX默认等于0.40。
收敛值AMIX=0.40;BMIX=0.00.
综上:
设置AMIX=0.2(或0.3),BMIX默认(省事,等于1.0),可以保证计算过程无误。
需进一步调整参数,得到正确的能带图。
Messageof"Sub-Space-Matrixisnothermitian厄米共轭"
问:
Hi,Idocalculationsfortransitionmetals过渡金属withrespectto考虑primitive原始的monoclinic单斜晶体structurecontaining16atoms.VASPrunsinthecluster计算机集群anduses4processors处理器.
Duringtheelectronicstructurerelaxation,italwaysdisplaylotsofwarningmessages“WARNING:
Sub-Space-MatrixisnothermitianinDAV4”andeventually最后thecalculationfailswithsucherrormessage“ErrorEDDDAV:
CalltoZHEGVfailed.Returncode=47315”Asseen显然,IsetAMIXfromthedefaultvalueof0.4to0.02,andtheproblemstillexists.
WhatisthereasonandhowcanIavoidsuchproblem?
Manythanks.
答:
theremaybeseveralreasonsforthiserror,themostcommonare最常见的原因:
1a)theinputgeometrywasnotreasonable(erroroccursattheveryfirstionicstep)or初始几何结构不合理(离子优化第一步出错)
1b)thelastionicrelaxationstepleadtoanunreasonablegeometry(comparetheinputandoutputgeometriesofthe
lastionicrelaxationsteps).离子优化最后一步得到不合理的几何结构(比较最后一步离子优化的输入和输出的几何结构)Inthatcaseitcanbehelpfulto
-->switchtoadifferentrelaxationalgorithm算法(IBRION-tag)
-->reducethestepsizeofthefirststepbysettingPOTIMexplicitely(通过设置POTIM,减少步长)
2)Ifthiserrorshowsupat all yourcalculations:
TheinstallationoftheLAPACKonyourmachinewasnotdoneproperly:
useadifferentLAPACK,e.g.theLAPACKwhichisdeliveredwiththecode(vasp.4.lib/lapack_double.o)
如果这个错误出现在你的整个计算中:
你机器上没有地安装LAPACK。
。
。
3)onsomearchitectures架构、体系结构(especiallySGI)someLapackroutinesarenotworkingproperly.However,itispossibletoavoidtheusage使用oftheZHEGVsubroutinebycommenting说明theline#defineUSE_ZHEEVXindavidson.F,subrot.F,andwavpre_noio.Fandrecompiling重新编译VASP.
答:
Igotthesameproblem.Ifyouareusingvasp4.6.Tryusing"IALGO=48"intheINCARfile.Itsolvedtheproblemforme.
INCAR中设置IALGO=48
问:
Hi,IgotthesameproblemonasgimachinewhenrunningtheCubenchmark基准、标准检查程序.ChangingtoIALGO=48justchangedtheproblem;thenIgetthemessages:
.............
lib-4201:
UNRECOVERABLE不可恢复的library库error.Encountered遇到duringadirectaccess进入unformatted无格式的READfromunit21.Fortranunit21isconnectedto连接adirectunformatted无格式的unblocked畅通无阻的file:
"TMPCAR"
IOTtrap陷阱coredumped.....................信息转储、段错误、总线错误
Thesemessagesappearedafter20cyclesofRMM:
andonelinebeginnigwith1T=2080.E=-.90209009E+04E0=...
Pleasehelptosolve.Concerning关于previousadmin超级管理员comments解释Ishouldsaythatinthedavidson戴维森,subrotandwavpre_noiofilesthevariable"USE_
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