primerpremier5使用详解.docx
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primerpremier5使用详解.docx
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primerpremier5使用详解
primer-premier5-使用详解
2. 安装好以后就会在程序中双击打开。
开始设计克隆目的基因的引物。
打开后的界面如图。
点FILE---NEW—DNASEQUENCE如图所示。
输入目的基因片段,可以复制后用ctrl+V键拷贝到栏内,后应加数个N以备后续设计时加酶切位点及保护碱基,如图所示。
选中enzyme图标,将所选质粒上的多克隆酶切位点加入左栏
选中OK键,分析目的基因中所含的酶切位点,选插入位点时就应排除这些酶
选中primer图标,点S图标,editprimer,开始设计正义链。
软件默认引物为二-五个碱基
可将鼠标点在设计框的3端从右向左删除7-9个碱基,保留16-18个配对即可
在引物的5端加入选好的酶切位点并在其左侧加3个保护碱基,入该图加入HINDIII酶切位点及TTA保护碱基,完成后点analyze,认为可以后点OK。
选中左上角A图标,用鼠标拉动滑块将待选引物放至目的基因末端。
如图,选中EDITPRIMERS图标,开始设计反义链。
从3端删除7-9个碱基同正义链。
将酶切位点加在5端,应将产品目录所示的酶切位点序列从右至左加入(注意不要加反)如图加入BamHI酶切位点及CGC3个保护碱基。
完成后点analyze,认为可以后点OK。
最后分析结果如图,反义链的FALSEPRIMING可以不考虑,RATING表示引物评分也可以不考虑,主要看Tm值正义链和反义链相差不应超过3度。
GC含量不应超过60%
该软件有个缺点,不能保存分析结果,只能选择打印
如果设计RT-PCR检测的引物就如下所示。
同上输入目的基因片段,选SEARCH图标,选择参数,一般选PCRprimers---both—100至250个碱基,引物长短20+/-2,searchparametere中的参数可以不选,为默认设置。
点OK。
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PRIMER5.0,StepByStep,引物,软件,学会,Primerpremier5.0
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