G09Win界面-G09原理及功能介绍_精品文档.pdf
- 文档编号:3216328
- 上传时间:2022-11-20
- 格式:PDF
- 页数:78
- 大小:6.65MB
G09Win界面-G09原理及功能介绍_精品文档.pdf
《G09Win界面-G09原理及功能介绍_精品文档.pdf》由会员分享,可在线阅读,更多相关《G09Win界面-G09原理及功能介绍_精品文档.pdf(78页珍藏版)》请在冰豆网上搜索。
2015/6/191李宏平hp-litri-2015/6/191量子化学程序Gaussian原理与功能山西大学分子所吕海港2006年11月http:
/09W界面主要功能介绍2如何执行一个简单的任务3如何执行多步任务4如何执行批处理任务2015/6/192Gaussian09W主界面2015/6/193菜单栏可以通过【File】目录产生和存取Gaussian09输入文件以及设置程序偏好。
File【Process】目录控制执行任务,每个执行项目都有与之对应的按钮进行操作。
Process【Utilities】目录包括批处理编辑按钮和文件转换工具,以及一些其他用于Gaussian09W的相关程序。
Utilities【View】目录控制窗口的显示以及文本编辑的调用,各种显示选项的默认设置可通过偏好设置来进行控制,同时,G09W中还设置了与之对应的编辑选项。
View【Help】目录是标准窗口的惯例部分。
Help2015/6/194按钮功能(等同Process)打开已有的文件(已保存的文件)File:
open开始运行当前的输入文件或批处理文件Process:
Run即刻暂停当前的任务Process:
Pause恢复执行暂停的文件Process:
Resume终止当前任务Process:
KillJob编辑当前的输出文件View:
Edit&OutputFile2015/6/195文件窗口-File2015/6/196Gaussian09W?
I)J|9|ZLivMM,_Lmk01WMALmmr.$;0HHGilfl1w?
:
nF,WMI;g.,.“.IAHan*.Fbllv.=._.IIEIEIEl111|unIu.u.1.m.“.,.l.,z=.M.1MYhJflVIrly.|.U1“:
4:
1.1_-mma.vns4wMfifla|.m|:
|1-2_:
|l11|“umI-muyslrsassu5“-1.;-IZ_l1ZI|1-.udh-nu|.1.L-M.1.,.m_|.,m.-4|.u.,.L(141.,.ulflnunWm|Ahkzgrnl1.v.m.M-_,.1.-,-M.1.-.,.|.u.m1.“,4.-(WW.;-M.-=r.|;Mmp,m.,-A!
m.,-.-1-I.llznwAxumn.mn-1-mm-nH1.-.0Uvrmnxw,.-M1.“-.,11.m.V-upI-ct:
VY:
(Vu!
r-.U151un2u2I1IM-m-.E.-.-.,n-1.VIQK.-=-.=-.,|_|.q_:
rmsumvwv,=.r.1n4.-1Sr:
nw1:
.vIIM|.|_1-zmzl-=L-:
1?
.mm.1_42?
s1n7l.,.-llIl10|H9?
lvruumunnrmwnnIi!
/57$/5|2|4s|a11.m.-mmmM!
lSI!
I3IJIIIHIIIIUII.y.m.,m5.m.m,.m“zvrnnzuIIZIIGMZY.mm.,7112193171znlmnwn_|l|na|.Znrn-/2015/6/192按钮功能(File窗口)退回到主目录并开始执行任务File:
Exit&Run退回到主目录但不运行任务File:
Exit放弃当前所有输入并退回到主目录File:
AbandomData运行check文件的路径Check-Route指定起始工作步Set-Start(与批处理有关)保存当前所有的输入到硬盘File:
SaveJob(与批处理有关)2015/6/197UtilitiesGaussian09W应用程序EditBatchList批处理文件编辑器批处理文件编辑器NewZMat将其它文件转换成Gaussian输入文件CubeGen产生分子轨道密度图(cube文件)Cubeman处理cube文件FreqChk从Chk文件中产生频率和热化学数据FormChk将二进制.chk文件转换成ASCII码格式.fch文件UnFchk将.fch文件转换成.chk文件ChkChk显示.chk文件的路径和标题C8609用于GaussianXXW不同版本文件转换ExternalPDBViewer定义外部可视化软件2015/6/198FilePreferences个人偏好设置2015/6/199ASCIIEditorBinPathScratchPathOutputPathInputPathPDBViewerDisplay,Edit,Process,RouteOther配置默认文件(Default.Rou)2015/6/1910默认内存为2gb-M-2gb默认使用4核进行计算-P-4默认最大硬盘空间40gb-#-MaxDisk=40gb推荐在每个任务的Link0定义如何执行一个简单的任务2015/6/1911打开测试文件G09Wtestsgjftest000.gjfFileopen点击Run图标G09Woutputtest000.out设置输出文件路径Processing完成任务练习
(1)打开并执行test001.gjf修改test001.gjf设定%mem=1gb%chk=test001.chk%nproc=2#B3LYP/6-31G(d)opt提示GaussView2015/6/1912mfiifi%HWWWEEEHEEmMGE5“fififififififiHmE%i%i%Ffifififi2015/6/193练习
(1)操作示例2015/6/1913如何执行多步任务2015/6/1914Test002.gjf输出结果在同一文件里练习
(2)打开并执行test002.gjf什么时候执行多步任务?
对同一个作业有不同的后续计算时2015/6/1915如何执行批处理任务2015/6/1916UtilitiesEditBatchControlList如test000.gjf点击“Add”增加一个输入文件如test001.gjf点击“Add”再增加一个输入文件Processing完成任务Reorder(设置任务顺序),SetStart(设置起始任务)其它选项如何执行批处理任务文件拖放执行2015/6/1917启动Gaussian09W软件浏览文件执行路径和输入文件/批处理文件选择和拖动所要执行的文件到Gaussian09W按钮上(程序最小化时),或者拖动到窗口的任何位置;如果同时拖动多个文件,将产生一个批处产生一个批处理文件理文件,并以拖入时的列表进行命名,同时置于当前路径拖动选择Process中的BeginProcessing目录(或者点击相应的按钮),则可指挥Gaussian09W对拖入ProcessPreference窗口中的任务进行计算执行任务练习(3)test000test002.gjf做成批处理任务进行计算2015/6/1918A4_.Hfand1:
-.-mwMIn.“-.:
15“,1-11-.,1.-.1.-n/F11*9sru|n%|-u|1v|H,.qnqM.|,.:
.i1|IW”)jY1j(J11/1|I;*/lffi2(41?
-111111Imp:
/|11cL|I3-$1;-fif%fi%50011121111.1tf%11fifh%fi%Ur-mahfiW%.Ri1%MM11%?
%(WEH%f%MHHfhH1/J12?
1K*7Iik.*,if12)6对于量子化学方法,我们在这里要强调的是,量子化学是关于分子中电子性质的理论,只有用量子化学方法,我们才能够研究化学键的生成和断裂,因为化学键是由电子在原子之间的重新分布而产生的。
量子化学在最初是Pauling等建立的价键理论,它在人类计算能力不发达的时期,从定性上解释了很多化学现象,比如杂化轨道,电子对互斥,轨道最大重叠等,为化学键奠定了理论基础,又由于Pauling的巨大影响力而成为当时的主流。
但是它难以用程序来表达。
而Mulliken的分子轨道理论在定性解释方面比较弱,但是容易通过计算机程序实现。
由于计算机的出现和发展,分子轨道理论逐渐成为量子化学的主流,一直持续到现在。
我们现在最广泛使用的就是分子轨道理论。
在分子轨道理论的基础上,福井谦一把最高占据轨道和最低未占据轨道(也就是我们所说的HOMO,LUMO)单独列出来,指出这些轨道决定了化学反应的活性位点,从而为Woodward-Hoffman规则提供了量子化学基础。
这样,量子化学就为预测化学反应提供了可能。
最后就是大结局,从程序上实现这些理论和思想,这就是Pople的主要贡献。
他提供了一系列的改进方法以及基组,比如常用的631G系列基组。
Kohn的密度泛函理论是把电子密度作为自变量而计算体系的能量,它可以用相当少的计算量来达到原来使用波函数的结果。
:
11,=-?
%-9-l;_;9:
1?
-r&.z;._I%f1J%J1_=ii?
/1911Jk111*1f11IfiiF141EEV15IRW5AfiE1iJ|191;11%i”11511LJfiSi1111191%T11%iF1,$11551?
-.115,HOMO+LUMO(F11kui,1981)Woodward-Hoffmanifidfill(Hoffmann,1981).=1:
;I71?
-11111-|i11?
i%(Pp11-1,1998,Gaussian?
)(Kohn,1998,LT/Elffii/1;“)7化学研究的对象当然就是分子,分子是由原子构成的。
原子是由原子核和核外电子构成的。
原子核的运动可以用经典的牛顿力学描写,也可以用量子力学来描写,而核外电子必须用量子力学来描写。
核外电子分为内层电子和价层电子。
化学理论描述的是原子形成分子时电子,特别是价层电子的变化(转移,共用)。
1_%W%&Efi%fiJZ%1Zfi-fig*3”11%511111?
2GfifiH-1%E%8因为我们研究的体系是整个分子,包括原子核,核外电子。
因此首先应该把整个分子用量子力学的方式描述出来。
这就是分子的Schrodinger方程。
其中H是Hamilton量,E是能量,是波函数。
由于质子的质量是电子的1836倍,因此原子核与核外电子之间的运动就可以近似分离。
在原子核移动的瞬间,电子就可以调整到平衡状态。
这样,我们就可以假定原子核不动,只考虑电子的运动状态,这就是Born_Oppenheimer近似,这时,我们的只是电子的波函数,不包括原子核。
但是总能量中还是包括原子核的,特别是原子核之间的静电排斥,不过这可以用库仑定律之间计算出来。
最重要并且难以计算的就是分子中电子的总能量及其波函数。
下面我们就介绍怎样计算出分子中电子的波函数和总能量。
E?
“N$1111E19SchrdingerjifiHl:
E11/1.1111B01-11-Oppcnl1ci111crfiL1J91*1F14W1blF11$1141836113“RiflfiiQ?
H|11lly=-1|/InJ1Eg=E&mfi+E9我们的化学体系是分子,分子包含了很多的电子,因此其Schrodinger方程是一个多体相互作用的体系。
目前,三体相互作用的体系尚无准确解,因此分子的电子波函数是无法准确得到的。
由此而发展出一套近似方法以求得波函数的近似解,这就是分子轨道理论。
Gaussian程序就是实现这个过程的工具。
当然,我们的近似合理不合理必须进行判定,比如把分子结构,化学键能等数据与实验数据进行比较,如果近似是合理的,应该与这些实验数据符合,然后从这个近似波函数得到其它化学性质,或者把这种近似应用于类似体系。
r:
lf,.1:
3._u%-11151-51111%/1*1111132F51E9Di?
IE1iii93121391/P1lI?
_$?
FL1fiTLi1nGaL1ssia11F|“Ill$lfEITiXU1|f|1/J“1i,12$9*JiEF.1LJ10在科学理论的研究中,近似是最基本的最核心的概念之一。
因为真实的世界是纷繁复杂的,没有什么自然科学理论是准确到无需改进的程度。
而科学的目的的在这些纷繁复杂中找到规律
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- G09Win 界面 G09 原理 功能 介绍 精品 文档