Cervus教程完整可编辑版.docx
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一、CERVUS用于群体遗传学分析
1.先将数据输入excel表格中。
SSR的输入格式如图1
图1
Individual一列指的是某一群体中的个体编号;sex指编号对应个体的性别,这一列可有可无;20a,20b两列表示的是编号为20的微卫星位点在一个个体中的两个等位基因。
用0,0表示没有数据或者测不出来或者这个位点丢失。
2.将excel中的数据转化为文本文件格式,如图2,图3
图2
图3
3.将生成的txt文件导入到CERVUS,如图4
图4
出现图5对话框
点击“select”,选择刚才生成的txt文件,导入。
IDincolumn指的是个体编号所在的列,一般都为1。
Firstalleleincolumn指的是最先出现等位基因的列。
如果有sex那一列,就填3,;如果没有sex那一列,就填2。
Numberofloci指的是输入的数据中包括几个SSR位点。
点击saveas,选择计算完生成的文件保存的地址。
生成的文件有两个,如图6
图6
打开123.txt,如图7
图7
Locus一列指的是SSR位点的名称,K指的是某一SSR位点的等位基因数,N指的是群体个体数,Hobs指的是观测杂合度,HExp指的是期望杂合度,PIC指的是多态信息含量。
SNP输入格式如图8
图8
因为SNP是二等位性的,所以可以将等位基因A用1,等位基因B用2表示,其他都与SSR相同。
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