二茂铁Ferrocene分子模型构建步骤.docx
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二茂铁Ferrocene分子模型构建步骤
二茂铁(Ferrocene)分子模型构建步骤
MaterialStudio
我用的是Material4.0,版本老了点儿,但是我发现稳定,没任何问题。
1)新建一个3D文件
2)先从FragmentBrowser中找到”2coordinateDih”放入绘制窗口
如下图所示:
3)再从”FragmentBrowser”中选择Ligand下面的Cyclopentadienyl,添加连接到Fe的两端
完成后如果所示:
4)下面的一步非常关键,选择“Measure/change”下的“Torsion”然后连接H、第一个五元环的中心、Fe和另外一个环上的H,如下图所示。
5)选择左侧“Property”下Filter的Torsion,然后双击,改角度为36度。
不要跨过Fe而选择两边的两个H和两个中心原子,不然不能修改角度(我也不知道为什么,但是我摸索了很久才发现这个)
6)然后再Build下选择Symmetry,FindSymmetry,
结果如下:
GaussianView
1)选择五元环:
删除C上的两个H然后再添加一个H,结果如图:
显示坐标:
3)选择Edit菜单中的PointGroup,选择Veryloose(0.3),然后选择左边的D5h,点击Symmetrize
得到结果如下:
4)然后在坐标原点(也就是五元环的中心)加入X原子
5)现在用Edit->PBC加入第二个五元环:
修改C为3.3,
修改CellReplication的c为2
添加完第二个五元环后,取消勾选ShowReferenceCellEdges和ShowReplicateCellEdges。
6)用二面角编辑工具,选择C2,X11,X22和C13然后修改二面角为36度。
7)再次应用PointGroupSymmetry,点击Symmetrize,把坐标原点移到两个五元环中间,在原点处加入Fe原子
删除两个X原子和与他们相连的冗余键。
结果如下图所示:
保存gjf文件,然后删除最后带Tv的三行,在文件最后留两个空行,二茂铁就完成了。
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