Affymetrix全转录本芯片实验流程精.docx
- 文档编号:30331022
- 上传时间:2023-08-13
- 格式:DOCX
- 页数:4
- 大小:16.37KB
Affymetrix全转录本芯片实验流程精.docx
《Affymetrix全转录本芯片实验流程精.docx》由会员分享,可在线阅读,更多相关《Affymetrix全转录本芯片实验流程精.docx(4页珍藏版)》请在冰豆网上搜索。
Affymetrix全转录本芯片实验流程精
WholeTranscript
芯片实验流程简介
简要流程
各个步骤所需时间第一天rRNA消减1.5小时(仅针对Exon芯片第一次循环,cDNA合成3小时
cRNA合成16小时
第二天
第二次循环,DNA一链的合成、片段化及标记8小时杂交
第三天第天
洗涤、染色和扫描2小时
实验的起始
PolyA的参入
GeneArrayRNA起始量100ng~300ngExonArrayRNA起始量lug~2ug
根据操作手册中的比例,参入polyA内标记rRNA的消减和检测
针对Exon芯片片
使用AgilentBioAnalyzer2100检测消减结果RNA消减后的纯化
rRNA
消减结果检测(Exon芯片
第一次循环,
cDNA一链的合成
加入含有T7的随机引物
70度5分钟,4度至少2分钟
配制cDNA第一链合成试剂
分钟分钟分钟25度10分钟,42度60分钟,70度10分钟,4度2分钟
第一次循环,
cDNA二链的合成
氯化镁的稀释二链合成体系的配制
16度120分钟(无热盖,75度10分钟(加热盖,4度2分钟
cRNA
的合成和纯化
1.cRNA合成体系的配制
2.37度16小时(过夜IVT
3.第二天使用纯化柱纯化cRNA
4.两次洗涤提高产量
5.Nanodrop测定浓度
6.-80度可保存cDNA
一链的合成
70度5分钟,25度5分钟,4度2分钟
2510427010425度0分钟,度90分钟,0度0分钟,度分钟
cRNA
的水解和DNA单链的纯化
加入1.RNaseH
37度45分钟,95度5分钟,4度2分钟
2.使用试剂盒对DNA单链进行纯化
3.Nanodrop进行定量
4.-20度保存
DNA
单链的片段化
DNA单链溶液配置
Frag体系配置
37度60分钟,93度2分钟,4度2分钟
BioAnalyzer2100检测,-20度保存
DNA
单链片段化结果检测
片段化后
DNA单链的标记
37度60分钟,70度10分钟,4度2分钟
杂交体系的配置
杂交条件
45度,60rpm,171小±寸
洗涤,染色和扫描
1.采用Affymetrix洗涤染色试剂盒
2.根据protocol,分装不同的染色液
3.根据芯片类型,选择不同的洗涤程序
4.洗涤和染色大致为90分钟
5.根据芯片的不同,扫描时间不一
芯片质控和数据分析1.芯片扫描图片观测2.使用ExpressionConsole进行QC
3.选择其它软件进行高级数据分析
ThWTheWayAhead.Ahd?
?
2004Affymetrix,Inc.Allrightsreserved.
Affymetrix,theAffymetrixlogo,andGeneChip,and‘TheWayAhead'areregistered
trademarksandCustomExpress,q,NetAffx,,and‘Toolstotakeyouyasfarasyoury
vision'aretrademarksownedorusedbyyAffymetrix,y,Inc.MegAllelegisatrademarkofParAlleleCustomSeq,BioScienee.Arrayproductsmaybecoveredbyoneormoreofthefollowingpatentsand/orsoldunderlicensefromOxfordGeneTechnology:
U.S.PatentNo's.5,445,934;5,744,305;6,261,776;6,291,183;5,700,637;5,945,334;
6,346,413;6,399,365;and6,610,482;andEP619321;373203andotherU.S.orforeign
patents.Forresearchuseonly.Notforuseindiagnosticprocedures.
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- Affymetrix 转录 芯片 实验 流程
![提示](https://static.bdocx.com/images/bang_tan.gif)