R入门25招.docx
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R入门25招.docx
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R入门25招
R入门25招
关于作者
陈钢,华大基因,研究员
长沙土鳖,Linux系统初级管理员,Perl入门级程序员,R菜鸟,LaTeX爱好者,Python学习者,业余Web开发人员,生物信息学和系统生物学门外汉~
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第1招:
下载和安装
下载和安装R
问题:
要把R安装到自己的电脑上。
解决方案:
Windows和OSX用户可以从CRAN(ComprehensiveRArchiveNetwork)上下载R。
Linux和Unix用户则可以用各自的包管理工具安装R软件包。
Windows
1在浏览器中打开http:
//www.r-project.org/。
2点击“CRAN”。
然后会看到按国家排序的镜像站点列表。
3就近选择一个镜像站点。
4点击“DownloadandInstallR”下的“Windows”。
5点击“base”。
6点击下载最新版R(一个.exe文件)的链接。
7下载完成后,双击.exe文件,按照提示安装。
OSX
8在浏览器中打开http:
//www.r-project.org/。
9点击“CRAN”。
然后会看到按国家排序的镜像站点列表。
10就近选择一个镜像站点。
11点击“MacOSX”。
12在“Files”中点击最新版R的.pkg文件,下载。
13下载完成后,双击.okg文件,按照提示安装。
Linux或Unix
主要的Linux发行版都有安装R的包。
下表中是是一些例子:
发行版
包名称
Ubuntu或Debian
r-base
RedHat或Fedora
R.i386
Suse
R-base
用系统的包管理器下载并安装R的软件包。
这通常都需要root密码或者是sudo权限,或者也可以要系统管理员来安装。
讨论
在Windows和OSX上安装R都是很简单的,因为相应的安装包都是预编译好的。
只需要根据安装程序的提示一步步地安装即可。
CRAN的网页上也提供了跟安装有关的资源,例如常见问题(FAQ)和针对某些特殊情况的提示(“如何在WindowsVista上安装R?
”(“HowtoinstallRwhenusingWindowsVista?
”)),这些都挺有用的。
理论上来说,在Linux或Unix上有两种安装R的方法:
安装某个发行版的软件包,或是自己编译源代码。
在实际使用中,安装软件包是更好的选择。
各个发行版所提供的软件包在安装和随后的升级等方面都更加方便。
在Ubuntu和Debian中,是用apt-get下载和安装R。
需要用sudo命令获得必要的权限:
代码
1
在RedHat和Fedora则是用yum:
代码
1
大部分的系统还提供了更加方便的图形化包管理器。
除了基础包,笔者还建议读者把文档包也装上。
例如,在我的Ubuntu机器上,我安装了r-base-html(因为我喜欢阅读带超链接的文档)和r-doc-html两个包,这样就将R的用户手册安装到了本地:
代码
1
有些Linux的软件库中还有一些CRAN上的R软件包。
我没用这些软件包,因为我更喜欢直接从CRAN上下载这些软件包的最新版。
在个别情况下,读者有可能需要自己从源代码编译R:
有可能是在使用不被支持的Unix版本,或是在性能和配置方面有特殊的考量。
Linux和Unix上的编译过程是非常标准化的。
从CRAN镜像站点的首页上下载压缩包,压缩包的名字一般是R-2.12.1.tar.gz,只是其中的2.12.1会被最新的版本号代替。
解压这个压缩包,然后根据其中的INSTALL文件的提示进行编译。
扩展阅读
RinaNutshell一书中对R的下载和安装有更加详细的介绍,包括如何在Windows和OSX上编译R。
但有关R的安装的最强秘笈还是CRAN上的RInstallationandAdministration,其中介绍了如何在各种各样的操作系统上编译和安装R。
这一招是关于如何安装基础包的。
安装CRAN上的其他包则是用install.packages函数。
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使用
18[翻译]R入门25招第9招:
用列数据初始化数据框
第2招:
获取函数的帮助
问题
要获得安装在自己电脑上的某个函数的帮助信息。
解决方案
用help显示函数的文档:
代码
1
用args了解该函数的参数:
代码
1
用example察看函数的使用例子:
代码
1
讨论
本书中出现了各种各样的函数。
在有限的篇幅里不可能面面俱到地介绍各个R函数。
笔者强烈建议读者自己阅读感兴趣的函数的帮助文件。
帮助文件中所提供的信息是非常有用的。
如果想要了解mean函数,可以这样使用help函数:
代码
1
R会新开一个窗口显示帮助文档,或者是在控制台中显示帮助文档,具体的显示方式取决于读者所使用的操作系统。
help命令的一个快捷方式是?
号(问号),然后在后面加上函数的名称:
代码
1
如果只是想知道函数有哪些参数,顺序是怎样安排的,就可以用args函数:
代码
1
2
3
4
5
6
NULL
NULL
args函数的第一行输出是函数调用的概要。
对于mean函数,概要中显示的是其唯一的参数,x,这是一个数值向量。
对于sd函数,概要中首先也是一个同样的向量,x,还有另一个名为na.rm的可选参数。
(读者可以忽略第二行输出,通常都是NULL。
)
大部分函数的文档的末尾都会有例子。
在R里面可以直接运行这个例子,演示函数的功能。
例如,mean函数的文档中就有几个例子。
读者不必自己输入这些例子。
用example函数就能看到这些例子的运行结果:
代码
1
2
3
4
5
6
7
8
9
mean
mean
mean
mean
用户只需要输入example(mean),R会负责运行文档中的例子,并显示结果。
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创建向量
第3招:
查看R的文档
Postedon2011年4月13日by陈钢
问题
要阅读R附带的文档。
解决方案
执行help.start函数可以看到文档的目录:
代码
1
这里有链接指向所有已安装的文档。
讨论
R本身都附带了上千页内容丰富的文档。
在安装其它的包时,相应的文档也会安装到电脑上。
用help.start函数可以很方便的浏览这些文档,该函数会打开一个浏览器窗口,显示出最顶层的目录,见图1-1。
图1-1R文档目录
在References部分中有两个链接是特别有用的:
∙Packages
点击这个链接能看到所有已经安装的包,包括基础包和额外安装的包。
点击各个包的名称,就能看到其中的函数和数据集。
∙SearchEngine\&Keyword
这是一个简单的搜索引擎,可以用关键字搜索文档。
这里还有一些按主题组织的常见关键字,点击这些关键字能看到与其相关的页面。
扩展阅读
本地计算机上的文档其实跟R项目网站上的文档是一样的,网站上的文档经常会更新。
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在网上搜索帮助信息
第4招:
在网上搜索帮助信息
Postedon2011年4月19日by陈钢
问题
在网络上搜索跟R有关的信息和问题解答。
解决方案
在R中,可以用RSiteSearch函数搜索关键字或短语:
代码
1
如果用浏览器的话,可以用这些网站搜索R相关的信息:
▪http:
//rseek.org
这是一个针对跟R有关的网站的Google自定义搜索。
▪
StackOverflow是一个具有搜索功能的Q&A网站,主要是面向一些编程方面的问题,例如数据结构、编码和图形等。
▪
StackExchange上的统计分析(StatisticalAnalysis)区也是一个有搜索功能的Q&A网站,但这个网站更加偏向于统计,而不是编程。
讨论
RSiteSearch函数会打开一个浏览器窗口,并打开R项目网站的搜索引擎。
在这里能看到一个可以继续优化的初始搜索结果。
例如,下面这个命令会搜索“canonicalcorrelation”:
代码
1
这非常不方便,不用离开R,就可以完成一些快速的搜索。
但是,这个搜索只局限于R的文档和邮件列表的存档。
RSeek.org提供了范围更广的搜索。
RSeek利用了Google搜索引擎的强大功能,但专注于跟R相关的网站。
所以,用RSeek不会像在一般的Google中那样搜出一大堆无关的的搜索结果。
RSeek.org最给力的地方是其搜索结果的组织非常直观方便。
图1-2RSeek.org的搜索结果
如1-2展示了在RSeek.org中搜索“canonicalcorrelation”的搜索结果。
网页的左侧是从各个R网站中搜索出来的内容。
网页的右侧的标签就是将这些搜索结果组织成如下几个类:
▪Introduction,简介
▪TaskViews,任务视图
▪SupportLists,支持列表
▪Functions,函数
▪Books,书
▪Blogs,博客
▪RelatedTools,相关的工具
例如,点击Introductions标签,就能看到各种教程。
TaskViews标签中则是跟搜索词有关的TaskView。
类似的,Functions标签中的链接则是指向相关的R函数。
这是一种组织搜索结果的好办法。
StackOverflow也被称为Q&A网站,意思就是任何人可以在网站上提问,有经验的用户则会回答问题——一个问题通常会有多个答案。
读者给答案投票,最好的答案就会逐步地升到顶部。
这样就构成了一个能搜索的庞大的Q&A对话数据库。
StackOverflow显然是面向问题的,而且上面的话题通常更侧重于R的程序设计。
StackExchange(不是Overflow)有一个专门的StatisticalAnalysis(统计分析)分区。
这里更关注的是统计,而不是编程。
所以,如果读者的问题更侧重于一般的统计学而不是R本身的话,可以到这里来提问。
扩展阅读
如果找到了有用的软件包,用install.packages函数就能将软件包安装到电脑上。
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