生物信息学序列比对实验报告.docx
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生物信息学序列比对实验报告
南方医科大学实验报告
姓名
学号
专业年级
基础学院生物信息学教研室
题目
序列比对
日期
实验者
一、实验目的
掌握BLAST2的使用和功能
了解点阵法进行双序列比对的优点
二、实验器材
电脑
三、方法与步骤
见下文
四、结果与讨论
1,例题中其它的最佳比对结果
2,用动态规划法找出两序列的所有最佳比对,要求写出详细过程。
打分矩阵采用{(4,-3,-4},即匹配得4分,不匹配得-3分,空位得-4分。
序列1:
AAAG,序列2:
ACG。
(1)给动态规划矩阵赋初值
0
A
A
A
G
0
0
-4
-8
-12
-16
A
-4
C
-8
G
-12
(2)按照最优分的递归算法填充动态规划矩阵
0
A
A
A
G
0
0
-4
-8
-12
-16
A
-4
4
0
-4
-8
C
-8
0
1
-3
-7
G
-12
-4
-3
2
1
(3)从最后一个单元格开始,回溯最优化比对路径
•1,利用BLAST2进行双序列比对。
–RBP4在人体的旁系同源蛋白:
RBP4(NP_006735),载脂蛋白D(NP_001638),前列腺素D2合成酶(NP_000945)进行两两比对,并得到各自的核酸序列进行两两比对。
–比对全部采用默认参数。
–结果用截图。
–没有显著相似的注明“Nosignificantsimilarityfound”即可。
•2,双序列比对RBP4的直系同源蛋白:
人(NP_006735),小鼠(NP_035385.1),大鼠(NP_037294.1),并对各自核酸进行两两比对。
1
RBP4(NP_006735),载脂蛋白D(NP_001638)
RBP4(NP_006735),前列腺素D2合成酶(NP_000945)
载脂蛋白D(NP_001638),前列腺素D2合成酶(NP_000945)
•双序列比对RBP4的直系同源蛋白:
人(NP_006735),小鼠(NP_035385.1),大鼠(NP_037294.1)。
3,点阵法
序列1自身比对
1AAGGTCAGGAACAAAGAAACAGCTGAATACCAAACAGGATATCTGTGGTAAGCGGTTCCT
61GCCCCGGCTCAGGGCCAAGAACAGATGAGACAGCTGAGTGATGGGCCAAACAGGATATCT
121GTGGTAAGCAGTTCCTGCCCCGGCTCGGGGCCAAGAACAGATGGTCCCCAGATGCGGTCC
序列2与序列3比对:
两者为反向互补序列,可以发现可能的发夹状结构。
序列2:
GGGATCACGTATGCATTAGCATACATCACGCGG
序列3:
CCGCGTGATGTATGCTAATGCATACGTGATCCC
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