序列比对构建进化树.docx
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序列比对构建进化树.docx
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序列比对构建进化树
1从NCBI上下载某个基因在其他物种的序列
比如,下载caveolin基因在其他物种的序列
NCBI地址:
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/
在search一栏的下拉列表中选择Nucleotide,for后面的一栏中输入自己要查询的基因。
完毕,点击GO确认。
可得到一下结果:
每一条记录分别是某个物种的caveolin的序列,以第10条记录为例,
称为GenBank登录号。
为拉丁文的人类的字母,表示物种,
表示基因名称(caveolin基因家族共有3个主要基因,分别称为1,2,3)
表示此序列为cDNA,不含内含子。
下图中的NEXT表示翻页,查看剩余的记录。
打开第10条记录可看到下图:
现在你需要保存下来得就是上面的这一串(碱基)核酸序列。
复制黏贴(包括上面表示顺序的数字)到TXT文本中备用。
打开DNAMAN软件,左上角点击file-new,出现下图:
可以把先前从NCBI下载的序列(保存到TXT文本中得)复制到箭头指示处,得到:
并按照上图左上角file-saveas(注意此文件得保存名称为保存的此物中得名称),已上是DNAMAN软件中seq序列格式的保存方法。
2序列编辑和比对(DNAMAN软件)
你们实验PCR得到的序列只是某个基因上的一部分,所以为了进行不同物种间的比对,要把下载下来的其他物种的某个基因的序列进行删减,以使两段基因是大约相同长度的片段进行比对。
以人类caveolin1基因为例说明一下。
按照1,2,3得顺序依次打开,得到下图:
点击上图中的1,你会得到下图,点击2是清楚所有刚才选进比对的序列(为了重新选择序列),3是有选择的删除某个序列。
当然,把你的所有准备的序列保存好以后,从查找范围这个下拉列表中寻找你要比对的序列。
可以按住ctrl点击你要比对的几个序列(同时选中)选完点击打开。
再点下图中得确定键。
得到下图:
找好这两个物种重合的那个核苷酸的序号(前后两段都是),然后打开你保存的seq格式的序列,数出刚才比对重合部分的后端的碱基数,把这个碱基后面的序列删掉,再用此方法把比对重合部分前段得序列删掉,保存。
注:
此处比对得两个序列一个是你实验得到的基因序列,另一个是从NCBI下载的其他物种的序列,一般情况下你试验得到的测序序列会短于下载的其他物种的序列,所以要在这里进行下载的序列的编辑。
把你已经编辑好的序列按照上述比对方法(用你的实验得到的序列和同基因在其他物种的序列(并且是你已经掐头去尾编辑过的)两两比对,可以得出某个基因在两两物种之间的同源性)如下图:
椭圆中的数字就是某基因在两个物种间的同源性。
另一种获得两物种某基因之间同源性的方法是:
打开NCBI网站http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/
点击箭头指示的blast,得到:
点击箭头指示处
在1空白处黏贴上你的测序序列,2处选中,点击下面的blast
你将得到一个你测序序列与多个物种间某个基因的同源性。
如下图:
1为物种名称及描述,2为同源性
为了进行比对,要把序列格式转化成FASTA格式。
转化方法:
新建TXT格式文档,
第一排开始先写一个大于号(>),紧接着是写上物种名称。
如上图。
另起一行,把该物种的某基因的序列拷贝上。
注:
这里的要拷贝过来的序列是经过上一步的掐头去尾的序列,得到:
然后保存。
方法:
文件-另存为-保存类型选所有文件-文件名:
物种名称.Fasta
3序列比对与进化树构建,(可拷贝到你的论文中的图片)
打开Clustaxl软件,
单击在左上角的文件,载入序列,就可载入一条fasta格式的序列了。
载入完一条之后再点击添加序列就可载入第二条序列,后面要载入更多的序列也是点击添加序列。
载入完你要比对的序列后点击编辑下的选定全部序列,接着点击比对-进行完全比对。
得到:
点击对齐
1是进化树文件的保存路径和名称,2是序列比对文件的路径和名称。
保存完这两个文件,可以用MEGA软件分别打开它们。
下图为序列比对文件打开后的界面:
1为选定的格式,2为文件保存的名称和路径。
用MEGA软件打开此文件。
得到这样一个界面:
1是指物种名称,2处的星号是指物种间同源的序列部分,星号空缺的地方是指不一样的碱基。
把全部序列比对的界面一次截屏黏贴到你论文中。
下面打开的是进化树的文件,界面如下:
可以通过截图把下面这个图拷贝到你论文上,
也可通过
点击1,2,两个下拉菜单,把改图拷贝到你的画图(系统工具,在程序-附件-画图,打开画图之后点击编辑黏贴,就可把改图拷贝到你的画图上,在把改图拷贝到你的论文中)上。
终于完事了~~~~~~~~~~·······
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