生物常用软件学习.docx
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生物常用软件学习.docx
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生物常用软件学习
∙Excel提速12招
生物谷网站 Excel是一个全能的电子表格,它功能强大、操作方便,除了可以快速地生成、格式化各种表格外,还可以对表格中的数据完成很多数据库的功能。
下面向您介绍几个快速使用Excel的方法技巧。
1、快速启动Excel。
若您日常工作中要经常使用Excel,可以在启动Windows时启动它,设置方法:
(1)启动“我的电脑”进入Windows目录,依照路径“StartMenu\Programs\启动”来打开“启动”文件夹;
(2)打开Excel所在的文件夹,用鼠标将Excel图标拖到“启动”文件夹,这时Excel的快捷方式就被复制到“启动”文件夹中,下次启动Windows就可快速启动Excel了。
若Windows已启动,您可用以下方法快速启动Excel。
方法一:
双击“开始”菜单中的“文档”命令里的任一Excel工作簿即可。
方法二:
用鼠标从“我的电脑”中将Excel应用程序拖到桌面上,然后从快捷菜单中选择“在当前位置创建快捷方式”以创建它的快捷方式,启动时只需双击其快捷方式即可。
2、快速获取帮助。
对于工具栏或屏幕区,您只需按组合键Shift+F1,然后用鼠标单击工具栏按钮或屏幕区,它就会弹出一个帮助窗口,上面会告诉该元素的详细帮助信息。
3、快速移动或复制单元格。
先选定单元格,然后移动鼠标指针到单元格边框上,按下鼠标左键并拖动到新位置,然后释放按键即可移动。
若要复制单元格,则在释放鼠标之前按下Ctrl即可。
4、快速查找工作簿。
您可以利用在工作表中的任何文字进行搜寻,方法为:
(1)单击工具栏中的“打开”按钮,在“打开”对话框里,输入文件的全名或部分名,可以用通配符代替;
(2)在“文本属性”编辑框中,输入想要搜寻的文字,最好是您认为是唯一的单词或短语,以便搜寻更容易成功;(3)选择“开始查找”即可。
在找到满足条件的文件前,“打开”对话框的状态栏都会显示“找到了0个文件”的信息,您应该耐心等待,只有当“打开”按钮由灰化状态变成可用状态时,才表明搜寻结束。
5、快速打印工作表。
若选择“文件”菜单中“打印”命令来打印,会出现“打印”对话框让您选择,程序繁琐。
若要跳过该对话框,您可以单击“常用”工具栏上的“打印”按钮或者按下Shift键并单击“打印预览”按钮,Excel将使用“选定工作表”选项打印。
6、快速切换工作表。
按Ctrl+PageUp组合键可激活前一个工作表,按Ctrl+PageDown组合键可激活后一个工作表。
您还可用鼠标去控制工作表底部的标签滚动按钮快速地移动工作表的名字,然后单击工作表进行切换。
7、快速切换工作簿。
对于较少工作簿切换,可单击工作簿所在窗口。
要对多个窗口下的多个工作进行切换,用“窗口”菜单最方便。
“窗口”菜单的底部列出了已打开了工作簿的名字,要直接切换到一个工作簿,从“窗口”菜单选择它的名字即可。
“窗口”菜单最多能列出9个工作簿,若多于9个,“窗口”菜单则包含一个名为“多窗口”的命令,选用该命令,则出现一个按字母顺序列出所有已打开的工作簿名字的对话框,只需单击其中需要的名字即可。
8、快速插入Word表格。
Excel可以处理Word表格中列出的数据,您可用以下方法快速插入Word表格:
(1)打开Word表格所在的文件;
(2)打开要处理Word表格的Excel文件,并调整好两窗口的位置,以便能看见表格和要插入表格的区域;(3)选中Word中的表格;(4)按住鼠标左键,将表格拖到Excel窗口中,松开鼠标左键将表格放在需要的位置即可。
9、快速链接网上的数据。
您可以用以下方法快速建立与网上工作簿中数据的链接:
(1)打开Internet上含有需要链接数据的工作簿,并在工作簿选定数据,然后单击“编辑”菜单的“复制”命令;
(2)打开需要创建链接的Excel工作簿,在需要显示链接数据的区域中,单击左上角单元格;(3)单击“编辑”菜单中的“选择性粘贴”命令,在“选择性粘贴”对话框中,选择“粘贴链接”按钮即可。
若您想在创建链接时不打开Internet工作簿,可单击需要链接处的单元格,然后键入(=)和URL地址及工作簿位置,如:
=http:
//www.J
10、快速创建工具栏。
通过工具栏您可以快捷地访问常用的命令或自定义的宏,您可以根据需要快速创建自己的工具栏。
方法为:
单击“工具”菜单中的“自定义”命令,选择“工具栏”选项卡,单击“新建”按钮,输入“新建工具栏”名称,然后单击“确定”。
这时新建工具栏出现在窗口,您就可以用鼠标把其他工具栏中的按钮拖到新建工具栏中,该按钮就会在此“落户”。
若在拖动时按着Ctrl键,则会将按钮复制过来。
注意:
不能将按钮拖到“自定义”对话框或工作表中,否则该按钮将会被删除。
11、利用模板创建工作簿。
模板是一用来作为创建其它工作簿的框架形式,利用它可以快速地创建相似的工作簿。
创建模板方法为:
(1)打开一个要作为模板的工作簿;
(2)选择“文件”菜单中“另存为”命令,打开“另存为”对话框;(3)在“文件名”框中输入模板的名字,从“保存类型”列表中选定“模板(*.xlt)”选项,这时“保存位置”会自动切换到默认的模板文件夹Templates文件夹;(4)在“保存位置”中选择“电子表格模板”文件夹,单击“保存”即可。
这样,您就可以根据该模板快速创建新工作簿了。
12、用“超级连接”快速跳转到其它文件。
用超级链接在各个位置之间跳转十分方便,若您要切换到其它文件,只需用鼠标指向带有下划线的蓝色超级链接文件,然后单击鼠标即可跳转到超级链接所指向的子位置上去,看完后若要返回,只需单击“Web”工具栏上的“返回”按钮即可。
∙用好Word2003的比较功能
生物谷网站新一代办公应用软件OfficeWord2003新增了一些比较实用的功能,因此备受用户的喜爱,笔者仅就其中的比较功能与朋友们交流。
一、并排比较文档
有时在阅读文档的同时你可能还需要与其他文档进行比较,在以前Word版本中要比较两篇文档是比较困难的,但现在如果你用的是Word2003,只需单击“窗口”菜单中的“与文件名并排比较”命令,就可以使打开的两个Word文档左右排开,您甚至还可以同时滚动两篇文档来辨别两篇文档间的差别,具体使用方法如下:
打开两篇需要比较的文档,然后单击“窗口”菜单中的“与文件名并排比较”命令,窗口会自动以平铺方式排列,同时显示出并排比较工具条,上面有三个按钮,如图1所示。
图1并排比较对话框
第一个是同步滚动按钮:
可以控制一篇文档在滚动时,与之比较的另一文档是否同时滚动。
另一个是重置窗口位置按钮:
当窗口位置发生变化时,单击它,可以恢复到并排比较时的初始状态。
第三个是“关闭并排比较”按钮,单击它会退出文档比较状态。
我们还可以用“并排比较”功能来比较一篇文档的不同版本:
单击菜单“窗口→新建窗口”命令,为当前文档新增一个窗口,然后执行“并排比较”命令,再改变其中一个窗口的版本,就可以对这篇文档的不同版本进行比较了。
编辑提示:
该功能在Office2003其他子程序中有相同的用法
分子生物学实验人员软件解决方案
2004-8-2611:
23:
00 信息来源:
生命经纬
∙ 分子生物学实验人员软件解决方案
生物谷网站
在互联网上,有很多软件可以解决对单个基因进行研究的分子生物学实验人员从立项到最后写论文的实际问题。
本文提供了对相同作用的很多软件进行比较后推荐给一线实验人员使用的Windows应用软件。
一、资料收集整理阶段。
本阶段需要查找某个项目专题的文章,并写出对该专题的综述,以便对自己所要做的课题的现状有一个基本的了解。
推荐软件:
ReferenceManager9.0
同类参考软件:
Endnote3.1.2
二、序列分析、实验设计模拟阶段。
1.综合性软件。
这类软件要求对本阶段上述的大部分功能均具备,而且这类软件在一些专项分析上仍有绝对优势。
推荐软件:
DNASTAR4.03
同类参考软件:
VectorNTISuite6.0,Omiga2.0、DNASIS2.5,DNATools5.1
2.制酶分析。
可能是最简单的功能了,用普通的文本搜索也能找出相应的序列位点。
正因如此,我们希望软件在结果输出上有更完美的表现。
另外几乎所有的软件都没有考虑在酶切位点前应该有保护碱基,所以该分析通过,并不能在实验中总能通过。
推荐软件:
DNAssist1.0
同类参考软件:
PrimerPremier5.0,VectorNTISuite6.0和其他多种软件
3.引物设计。
引物设计一般包括用于检测和用于进一步分子操作的引物。
其中用于分子操作的在原来序列上设计,加上接头和保护碱基。
但几乎所有软件都没有考虑接头和保护碱基的设计。
因此能否对假定的引物进行各种属性的分析,参考各种结果,最后找到合适的引物序列便成为选择软件的最关键。
推荐软件:
Primer3
同类参考软件:
PrimerPremier5.0,VectorNTISuite6.0,DNAClub,Oligo5.0
4.序列比对。
序列比对包括部分完全相同序列查找和序列相似性排列两类。
与限制酶分析相似,由于这类软件的算法没有多大变化,内核大都是相同的,所以其结果输出和易用性也成了更重要的标准。
推荐软件:
GeneDoc3.2,MagAlign4.03(LasergeneSuite)
同类参考软件:
VectorNTISuite6.0等
5.质粒作图。
这也是最常用的序列显示功能。
我们要求软件能对已知序列自动作图,对未知序列但关键部位位置清楚的质粒也能作图。
主要是标示各种酶切位点、基因序列、特定结构域序列。
推荐软件:
GeneConstructionKit2.0
参考软件:
Winplas2.6pDRAW321.0.33等
6.结构域(motif)查找。
与限制酶的分析相似,这也是一个文本查找的内容,关键在于以何种方式显示查询结果。
推荐软件:
PrimerPremier5.0
7.序列查找下载工具。
推荐软件:
VectorNTISuite6.0:
PubMed-EntrezSearching
参考软件:
NetworkEntrez
8.RNA二级结构预测及分析。
似乎人们在二级结构预测方面没有什么明确的模型。
因此,对这类软件只能以参考参考的心态来使用了,不能报任何希望。
推荐软件:
RNAdraw1.1b2
参考软件:
RNAStructure3.5
9.蛋白二级结构分析。
不要指望软件能给你带来一个有三维结构的蛋白,所谓的分析只能给你一个蛋白某些片段有形成什么结构的趋向。
结果判定还是要靠人本身。
推荐软件:
VectorNTISuite6.0:
Bioplot
参考软件:
Antheprot4.5
10.克隆策略图谱。
几乎所有人都用手工或用绘图软件来画出整个克隆过程,各种位点只能大概估计,与核酸的序列之间的关系当然无从谈起。
现在终于有可以解决问题的软件登陆了。
推荐软件:
GeneConstructionKit2.0
11.三维结构显示。
用各种方法计算出来的各种三维结构的数据只有在相关软件帮助的情况下,才能显示出其本来面目,使得我们对这些分子的结构有一个直观的体会。
推荐软件:
RasMol2.7.1
参考软件:
ICMlite1.0Cn3D
12.翻译/ORFFinding
推荐软件:
GeneConstructionKit2.0
参考软件:
PrimerPremier5.0,VectorNTISuite6.0
13.格式转换。
各种软件为了自己软件的需要有不同的格式,对我们使用数据带来了困难。
格式转换软件可以将不同格式数据转换以方便使用。
推荐软件:
Seqverter1.3
参考软件:
VisualSequenceEditor1.1,Genestudio
三、实验操作和数据分析阶段
本阶段由于各实验室的设备和方法的不同差异太大,如若用到软件,请参考机器配备之软件。
但也有一些共同的要求和使用的软件。
1.单向电泳条带定量分析。
推荐软件:
BandScan4.50
参考软件:
bandleader3.0
2.据统计分析作图。
可能在某些情况下需要用到这类软件。
由于专业的统计软件也很多,比较出色。
我们只推荐一个比较适合生物的软件SigmaPlot2000。
3.序列拼装。
这是多基因方面用得比较多的程序,在单基因的研究中有时也会用到。
推荐软件:
SeqMan4.03(LasergeneSuite)
参考软件:
VectorNTISuite6.0
四、文章写作和结果发表
本阶段主要是对所获得的结果整理,并发表在合适的地方。
1.文献引用。
推荐软件:
EndNote5.0
参考软件:
ReferenceManager9.0
2.生成出版质量的图片。
发表时,对用到的分子结构的图片质量要求较高,直接从RasMol等软件中截取的图片质量不够精美。
推荐软件:
Pov-RayforWindows3.1
参考软件:
molmol2.5.1,mole1.1.8
∙
3.序列递交。
结果中有新的序列需要递交到各大数据库中必须符合各数据库的要求。
除了下面推荐的软件外,也可以通过写好一种格式后,用格式转换软件转换为其他种类格式,以向不同的数据库递交序列。
推荐软件:
Sequin3.32 生物软件-三维分子类
生物谷网站
三维分子类
RASMOL2.7.2.1
515K观看生物分子3D微观立体结构的软件,可以旋转,以多个模式观看,并可以存成普通图形文件。
非常有名,巨棒!
RasMol2.6中文说明10KRasMol使用的简单中文说明,对RasMol的常用操作做了一个说明,肯定会对大家的使用有所帮助。
2.7.2.1英文帮助。
115K。
RasMol2.7汉化完全版316K包括帮助文件的汉化。
大家急需的PDB文件的检索下载中心。
自己提供蛋白序列,免费提供理论上的三维分子模型PDB文件:
Swiss-Model。
原始网站。
原始网站2。
RasTop2.0
1.9M,为RasMol的图形用户界面软件,免费,简化RASMOL的使用。
压缩文件内包括源代码与使用帮助。
原始网站。
CHIME2.6SP3
2.1兆,IE与NetScape浏览器插件,安装后,可以直接用浏览器观看PDB格式的文件,直接在浏览器中观看3D分子。
不需RASMOL。
软件演示录像,2.9M。
原始网站。
MolMol2k.1
MolMol2k.1帮助文件
418K与1.38M将pdb等格式的蛋白文件通过微调,存成普通的图形文件,很漂亮的。
只是要学会很麻烦,幸亏有完整的说明和教学文件。
两个文件都要才可以用。
源程序文件,1M。
原始网址。
CrystInfo1.0
626KCrystInfo1.0是一个Windows应用程序,用来快速、容易地构建、观察与检查晶体结构。
可以使用几个分子展示模式,并且根据内建的光线追踪算法,也可以使绘出的图像带光影效果,如阴影与反射效果。
晶体的任何参数可以随意调整,可以改变晶体内单个原子、原子类型与键型,并可以改变晶体自身的空间群体与单位晶格的参数。
英文使用手册823K。
本来想完成手册的翻译,但实在没有时间,希望哪位同仁可以继续完成它,造福后来者。
部分中文使用手册,106K,WORD97格式。
原始网站。
PDVIEWER
340K,观察三维分子PDB文件的程序。
不如RASMOL,但也是一个选择。
原始网址。
WeblabViewlite4.2
5.1M,3维分子浏览工具,是分子模拟公司出品的软件WeblabViewPro的简化版,免费推出,但功能也十分强大。
可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作,性能不差于RasMol,值得一试。
数种格式的分子文件例子,698K,可以看看Viewlite4.0的威力,真的很棒。
原始网址。
WeblabViewPro4.2Demo
6.2M,3维分子浏览工具,是分子模拟公司出品的软件,30天试用版,功能十分强大。
可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作。
上面这个软件的完整版。
原始网址。
ICMLite2.8
5.3M,3维分子浏览工具,是MolSoft公司出品的软件ICM的简化版,免费推出,但功能十分强大。
可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作,显示的分子图像我认为优于RasMol,值得一试。
还可以进行一些计算操作。
原始网址。
VMD1.72
4.8M。
用来显示生物分子的微观立体结构,更棒的功能是可以利用内建的功能,做出动画效果。
非常酷。
程序源代码,3.3M,软件使用手册,PDF格式,990K。
原始网址。
CN3D3.0
2.4M。
Seein3D的缩写。
允许你在线作为客户端可视并交互地观察NCBIEntrez数据库的立体蛋白序列,也可用来离线观察蛋白序列与序列排序。
读取MMDB格式文件,不能读取PDB格式文件,但可以输出为PDB格式文件。
这是与RASMOL的最大不同。
原始网站。
WPDB2.2文件1、2、3、4、5
共计200余兆。
美国国家计算机科学与工程学实验室开发的基于Windows的PDB文件查询与处理分析软件,全套软件下载后,其数据库中,含有6097个蛋白序列的PDB文件,为1997年7月的全部PDB文件。
可进行各种检索、序列排队检索、氨基酸特性图分析、3D结构显示、几何学计算(键角、键长等等)等等功能,可以直接调用Rasmol观看3D结构。
可以使用WPDBL建立自己的PDB文件数据库。
原始网站。
DTMM4.02001.12.21版
1.3M。
是一个简单易用的3维分子模型显示、编辑与构建程序,可以以各种模式显示3维分子,并能进行编辑。
License文件,放在安装目录下才能运行。
操作手册,456K。
原始网站。
MOLE1.1.8Demo
4.4M。
是一个高性能的大分子3维图形显示计算工具,它读取PDB格式文件,非常容易使用,且可以输出到图形,显示形式多样,而且可同时以不同形式显示同一分子。
虽然是演示版,但只有少量功能限制,包括输出图形时在图形上显示DEMO字样,一些计算功能限制以及查询到PDB文件后只能到网上下载而不能直接使用(正式版为光盘,PDB文件可直接查询使用)。
原始网站。
gopenmol2.1
24.6M。
是一个显示并分析分子结构及其特性,计算分子轨道、电子势的软件包,支持多种分子结构格式,包括PDB格式。
注意,原软件包中DATA目录下的gopenmol_guirc.tcl文件已损坏,需要单独下载gopenmol_guirc.tcl文件,600K,覆盖原文件。
程序运行需要安装TCL软件,7.5M。
详细的使用手册,PDF格式或者DOC格式,分别为4.8M和10.7M。
原始网站。
POV-Ray3.5betarc5
8M。
是一个高质量、完全免费创造最棒三维图像的非常有名的工具,用在分子生物学上,便是用它生成高质量的三维大分子图像。
见过Science封面上漂亮极的分子图像吗?
便是用它与以下软件结合制作出来的。
运算POV格式文件,生成三维图形,非常棒。
原始网站。
WinMegaPov0.7
700K,是Pov-Ray非官方编译版本,三维渲染效果更好。
需要安装Pov-Ray。
帮助文件,590K。
源代码,800K。
原始网站。
Mol2MolDemo4.1
3M。
主要用来进行各种分子文件的转换,支持30种主要分子格式,也可以用来进行3维分子的简单显示。
可将PDB格式输出为POV格式后,用POV-RAY进行渲染,生成非常漂亮的三维图形。
演示版只支持样板文件与原子数小于20的分子文件格式的转换。
不知是否有取巧的办法。
原始网站。
MolPOV2.0.8
2.6M。
MolPOV是PDB格式至POV格式转化工具,可以将大分子PDB格式文件转化为POV格式,以便用pov-ray进行三维渲染,生成质量非常高的分子三维图形。
软件有许多选项,只需设定这些选项,便能生成相应的POV格式文件,直接调用Pov-Ray软件,生成相应的非常高质量的三维图像。
原始网站。
PovChem2.1.1
940K。
为共享软件,将PDB格式分子文件转化为POV格式,再使用POV-Rayv3.1g进行3D加工。
为共享软件,可以使用30天。
很有名,几期Science杂志封面是用它制作的。
需要OpenGL库。
如果没有需要下载opengl库,350K。
加入到安装目录中便可。
原始网站。
Ortep-3forWindowsVer.1.074
1.5M。
用来生成分子的热椭圆形点图。
可结合使用POV-RAY生成漂亮的分子图。
图片与动画栏目有12张本软件生成的分子艺术图片。
安装时需要密码,可免费向ortep3@chem.gla.ac.uk发信索取。
使用手册,350K。
原始网站。
PWT(PLATONforWindowsTaskbar)1.04
PLATON(2002.5.16版)
1.2M和900K。
PLATON是通用结晶学软件工具,可以用来进行各种几何学计算、分子内氢键分析、作图等等。
支持PDb格式,但许多功能不能用来分析蛋白。
若安装过RASMOL与POV-RAY,设置后,可直接调用这两个程序。
原始网站。
Mage6.02
180K,读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。
Kinemage格式是一种电脑图像交互式演示格式,使用MAGE软件进行查看,整个图像可实时旋转、三维动画演示,部分图像可隐藏和显示。
kinemage文件其实是一种文本文件,文件内含有各种信息与命令。
网上有许多Kinemage格式文件,常用来进行教学演示。
原始网站。
Prekin6.02
120K,将PDB格式文件转换为对应的kinemage格式的专用软件。
原始网站。
Swiss-PdbViewer3.7
770K,是一个界面非常友好的应用程序,使用起来比RASMOL方便,用来同时分析几个蛋白PDB文件。
可以将几个蛋白叠加起来用来分析结构类似性,比较活性位点或其它有关位点。
通过菜单操作与直观的图形,可以很容易获得氢键、角度、原子距离、氨基酸突变等数据。
该软件与Swiss-Model服务器(蛋白立体结构构建服务器)紧密关联,可以从软件直接连到Swiss-Model服务器进行理论蛋白立体结构构建。
而且,该软件可以调用POV-Ray软件(见上)生成质量非常高的蛋白图像。
下载Swiss-PdbViewerLoopDatabase,2.45M,用于独立构建PDB文件与教学。
本软件最新版增加了PROSITEpattern检索功能,需要下载Prosite.dat(17.11版,Prosite的使用手册(45K),说明文件(3M)与原始网站)4.8M,拷贝至usrstuff目录后供程序检索调用。
使用手册,740K。
原始网站。
DINAMO
127K。
蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具软件。
可以根据蛋白序列的与已知结构蛋白的类似性与预测折叠的
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