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基因组学复习资料
为什么说基因组学是生命科学的前沿学科?
基因组学已成为生命科学的前沿学科,已渗透到各个科学领域,出现了结构基因组学,功能基因组学,蛋白组学,功能蛋白组学,功能酶学,生物信息学,生物计算机,药物基因组学,疾病基因组学等基因研究方向。
1、启动子:
细菌中RNA聚合酶结合并启动转录的DNA序列。
2、转录因子:
是转录起始过程中RNA聚合酶所需的辅助因子。
3、RNA聚合酶:
是能够特异性地与启动子结合并启动转录的蛋白质。
4、转录因子(transcriptionfactor,TF):
是转录起始过程中RNA聚合酶所需的辅助因子。
按功能可分为两类:
1.普遍性转录因子(generaltranscriptionfactor)是转录起始复合物的组成成员,将RNA聚合酶定位在核心启动子上。
2.激活转录因子:
对转录起始复合物的组装及转录速率施加影响,决定某一基因是否表达。
5、RNA编辑(RNAediting):
改变原有mRNA碱基序列组成的修饰。
有两种方式:
①将mRNA分子中某些碱基进行代换,使原有mRNA密码子的含义发生改变
②在mRNA分子内部插入某些核苷酸,使mRNA原有的读码框发生大范围的改变
6、转录物组(transcriptome):
基因组在整个生命过程中所表达的全部转录物的总和。
7、翻译(translation):
按照mRNA密码子的排列顺序在核糖体上依次连接对应氨基酸合成多肽链的过程。
8、密码子摆动性(wobble):
密码子的第3个碱基选择不同碱基配对的现象。
出现的原因:
反密码子位于环化的tRNA序列内,是反密码子的第一个核苷酸与密码子第三个核苷酸不能形成标准的碱基配对。
9、密码子(codon):
mRNA分子中每相邻的三个核苷酸编成一组,在蛋白质合成时,代表一种氨基酸。
61个氨基酸密码子,3个终止密码子。
10、移码(frameshift):
如果翻译时出现反密码子与正密码子的配对间断或重叠,将改变后续的编码信息,这一现象称为移码。
11、滑移(slippage):
当核糖体到达一系列密码子的末端时,它释放出刚合成的蛋白质,滑动到下一个起始密码子,并开始下一个蛋白质的合成。
12、翻译跳跃:
转录物的很大一部分,可能几十个碱基对被跳过,跳跃之后继续原来蛋白质的延伸。
跳跃的开始和终止发生于两个相同密码子或因摆动而由同一tRNA翻译的两个密码子之间。
13、转位(translocation)核糖体移动三个核苷酸,使二肽-tRNA从A位点移至P位点,从而导致A位点空出,新的氨酰-tRNA进入。
14、分子伴素(chaperonin)是原核生物和真核生物中一类称为蛋白质的折叠体—GroEL/GroES复合物。
15、序列间隙(sequencegap):
指测序时遗漏的序列,这些序列仍然保留在尚未挑选到的克隆中。
可从基因组文库中进一步筛选遗漏的克隆予以封闭。
16、物理间隙(physicalgap):
指构建基因组文库时被丢失的DNA序列。
要封闭此类间隙,就需要采用不同的载体或宿主菌构建第二个克隆文库来加以解决。
17、基因组注释(Genomeannotation):
就是要鉴定基因组中全部的结构和功能元件,并且将这些信息在基因组水平上进行集成和展示。
基因组注释的内容主要包括:
基因识别和基因功能注释。
识别基因的生物信息学方法主要有:
从头预测(abinitio)根据基因的序列特征,运用有效的算法和计算机程序预测基因。
同源性搜索(HomologySearch)通过相似性比对从数据库中的已知基因和蛋白质序列来预测基因。
比较基因组学(ComparativeGenomics)运用同线性预测基因。
18、基因打靶是通过同源重组将外源DNA定点整合入靶细胞基因组上某一确定的位点,以达到定点修饰改造染色体上某一基因的技术。
19、基因敲除(geneknockout)是通过同源重组使特定靶基因失活,是基因打靶最常用的一种方法。
20、基因组(genome)指生物的整套染色体所含有的全部DNA序列。
或者将生物所具有的携带遗传信息的遗传物质总和称为基因组。
21、基因组学(genomics)1986年T.罗德里克提出。
涉及基因组作图、测序和整个基因组功能分析的遗传学学科分支,基因组学是伴随人类基因组计划的实施而形成的一个全新的生命科学领域。
是研究生物基因组和如何利用基因的一门学科。
22、基因——由不同的DNA片段共同组成的一个完整的表达单元,有一个特定的表达产物,表达产物可以是RNA分子,亦可为多肽分子。
23、C值(Cvalue)——指一个单倍体基因组中DNA的总量,一个特定的种属具有特征的C值。
24、C值悖理:
生物的复杂性与基因组的大小并不完全成比例增加,把进化上低种属的C值反而比进化上要高的种属的C值大的反常现象称为C值悖理。
25、多基因家族是真核生物基因组的共同特征,它们来自共同的祖先,因基因加倍和趋异产生了许多在DNA序列组成上基本一致而略有不同的成员。
26、超基因家族:
指起源于共同的祖先,由相似DNA序列组成的许多基因亚家族或类似的基因成员构成的群体,它们具有相似的功能。
27、基因内基因:
指一个基因的内含子中包含其他基因。
28、反义基因:
指与已知基因编码序列的负链编码的基因。
29、假基因:
在多基因家族中,不产生有功能基因产物的基因。
即序列与有功能的基因相似,但或者不能转录,或者转录后生成无功能的基因产物。
造成原因是基因在进化过程中,发生突变所致(如缺失、倒位、点突变等)。
假基因往往缺少正常基因的内含子,两侧有顺向重复序列。
30、物理作图:
就是采用分子生物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基因组的实际位置所构建的位置图。
图距单位为bp(碱基对)。
31、遗传作图:
就是采用遗传学分析方法将基因或其它DNA分子标记标定在染色体上构建的连锁图,也称为遗传连锁图或遗传图。
32、遗传标记构建遗传图谱就是寻找基因组不同位置上的特征标记。
包括:
形态标记、细胞学标记、生化标记、DNA分子标记。
33、限制性片段长度多态性(restrictionfragmentlengthpolymorphisms,RFLP)DNA序列能或不能被某一酶酶切,相当于一对等位基因的差异。
如有两个DNA分子(一对染色体),一个具有某一种酶的酶切位点,而另一个没有这个位点,酶切后形成的DNA片段长度就有差异,即多态性。
34、RFLP标记:
第一代分子标记。
具有下列特点:
处于染色体上的位置相对固定、同一亲本及其子代相同位点上的多态性片段特征不变、同一凝胶电泳可显示不同多态性片段,具有共显性特点。
不足:
数量偏少,分析需借助杂交实验,效率低。
35、简单序列长度多态性(SSLP)(simplesequencelengthpolymorphisms)SSLP是一系列不同长度的重复序列,不同的等位基因含有不同数目的重复单位。
与RFLP不同,由于每个SSLP可以有很多不同长度的变异体,所以可以为多等位基因。
有两种类型:
小卫星、微卫星。
36、小卫星(minisatellite)也称为可变数目串联重复(VNTR),重复单位可以长至25bp.。
不足:
小卫星重复单位相对较大,不方便检测、小卫星在基因组中不是均匀分布的,多在染色体末端的端粒区。
37、单核苷酸多态性(SNP)(singlenucleotidepolymorphisms)SNP来自于基因组发生将一种核苷酸换成另一
种时的点突变。
绝大多数SNP是双等位基因。
第三代分子标记。
38、微卫星(microsatellite)标记:
微卫星又称为简单重复序列(simplesequencerepeat,SSR)。
又称为第二代分子标记。
这种重复序列的重复单位很短,常常只有2个、3个或4个核苷酸
如一条染色体TCTGAGAGAGACGC
另一染色体TCTGAGAGAGAGAGAGAGACGC,就构成了多态性。
39、大肠杆菌基因的转录调控的两种方式:
(1)组成型调控,主要依赖于启动子的结构。
(2)调节性控制,主要依赖于调控蛋白的活性。
40、转录的两种终止信号:
反向回文结构(紧接一串腺嘌呤苷核酸即内终止子)、Rho(打开RNA聚合酶)。
41、两种不同的转录终止机制:
1.固有终止子(intrinsicterminators)结构:
反向回文序列+一系列A2.Rho依赖性(Rhodependent)的转录终止信号。
固有终止子的发夹结构。
42、转录终止的控制机制:
(1)抗终止作用
(2)衰减作用。
43、三种RNA聚合酶的功能:
聚合酶转录的基因
RNA聚合酶Ⅰ28S,5.8S,18S核糖体RNA基因
RNA聚合酶ⅡmRNA,核内小RNA(snRNA)基因
RNA聚合酶ⅢtRNA,5S核糖体RNA,U6-snRNA,核仁小RNA(snoRNA),
胞质内小RNA(scRNA)基因
44、真核生物的基因转录:
依赖RNA的RNA聚合酶:
病毒。
独立于模板的RNA聚合酶:
polyA聚合酶。
45、PolⅡ基因的一般特征:
包括两种类型:
编码蛋白质的基因、编码核内小RNA(snRNA)基因。
46、PolⅡ基因转录起始复合物的组装过程涉及普遍性转录因子TFⅡD、TFⅡA、TFⅡB、TFⅡF、TFⅡE、TFⅡH。
47、转录起始复合物的组装过程?
普遍性转录因子TFⅡD与核心启动子附着TFⅡA、TFⅡB依次结合;TFⅡF-RNA聚合酶Ⅱ结合;TFⅡE、TFⅡH最后结合。
两个关键步骤:
TFⅡF的结合将RNA聚合酶带入核心启动子,在TFⅡE的帮助下,TFⅡH与转录起始复合物结合。
48、PolⅢ基因的启动子有3种类型:
①基因内启动子②基因外启动子③混合启动子。
49、转录因子的结构特征:
DNA结合域(可以识别双螺旋DNA的碱基序列,与靶位专一性结合)、激活域(是与其他转录因子蛋白互作的结构成分,可控制前起始复合物的组装与转录起始。
分为酸性功能域、富谷氨酰胺功能域、富脯氨酸功能域)、可变区(同一家族的转录因子通过可变区序列的变异扩大基因调节的种类与范围)。
50、最常见的转录因子家族:
螺旋-转角-螺旋、锌指蛋白、亮氨酸拉链结构、MADS框蛋白。
51、mRNA的修饰与加工:
mRNA的5,端加帽、mRNA的3,端加尾(多聚腺苷酸化)、前体mRNA的剪接、mRNA的编辑。
52、真核细胞前体rRNA内含子由snoRNA的协同剪切。
真核细胞前体rRNA内含子的自我剪切。
53、mRNA的编辑的方式:
泛编辑(在缩编的RNA分子中插入一些核苷酸以便产生功能RNA)、插入编辑(在mRNA的特别位置插入G产生至少2个不同的蛋白质)、多聚腺苷酸化编辑(多见于动物线粒体mRNA多聚腺苷酸化可将U或UA转变为UAAA…,产生终止密码)。
54、细菌的摆动特征:
①G-U碱基配对②次黄嘌呤与A、C、U配对。
55、真核生物的摆动特征:
①G-U摆动,但只涉及3’-XXG-5’的反密码子②反密码子次黄嘌呤3’-XXI-5’只识别密码子5’-XXC-3’和5’-XXU-3’。
密码子5’-XXA-3’由独立的tRNA识别。
56、tRNA的结构:
反密码子臂、受体臂、D臂、TψC臂、V环。
57、密码子的特点:
通用性、兼并性、摆动性、偏爱性、偏离性。
58、原核生物和真核生物核糖体组成的区别?
59、①氨酰化(aminoacylation)正确的氨基酸与对应的tRNA连接。
由氨酰tRNA合成酶介导的氨酰化分两步进行:
①.氨基酸与ATP反应形成活化的氨基酸中间体②.中间体被移到tRNA的3’端,使氨基酸的-COOH基团与tRNA最后一个核苷酸(A)糖基的2’或3’碳原子的-OH基团之间形成连接
②密码子-反密码子识别(codon-anticodonrecognition)mRNA和tRNA之间的相互作用。
密码子的第一位核苷酸与tRNA的第36位核苷酸配对,第二位与第35位,第三位与第34位配对。
60、蛋白质的翻译调控包括:
整体性调控和专一性调控。
①.整体调控(globalregulation):
或称翻译起始调控,对象是翻译起始复合物各组成成分的活性及组装。
②.专一性调控(specialregulation):
针对某些特定的mRNA,而且常常利用mRNA自身的某些序列作为调节的识别信号来控制翻译。
61、细菌有三个释放因子:
RF1—识别终止密码子UAA和UAG。
RF2—识别终止密码子UAA和UGA。
RF3—起支撑作用。
62、真核生物只有两种释放因子:
eRF-1:
识别三种终止密码子。
eRF-3:
可能与细菌的RF-3作用相似。
翻译的终止需要GTP水解提供能量。
63、蛋白质翻译后加工:
1.蛋白质折叠(proteinfolding):
无活性的多肽链折叠成合适的三级结构。
2.蛋白质水解切割(proteolyticcleavage):
一些蛋白质要经过切割加工,除去蛋白质的一端或两端的区段,或者切成好几段各具活性的多肽。
3.化学修饰(chemicalmodification):
多肽链中的氨基酸可以通过连接新的化学基团而被修饰。
4.内含肽剪接(inteinsplicing):
内含肽类似于mRNA的内含子,必须切除后将外显肽(extein)连接才成为活性形式。
64、蛋白质的水解切割:
①端部切除②内部切除③多聚蛋白质切割。
65、化学修饰的三种方式:
O-连接糖基化、N-连接的糖基化、酰基化。
66、链终止法(chainterminationmethod)双脱氧链终止法。
测序基本原理:
合成与单链DNA互补的多核苷酸链,由于合成的互补链可在不同位置随机终止反应,产生只差一个核苷酸的DNA分子,从而可以读取待测DNA分子的碱基排列顺序。
链终止法测序的模板是待测DNA分子的单链形式。
67、焦磷酸测序技术是由4种酶催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应。
焦磷酸测序技术的原理是:
引物与模板DNA退火后,在DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、荧光素酶和三磷酸腺苷双磷酸酶4种酶的协同作用下,将引物上每一个dNTP的聚合与一次荧光信号的释放偶联起来,通过检测荧光的释放和强度,达到实时测定DNA序列的目的。
68、基因组测序策略:
传统鸟枪法:
无需构建遗传图谱和物理图谱,适宜于原核生物等简单基因组测序。
克隆重叠群法:
需构建遗传图谱和物理图谱,适宜于真核生物等复杂基因组测序,费时、费力,但可得到更准确无误的序列。
全基因组鸟枪法:
需一定的遗传及物理图谱信息,适宜于各种基因组测序,快速,但对计算机及生物信息学软件提出更高要求,准确性较差。
人类基因组计划采取了两种测序策略。
69、如何组建克隆重叠群?
染色体步查(chromosomewalking)染色体步查费时费力,不适宜于复杂基因组。
克隆指纹图谱(clonefingerprinting)是组建克隆重叠群的主要方法,其基本原理为:
如果两个克隆彼此重叠,它们可能含有相同的特征性序列,即指纹。
这些指纹可以是相同的限制性图谱、相同的重复序列或者是相同的单一序列(STS)。
克隆指纹图谱(clonefingerprinting)1、限制性指纹图谱。
2、重复DNA指纹图谱。
3、重复DNA的PCR。
4、STS含量作图。
70、克隆重叠群方法组装序列(依赖物理图谱)1.构建BAC克隆文库(150Kb)2.组建BAC克隆重叠群3.亚克隆(2Kb)4.利用鸟枪法对每个克隆进行末端测序。
71、突变的类型:
突变是基因组小范围的核苷酸序列的改变。
点突变分为转换和颠换。
还有移码、插入、缺失。
突变的原因:
自发错误(错配)、诱变剂与亲代DNA反应。
72、识别基因的生物信息学方法主要有:
从头预测。
根据基因的序列特征,运用有效的算法和计算机程序预测基因。
同源性搜索。
通过相似性比对从数据库中的已知基因和蛋白质序列来预测基因。
比较基因组学。
运用同线性预测基因。
73、基因组序列中定位基因(实验方法):
杂交实验1、Northern杂交2、种属间印迹。
cDNA测序:
1、由全长cDNA序列来指认基因2、由EST序列来指认基因。
74、确定基因功能多采取反向遗传学方法。
基因打靶(genetargeting)——DNA水平
基因敲除(geneknockout)……基因沉默(genesilencing)——RNA水平RNA干扰(RNAinterference,RNAi)……
基因打靶和RNA干扰分获2007年度和2006年度诺贝尔生理学或医学奖。
基因打靶就像是一张有三条腿和一个平台的凳子(stool)。
75、三条腿分别是:
转基因、同源重组和胚胎干细胞;一个平台就是基因敲除;而整个凳子则是“基因打靶”。
76、RNA干扰(或RNA干涉)是指通过双链RNA介导,特异性地降解靶mRNA,导致转录后水平的基因沉默现象。
RNAi在维持基因稳定、保护基因组免受外源核酸侵入、基因表达调控等方面发挥重要生物学作用。
RNAi作为基因沉默的一个工具,已被广泛用于基因功能的研究、基因治疗和新药研究与开发等方面。
基因组学主要研究工具和方法包括:
生物信息学、遗传分析、基因表达测量、基因功能鉴定。
基因组学的意义:
基因组学能为一些疾病提供新的诊断,治疗方法。
基因组学还被用于食品与农业部门。
提供基因组信息以及相关数据库系统利用,试图解决生物,医学和工业领域的重大问题。
基因组的序列组成1.高度重复序列2.中度重复序列3.单一序列
卫星DNA—重复单元10~200bp,重复数可达105以上,可形成10~15kb重复区。
大部分分布于染色体着丝粒区和端粒区。
微卫星DNA—重复单元1~6bp,重复区大多几十~几百bp,分散在基因组中,具有较高的多态性。
微卫星DNA是理想的遗传标记-CAGCAGCAGCAGCAGCAG。
基因与基因家族:
断裂基因、多基因家族、超基因家族、重叠基因、基因内基因、反义基因、假基因。
断裂基因——指基因的mRNA序列由许多非编码序列隔开。
★多基因家族分类:
▲按基因的终产物分为两类:
一类编码RNA,另一类编码蛋白质。
▲按在基因组中的分布分为两类:
一类串联排列在一起,形成基因簇,亦称串联重复基因。
另一类家族成员则可以分散在不同的部位上。
真核生物基因组特点:
基因组结构复杂,有多个复制启始位点,但每个复制子的长度较小。
基因是不连续的。
转录单位一般是单顺反子的。
即一个基因一种mRNA一种蛋白质,但蛋白质的最终产物可因剪接方式的不同而有差异存在大量重复序列。
三大科学计划:
曼哈顿原子计划、阿波罗登月计划、人类基因组计划。
基因组测序的基本步骤:
首先将整个基因组的DNA分解为一些小片段,其次将这些分散的小片段逐个测序,最后将测序的小片段按顺序排列组装。
基因组作图可分为:
1、遗传作图:
就是采用遗传学分析方法将基因或其它DNA分子标记标定在染色体上构建的连锁图,也称为遗传连锁图或遗传图。
作图方法:
杂交实验,家系分析等。
图距单位:
厘摩(cM),每单位厘摩定义为1%交换率。
2、物理作图(physicalmapping)就是采用分子生物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基因组的实际位置所构建的位置图。
图距:
限制性片段作图与克隆作图的图距为DNA的分子长度,即碱基对(bp)。
遗传图和物理图是采用不同的方法绘制的,共同之处都是确定基因或DNA分子标记在染色体上的排列位置。
由于方法的局限遗传图和物理图均会产生某些偏差,通过共同的作图标记可以相互校正,由此获得的基因组连锁图称之为基因组图。
有可以识别的标记,才能确定目标的方位及彼此之间的相对位置。
多态性(polymorphism)所有的标记都必须具有多态性!
花色:
白色、红色。
株高:
高、矮。
血型:
A、B、O型。
淀粉:
糯、非糯
一个基因必须以两种分别指定一个表型的替换形式存在或以等位基因形式存在才能用于遗传学分析。
形态标记:
形态性状:
株高、颜色、白化症等。
又称表型标记。
数量少、很多突变是致死的、受环境、生育期等因素的影响。
细胞学标记:
明确显示遗传多态性的染色体结构特征和数量特征
染色体的核型
染色体的带型
染色体的结构变异
染色体的数目变异
优点:
不受环境影响
缺点:
数量少、费力、费时、对生物体的生长发育不利
DNA分子标记:
简称分子标记。
以DNA序列的多态性作为遗传标记。
优点:
不受时间和环境的限制、遍布整个基因组,数量无限、不影响性状表达、自然存在的变异丰富,多态性好、共显性,能鉴别纯合体和杂合体。
遗传作图的方法理论基础:
遗传连锁与交换。
基本方法:
两点测验法和三点测验法。
重组率是衡量两个基因间距离的单位。
植物遗传图谱的构建:
选择研究材料(亲本)、构建分离群体、遗传标记检测、标记间的连锁分析。
选择亲本:
要求亲缘关系远,遗传差异大、但又不能相差太大以导致引起子代不育。
对备选材料进行多态(差异)性检测,综合测定结果,选择有一定量多态性的一对或几对材料作为遗传作图亲本。
遗传标记的染色体定位:
利用遗传学方法或其它方法将少数标记锚定在染色体上,作为确定连锁群的参照系。
常用的方法:
单体分析、三体分析、代换系分析、附加系分析。
遗传图谱的不足:
遗传图的分辨率有限、遗传图的覆盖面较低、遗传图分子标记的排列有时会出现差错。
物理作图的方法:
限制性作图法、基于克隆的基因组作图、荧光原位杂交(FISH)、序列标签位点(STS)。
限制性作图:
就是比较不同限制酶酶切产生的DNA片段的大小。
限制性作图的局限:
稀有切点限制酶、稀有切点限制图绘制、大分子DNA片段的分离。
稀有切点限制图绘制注意事项:
1、一般而言,识别序列越长,酶切产生的片段越大;
2、识别位点的碱基序列组成影响限制性片段的大小;
3、可将特异的识别位点引入基因组中;
4、基因组DNA的甲基化状态。
辐射杂种作图原理:
1、基因组中单一序列标签位点(STS)都有独一无二的序列组成,在染色体上的位置是确定的;2、位于染色体上近邻排列的STS是机械连接的,在外力作用下断裂DNA或部分酶切DNA时,2个不同的STS出现在同一片段的机会取决于它们在基因组中的相对位置。
凡是位置靠近的STS有最大的机会同时出现在同一个片段中。
如果相距甚远,有时会在同一片段,有时在不同片段。
相距越远,出现在不同DNA片段中的概率就越大。
当两个片段含有同一STS序列时,可以确认这两个片段彼此重叠。
辐射杂种作图的程序和方法
作图试剂:
将STS标记和作图用的染色体区段以及DNA克隆称为做图试剂。
辐射杂种:
指含有另一种生物染色体片段的啮齿类细胞。
在某些生物种属中,通过原位杂交的方法可将基因或DNA分子标记定位在染色体的某一区段,由此绘制基因或DNA分子标记所在的染色体位置图称为细胞图。
一个DNA序列怎样成为STS?
答案:
首先,其序列必须是已知的;其次,STS必须在染色体上有独一无二的位置。
STS的来源有哪些?
1、表达序列标签(EST)2、SSLP3、随机基因组序列。
总之,STS是一段短的DNA序列,通常其长度为100-500bp,易于识别,且在拟研究的染色体或基因组中只出现一次。
1、原核生物基因组和真核生物核基因组的特征
原核生物基因组的特征真核生物核基因组的特征
基因组DNA位于拟核中核基因组DNA位于染色体中
基因组大多数为环状DNA分子,也有部分为线性DNA基因组为线性DNA分子
与基因组DNA分子结合的蛋白是DNA结合蛋白,如:
HU蛋白与基因组DNA分子结合的蛋白是组蛋白
形成超螺旋结构形成核小体
基因组中基因排布紧凑,存在操纵子染色体的不同位置基因分布不均匀;
重复序列比较少见;基因间有大量空隙;基因不连续,含有内含子;
基因不含有内含子。
基因组中含有大量的全基因组范围的重复序
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