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dna连接反应的影响因素提高平端连接效率的方法
dna连接反应的影响因素提高平端连接效率的方法
1、连接缓冲液的阻碍:
大体上缓冲液含有以下组分:
20-100mmol/L的Tris-HCl,较多用50mmol/L,pH的范畴在7.4-7.8,较多用7.8,目的是提供合适酸碱度的连接体系;10mmol/L的MgCl2,作用是激活酶反应;1-20mmol/L的DTT,较多用10mmol/L,作用是坚持还原性环境,稳固酶活性,25-50ug/ml的BSA,作用是增加蛋白质的浓度,防止因蛋白浓度过稀而造成酶的失活。
与限制酶缓冲液不同的是连接酶缓冲液还含有0.5-4mmol/L的ATP,现多用1mmol/L,是酶反应所必需的。
2、pH的阻碍:
一样将缓冲液的pH调剂到7.4-7.8,较多用7.8。
有实验说明,若把pH为7.5-8.0时的酶活力定为100%,那么体系偏碱(pH为8.3)时仅为全部活力的65%;当体系偏酸(PH为6.9)时仅为全部活力的40%。
3、ATP浓度的阻碍:
连接缓冲液中ATP的浓度在0.5-4mmol/L之间,较多用1mmol/L。
研究发觉,ATP的最适浓度为0.5-1mmol/L,过浓会抑制反应。
例如,5mmol/L的ATP会完全抑制平末端连接,黏端的连接也有10%被抑制;还有报道,当ATP的浓度为0.1mmol/L时,去磷酸载体的自环比例最大。
由于ATP极易分解,因此当连接反应失败时,除了DNA与酶的问题外,还应考虑ATP的因素。
含有ATP的缓冲液应于-20℃储存,溶化取用后赶忙放回。
连接缓冲液体积较大时最好分小管贮存,防止反复冻融引起ATP分解。
与限制酶缓冲液不同的是,含ATP的连接缓冲液长期放置后往往失效,因此也可自行配制不含ATP的缓冲液(可长期储存),临用时加入新配制的ATP母液。
4、连接温度与时刻的阻碍:
因为黏性末端的DNA双链间有氢键的作用,因此温度过高会使氢键不稳固,但连接酶的最适温度又恰为37℃。
为了解决这一矛盾,在经过综合考虑后,传统上将连接温度定为16℃,时刻为4-16h。
现经实验发觉,关于一样的黏性末端来说,20℃30min就足以取得相当好的连接成效,因此假如时刻充裕的话,20℃60min能使连接反应进行得更完全一些。
关于平末端是不用考虑氢键问题的,可使用较高的温度,使酶活力得到更好的发挥。
5、酶浓度的阻碍:
日常使用的DNA浓度比酶单位定义状态低10-20倍,连接平末端时酶用量要比连接黏端大10-100倍。
进行黏末端连接时需先行稀释,稀释液的成分与酶储存缓冲液相同或类似,稀释液中的酶能在长时刻保持活力,也便于随时取用。
6、DNA浓度的阻碍:
要求得到环化的有效连接产物,DNA浓度不可过高,一样可不能超过20nmol/L。
要求线性化的连接产物,DNA的浓度能够高些,至少是接近举荐的浓度。
在用大质粒载体进行大片段克隆时,以及在双酶切片段的连接反应中,DNA浓度还应降低,甚至是DNA的总浓度低至几个nmol/L。
另据研究,T4DNA连接酶对DNA末端的表观Km值为1.5nmol/L,因此,连接时DNA浓度不应低于1nmol/L。
即应具有2nmol/L的末端浓度。
提高平端连接效率的方法:
1、低温下长时刻的连接效率比室温下短时刻连接的好,平端连接需要过夜反应。
2、在体系中加一点切载体的酶,只要连接后原先的酶切位点消逝。
如此可幸免载体自连,应该能够大大提高平端连接的效率。
足够多的载体和插入片段是最重要的。
要看片段具体情形而言,有时载体和片段浓度过高,容易产生线性化产物,不利于环化的。
插入的DNA片段的摩尔数是载体摩尔数的5-10倍,那个专门关键。
载体通常50ng就够了,若载体在10k左右,可用50-100ng。
3、平端的连接关于离子浓度专门敏锐,回收的时候多洗洗,加PEG和扩大酶量,22度2小时后4C过夜。
4、尽可能缩小连接反应的体积,最好不超过10微升,在5、6微升左右最佳。
5、建议放在四度冰箱连接两天效率更高比14度好。
(一)外源DNA和质粒载体的连接反应
外源DNA片段和线状质粒载体的连接,也确实是在双链DNA5'磷酸和相邻的3'羟基之间形成的新的共价链。
如质粒载体的两条链都带5'磷酸,可生成4个新的磷酸二酯链。
但假如质粒DNA已去磷酸化,则吸能形成2个新的磷酸二酯链。
在这种情形下产生的两个杂交体分子带有2个单链切口,当杂本导入后可被修复。
相邻的5'磷酸和3'羟基间磷酸二酯键的形成可在体外由两种不同的DNA连接酶催化,这两种酶确实是大肠杆菌DNA连接酶和T4噬菌体DNA连接酶。
实际上在有用途中,T4噬菌体DNA连接酶差不多上首选的用酶。
这是因为在下沉反应条件下,它就能有效地将平端DNA片段连接起来。
DNA一端与另一端的连接可认为是双分子反应,在标准条件下,其反应速度完全由互相匹配的DNA末端的浓度决定。
不论末端位于同一DNA分子(分子内连接)依旧位于不同分子(分子间连接),差不多上如此。
现考虑一种简单的情形,即连接混合物中只含有一种DNA,也确实是用可产生粘端的单个限制酶切割制备的磷酸化载体DNA。
在瓜作用的底物。
假如反应中DNA浓度低,则配对的两个末端同一DNA分子的机会较大(因为DNA分子的一个末端找到同一分子的另一末端的概率要高于找到不同DNA分子的末端的概率)。
这倦,在DNA浓度低时,质粒DNA重新环化将卓有成效。
假如连接反应中DNA浓度有所增高,则在分子内连接反应发生往常,某一个DNA分子的末端碰到另一DNA分子末端的可能性也有所增大。
因此在DNA浓度高时,连接反的初产物将是质粒二聚体和更大一些的寡聚体。
Dugaiczyk等(1975;同时参见BethesdaRes,Lab.出版的Focus第2卷,第2、3期合刊)从理论上探讨了DNA浓度对连接产物性质的阻碍。
简而言之,环化的连接产物与多联体连接产物的比取决于两个参数:
j和i。
j是DNA分子的一个末端在同一分子的另一末端邻近的有效浓度,j的数值是依照如下一种假设作出的:
沉吟液中的DNA呈随机卷曲。
如此,j与DNA分子的长度成反比(因为DNA越长,某一给定分子的两末端的越不可能相互作用),因此j对给定长度的DNA分子来说是一个常数,与DNA深度无关。
j=[3/(3πlb0)]3/2其中l是DNA长度,以cm计,b是随机卷曲的DNA区段的长度。
b的值以缓冲液的离子强度为转移,而后者可阻碍DNA的刚度。
i是溶液中所有互补末端的深度的测量值,关于具有自身互补粘端的双链dna而言,i=2NoMx10-3末端/ml那个地点No是阿佛伽德罗常数,M是DNA的摩尔浓度(单位:
mol/L)。
理论上,当j=i时,给定DNA分子的一个末端与同一分子的另一末端,以及与不同分子的末端相接触的可能性相等。
因而在如此的条件下,在反应的初始时期中,环状分子与多联体分子的生成速率相等。
而当j>i时,有利于重新环化;当i>j,则有利于产生多联体。
图1.9显示了DNA区段的大小与连接反应混合物中j:
i之比分别为0.5、1、2和5时所需DNA浓度之间关系(Dugaiczyk等,1985)。
现在考虑如下的连接反应混合物:
其中除线状质粒之外,还含有带匹配末端的外源DNA片段。
关于一个给定的连接混合物而言,产生单体环状重组的效率不仅受反应中末端的绝对浓度阻碍,而且还受质粒和外源DNA末端的相对浓度的阻碍。
当i是j的2-3倍(即末端的绝对浓度足以满足分子间连接的要求,而又不致引起大量寡聚体分子的形成时)外源DNA末端浓度的2倍时,有效重组体的产量可达到最大。
这些条什下,连接反应终产物的大约40%差不多上由单体质粒与外源DNA所形成的嵌合体。
当连接混合物中线瘃质粒的量恒定(j:
i=3)而带匹配末端的外源DNA的量递增时,这种嵌合体在连接反应之末的理论产量。
涉及带粘端的线状磷酸化质粒DNA的连接反应应包含:
1)足量的载体DNA,以满足j:
i>1和j:
i<3。
对一个职pUC18一样大小的质粒,这意味着连接反应中应含有载体DNA为20-60μg/ml。
2)未端浓度等于或稍高于载体DNA的外源DNA,如外源DNA浓度比载体低得多,在效连接产物的数量会专门低,如此就专门难别小部分带重组抽粒的转化菌落。
这种情形下,可考虑采纳一些步骤来减少带非重组质粒的背景菌落。
如用磷酸酶处理线状质粒DNA或发迹策略以便通过定向的方法构建重组质粒。
(二)粘端连接
1)用适当的限制酶消化质粒和外源DNA。
如有必要,可用凝胶电泳分离片段并(或)用碱性磷酸酶处理质粒DNA。
通过酚:
氯仿抽提和乙沉淀来纯化DNA,然后用TE(pH7.6)溶液使其浓度为100/ml。
2)按如下所述设立连接反应混合物:
a.将0.1μl载体DNA转移到无菌微量中,加等摩尔量的外源DNA。
b.加水至7.5μl,于45℃加温5分钟以使重新退炎的粘端解链,将混合物冷却到0℃。
c.加入:
10xT4噬菌体DNA连接酶缓冲液1μl
T4噬菌体NDA连接酶0.1Weiss单位
5mmol/LATP1μl
于16℃温育1-4小时
10xT4噬菌体DNA连接酶缓冲液
200mmol/L同Tris.Cl(pH7.6)
50mmol/KMgCl2
50mmol/L二硫苏糖醇
500μg/ml牛血清白蛋白(组分V.Sigma产品)(可用可不用)
该缓训液应分装成小份,贮存于-20℃。
另外,再设立两个对比反应,其中含有(1)只有质粒载体;(2)只有外源DNA片段。
假如外源DNA量不足,每个连接反应可用50-100ng质粒DNA,并尽可能多加外源DNA,同时保持连接反应体积不超过10μl。
可用至少3种不同方法来测定T4噬菌体DNA连接酶的活性。
大多数制造厂商(除NewEnglandBiolabs公司外)现在都用Weiss等,11968)对该酶进行标化。
1个Weiss单位是指在37℃下20分钏内催化1mmol32P从焦磷酸根置换到[γ,β-32P]ATP所需酶时,1个Weiss单位相当于0.2个用外切核酸酶耐受试验来定义的单位(Modrich和Lehman,1970)或者60个粘端单位(如NewEnglandBiolabs公司所定义)。
因此,0.015Weiss单位的T4噬菌体DNA连接酶在16℃下30分钟内可使50%的λ噬菌体HindⅢ片段(5μg)得以连接。
在本书中,T4噬菌体DNA连接酶一律用Weiss单位表示。
par目前提供的T4噬菌体DNA连接酶均为浓溶液(1-5单位/μl),可用20mmol/LTris.Cl(pH7.6)、60mmol/LKCl、5mmol/L二硫苏糖醇、500μg/ml牛血清白蛋白、50%甘稀释成100单位/ml的浓度置存。
处于这种浓度并在这种缓冲液中的T4噬体DNA连接酶于-20℃储存3个月可保持稳固。
3)每个样品各取1-2μl转化大肠杆菌。
(三)平端DNA连接
T4噬菌体DNA连接酶不同于大肠杆菌DNA连接酶,它能够催化平端DNA片段的连接(Sgaramella和Khorana,1972;Sgaramella和Ehrlich,1978),由于DNA专门容易成为平端,因此这是一个极为有用的酶学物性。
有了如此的物性,才能使任何DNA分子彼此相连。
然而,相对而言,平端连接是低效反应,它要求以下4个条件:
1)低浓度(0.5mmol/L)的ATP(Ferretti和Sgaranekka,1981)。
2)不存在亚精胺一类的多胺。
3)极高浓度的连接酶(50Weiss单位.ml)。
4)高浓度的平端。
1.凝聚剂
在反应混合物中加入一些可促进大分子群聚作用并可导致DNA分子凝聚成集体的物质,如聚乙二醇(Pheiffer和Zimmerman,1983;Zimmerman和Pheiffer,1983;ZimmermanTHarrison,1985)或氯化六氨全高钴(Rusche和Howard-Flanders,1985),能够使如何取得适当浓度的平端DNA的总是迎刃而解。
在连接反应中,这些物质具有两作用:
1)它们可使平端DNA的连接速率加大1-3个数量级,因此可使连接反应在酶DNA浓度不高的条件下进行。
2)它们能够改变连接产物的分布,分子内连同意到抑制,所形成的连接产物一律是分子间连接的产物。
如此,即使在有利于自身环化(j:
i=10)的DNA浓度下,所有的DNA产物也将是线状多聚体。
par在设立含凝聚剂的连接反应时,下列资料可供参考。
(1)聚乙二醇(PEG8000)
1)用去离子水配制的PEG8000贮存液(40%)分装成小份,冰冻储存,但加入连接反应混合物之前应将其融解并使其达到室温。
在含15%PEG8000的连接反应混合物中,对连接反刺激效应最为显著。
除PEG800和T4噬菌体DNA连接酶以外,其他所有连接混合物的组分应于0℃混合,然后加适当体积的PEG8000(处于室温),混匀,加酶后于20℃进行温育。
2)连接混合物中含0.5mmol/LATP和5mmol/LMgCl2时对连接反应的刺激效应最为显著,甚至ATP浓度略有增加或MgCl2浓度略有降低,都会严峻降低刺激的强度(Pheiffer和Zimmerman,1983)。
3)浓度为15%的PEG8000可刺激带粘端的DNA分子的连接效率提高至原先的10-100倍,反应的主产物是串联的多联体。
4)PEG8000可刺激短至8个核苷酸的合成寡聚物的平端连接,在这一方面,它与氯化六氨合高钴有所不同。
(2)氯化六氨合高钴
1)氯化六氨合高钴可用水配成10mmol/L贮存液贮存于-20℃,它对连接反应的刺激具有高度的浓度信任性。
当连接反应混合物中盐深度为1.0-1.5μmol/L时,其刺激作用最大。
氯化六氨合高钴可使平端连接的效率大约提高到原先的50W部,但只能使端连接的效率提高到原先的5倍(Rusche和Howard-Flanders,1985)。
2)在单价阳离子(30mmol/LKCl)存在下,它对平端连接仍有一定的刺激作用,但现在连接产物的分布有所改变。
连接产物不再是清一色的分子间连接产物,相反,环状DNA将点尽优势。
3)与PEG8000不同,氯化六氨合高钴不能显著提高合成寡核苷酸的连接速率。
一、转化
由于外源DNA的进入而使细胞遗传性改变称为转化,早在1943年,Avery等就发觉有毒肺炎双球菌的DNA与无毒肺炎双球菌共培养后产生有毒性的肺炎双球菌后代的转化现象。
但DNA进入细胞的效率专门低,在分子生物学和基因工程工作中可采取一些方法处理细胞,经处理后的细胞就容易同意外界DNA,称为,再与外源DNA接触,就能提高转化效率。
例如大肠杆菌经冰冷CaCl2的处理,就成为感受态细菌,当加入重组质粒并突然由4℃转入42℃作短时刻处理,质粒DNA就能进入细菌;用高电压脉冲短暂作用于细菌也能显著提高转化效率,这称为电穿孔(electroporation)转化法。
二、感染
噬菌体进入宿主细菌,病毒进入宿主细胞中繁育确实是感染(infection)。
用经人工改造的噬菌体活病毒作载体,以其DNA与目的序列重组后,在体外用噬菌体或病毒的外壳蛋白将重组DNA包装成有活力的噬菌体或病毒,就能以感染的方式进入宿主细菌或细胞,使目的序列得以复制繁育。
感染的效率专门高,但DNA包装成噬菌体或病毒的操作较苦恼。
三、转染
重组的噬菌体DNA也可象质粒DNA的方式进入宿主菌,即宿主菌先通过CaCl2,电穿孔等处理成感受态细菌再同意DNA,进入感受态细菌的噬菌体DNA能够同样复制和繁育,这种方式称为转染(transfection)。
M13噬菌体DNA导入大肠杆菌就常用转染的方法。
重组DNA进入宿主细胞也常用转染方式。
最经典的是1973年建立的磷酸钙法,其利用的差不多现象是:
DNA如以磷酸钙-DNA共沉淀物形式显现时,培养细胞摄取DNA的效率会显著提高。
用电穿孔法处理培养的哺乳类细胞也能提高细胞摄取DNA能力,但所用外加电场的强度、电脉冲的长度等条件与处理细菌者都专门不相同。
近年来用人工脂质膜包裹DNA,形成的脂质体(Liposome)能够通过与细胞膜融合而将DNA导入细胞,方法简单而有效,现有商售的脂质体,使用日益广泛。
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