chechcifAB类错误说明要点.docx
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chechcifAB类错误说明要点
关于CIF检测中出现的A,B等类错误的说明,共
8份-1
般分为8类,分别为:
#_0xx-general#_1xx-cell/symmetry#_2xx-adp-related#_3xx-intrageometry#_4xx-intergeometry#_5xx-coordinationgeometry#_6xx-voidtests
#7xx-varioustest
帮助!
_201检测分子结构主体中各向同性的非氢原子,各向同性在通常的精修中并不常用,只是在处理无序是才用到。
202检测溶剂分子或阴离子中各向同性的非氢原子
211检测主体分子的NPDADP's。
检测主体分子中各相异性参数中
负值部分
212检测溶剂或阴离子分子的NPDADP's。
检测溶剂或阴离子分子中各相异性参数中负值部
213主体分子中ADPmaximum/minimum比例检测,较大的值意味着无序没有处理。
_214溶剂或阴离子中ADPmaximum/minimum比例检测,较大的值意味着无序没有处理。
_220检测主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。
对比平常之大的比值发出警报。
太高或太低的值表明原子可能定错(i.e.Brversus
Ag)
_221检测非主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。
对比平常之大的比值发出警报
_222检测主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。
对比平常之大的比值发出警报
_223检测非主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。
对比平常之
大的比值发出警报
_230,_233:
Hirschfield刚性键检查。
相近化学特征的原子应具有相
同程度的各相异性参数,无序或过度精修可能会导致
(e.g.DIFABS,SHELXA,XABS2)校正的数据通常对含重原子
的键有较大的DELU值
_241,_242检测相对于相邻原子过高或过低的U(eq)值。
原子的
U(eq)值会被拿去与所有非氢原子的平均U(eq)去比较,
如果值太大,可能是原子定错了。
013:
检测报告与衍射范围和数据的完整度
_020:
检测R(int)。
R(int)最好小于0.1。
但是基于非常有限数量的平均数据的R(int)没什么意义
021:
检查观测衍射数目/期望数目的比值期待数目对应于劳埃群的不对称单元中的数目。
对于中心对称的结构,期望币值为小于或等于1.0;对于非中心对称结构则小于2。
超过这些数据可能是:
对称
性消光没有从观测数据中消除或采用过多的数据进行精修
_022:
检测完整度,检测报道的独立衍射点与期望的给定的分辨率
024:
检测优化的平均Friedel对。
对于含有比硅轻的原子的MoKa
数据,平均Friedel对是优先的。
SHELXL97精修中采用MERG4。
_025:
检查h,k,l范围
_026:
检查弱点,检查2C以上的独立数据的衍射是否充分_030检测精修的消光参数是否有意义,检测它的值是否明显大于相应的s.u。
如果不是,这个参数应从结构模型精修中删除。
目前默认
值为3.33s.u
033
检测Flack参数偏离零的程度,即检查绝对构型的正确性。
and
CalculatedSumFormula
042比较报道的与计算的残基分子式Comparethereported
and
CalculatedMoietyFormula_043比较报道的和计算的分子量CompareReported
CalculatedMolecularWeight
046
检测报道的Z,MW,D(calc)是否一致
053
测试晶体尺寸最小值xtal_dimension_min的条件
056
057
检测晶体半径Testforspecificationxtal_radius
检测必需的吸收校正Testforabsorptioncorrectionneeded
060RRTest
061RR'Test
062RescaleTmin&Tmax_063测试晶体尺寸最小的一个尺寸应远大于采用的Xray束。
例外的情况是使用P滤波器和足够大的准直仪。
_064TestforT(max).GE.T(min)
070
(semi-)empiricalabs.corr.
检测原子标签的重复情况Testforduplicateatomlabels
080
检测最大的漂移/误差比值maximumshift/error
081
检测给出的漂移/误差比值Testformaximumshift/error
given
084检测合理的R2值
R2一般是基于F2精修出的R1的两倍
_086,_087检测合理的S值
_088检测合理的Data/parameter比值(中心对称)_089检测合理的Data/parameter比值(非中心对称)
095检测给出的最大残余密度
096检测给出的最大残余密度
097检测给出的最大残余密度
098检测给出的最小残余密度
099检测给出的小于0的最小残余密度
_410,_413:
检测分子键或分子内短程的HH相互作用。
当对称性错误的时候,空间群错误时(偏低或偏高)
按照错误的对称操作衍生出来的原子上的氢原子本应不存在,这是就可能会产生果断的相互作用。
短程分子内
作用可能源于H原子被放错误计算出来的原子上。
也有可能是标志着分子位于不合适的点操作上而造成错的错误
比如2代替了“-1”),当忽略晶胞转换时常发生。
短相互作用用1.2A
的范德华半径来表示,对分子间弱相互作
2.0A。
这种警报对团簇构型很有意义,尤其是
当氢原子按照理想位置参与计算时
_412&_413报告CH3H-atoms的相互作用,这些氢最好采用理论计算方法获取。
416:
检测分子内D-H..H-D作用。
主要与放错位置的无序有关
417:
检测分子间D-H..H-D作用。
主要与放错位置的无序有关
_420:
检测D-H没有受体用通常的氢键标准判断,氢键受体必须潜在。
对0H和常见的-NHand-NH2很少有例
外。
通常出现的错误是:
Acommon-0H上氢键指向有误。
.
430:
检测D..A距离。
通常在D..A距离小于范德华半径之和减去
0.2时,会警报。
_431:
检测Hl...D距离,检测与卤素有关的分子间的距离
432:
检测分子间距离
AlertlevelA
within
PLAT031_ALERT_4_ARefinedExtinctionParameter
lertlevelB
后两个B类错误可以在-1st文件中BOND的下一行使用如写命令,后精修:
ELMUZnO1ZnO2
SIMU0.0070.001ZnO1ZnO2
第一个问题在INS文件中把EXTI这行命令删掉再修就可以了
AlertlevelB
PLAT024_ALERT_4_BMergingofFriedelPairsisSTRONGLY
Indicated.
第一个错误是由于键长偏差过大造成的。
第二个错误提示精修中加入Merg3或者Merg4来合并FriedelParis,
这个你要根据实际情况来确定是否需要进行合并FriedelParis.
精修时还出现Extinction(EXTI)orsolventwater(SWAT)correctionmayberequired
是什么意思?
精修时还出现Extinction(EXTI)orsolventwater(SWAT)correctionmayberequired
是什么意思?
就是需要矫正系统消光在命令部分添加exti命令就可以了!
0.90甚么意思?
如何
1._diffrn_measured_fraction_theta_fullLow
数据完整度不够可以尝试删除高角度数据,看可能达到0.95以上弱弱地问:
什么叫高角度数据?
如何确定高角度数据?
就是theta角比较大的数据,也就是分辨率比较高的数据。
这些数据对确定晶体对称性非常关键。
所以一般要求theta角能尽量大些。
但是,实际上,高角度的衍射强度往往很弱,当你晶体不是很好
的情况下,很多理论上的衍射点由于信噪比太低实验上不能探测到,
所以造成最后计算的完整度可能偏小。
为了达到发表文章的完整度最小要求0.95,有时候会删去部分高角度
数据。
但是也不能删得太厉害,因为分辨率也是有要求的(最最少要
达到0.94Ang)。
两者兼顾,都达标是比较理想的。
用shel命令可删除高角度数据,如:
SHEL500.84
就是删除theta角大于25度,或分辨率小于0.84Ang的数据。
(在
Mox-ray中,theta25度对应的分辨率就是0.84Ang)
2.求助B类错误,谢谢!
PLAT242_ALERT_2_BCheckLow
UeqasComparedto
NeighborsforCl1
这个如何改?
?
?
没有必要处理这类错误,一般的化学杂志是不会介意的。
这是由于
C1原子周围的其它原子热因子过大造成的。
3,AlertlevelA
PLAT213_ALERT_2_AAtom01
hasADPmax/min
Ratio
5.80prola
ins中加口令isor01
4,PLAT080_ALERT_2_AMaximumShift/Error
0.37
修正轮数不够多MaximumShift/Error值应该接近于0,至少要在
0.02以下。
5,PLAT220_ALERT_2_ALargeNon-SolventOUeq(max)/Ueq(min)...
7.95Ratio
PLAT222_ALERT_3_ALargeNon-SolventHUeq(max)/Ueq(min)...
7.78Ratio
这二条是指原子有较大的非正定,说明没有修正好可以考虑将这个有较大无序的O进行分比(如占位率0.5:
0.5)再修。
如果是衍射数据质量不够好而无法得到好的修正结果,那只有重新采
集数据了。
H--H距离太近,如果有极合理的解释或许还能接受。
ins文件里加入delu0.02c1c2
8AlertlevelB
在.ins中,除去exti
个别C的Ueq特别大,导致相连的H的Ueq特别大。
赵导那些个C,
考虑统计分布处理。
O的H就不要修了,
同时,删去dfix0.850.01o31h31a
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