miRNA相关分析网站精编版.docx
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miRNA相关分析网站精编版
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miRNA相关分析网站
miRNA数据库及靶基因分析软件
1.miRBase:
miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。
miRBase提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。
2.miRecords:
动物mi的靶相互作用的数据库,包括人工收集实验验证的,预测的miRNA的靶目标.靶标预测工具DIANA-microT,MicroInspector,miRanda,MirTarget2,miTarget,NBmiRTar,PicTar,PITA,RNA22,RNAhybrid,andTargetScan/TargertScanS.
3.PMRD:
PMRD是一个关于植物microRNA数据库,包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、搜索等等,并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。
4.CoGeMiR:
CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中microRNA在不同动物中的保守性。
该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于定位、保守性和表达谱方面的信息。
5.MicroRNAdb:
MicroRNAdb是一个关于microRNA的综合性数据库。
相比其他数据库,MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且进行了充分的注释。
如今,该数据库有732个microRNA序列的条目和439个详细的注释。
6.miRWalk:
miRWalkis是一个综合性数据库,提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测信息和经过验证的位于其上的结位点。
7.TarBase:
TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因,包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因,区分出这些miRNA靶基因中的对的和不对的。
miRGator数据库是一个引导对miRNA进行功能阐释的工具。
功能分析和表达谱结合靶基因预测,可以对miRNA的生物学功能进行推测。
miRGen是一个整合型数据库,包括:
(i)动物miRNA和基因组元件之间的位置关系;(ii)通过结合广泛使用的靶基因预测程序得到动物miRNA靶基因。
miRNAMap数据库搜集了多个物种的经过试验证明的microRNA和miRNA靶基因,其中包括人类的、小鼠的、大鼠的以及其他多细胞动物的基因组。
Vir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。
ViTa数据库搜集来自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等数据库的病毒数据,包括了已知的病毒的miRNA以及相应的由miRanda和TargetScan预测的宿主miRNA靶基因。
ViTa还提供有效的注释,包括人类miRNA的表达情况,病毒感染的组织等。
13.ASRP
ASRP网站组织了拟南芥中的小RNA的信息,这些小RNA是通过ASRP或其他实验室分离得到的。
miRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。
miRex是一个分析microRNA基因表达的在线资源库,搜集,整理和分析已发表的关于microRNA基因表达的数据,它允许研究者通过数千数据点来分析基因表达和提供microRNA基因表达数据的在线保存。
自然产生的miRNA的靶标位点DNA变异的数据库.
abioinformaticwebinterfaceabletocustomanalyzedeepsequencingdatatostudymiRNAvariantsorisomiRs.FromGeneticCausesofDiseaseGroup,GenesandDiseaseProgram,CentreforGenomicRegulation(CRG),PompeuFabraUniversity,Barcelona,Catalonia,Spain.
18.WMD3:
WMD3designsartificialmicroRNAs(amiRNAs).The21meramiRNA21merscanspecificallysilencegsingleormultiplegenesofinterestinmorethan90plants.FromMaxPlanckInstituteforDevelopmentalBiology,72076Tübingen,Germany.
TargetScan是通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。
miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱。
21.PicTar:
icTar是通过一定计算法则来鉴定microRNA的靶目标的。
该可搜索的网站可以提供以下物种的关于microRNA靶目标的预测详细信息,包括:
脊椎动物、七个果蝇种类、三个线虫种类和人类的非保守但共表达的microRNA的靶目标(例如:
表达在同一组织的microRNA和mRNA)。
RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具,是通过一种域码来实现的。
例如一条短链序列结合到长链的最佳位置上。
该工具主要作为microRNA靶基因预测用.
microInspector提供miRNA结合位点的预测。
24.TripletSVM:
TripletSVM是一个用于预测一个具有发夹结构的被查询序列是否是一个真正的miRNA前体物的程序.
25.TransmiR:
TransmiR是关于转录因子的microRNA调节的数据库,对于用于学术研究室免费的。
miR2Disease数据库是一个人工注释的数据库,主要收录的是与人类疾病相关的microRNA信息.
27.S-MED:
S-MED(肉瘤microRNA表达数据库)是一个存储miRNA表达谱的数据库,这些miRNA是在多种人的肉瘤中以及一些选择的正常组织中发现的。
植物microRNA数据库
26.deepBase:
deepBase从新一代测序技术(深度测序技术,deep-sequencing)数据中注释和鉴定microRNA,piRNA,siRNA基因及长非编码RNA基因及其他们的表达模式。
30.starBase:
starBase从高通量的CLIP-Seq实验数据(CLIP-Seq和HITS-CLIP)和降解组实验数据中(degradomesequencing)搜寻micorRNA的靶标。
提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标
31.PITA:
PITA基于靶位点的可接性(target-siteaccessibility)预测microRNA的靶标。
RNA22基因序列特征预测microRNA的结合位点。
33.miRTarBase:
一个全面收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。
34.miRanda:
miRanda是John等于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。
miRanda适用范围广泛,不受物种限制,同时提供了windows,linux,和macintosh多平台版本,可以下载到本地运行。
碱基互补方面,miRanda算法和Smith-Waterman算法相似,但它以碱基互补(如A=U,G≡C等)代替Smith-Waterman算法中的碱基匹配(如A-A,U-U等)来构建打分矩阵,允许G=U错配,为了体现miRNA3’端和5’端和靶基因作用过程中的不对称性,软件给出了scale参数(5’端11个碱基得分值乘以该值,然后和3’端11个碱基得分值相加作为碱基互补得分)。
同时强调miRNA第2到4位碱基和靶基因精确互补,第3到12位碱基和靶基因错配不得多于5个,9到L-5(L为miRNA总长)位碱基至少一个错配,最后5个碱基错配不得多于两个。
35.DIANA-microT:
网站无
DIANA-microT是KiriakidouM等基于实验和计算生物学方法开发的miRNA靶基因预测软件。
和miRanda预测结果中可能出现一个miRNA对应多个靶位点或多个miRNA对应一个靶位点而丢掉了miRNA调控单个靶位点不同的是,DIANA-microT考虑了miRNA调控单个靶位点的情况。
DIANA-microT预测算法基于以下两点来判别miRNA靶基因:
①miRNA和靶基因间的高亲和力,主要通过结合能来衡量。
②影响miRNA和靶基因所形成二聚体茎环结构环部位置和环大小的miRNA相关蛋白可能指导miRNA和靶基因的相互作用。
36.RNAhybrid:
RNAhybrid是BehmsmeierM等基于miRNA和靶基因二聚体二级结构开发的miRNA靶基因预测软件。
RNAhybrid预测算法禁止分子内、miRNA分子间及靶基因间形成二聚体,根据miRNA和靶基因间结合能探测最佳的靶位点。
尽管随着靶基因序列长度增加,运算复杂度也相应增加,但RNAhybrid和其它RNA二级结构预测软件诸如mfold,RNAfold,RNAcofold和pairfold相比,仍具有明显的速度优势。
此外,RNAhybrid允许用户自定义自由能阈值及p值,也允许用户设置杂交位点的偏向,如杂交位点必须包含miRNA5’端2-7nt等。
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