利用COI基因对北京繁殖猛禽进行北师大二附中.docx
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利用COI基因对北京繁殖猛禽进行北师大二附中
利用COI基因对北京猛禽进行
物种鉴定与亲缘关系的研究
研究课题小组:
张泽西觉罗雅威
辅导教师:
张亚、李雪北京市西城区青少年科技馆
胡红信北京师大二附中
该项目获得2010年第30届北京青少年科技创新大赛一等奖
摘要
随着年龄、性别、季节和亚种的不同,猛禽在形态上会出现显著变异,导致分类鉴定比较困难。
本研究根据DNA条形码技术原理,采用国际通用的线粒体细胞色素C氧化酶亚基I基因(COI基因),对北京地区的25种猛禽进行了测序,测序总长度达到749bp。
此外,我们还查找了在北京分布的其他猛禽的详细资料,并在Genbank中查找到其中9种猛禽的COI基因序列,从而建立起“北京猛禽DNA条形码数据库”,涉及种类34种,占北京猛禽总种数的80%,为北京猛禽的物种识别与鉴定提供了一个新的途径。
利用Genbank中的Blast软件,我们建立了一个北京猛禽物种序列比对识别程序,为今后北京开展猛禽救助和保护过程中对难于辨别的猛禽尤其是幼体的物种鉴定提供了一个可靠的技术手段。
根据所测的各物种COI基因序列,我们构建了北京猛禽的系统进化树,为了解北京猛禽的起源与进化奠定了初步的基础。
关键词:
猛禽,北京,物种鉴定,COI基因,Blast程序,亲缘关系
1前言
1.1 猛禽
猛禽是鸟类中重要的生态类群之一,是隼形目(Falconiformes)和鸮形目(Strigiformes)鸟类的统称[1]。
在形态上,它们以嘴强大呈钩状、翼大善飞、脚强健而有力、趾有锐利勾爪而著称。
猛禽分布广泛,性情凶猛,常捕食其他鸟类和鼠、兔、蛇等,或食动物腐尸[2]。
作为食物链的顶极消费者,猛禽在生态系统中扮演着十分重要的角色。
由于多数种类能够捕食农林害鼠或害虫,在维持生态平衡,控制啮齿类动物的数量等方面具有不可替代的作用,因此猛禽的生存和保护受到世界各国的普遍重视。
为了保护这个类群的鸟类,在1988年11月颁布实施的《中华人民共和国野生动物保护法》中,我国政府将境内分布的所有猛禽都列为国家重点保护野生动物,严禁捕杀和贩卖。
北京地区猛禽资源丰富,已经记录的猛禽有43种,其中比较常见的有31种[3,4]。
随着年龄、性别、季节和亚种的不同,猛禽在形态上常会出现显著变异[2-3],导致猛禽的分类鉴定比较困难。
1.2 北京猛禽中心
在北京地区有两个救助野生动物的专门机构,一个是位于顺义区的北京市野生动物救护中心,另外一个是位于北京师范大学校园内的北京猛禽救助中心。
北京猛禽救助中心成立于2001年12月,是由国际爱护动物基金会(IFAW)、北京师范大学和北京市林业局野生动物与自然保护区管理站共同在北京地区设置的一个动物救助项目,其目的是结合国际先进的猛禽救助技术与经验,通过科学的救助方法,为北京及周边地区受伤、生病、迷途以及在执法过程中罚没的猛禽提供治疗、护理和康复训练,并在适宜的野外栖息地及时放飞已康复的猛禽。
截止到2009年底,该中心已经接收并救治了近三千只猛禽,其中一半以上成功地返回了大自然。
1.3 研究背景
2008年秋季,在班主任老师的带领下,我们参观了北京猛禽救助中心。
参观时,我们发现在这里接受治疗的猛禽种类繁多,形态各异。
据救助中心的工作人员介绍,在猛禽救助的过程中,准确判断伤病物种的种类,并有针对性地实施救助是成功救助猛禽的先决条件。
但由于很多猛禽形态变化很大,同一种类在不同季节、不同年龄存在显著差异,因此难于从形态上鉴定种类,这为猛禽的保护和救助工作带来了难题。
尤其是每年夏季北京猛禽救助中心所接收的猛禽有很多是幼鸟,更难于从外形上准确判断种类,即使是专家也难于辨认。
例如,2008年6月25日,北京猛禽救助中心的工作人员曾收到一只猛禽幼鸟,因为年龄太小,即使是专家也不能确定它的真实身份(见附件1)。
由于不同种类的猛禽的生活习性、食物种类可能存在差异,因此能否准确地进行物种鉴定有时会影响这些幼小的猛禽的救助效果,关系着它们能否成功地重返大自然。
因此,为了解决物种识别的问题,更好地保护猛禽,需要找到一种先进、安全、可靠的方法对物种进行准确鉴定。
近年来,DNA条形码技术(DNABarcoding)以其准确、快速等优点,弥补了传统形态学鉴定物种的缺陷[5]。
DNA条形码技术是通过对一个标准目的基因的DNA序列进行分析从而进行物种鉴定的新技术,其原理与零售业中对商品进行辨认的商品条形码是一样的。
2003年,加拿大圭尔夫大学的生物学家保罗·赫伯特(PaulHebert)和他的同事在《英国皇家学会学报》上发表了一篇论文,提出用一种基因的序列作为鉴别不同物种的“条码”,这个被选中的基因就是线粒体的细胞色素c氧化酶I基因(简称COI基因)[6]。
DNA条形码是以COI基因序列为基础,利用DNA碱基排列的差异对物种进行分子分类鉴定的新方法[7]。
目前国际上制订了一系列有关利用DNA条形码进行物种鉴定的标准,为物种鉴定提供了方便,并在许多类群的物种鉴定中得到了利用。
有关北京地区的猛禽的研究还很少,目前只有一些形态特征的描述[2-3],尚未有采用分子生物学的技术手段进行物种鉴定方面的研究。
因此,本研究尝试采用国际上最新的物种鉴定技术,测定和收集北京地区各种猛禽的COI基因序列,建立较为完整的DNA条形码数据库;然后根据Genbank中Blast软件的原理,设计针对北京地区猛禽识别的序列比对程序,以期为北京猛禽的救助和保护过程中物种鉴定提供一种可行途径。
此外,我们尝试利用不同物种在COI基因上的差异大小,对北京各种猛禽之间的亲缘关系进行了初步探讨。
2研究目的
2.1通过查阅资料和请教专家,了解北京地区猛禽的种类组成、分布及生存状况;
2.2通过测定和收集北京地区各种猛禽的COI基因序列,建立较为完整的DNA条形码数据库;
2.3通过完善北京地区猛禽的基因数据库,设计一个简洁、便利的Blast分析程序,为北京猛禽提供一个准确的鉴定手段,从而为猛禽保护提供有力依据。
2.4通过比较不同物种之间的遗传差异,探讨北京猛禽不同物种之间的亲缘关系。
3研究方法
3.1基本资料的收集
通过查阅专著、论文及网上的资料,结合请教专家和实地考察,获得关于北京地区猛禽种类、分布、生活习性等方面的信息。
同时,根据相关的研究报道,确定本研究的实验方法,设计研究方案。
3.2研究思路
具体内容包括:
Ø确定研究主题,请教专家,查找关于北京地区猛禽的文献资料
Ø参观猛禽救助中心和博物馆、标本馆,开展野外考察,收集样品
Ø通过预实验确定分子生物学实验的技术方案
Ø在实验室内进行COI基因提取,找专业公司测序
Ø从Genbank中查找在北京地区没有获得样品的猛禽的COI基因
Ø建立数据库,编写Blast软件,为猛禽识别提供依据
Ø进行物种鉴定的研究
Ø利用基因序列的差异比较,分析各物种之间的亲缘关系
Ø结果分析,论文撰写和修改
3.3实验材料采集及保存
从北京师范大学动植物标本馆和北京猛禽救助中心获得25种猛禽的样品。
这些样品多数为血液,是猛禽中心接收时进行常规病理检查时抽取的;少数为救治过程中死亡个体或实施安乐死个体的肌肉样品以及博物馆的组织材料。
实验样品送回实验室后,均置于超低温(-80°C)冰箱中保存,防止DNA降解。
样品来源信息见表1。
表1样品名称及来源
物种名
学名
样品编号
采集时间
采集地点
引物
红隼
Falcotinnunculus
90104
2009-1-4
北京师范大学标本馆
F2R1
红隼
Falcotinnunculus
80403
2008-4-10
北京猛禽救助中心
F2R1
雀鹰
Accipiternisus
81007
2008-10-20
北京猛禽救助中心
F2R1
日本松雀鹰
Accipitergularis
80905
2008-9-20
北京师范大学标本馆
F2R1
红脚隼
Falcoamurensis
80673
2008-6-28
北京猛禽救助中心
F1R2
燕隼
Falcosubbuteo
80927
2008-9-30
北京猛禽救助中心
F2R1
秃鹫
Aegypiusmonachus
80102
2008-1-4
北京师范大学标本馆
F2R1
白尾鹞
Circuscyaneus
80420
2008-4-29
北京师范大学标本馆
F1R2
苍鹰
Accipitersoloensis
80907
2008-9-21
北京师范大学标本馆
F2R1
纵纹腹小鸮
Athenenoctua
90108
2009-1-18
北京猛禽救助中心
F1R2
长耳鸮
Asiootus
71219
2007-12-22
北京师范大学标本馆
F2R1
雕鸮
Bubobubo
80404
2008-4-11
北京师范大学标本馆
F2R1
领角鸮
Otusbakkamoena
61112
2006-11-12
北京猛禽救助中心
F2R1
大鵟
Buteohemilasius
90110
2009-1-23
北京猛禽救助中心
F1R1
普通鵟
Buteobuteo
90302
2009-3-3
北京师范大学标本馆
F1R1
猎隼
Falcocherrug
80651
2008-6-16
北京猛禽救助中心
F1R1
猎隼
Falcocherrug
80748
2008-7-30
北京猛禽救助中心
F1R1
凤头蜂鹰
Pernisptilorhybchus
60921
2006-9-23
北京猛禽救助中心
F1R1
白腹鹞
Circusspilonotus
90741
2009-7-18
北京猛禽救助中心
F1R1
灰脸鵟鹰
Butasturindicus
80739
2008-7-17
北京猛禽救助中心
F1R1
草原雕
Aquilanipalensis
90751
2009-7-27
北京猛禽救助中心
F1R1
游隼
Falcoperegrinus
80505
2008-5-5
北京猛禽救助中心
F1R1
短耳鸮
Asioflammeus
81005
2008-10-10
北京猛禽救助中心
F1R1
赤腹鹰
Accipitersoloensis
80744
2008-7-22
北京师范大学标本馆
F1R1
毛脚鵟
Buteolagopus
80225
2008-2-22
北京猛禽救助中心
F1R1
鹰鸮
Ninoxscutulata
90522
2009-5-22
北京猛禽救助中心
F1R1
红角鸮
Otusscops
60705
2006-7-5
北京师范大学标本馆
F1R1
3.4DNA实验
利用实验室常规方法进行DNA提取和扩增实验,所用试剂、仪器设备及详细的实验流程见附录6。
3.5DNA条形码数据库的建立
BLAST是目前常用的数据库搜索程序,是BasicLocalAlignmentSearchTool的缩写,可以翻译为“基本局部相似性比对搜索工具”。
为利用基因序列对物种进行鉴定,我们根据Genbank中Blast软件的原理(详见附录7),下载最新的Blast软件版本(Blast2.2.20)到我们使用的微机上。
Blast2.2.20是一个庞大软件,包含了Genbank中所有物种的数据库,可运行各种匹配程序[8]。
由于我们的序列是猛禽的COI基因序列,因此仅选取下载软件的Blastall程序,将测序的25种猛禽和从Genbank下载的9种猛禽的序列整合建立一个本地数据库(Fasta格式),即北京地区猛禽DNA条形码数据库。
我们将建立起来的本地数据库,连同Blastall程序和格式化程序formatdb,以及Windows-Dos操作命令提示符一起放入一个文件夹下进行操作。
在进行物种鉴定时,操作程序为先格式化本地数据库,然后输入未知种类的序列与数据库中的序列进行比对,按照匹配程度给出分值,输出到指定的文本文件中。
从文本文件的输出结果,我们可以鉴别出任何未知序列的猛禽种类。
3.6北京猛禽亲缘关系的研究
由于猛禽CO1基因序列差异很大,因此我们尝试用该基因构建进化树,期望能够看出这些物种间的亲缘关系,为以后更好地鉴定猛禽的物种,以及讨论各物种之间的遗传分化程度和进化关系提供一定的分子生物学依据。
构建进化树的方法很多,如最小进化法(MinimumEvolution,ME法),邻接法(Neighbor-Joining,NJ法),最大简约法(Maximumparsimony,MP法),最大似然法(Maximumlikelihood,ML法)以及贝叶斯(Bayesian)法等方法。
基因序列分化程度较大,相互之间亲缘较远的物种一般使用NJ、ME或者ML法构建进化树,近缘物种一般使用MP法。
在本研究中,由于序列较远缘,使用MEGA(2-parameter(Kimura-2参数)模型,并且各分枝的置信度用自展法(Bootstrap)1000次重复检验,其余使用缺省的参数。
4研究结果
4.1北京地区猛禽的种类构成
查阅资料得知,北京地区的猛禽共有2目4科43种。
其中隼形目猛禽有33种(见表2),比较常见的有23种,包括鹰科的黑鸢、凤头蜂鹰、苍鹰、赤腹鹰、雀鹰、松雀鹰、大鵟、普通鵟、毛脚鵟、金雕、乌雕、白肩雕、白尾海雕、秃鹫、白尾鹞、雀鹞、短趾雕,鹗科的鹗,隼科的游隼、燕隼、灰背隼、红脚隼、红隼(蔡其侃,1987;高武等,1994;自然之友,1999),另外10种较为罕见。
金雕、白肩雕、白尾海雕为国家I级重点保护的野生鸟类,其余均为国家II级重点保护种类。
北京地区的鸮形目猛禽共有10种(见表3),比较常见的有8种,褐渔鸮和鹰鸮较为罕见,它们均为国家II级重点保护鸟类。
表2北京地区隼形目猛禽名录
科
种类
居留类型
鹰科Accipitridae
黑鸢Milvuskorschun
夏候鸟
凤头蜂鹰Pernisptilorhybchus
旅鸟
雀鹰Accipiternisus
旅鸟
松雀鹰Accipitervirgatus
旅鸟
赤腹鹰Accipitersoloensis
旅鸟
苍鹰Accipitergentilis
旅鸟
草原鹞Circusmacrourus
旅鸟
白腹鹞Circusspilonotus
旅鸟
白头鹞Circusaeruginosus
旅鸟
白尾鹞Ciruscyaneus
旅鸟
鹊鹞Circusmelanoleucos
旅鸟
普通鵟Buteobuteo
旅鸟
大鵟Buteohemilasius
冬候鸟、旅鸟
毛脚鵟Buteolagopus
冬候鸟、旅鸟
灰脸鵟鹰Butasturindicus
夏候鸟
短趾雕Circaetusgallicus
旅鸟
乌雕Aquilaclanga
旅鸟
金雕Aquilachrysaetos
留鸟
白腹隼雕Aquilafasciata
旅鸟
靴隼雕Aquilapennatus
旅鸟
草原雕Aquilanipalensis
旅鸟
白肩雕Aquilheliaca
旅鸟
白尾海雕Haliaeetusalbicilla
旅鸟
玉带海雕Haliaeetusleucoryphus
旅鸟
秃鹫Aegypiusmonachus
留鸟
鹗科Pandionidae
鹗Pandionhaliaetus
旅鸟
隼科Falconidae
黄爪隼Falconaumanni
夏候鸟
红脚隼Falcovespertinus
夏候鸟
游隼Falcoperegrinus
旅鸟
猎隼Falcocherrug
旅鸟、冬候鸟
红隼Falcotinnunculus
夏候鸟、冬候鸟、旅鸟
灰背隼Falcocolumbarius
旅鸟
燕隼Falcosubbuteo
旅鸟
表3北京地区鸮形目猛禽名录
科
种类
居留类型
鸱鸮科
Accipitridae
领角鸮Otusbakkamoena
留鸟
红角鸮Otusscops
夏候鸟
雕鸮Bubobubo
留鸟
褐渔鸮Ketupazeylonensis
旅鸟
鹰鸮Ninoxscutulata
旅鸟
纵纹腹小鸮Athenenoctua
留鸟
长尾林鸮Strixuralensis
夏候鸟
灰林鸮Strixaluco
旅鸟
长耳鸮Asiootus
旅鸟、冬候鸟
短耳鸮Asioflammeus
旅鸟
利用假期和周末,我们参观了中国科学院的国家动物博物馆和北京师范大学的动植物标本馆,对常见猛禽的形态特征进行了观察和记录。
此外,我们还在辅导老师的带领下,到北京郊区进行了实地考察,见到了红隼、大鵟等猛禽,了解了部分猛禽的分布环境和生态习性。
综合文献、标本和实地考察,我们获得了北京猛禽的一些形态特征和生态习性的数据资料(见附录5)。
4.2COI基因测序结果
4.2.1电泳结果
用凝胶成像系统(White-UltravioletTransilluminator)得到猛禽DNA的电泳图,总DNA电泳图见图1.COI序列的扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测,目的条带大小在750bp左右,产物为单一条带,扩增效果见图2。
各引物序列详见附录2。
图1.部分猛禽样品的总DNA电泳图
图2北京地区猛禽COI基因的扩增电泳图
1-18分别为1纵纹腹小鸮,2红脚隼,3红隼90104,4红隼80403,5大鵟,6普通鵟,7猎隼80651,8猎隼80748,9凤头蜂鹰,10白腹鹞,11灰脸鵟鹰,12草原雕,13游隼,14短耳鸮,15赤腹鹰,16毛脚鵟,17鹰鸮,18红角鸮。
4.2.2测序结果
切取目的片段进行回收测序。
测得25种北京猛禽的COI序列,长度为749bp,序列组成见附录3.
4.3BLAST程序
利用Blast软件进行基因对比能够简单、快捷的鉴定出该猛禽的物种,原理及使用方法详见附录。
经过检测,我们可以成功地从本地数据库中查找到未知序列,并鉴定出物种。
测序时,我们发现北京猛禽救助中心一只原先标记为“猎隼80403”的个体的序列与我们所测的红隼序列相似,只有一个碱基的差别。
与Genbank的红隼的相似度也分别达99%(EU196361.1)和达100%(EF515774.1),而与猎隼最大相似度仅为91%(EF095243.1)。
于是我们又测序了从猛禽中心获得的另外两只猎隼样品(猎隼80651和猎隼80748),测序后发现这两只个体的CO1基因序列完全相同,且与genebank上猎隼(EF095241.1)的基因序列相似,但与“猎隼80403”的个体的序列明显不同。
由此我们判定原标号80403的猎隼样品应为红隼,很可能是由于接收的是幼鸟导致物种鉴定有误。
这次意外的发现,不仅验证了CO1基因可以用于精准的物种鉴定,还提醒我们猛禽救护过程中结合分子手段进行物种鉴定的重要性。
4.4北京猛禽的亲缘关系
在本研究中,我们以亲缘关系较远的的鸡形目的日本鹌鹑(Coturnixjaponica),(genebank登录号:
AP003195.2)、藏马鸡(Crossoptilonharmani)(基因序列由张雁云老师提供)和爬行类鳄鱼(Crocodylussiamensis)(genebank登录号:
EU621816.1)作为外群,利用自己测序得到的隼形目20条序列和genebank下载的9条序列(附录4),以及鸮形目自己测序得到的7条序列分别构建了隼形目和鸮形目的进化树(NJ树和ME树),结果见图3-图6。
从结果来看,基于CO1基因构建的NJ树和ME树的结构基本是一致的,大多数同类的猛禽聚到了一起,各类群基本是独立进化的。
例如,隼形目的鹞属(Circus)、鵟属(Buteo)、隼属(Falco)以及鸮形目的角鸮属(Otus)和耳鸮属(Asio)等。
但鹰属(Accipiter)在系统进化树上具有多个分支,没有聚为一支,表示传统分类上的鹰属可能不是一个单一属,其分类上还存在着需要进一步研究的问题。
从隼形目的NJ树和ME树可以看到,鹗科和鹰科亲缘关系较近,同隼科亲缘关系较远。
在鵟属(Buteo)中,普通鵟(Buteobuteo)和大鵟(Buteohemilasius)的关系比与毛脚鵟更近。
一个有意思的发现是,秃鹫(Agegypiusmonachus)在传统分类上应该属于鹰科,但在我们构建的系统树上却与隼科鸟类亲缘关系更近。
这个问题也需要进一步研究予以确证。
从鸮形目的ME树,可以大致判断角鸮属(Otus)和鹰鸮属(Ninox)亲缘关系较近,而耳鸮属(Asio)和雕鸮属(Bubo)亲缘关系较近。
通过CO1基因我们构建了比较理想的进化树,也可以说明利用该基因的DNA碱基排列的差异对物种进行分子分类鉴定是可靠的。
5讨论
北京猛禽共有43种,约占我国猛禽总数[1-2]的50%以上,表明北京是我国猛禽种类分布较多的地区。
这可能与北京的地理位置和自然环境有关。
北京位于我国鸟类迁徙的东部路线上,每年南来北往的猛禽大都要经过本地区,因此导致猛禽种类丰富。
此外北京尽管面积不大,但自然生境类型多样,有森林、灌丛、草甸、湿地、农田等类型,为猛禽的栖息提供了良好的条件。
从动物区系上来看,北京属古北界、东洋界种类相互渗透的地区,还是古北界的蒙新区、东北区、华北区的交汇地带[4],动植物区系组成比较复杂,因此猛禽种类十分丰富。
北京地区以往对猛禽的研究以资源普查为主,主要包括松山、百花山等自然保护区资源调查报告,如松山国家级自然保护区调查报告[9]。
但在北京猛禽的分子鉴定方面尚无专门报道,因此本论文填补了北京这方面研究工作的空白。
DNA条形码技术是一种先进的生物分类与鉴定技术,目前国外在鸟类的物种识别和分类方面已经开始应用这项新技术[7]。
本研究根据DNA条形码技术的原理,利用线粒体COI基因序列建立了北京猛禽的物种识别程序。
我们测得的北京猛禽的基因序列(749bp)中包含了国际上公认的DNA条形码区域(648bp),因此能够进行物种的分子鉴定。
利用DNA条形码进行物种鉴定有一个有效性原则,即DNA序列的种间差异要比种内差异大得多[5-6]。
实验结果表明,我们测得的25种猛禽均具有独特的DNA条形码,没有发现物种之间拥有同样的序列,物种之间的差异大多为种内差异的10倍以上,这就为北京猛禽的准确鉴定提供了先决条件。
本研究为北京地区猛禽建立了COI基因序列数据库,包括的猛禽有34种,占北京猛禽种类总数的80%以上,其中25种的序列是我们通过DNA扩增和测序得到的,另有9种来自于Genbank.通过对“疑似猎隼”样品的成功鉴定,表明使用COI基因序列来做条形码开展北京猛禽的物种鉴定是完全可行的。
此外,利用COI基因我们还探讨了北京各种猛禽之间的亲缘关系,获得了一些有意思的结果。
例如,鵟属、鹞属、隼属、角鸮属、耳鸮属等相同类群的猛禽在进化树上聚在一起;秃鹫与隼科关系更近,而与鹰科关系较远等。
此外,我们发现传统的鹰属鸟类在分子进化树上没有聚为一支,或许意味着它们的起源和进化历史有所不同。
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