向GenBank批量上传序列地方法.docx
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向GenBank批量上传序列地方法.docx
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向GenBank批量上传序列地方法
向GenBank批量上传序列的方法
Qin
1.利用DNAstar的editSeq制作待序列的FASTA文档:
待上传序列删减至合适长度后,将待上传序列全部打开
随后点击File-exportasone,保存文件格式为:
*.fas,将待上传序列全部归至一个FASTA文档。
注意序列命名:
2.在GenBank的SubmissionTools里,下载序列信息编辑软件Sequin。
网址:
http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/(下图中点击Instructions下载软件)
注意打开安装文件后,程序会自动安装在安装包所在的文件夹。
3.打开Sequin,点击StartNewSubmission。
4.随后选择序列发布日期,输入论文题目。
若之前保存有模板,可以点击下面的“Clickheretoimportatemplate”导入。
模板导出在下文的第五点提到。
5.联系人、作者信息、机构或者学校信息
建议导出模板,之后修改信息时可以直接导入模板而不需重新输入。
6.选择上传的序列类型。
7.导入之前准备好的FASTA文件:
导入之后,输入序列ID(序号ID相当于编号,可以自由命名,只要各个序列的ID不一致即可。
在这里以病人编号作为序列ID):
导入序列成功后,显示各个序列信息如下:
点击SequencingMethod,将测序方法输入:
选择上传序列的用途:
病毒类型:
8.编辑每条序列的信息:
点击ImportSourceTable可以导入模板,点击ExportThisTable可以输出模板备用。
9.选择核酸类型,序列内容后,点击OpenRecordViewer。
10.添加每条序列的信息,包括编码区重复区RNA结构等等。
双击相关信息可进行修改,点击Annotate添加相关信息。
11.检查信息是否有误(也可以点击Search里的Validate检测是否有明显错误):
有些错误是可以忽略的,如上传的序列为CDS序列,那么软件报错”序列无终止子”时可忽略。
随后,点击Done保存待上传序列:
注意此时保存的文件包含所有序列信息,因此只需保存一次即可。
12.将保存好的文件作为邮件附件,发送至:
gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov
13.收到accessionnumber即表示上传成功。
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