DNAStar中文使用说明书概述.docx
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DNAStar中文使用说明书概述
DNAstar---综合性序列分析平台
生物谷提供下载,感谢原整理作者
GETTINGSTARTED
IntroductoryTouroftheLASERGENESystem
MAY2001
DNASTAR,Inc.
1228SouthParkStreet
Madison,Wisconsin53715
(608)258-7420
Copyright.2001byDNASTAR,Inc.
Allrightsreserved.Reproduction,adaptation,ortranslationwithoutpriorwrittenpermissionisprohibited,exceptasallowedunderthecopyrightlawsorwiththepermissionofDNASTAR,Inc.
SixthEdition,May2001
PrintedinMadison,Wisconsin,USA
TrademarkInformation
DNASTAR,Lasergene,Lasergene99,SeqEasy,SeqMan,SeqManII,EditSeq,MegAlign,GeneMan,Protean,MapDraw,PrimerSelect,GeneQuest,GeneFont,andtheMethodCurtainaretrademarksorregisteredtrademarksofDNASTAR,Inc.MacintoshisatrademarkofAppleComputers,Inc.WindowsisatrademarkofMicrosoftCorp.ABIPrism373,377and3700areregisteredtrademarksofAppleraCorp.,ALFisaregisteredtrademarkofPharmaciaBiotechA.B.,MacVertor.andGCG.areregisteredtrademarksofPharmacopeia,Inc.
Disclaimer&Liability
DNASTAR,Inc.makesnowarranties,expressedorimplied,includingwithoutlimitationtheimpliedwarrantiesofmerchantabilityandfitnessforaparticularpurpose,regardingthesoftware.DNASTARdoesnotwarrant,guaranty,ormakeanyrepresentationregardingtheuseortheresultsoftheuseofthesoftwareintermsofcorrectness,accuracy,reliability,currentness,orotherwise.Theentireriskastotheresultsand
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目录
在苹果机(Macintosh)上的安装与升级05
通过因特网升级06
软件安装07
网络安装08
疑难解答12
在PC机(Windows)上安装与升级17
通过因特网升级18
软件安装19
从EditSeq开始21
从GeneQuest开始31
从MapDraw开始44
从MegAlign开始54
从PrimerSelect开始65
从Protean开始78
从SeqManII开始89
LASERGENE
for
Windows&Macintosh
DNASTARInc.(608)258-7420fax:
(608)258-7439
email:
support@dnastar.com
在苹果机(Macintosh)上的安装与升级
通过因特网升级
必备条件6
下载升级程序6
软件安装
必备条件7
从CD安装Lasergene7
网络安装
必备条件8
定义8
Dongle安装10
服务器安装10
终端机安装11
疑难解答
系统配置冲突及网络问题12
解决网络问题的其他工具13
授权错误报告14
程序使用及更多的授权信息15
通过英特网升级
如果您以前已经安装了Lasergene而且目前有升级和服务联系,您就可以通过英特网来升级您现有的版本,各种模块(module)都是以自解压形式存储的,你可以选择性的下载安装。
必备条件
您的用户名和会员号是必需的,可以在安装盘上找到。
程序升级
备份您已有的Lasergene,找到您要升级的程序,并把它转移到备份的文件夹中。
连接到DNAstar网站的主页(),从菜单中的Customers中点击LasergeneUpdates点,安提示输入密码和用户名(与会员名相同),这样就会打开下载页面,找到Macintosh软件(MacintoshSoftware),就可以下载您想要的模块了。
模块下载完毕以后,双击文件将其解压缩到已经安装的DNAstar文件夹中替换旧的模块文件。
用MacintoshFinder打开Lasergene浏览器,找到DNAstar文件夹,从FILEMENU选择UpdateApplications,然后插入安装盘,等待升级完毕。
软件安装
本节介绍若何从CD在苹果机(Macintosh)上安装Lasergene。
注意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行。
必备条件
一张个人的Lasergene安装盘;
一张Lasergene软件光碟;
足够的硬盘空间和内存:
至少30Mb的硬盘,32Mb的RAM。
从光盘安装Lasergene
插入安装盘和安装光盘,双击图标,则出现下面的窗口,点击继续则出现安装窗口。
窗口中有两种安装选择:
简易安装和一般安装。
简易安装可以运行于68K-familyandPowerMacintoshes。
而一般安装可以安装工作站文件、执行文件和样品资料,我们推荐使用简易安装,如果使用一般安装可以节省5Mb的空间。
注意安装完毕后,要重新启动计算机。
网络安装
Lasergene网络系统是可以运行于局域网计算机上的软件。
他有两部分组成:
一是资料服务器,服务器要有较大的硬盘和较高的运行速度;二是与服务器相连的终端机。
后者通过一个称为dongle的Lasergene硬盘设备相连进行管理。
必备条件
安装磁盘(服务器版)
客户端磁盘,包括安装盘(终端版)和Disk1(终端版)。
Lasergene软件光盘
DNAstar网络用dongle
盘足够的硬盘空间和内存:
服务器至少30Mb的硬盘,8Mb的RAM。
终端机至少1Mb的硬盘,32Mb的RAM。
定义
在安装Lasergene网络系统之前要熟悉以下术语:
◆应用程序:
指EditSeq,GeneMan,GeneQuest,MapDraw,MegAlign,PrimerSelect,Protean,andSeqManII。
◆应用程序服务器:
是指存储应用程序的电脑,通常与dongle服务器是同一个服务器,但也可以不同,当在局部硬盘上安装网络程序时,也可以在同一个网络系统中同时存在多个不同的应用程序服务器,而且应用程序服务器不一定是苹果机,储存应用程序的机器也不一定必须能够运行该程序,仅仅是储存而已。
◆终端机安装(又称工作站安装),安装网络版本Lasergene运行的最小软件部分,它包括以下在内:
LicenseKeeper,Navigator,和系统资源。
◆终端机:
这可以是任何不作为DongleServer的网络上的机器。
终端机是任何最少穿过终端机安装的机器,这样是使得Lasergene应用程序运行需要的最少、最低限度的软件。
◆Dongle:
Dongle是网络版Lasergene需要的硬件装置。
每个网络系统都需要单独的Dongle。
dongle是末端上带1个短的电缆的小的矩形的装置。
有2不同的种类的dongles:
一种是在计算机背后可与调制解调器端口连起来,有9个pin插头;另一种有4个别针阳插头,连接鼠标和键盘。
◆Dongle服务器:
这是装有Dongle的机器,它肯定是最少穿过终端机安装的苹果计算机,这机器应该始终保持运行。
◆Navigator:
是为了更简单的进行Lasergene应用设计的工具。
在必要的情况下,Navigator将自动安装网络组件,而且为网络安装诊断工具。
◆LicenseKeeper:
和Dongle交流的持有人的系统扩展部分。
它告诉dongle哪个应用被开始,这样,dongle才允许末个机器程序运行。
◆服务器安装:
指Lasergene软件的完整安装,包括应用程序、LicenseKeeper、Navigator和系统资源。
Dongle安装
使Lasergene网络版能够运行的第一个操作就是安装dongle。
在你安装之前,请检查你的dongle是否有9-别针连接器(connector)或4-别针连接器(connector)。
◆关闭你打算装dongle服务器那台苹果计算机的电源。
◆如果你的dongle有9-别针连接器(connector),把它连接到你的计算机调制解调器的端口上。
调制解调器端口是一个有9个外置接口的设备,位于你的苹果计算机的后面的展示板上,电话听筒图标的附近。
◆如果你的dongle有4-别针连接器,从键盘断开鼠标,把dongle接在键盘上,接着,把你的鼠标接在dongle上。
◆重新启动苹果计算机。
◆
如果你的dongle被接在苹果计算机上,你必须按照dongle服务器那样进行软件安装。
如果你打算将这机器作为文件服务器,请安服务器安装的方法安装。
如果你不打算将这机器作为文件服务器,请安终端机安装的方法安装。
在对dongle服务器施行成功的软件安装之后,在启动时应该出现右面的服务器图标。
服务器安装(ServerInstallation)
◆这个安装和在第5页上所描述的软件安装过程基本相同的。
由于大部分的网络包括机器很多的不同的种类的(68K,和PowerMacintosh机器),所以我们推荐您选择简易安装。
◆
在完成软件安装之后,如右图操作共享Lasergene应用程序文件夹,这样,其他的网络用户才可以使用。
如果你不能确定怎样操作,请和你的网络管理员联络。
终端机安装(ClientInstallation)
◆终端机安装必须在全部需要对Lasergene服务器操作的机器,但不是文件服务器的机器。
◆插入安装磁盘终端机版本,然后按照在第5页上软件安装的方法安装。
◆随后通过苹果机菜单的选择命令将文件服务器和终端机相连。
一些网络可以使用其他的方法进行相连。
如果这步你有问题,请和你的网络管理员联络。
◆从终端机上的DNASTAR文件夹中运行浏览器。
◆从文件菜单,选择寻找应用程序,你应该收到如下信息:
全部应程序用都被浏览器找到了。
现在就可以从文件服务器运行Lasergene应用程序了。
疑难解答
系统配置冲突
一些系统配置可能会在安装过程冲突,如果你不能从Lasergene光盘成功地安装,可以关上不必要的配置:
◆用计算机控制板上的配置管理器关闭任何不必要的扩展程序。
◆或重新启动你的机器,继续安装。
网络疑难
找不到dongle服务器是网络问题中最常见的问题。
当你开始运行DNASTAR应用程序时,你会遇到这问题,提示信息显示:
DNASTAR许可服务器没有应答,请再试一次。
可能有以下几个原因:
◆是否装有dongle的计算机被关闭,如果是重启dongle机器即可。
◆是否dongle没有接在苹果计算机上,或者不在调制解调器端口或鼠标接口,按照第8页DongleInstallation命令在苹果计算机上重新安装dongle。
记住在除掉或者插入dongle之前先关闭计算机。
◆
如果你的dongle被接在IIfx,Quadra900或Quadra950等机子上,你不仅需要重新安装,还要进行如下操作:
从菜单中选择ControlPanels中的SerialSwitch双击,就会出现右面的窗口。
将Faster换成Compatible。
然后重启计算机。
如果dongle已适当地被接在调制解调器端口上,但是计算机不识别,那可能是你的计算机在booting期间里不是别调制解调器端口的记号。
用LicenseKeeper按下面的方法寻找调制解调器端口:
启动Navigator。
按Option——NETWORKMENU——SetLicenseKeeper的顺序打开右边的LicenseKeeper对话框。
把DongleDelay参数放到3秒上。
单击LicenseKeeper,接着Done。
重启苹果计算机。
如果问题还没解决,和DNASTAR联络。
其他解决网络问题方法
要了解您的计算机和全部可通过网络运行DNASTAR的dongle服务器,选择NETWORKMENU中的DiagnoseLicenseKeeper。
计算机将告诉您是否dongle被安装到你的计算机上,是否存在LicenseKeeper系统配置。
同时显示LicenseKeeper站点识别和版本编号。
无论你的计算机的授权状态如何,Navigator都会报告所有已连接的dongle服务器的状态。
许可服务器报告在网络地带附近形成,可显示全部对你的网络应答的dongle服务器的用户名,站点识别和版本编号。
通常,你的LAN包括单一的dongle服务器,但是,大的网络上可以有几个。
如果你的计算机被接在大的LAN上,打开这个报告可能会慢一些。
确定全部LicenseKeeper服务器的地点要求networkrequest被送到在LAN上每个区。
至少需要1秒钟才能确定是否有回应。
LicenseKeeper错误报告
如果授权系统没有安装,或者和dongle服务器连接困难,Navigator将会发现问题,报告错误信息。
下面斜体为错误类型,其后是各自的原因。
LicenseKeeper系统扩展没在系统文件夹或扩展文件夹中。
重新安装Lasergene客户端软件。
Navigator不能和系统扩展连接,也没在系统文件夹中发现。
对于System7或较晚的Macintoshes,如果你重启计算机时按下Shift键,则可能发生这问题。
当计算机起动的时候,按下了鼠标按钮或Shift键。
重启你的机器。
因为系统扩展在启动时被失活了,所以Navigator不能和系统扩展交流。
你的机器上安装了较老版本的Mac机网络协议。
安装53或更新版本的Mac机网络协议。
安装的Mac机网络协议不支持系统扩展。
在小的网络或closely-knit的安装上,这将不是问题,因为dongle服务器与其他的客户机在同一个区。
如果必要,DNASTAR能为较新版本的Mac机网络协议(AppleTalk)提供驱动和installationscript。
不能在网上注册LicenseKeeper。
和DNASTAR联络。
由于你的计算机上有太多的其他的网络处理,系统扩展不能进行网络操作。
这种情况很少见,但如果您的计算机是网络中介的话,有时也会发生。
LicenseKeeper系统扩展所需的内存不够。
关闭不必要的系统扩展。
如果你的操作系统在你的计算机上使用了全部的内存,这也会发生。
。
系统文件夹被保护。
去除系统文件夹保护,重启计算机。
系统文件夹里的文件和已经使用的文件不能够保存。
磁盘压缩和口令保护的扩展时会发生这些问题。
重新安装Lasergene工作站软件。
系统扩展使用的系统文件夹里的文件不存在了。
应用程序的使用
为了了解已连接的用户的数目,用户使用了什末程序,程序使用的时间,可以从NETWORKMENU打开ApplicationUsage。
窗口中还会显示有关诸如客户/服务器状态,站点识别和LicenseKeeper系统扩展的版本编号等一般信息。
当这窗口打开时,Navigator将没10秒钟更新一次应用程序的使用信息。
更多的LicenseKeeper信息
计算机启动时,LicenseKeeper将自动寻找网络的区信息和每个区的dongle服务器。
只有标识号与LicenseKeeper系统扩展相符的dongle服务器才能够被识别。
这允许1台以上dongle服务器在相同的网络的范围内操作。
如果网络管理员改变了有dongle服务器的区名并重新启动dongle服务器,那末区外的所有终端机也必须重新启动。
系统扩展作为DongleServer成功启动时,在启动期间会出现这个图标。
系统扩展作为终端机成功启动时,在启动期间会出现这个图标。
系统扩展被安装,但是由于较少的内存或失活(启动时按下了鼠标)而不能启动时会出现这个图标。
WINDOWS上的安装与升级
通过因特网升级
必备条件18
下载升级程序18
软件安装
必备条件19
从CD安装Lasergene19
通过英特网升级
如果您以前已经安装了Lasergene而且目前有升级和服务联系,您就可以通过英特网来升级您现有的版本,各种模块(module)都是以自解压形式存储的,你可以选择性的下载安装。
必备条件
您的用户名和会员号是必需的,可以在安装盘上找到。
程序升级
备份您已有的Lasergene,找到您要升级的执行程序,并把它转移到备份的文件夹中。
连接到DNAstar网站的主页(),从菜单中的Customers中点击LasergeneUpdates点,安提示输入密码和用户名(与会员名相同),这样就会打开下载页面。
找到windows软件(Windows95/98/NTSoftware.),就可以下载您想要的模块了。
模块下载完毕以后,双击文件将其解压缩完毕。
看到“Applicationname”hasbeenupdated.说明升级完毕。
软件安装
本节介绍若何从CD在PC机(Windows)上安装Lasergene。
注意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行。
必备条件
一张个人的Lasergene安装盘;
一张Lasergene软件光碟;
足够的硬盘空间和内存:
至少30Mb的硬盘,32Mb的RAM。
从光盘安装Lasergene
插入安装盘和安装光盘,双击安装图标,则出现下面的窗口,点击继续则出现安装窗口。
随后一次出现下面窗口,请按照提示做出选择然后点击Next,直至完成安装。
从EditSeq开始
EditSeq是能够迅速、正确地输入,并且修改DNA或蛋白质序列工具。
每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分,上边的一部分为序列文件,中间的一部分里是评论,底部是序列的注释。
EditSeq能读取大部分的序列格式——包括FASTA,GenBank,ABI、GCG和ASCII格式。
你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。
另外,序列也许通过使用键盘输入,或者从其他地方复制、粘贴得到。
经Entrez或BLAST检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。
序列被打开后,EditSeq能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译,或者反翻译,寻找开放读框,还可以进行阅读校对。
另外,EditSeq能以GenBank,FASTA和GCG格式输出序列。
如果在使用这软件中需要帮助,可以和DNASTAR联络。
电话:
(608)258-7420,传真:
(608)258-7439,电子信件:
support@,或者经.
内容
打开已有序列23
寻找开放读框24
DNA序列翻译24
遗传密码选择使用25
遗传密码修改25
序列的反向互补及反向转换26
BLAST检索27
序列信息查看28
序列校读
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