获得lammps data文件的几种方法.docx

获得lammps data文件的几种方法.docx

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获得lammpsdata文件的几种方法

方法一

最近看到有关lammps中data文件的写法的提问,由于lammps自己产生初始坐标文件的能力和每一个人要模拟的方向不同，因而许多初始坐标要求自己写成data文件，lammps对于读入的data文件有自己的格式要求，所以当格式不符合要求时候会报错，我把自己的一点关于data文件的写法心得总结一下，供大家参考

1。

首先可以先仔细阅读手册中关于data文件的章节,真正明白data文件的格式及其用法

2。

可以先模拟例子中和自己领域相关的例子，用restart命令达到可以继续计算的*。

rastart文件,在lammps的工具文件夹中有restart2data工具，可以看看手册，怎么使用这个工具，然后吧＊。

restart文件转化成data文件,这个文件是可以看到格式的，严格按照这个格式修改自己写的data文件,这样就OK了

方法二

我仔细看了README以及各位前辈有关msi2lmp工具的使用心得，按照步骤一步一步来的。

按照以下顺序来的：

1.直接把msi2lmp。

exe拷贝到指定文件夹下

2。

在ms中建立好结构模型后，在ds模块或者forcite模块中指定力场类型,如对xxx结构指定为cvff力场,export结构保存为。

car格式，同时自动有.mdf格式的文件生成

3。

将xxx。

car和xxx.mdf文件拷贝到msi2lmp。

exe所在的文件夹，并将tools/msi2lmp/biosym_frc_files文件中对应的力场文件拷贝到这个文件夹中（如上面的cvff。

frc）

4.在这个文件目录下，通过终端命令行./msi2lmp。

exexxx—classI—frccvff〉data.xxx运行程序,运行成功生成data。

xxx文件和xxx。

lammps05文件,data。

xxx是空的可以直接删除，数据在xxx.lammps05文件中

但是我执行这个终端命令行，服务器却说是msi2lmp。

exepermissiondenied，只有data。

xxx生成,没有xxx。

lammps05文件。

不知道是什么原因？

我在指定力场的时候是直接将所有原子的property中的forcefieldtype指定为cvff,没有用模块，这样是不是不行啊？

如果需要用模块指定力场，是不是要简单运行一下啊?

回复：

你没有执行msi2lmp。

exe的权限更改文件的使用权限即可

回复：

除了xy_zuo说的

可能你指定力场的时候也有问题

不知道你说的“直接将所有原子的property中的forcefieldtype指定为cvff”是

1，直接把forcefieldtype的值改为“cvff”？

2，还是改为cvff力场中对应原子的力场类型？

如果是1，那基本上等于没有指定力场，这时你应该在forcite中设置

在calculate中先把力场选好,然后在对应力场的more选性中auto指定就可以了

property窗口用来修改原子信息，力场类型比较方便，但是指定力场的话，你又不知道每一种力场中所有的原子力场类型怎么可能知道那种原子对应那个符号呢？

除非你是对着力场文件，来一一设定的

这样是可以，不过也忒麻烦了

呵呵这就是上面的2，不用再解释了吧？

楼主:

呵呵，试了一下。

就是msi2lmp。

exe的权限的问题。

谢谢各位大侠.新手上路，比较笨拙!

方法三

使用MaterialsStudio创建并导出模型

不得不承认，lammps以及很多其他开源的模拟软件在易用性上做得远不如商业模拟软件。

其中最为重要的部分就是modelbuilder和visualizer。

即使可以联用一些辅助软件，例如VMD，由于软件间的接口设计或者模拟软件输出格式等问题,也是极为不方便（相比用过VMD显示lammps输出的朋友都有体会吧）。

这只是牢骚话，下面转入主题。

MS的builder没得说，lammps也有附加工具“msi2lmp”支持把MS支持的文件格式转换为lammps可以使用的格式。

其实名字叫msi2lmp，事实上你不能使用＊.msi文件最为输入，而应该使用car/mdf组合。

*.car文件记录了原子坐标，mdf文件记录了键接方式.使用MS为lammps建模的工作流程是：

1。

MS中建模

2.Typing,也就是为每个原子分配原子类型。

这是最重要的一步。

因为msi2lmp工具只支持cvff和cff91，所以在MS中一定要为原子预先分配好这两个力场所支持的原子类型！

具体做法是，在discover模块中打开setup对话框，energy选项卡中选中cvff或者cff91，然后去typing选项卡,type即可.如果你不希望力场自动分配电荷，可以取消之.

对于某些力场不支持的原子类型（有的时候支持的也会分析错，哈哈）,typying过程中会报错，你可以在选中那些原子，手工分配原子类型.

3.输出.只要选择car格式export就好了.

4。

转换.把msi2lmp.exe和cvff.frc或cff91.frc复制到你存放car/mdf文件的目录中,执行msi2lmp×××就可以得到lammps可以使用的数据文件了（×××就是你的×××。

car文件没有后缀的名称）.msi2lmp默认使用cvff，要使用cff91可以看msi2lmp的帮助信息。

最后说明一下,msi2lmp对有些模型会报告不能为某些键角或者两面角找到相关的力场参数,这不一定表示有什么错误。

例如sp2杂化的中心原子和其他3个原子所形成的平面结构中,不是所有的键角和improper都需要显示表达的。

如果遇到这些警告,你会发现生成的lammps数据文件中有些力场参数是0.000。

你要注意检查并确认这些项的确是无关紧要的。

最后你运行你的模拟时,你还有可能遇到“Incorrectsignargfordihedralcoefficients”错误，这也和msi2lmp为上述零参数相互作用项生成的数据有关。

你只要在lammps数据文件中把那些零参数项的符号参数改为1即可，反正能量参数都是0,符号项是什么又有什么关系呢.不过这些说明了一点很多开源软件易用性和协调性不佳。

希望他们可以进一步完善。

来自http：

//SimuWorld.linkka。

com

方法四

用MS导出＊.pdb格式，仔细看manual,按照固定格式修改，不要过分依赖现成程序啊。