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氨基酸的计算
氨基酸的计算(总13页)
有关蛋白质计算的几种类型
1.已知氨基酸、肽链数目,求肽键数、失水数和氨基、羧基数目。
2.已知氨基酸种类,求形成多肽的种类
已知蛋白质(多肽)的分子式,求形成该蛋白质的某种AA的数目。
.4.与基因控制蛋白质合成有关的蛋白质计算。
5与化学有关的计算(利用反应前后平均相对分子质量守恒进行计算)。
1条肽链
n条肽链
氨基酸平均相对分子质量
a
A
氨基酸数目
m
m
肽键数目
m-1
m-n
脱去水分子数
m-1
m-n
多肽相对分子质量
ma-(m-1)*18
ma-(m-n)*18
氨基数目
至少1个
至少n个
羧基数目
至少1个
至少n个
1.已知氨基酸、肽链数目,求肽键数、失水数和氨基、羧基数目
例如:
人的血红蛋白是由574个氨基酸构成,共计形成4条多肽链,则形成的血红蛋白共失去水分子____个。
直链多肽:
肽键数=失水数=消耗的氨基、羧基数=AA数-肽链数
环状多肽:
肽键数=失水数=消耗的氨基、羧基数=AA数
直链多肽:
游离的氨基(羧基)数=AA反应前氨基(羧基)数-消耗的氨基(羧基)数
环状多肽:
游离的氨基(羧基)数=AA反应前氨基(羧基)数-AA数
2.已知氨基酸种类,求形成多肽的种类
例:
现有A、B、C、D、E5种AA,让它们足量混合能够形成五肽多少种?
包含这5种AA的五肽有多少种?
可以重复时
5
5
5
5
5
不能重复时
5
4
3
2
1
3.已知蛋白质(多肽)的分子式,求形成该蛋白质的某种AA的数目
例2。
现有一种“十二肽”,分子式为CxHyNzOd(z>12,d>13)。
已知将它彻底的水解后只得到下列AA:
问:
将一个“十二肽”彻底水解后,可生成_____个赖氨酸和______个天门冬氨酸。
5.与化学有关的计算(利用反应前后平均相对分子质量守恒进行计算)
1.氨基酸的排列与组合计算:
蛋白质分子的多样性除了氨基酸的种类、数量外,更多的是因为氨基酸排列次序的多样性。
这涉及数学中的排列组合:
①由甲、乙、丙三种氨基酸组成的三肽的种类为3!
,即3×2×1=6种,这是数学中的排列;②在某反应容器中给足量的甲、乙、丙三种氨基酸,则该容器内可能生成的三肽种类为3×3×3=27,这就要用到数学中的排列与组合了。
2.蛋白质相对分子质量的计算:
主要涉及蛋白质平均分子量的计算、多肽链合成过程中脱水数目及形成肽键数目的计算、蛋白质水解所需水分子的数目计算、蛋白质中氨基和羧基数目的计算、氨基酸的排列顺序等。
在蛋白质的脱水缩合形成过程中:
脱去的水分子数=形成的肽键数=氨基酸总数-肽链数
蛋白质
1条肽链m个氨基酸组成的蛋白质
n条肽链m个氨基酸组成的蛋白质
脱水分子数=水解所需水分子数
m-1
m-n
具有的肽键数目
m-1
m-n
具有R基数目
m
m
至少具有的游离氨基数目
1
n
至少具有的游离羧基数目
1
n
相对分子质量
(设氨基酸平均相对分子质量为p)
mp-18(m-1)
18是水的分子质量
mp-18(m-n)-(2n—2)×1(两条肽链的二硫键失去H的,一般不考虑)
3.蛋白质分子中游离氨基、羧基数量的计算:
每个氨基酸至少含有一个氨基和一个羧基,在缩合反应中,前一个氨基酸的羧基与后一个氨基酸的氨基形成肽键,因此一条肽链中至少有一个氨基(肽链前端)和一个羧基(肽链末端),且R基中的氨基或羧基不参与反应,因此,蛋白质分子中游离的氨基或羧基数就等于肽链数加R基中的氨基或羧基数。
如有1000个氨基酸,其中氨基1050,羧基1020,则由这1000个氨基酸形成的由4条肽链组成的蛋白质分子中游离的氨基数为:
4+50=54;游离的羧基数为:
4+20=24。
4.氨基酸中各原子数量的计算氨基酸的结构通式为:
(如图),因此,只要知道R基中的
各种原子数,就可以求出氨基酸分子中各原子的数量。
如某氨基酸的R基为C5H7O4N,则该氨基酸中
的C原子数=2+5=7;H原子数=4+7=11;O原子数=2+4=6;N原子数=1+1=2。
高二生物生命的基础有关计算专题复习
(一).有关氨基酸、蛋白质的相关计算
1.一个氨基酸中的各原子的数目计算:
C原子数=R基团中的C原子数+2,H原子数=R基团中的H原子数+4,O原子数=R基团中的O原子数+2,N原子数=R基团中的N原子数+1
2.肽链中氨基酸数目、肽键数目和肽链数目之间的关系:
若有n个氨基酸分子缩合成m条肽链,则可形成(n-m)个肽键,脱去(n-m)个水分子,至少有-NH2和-COOH各m个。
游离氨基或羧基数=肽链条数+R基中含有的氨基或羧基数。
例.(2005·上海生物·30)某22肽被水解成1个4肽,2个3肽,2个6肽,则这些短肽的氨基总数的最小值及肽键总数依次是(C)
A、618B、518C、517D、617
解析:
每条短肽至少有一个氨基(不包括R基上的氨基),共有5个短肽,所以这些短肽氨基总数的最小值是5个;肽链的肽键数为n-1,所以肽键数为(4-1)+2×(3-1)+2×(6-1)=17。
例.(2003上海)人体免疫球蛋白中,IgG由4条肽链构成,共有764个氨基酸,则该蛋白质分子中至少含有游离的氨基和羧基数分别是(D )
A.746和764B.760和760C.762和762D.4和4
3.氨基酸的平均分子量与蛋白质的分子量之间的关系:
n个氨基酸形成m条肽链,每个氨基酸的平均分子量为a,那么由此形成的蛋白质的分子量为:
na-(n-m)18(其中n-m为失去的水分子数,18为水的分子量);该蛋白质的分子量比组成其氨基酸的分子量之和减少了(n-m)·18。
(有时也要考虑因其他化学建的形成而导致相对分子质量的减少,如形成二硫键。
例.(2003上海)某蛋白质由n条肽链组成,氨基酸的平均分子量为a,控制该蛋白质合成的基因含b个碱基对,则该蛋白质的分子量约为(D )
A.
B.
C.
D.
4.在R基上无N元素存在的情况下,N原子的数目与氨基酸的数目相等。
5.蛋白质分子完全水解时所需的水分子数=蛋白质形成过程中脱下的水分子数。
6.有关多肽种类的计算:
假若有n种氨基酸,由这n种氨基酸组成多肽的情况,可分如下两种情形分析。
(1)每种氨基酸数目无限的情况下,可形成m肽的种类为nm种;
(2)每种氨基酸数目只有一种的情况下,可形成m肽的种类为n×(n-1)×(n-2)……×1种
m
例称取某多肽415g,在小肠液的作用下完全水解得到氨基酸505g。
经分析知道组成此多肽的氨基酸平均相对分子质量为100,此多肽由甘氨酸、丙氨酸、半胱氨酸3种氨基酸组成,每摩尔此多肽含有S元素51mol。
3种氨基酸的分子结构式如下:
(1)小肠液为多肽的水解提供的物质是____________________________。
(2)组成一分子的此多肽需氨基酸个数为__________________________。
(3)此多肽分子中3种氨基酸的数量比为___________________________。
(4)控制此多肽合成的基因片段至少有脱氧核苷酸个数为______________。
解析第
(2)小题由题意可知,415g此多肽完全水解需要水505g-415g=90g,即形成415g此种多肽需要脱去90g水。
415g此多肽形成时,需要氨基酸505/100=5.05(mol),脱水90/18=5(mol),所以在形成此多肽时需要的氨基酸摩尔数与合成时脱去的水分子摩尔数之比为:
5.05/5=1.01。
设该肽链上的氨基酸残基数目为n,则该肽链上的氨基酸残基数目与在形成该肽链时脱去的水分子数之比:
n/(n-1)。
得n/(n-1)=1.01,解此方程得n=101。
所以此多肽为101肽。
第(3)小题由于某摩尔此多肽含有S元素51mol,可知,一分子此多肽需由51分子的半胱氨酸脱水形成。
所以,可利用平均分子量计算求解此多肽分子中三种氨基酸的数量比。
根据三种氨基酸的结构式可知:
甘氨酸的分子量为75;丙氨酸的分子量为89;半胱氨酸的分子量为121。
设形成此多肽需甘氨酸a个,则有:
75a+89(101-51-a)+121×51=101×100
解得:
a=37;101-51-a=13
即,此多肽中三种氨基酸的数量比是:
甘氨酸:
丙氨酸:
半胱氨酸=37:
13:
51
第(4)小题中由mRNA翻译成蛋白质时,是3个碱基决定一个氨基酸,基因转录成mRNA时是以其中的一条链为模板转录的,而基因中有两条链,所以指导合成多肽的基因中的脱氧核苦酸数为多肽中的氨基酸总数乘6。
答案
(1)肽酶
(2)101肽(3)甘氨酸:
丙氨酸:
半胱氨酸=5∶45∶51(4)606
例、现有一种“十二肽”,分子式为CXHYNZOW(Z>12,W>13)。
已知将它们彻底水解后得到下列氨基酸:
CH2-SH
半胱氨酸:
NH2-C-COOH丙氨酸:
CH3-CH-COOH
HNH2
天门冬氨酸:
HOOC-CH2-CH-COOH
NH2
赖氨酸:
H2N-CH2-(CH2)3-CH-COOH
NH2
苯丙氨酸:
CH2-CH-COOH
NH2
请回答下列问题:
(1)该“十二肽”的合成发生在细胞的中(写细胞器)。
(2)1个该“十二肽”分子水解时需要的水分子数是个。
(3)合成该多肽时,需要个遗传密码,与该多肽相应的基因(DNA分子)上至少有个嘧啶碱基。
(4)将一个该“十二肽”分子彻底水解后有个赖氨酸和个天门冬氨酸。
解析:
①由于在半胱氨酸、丙氨酸、天门冬氨酸、苯丙氨酸中都只含有1分子“N”,而赖氨酸中含有2分子“N”。
又知,该十二肽由12个氨基酸组成,如果只含有1个赖氨酸,则可知,该十二肽含有13分子“N”;每增加1个赖氨酸,该十二肽都会增加1分子“N”。
即,如果CXHYNZOW(Z>12,W>13)含有13分子“N”,水解后的赖氨酸分子数为13-12=1;如果CXHYNZOW(Z>12,W>13)含有14分子“N”,水解后的赖氨酸分子数为14-12=2,依此类推。
所以,将一个该“十二肽”分子彻底水解后有(Z-12)个赖氨酸。
②由于在半胱氨酸、丙氨酸、赖氨酸、苯丙氨酸中都只含有1分子“—COOH”,而天门冬氨酸中含有2个“—COOH”。
该十二肽由12个氨基酸脱水缩合形成过程中,有11个氨基酸分别拿出一个“—COOH”来进行脱水缩合,而且每个“—COOH”都脱掉一分子的“—OH”剩下一分子“O”。
根据分析可知,如果只含有1个天门冬氨酸,该十二肽含有15(2×12-11=13,13+2=15)个“O”;每增加1个天门冬氨酸,该十二肽都会增加2个“O”。
即,如果CXHYNZOW(Z>12,W>13)含有15个“O”,水解后的天冬氨酸分子数为=1;如果CXHYNZOW(Z>12,W>13)含有15+2=17个“O”,水解后的天门冬氨酸分子数为=2,依此类推。
所以,将一个该“十二肽”分子彻底水解后有个天门冬氨酸。
1、构成生物体的氨基酸的特点:
至少含一个氨基和一个羧基,并且都有一个氨基和一个羧基连接在同一个碳原子上。
2、已知氨基酸的R基,求氨基酸中的原子数
3、已知氨基酸的R基,求氨基酸形成的肽链中的原子数。
(考虑失去水水分子H2O,并知道OH来自—COOH,H来自—NH2)
4、已知氨基酸的个数、肽链数,求形成的蛋白质(肽链)时失去的水分子数(肽键数)
失去的水分子数=肽键数=氨基酸的个数—肽链数
5、已知氨基酸的个数、肽链数,求蛋白质的相对分子量。
蛋白质的相对分子量=氨基酸的分子量之和—失去的水分子数之和
蛋白质的相对分子量=氨基酸的个数x氨基酸的平均相对分子量—(氨基酸的个数—肽链数)x18
6、已知蛋白质的分子式,求形成蛋白质的氨基酸的最多个数或最多失去的水分子数(肽键数)
分子式中原子最少原则
7、
(2)关于氨基酸形成肽时失水数、肽键数的计算:
失水数=肽键数=氨基酸数-肽链数
(3)在氨基酸的通式中,R基中一般不出现—NH2或—COOH,既使出现,也只能出现其中的一个,且不与另一个—NH2或—COOH连在同一个碳原子上,也不参与形成肽键,所以蛋白质中含的氨基数=氨基酸中的氨基数-肽键数=肽链数+R基中的氨基数。
蛋白质中含的羧基数=氨基酸中的羧基数-肽键数=肽链数+R基中的羧基数
(4)蛋白质的分子量计算公式:
蛋白质的相对分子质量=氨基酸相对分子质量的和-失去水的相对分子质量的和-2倍的二硫键数=氨基酸数╳氨基酸的平均相对分子质量-18(氨基酸数-肽链数)-2倍的二硫键数
•至少氨基和羧基的数目=肽链数
•肽键数=氨基酸数-肽链数
•肽键数=脱去水分子数目
•蛋白质的相对分子量=氨基酸数目×氨基酸平均分子量-18×水的分子量
据下列结构式,回答问题:
CH3H H
|||
H2N—C—CO—NH—C—CO—NH—C—COOH
| | |
H CH2 CH2
| | CO COOH | NH2
(1)该化合物中有 种氨基酸。
(2)该化合物中有 个肽键。
(3)该化合物是由 个氨基酸失去 分子水而形成的,
这样的反应叫做。
(4)该化合物叫做 。
•1、两个氨基酸缩合成二肽产生一个水分子,这个水分子中的氢来自()
A、氨基B、R基C、氨基和羧基D、羧基
2、通常情况下,分子式C63H103O65N17S2的多肽化合物中最多含有肽键()
A、63个B、62个C、17个D、16个
3、蛋氨酸的R基是-CH2-CH2-S-CH3,它的分子式是()
A、C5H11O2NSB、C3H7S
C、C4H11O2SD、C5H10O2N
4、一条肽链共有76个肽键,则它所含的氨基和羧基的数目至少分别是()
A、77和77B、76和76C、6和6D、1和1
5、某蛋白质的四条肽链中共有570个肽键,则它水解后含有氨基酸___个,那么它含的氨基和羧基的数目至少分别是______个。
()
A、571、1和1B、570、4和4
C、574、4和4D、574、1和1
6、已知20种氨基酸的平均分子量是128,现有一蛋白质分子由两条多肽链组成,共有肽键98个,问此蛋白质的分子量接近于()
A、12800B、12544C、11036D、12288
关于“氨基酸、肽键、缩合失水数、肽链的数目”计算
例1、某蛋白质由两条多肽链构成,共有肽键500个,缩合成两条肽链的氨基酸分子数和生成的水分子数分别是()
A.498和498B.500和500C.502和500D.501和500
解析:
由氨基酸形成多肽化合物的方式是脱水缩合,每两个氨基酸之间缩合时要失去一分子的水,同时形成一个肽键,多肽化合物呈链状不呈环状,多肽化合物再经过螺旋、折叠方式等形成复杂的空间结构后就是具有生物活性的蛋白质。
由此可得等量关系:
肽键个数=缩合失水分子数=蛋白质水解成氨基酸时的需水分子数=氨基酸分子总个数-肽链条数。
本题答案为C。
2关于“蛋白质相对分子量”的计算
例2、已知20种氨基酸的平均分子量是128,现有一蛋白质分子由两条多肽链组成,共有肽键98个,问此蛋白质的分子量最接近于()
A.12800B.12544C.11036D.12288
解析:
由氨基酸形成蛋白质的过程中要缩合失水,所以蛋白质的相对分子量=氨基酸的平均分子量×氨基酸总的分子数-18×缩合失水分子数。
上题中的“蛋白质”由98+2=100个氨基酸组成,该蛋白质的分子量为:
128×100-18×98=11036,答案为C
3关于“多肽化合物种类数”的计算
例3、若以三种氨基酸为原料,可以合成不同结构的三肽物质有()种。
A.6种B.9种C.27种D.无数种
解析:
由三个氨基酸缩合而成的化合物叫三肽,形成三肽化合物的三个氨基酸可以是同种,也可以是不同种的氨基酸。
由于题设条件是“三种氨基酸”,数量不定,所以合成不同结构的三肽物质的种数应是P33=27。
如果将题设条件改为“以三个不同种类的氨基酸为原料”,则合成不同结构的三肽物质的种数便是3×2×1=6种。
本题答案为C。
4关于“多肽中游离的氨基和羧基数目”的计算
例4、某一多肽链内共有肽键109个,则此分子中含有—NH2和—COOH的数目至少为()
A.110、110B.109、109C.9、9D.1、1
解析:
多肽化合物呈链状,根据氨基酸脱水缩合的知识可知:
一条肽链的一端必定含有一个氨基,另一端必定含有一个羧基;每形成一个肽键,就要损失一个氨基和一个羧基。
所以存在下列等量关系:
多肽化合物中含有氨基或羧基的至少个数=肽链的条数;多肽化合物中含有氨基(或羧基)的实际个数=缩合前各个氨基酸中的氨基(或羧基)总个数-多肽化合物中肽键的总个数。
本题答案为D。
系列二、氨基酸及其相关计算疑难解读及能力训练
福建省上杭县高级中学江建来
一、氨基酸的种类
自然界中氨基酸种类很多,但生物体内构成蛋白质的氨基酸大约有20种,人体内氨基酸可分为两大种类:
二、氨基酸结构通式的特点
H
2-C-COOH
R
1、-NO2和—COOH数目:
它们都至少含有一个一NH2和一个—COOH,但并非只有一个—NH2和一个—COOH,结合氨基酸的结构通式NH
可知在R基团中可以含有数量不同的—NH2或—COOH。
2、—NH2和—COOH位置:
都有一个—NH2和一个-COOH,连在同一个碳原子上,但并非所有的--NH2和—COOH都连在同一个碳原子上。
即都它们都为a—氨基酸。
3、氨基酸、肽键、失去水分了数及多肽的相对分子质量。
由氨基酸的脱水缩合过程可总结如正规律:
(仅指直链多肽)
氨基酸平均相对分子质量
氨基酸
数目
肽键数目
脱去水分子数
肽类相对
分子质量
氨基
数目
羧基
数目
一条肽链
a
m
m—1
m—1
ma—18
(m—1)
至少一个(R基上还可能含有氨基)
至少一个(R基上还可能含有羧基)
n条肽链
a
m
m—n
m—n
ma—18
(m—n)
至少n个
至少n个
【特别提示】如果n个氨基酸形成若干个环状多肽,则蛋白质分子形成过程中肽键数目等于氨基酸数目,可表示为:
失去水分子数=肽键数=氨基酸总数。
4、肽链数目与多肽(蛋白质)分子中氨基或羧基数目的关系
因为每个直链多肽分子的主链只有一个游离的氨基(—NH2)及一个游离的羧基(—COOH),所以直链多肽分子的数目=全部直链多肽分子的主链上游离的氨基(—NH2)数目=全部直链多肽分子的主链了游离的羧基数目,但由于组成多肽的各氨基酸的侧链R基上可能含有氨基或羧基,若不考虑其参与形成化学键,则:
全部直链多肽分子的游离的氨基(—NH2)数目=直链多肽分子的数目+组成多肽的各氨基酸的侧链R基上所含有的氨基(—NH2)的数目。
全部直链多肽分子的游离羧基(—COOH)数目=直链多肽分子的数目+组成多肽的各氨基酸的侧链R基上所含有的羧基(—COOH)的数目。
5、氨基酸形成的蛋白质的相对分子质量
蛋白质相对分子质量=氨基酸相对质量总和—失去水分子的相对分子质量总和。
注:
有对还要考虑—些其他化学变化过程,如二硫键(—S—S)形成等。
6、氨基酸与相应DNA及RNA片段中碱基数目之间的关系。
DNA(基因)
信使RNA?
蛋白质
碱基数6?
:
碱基数3?
:
氨基酸数1
其中,对真核生物而言,上式中的DNA片段相当于基因结构中的外显子。
7、氨基酸的排列与多肽的种类
假若有A、B、C三种氨基酸,由这三种氨基酸组成多肽的情况可分如下两种情形分析:
①A、B、C三种氨基酸,每种氨基酸数目无限的情况下,可形成肽类化合物的种类:
形成三肽的种类:
3
3
3
(33=27种)
形成二肽种类:
3
3
(33=9种)
②A、B、C三种氨基酸,且每种氨基酸只有一个的情况下,形成肽类化合物的种类:
形成三肽的种类:
3
2
1
(3×2×1=6种)
形成二肽的种类:
3
2
(3×2=6种)
8、蛋白质(或多肽)的PH值与氨基或羧基数目的关系。
由于氨基(—NH2)能接受H+而呈碱性,羧基(—COOH)能电离出H+而呈酸性,且两者PH值相当,所以氨基酸、蛋白质(或多肽)均能表现出两性,但由于整个分子中氨基和羧基数目不一定相同,当氨基的数目分别等于、小于、大于羧基的数目时,整个分子依次呈中性、酸性和碱性。
二、能力训练
1、人体血红蛋白由两条a链和两条链构成,a链和链分别由141个和146个氨基酸组成,请分析回答:
(1)组成人体血红蛋白的氨基酸种类数最多约为______种,形成_____个肽键,写肽键的结构简式________________。
(2)控制该蛋白质合成的基因至少含有__________个脱氧核苷酸。
2、下列物质中,有的属于构成人体的氨基酸,有的不是,若将其中构成人体的氨基酸脱水缩合形成化合物,则其中含有的氨基,羧基和肽键的数目分别是()
①H2N—CH2—COOH
②H2N—CH2—CH2OH?
③H2N—CH—CH2—COOH
COOH
④H2N—CH—CH2—COOH
NH2
⑤H2N—CH—(CH2)4—NH2
COOH
A、3、3、2?
B、4、3、3?
C、2、2、2?
D、3、4、2
3、两条肽链分别由360个氨基酸和380个氨基酸组成,若每个氨基酸的平均相对个子质量为a,则两肽链之间相差的肽键数和相对分子质量分别是()
A、19和19aB、19和19a-19×18?
C、20和20aD、20和20a-20×18
4、假设一个蛋白质分子是由2条肽链共500个氨基酸分子组成的,则此蛋白质分子中的—COOH数目至少为()
A、2个B、501个C、502个D、1个
5、某22肽被水解成1个4肽,2个3肽,2个6肽,则这些短肽的氨基总数的最小值及肽键总数依次是()
A、618B、518C、517D、6?
17
附参考答案
1、
(1)20?
、570、—NH—CO—
(2)3444
2、C?
3、D?
4、A?
5、C
关于氨基酸的计算问题
题目:
分析多肽E和多肽F得到以下结果(单位:
个)元素或者基团CHON氨基羧基多肽E201348625332多肽F182294555461多肽E和多肽F中氨基酸的个数最可能是()A.199181B.340281C.5853D.5149
蛋白质计算问题归类解析
计算题是生物试题中常见题型之一。
蛋白质中氨基酸、氨基、羧基、肽链、肽键、脱水数、分子量等各因素之间数量关系复杂,为生物计算题型的命题提供了很好的素材。
现对此归类如下:
1.有关蛋白质相对分子质量的计算
例1组成生物体某蛋白质的20种氨基酸的平均相对分子质量为128,一条含有100个肽键的多肽链的分子量为多少?
解析:
在解答这类问题时,
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