pymol教程.docx

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pymol教程

PyMOL用户指南

一、鼠标操作入门4（这个数字是超链接，ctrl+左键）

1.启动4

1）通过鼠标4

2）通过命令行4

2.PyMOL窗口4

1）Virewer窗口4

2）外部GUI窗口5

3.下载PDB文件5

4.操控视图6

1）基本鼠标控制6

2）虚拟滚动球旋转7

3）移动截面7

4）改变旋转中心点8

5）简单回顾9

二、命令行操作入门9

1.记录结果9

2.载入数据9

3.操控对象（Object）10

1）原子选择11

2）对象和选择的着色12

3）对象和选择的on/off12

4.改变视点13

5.保存工作13

1）脚本和日志文件13

2）图像文件14

3）会话文件14

6.命令行快捷键14

1）用TAB键完成命令15

2）用TAB键完成文件名15

3）自动推理15

7.其他命令和帮助15

注：

页面背景和页脚的图像分别是1GCL、111D的cartoon显示

三、命令句法和原子选择16

1.语法16

1）选择表达16

2）原子选择命名16

3）单字选择符

4）属性选择符18

5）选择代数20

6）宏指令21

2.从PyMOL中读取Python22

四、卡通表示23

1.背景23

1）可达性23

2）美化和精确23

2.定制化25

1）卡通类型25

2）精美螺旋28

3.二级结构归属29

五、光线追踪30

1.重要设置30

2.保存图片31

六、立体效果31

1.支持的立体模式31

2.制作立体图片31

3.相关命令31

七、动画32

1.概念32

2.重要命令32

1）Load

2）Mset

3）Mdo

4）Mmatrix

3.简单举例33

4.复杂举例33

5.预览ray-traced动画图片34

1）Cache_frames

2）mclear

6.保存动画34

八、高级鼠标控制34

1.选择原子和键34

2.“pk”原子选择的应用举例35

3.“lb”和“rb”选择35

4.构象编辑35

九、晶体应用35

1.晶体对称性35

1）Load

2）Symexp

2.电子密度图36

1）Load

2）Isomesh和isodot

十、汇编图形对象（CGO）和Molscriptribbons37

1.简介37

2.Molscriptribbons37

1）Load

2）UsingMolscript

3.创建CGOs38

4.CGO参考38

NOTES:

✓本教程以PyMOLuser’sguide为蓝本翻译而来，并引用了其他资料。

✓本教程只介绍PyMOL在windows系统下的应用

✓本教程以edu1.1版本的PyMOL为准，大硬盘中有此软件

✓本教程是PyMOL的入门教材，故相关问题只是简单介绍而没有深入讲解

✓如果你有疑问或者想深入研究，可通过输入命令help，查看《PyMOL命令》，登陆PyMOLwiki（http:

//PyMOLwiki.org）或咨询他人等途径解决疑难

✓本教程极少的命令可能在你的PyMOL上运行不了，大多是版本问题

✓译者知识水平有限，可能有不当甚至谬误之处，敬请指正！

✓本教程不断更新，最新版以文件名和页眉的日期为准。

一、鼠标操作入门

1.启动

1）通过鼠标

打开开始菜单，在程序或所有程序中找到PyMOL并单击。

2）通过命令行

在Windows下，打开文件和脚本有多种命令选项。

一般地，在“运行”或“命令提示符”中输入：

c:

\programfiles\delanoscientific\PyMOL\PyMOLwin.exe

如果PyMOL没有按默认路径安装，那么就输入正确的驱动器名和路径。

2.PyMOL窗口

PyMOL一般打开两个窗口：

Viewer窗口和外部（Tcl/TK）GUI窗口。

如下图所示：

PyMOL的两个窗口

GUI是图形用户界面（GraphicalUserInterface）的缩写，由菜单、按钮、正文框和其他小工具构成。

PyMOL默认有两个GUI：

内部GUI在Viewer窗口内显示；外部GUI在它自己的窗口显示。

之所以这样的原因既烦琐又专业，但我们知道两个GUI最终会统一为一个界面。

1）Viewer窗口

PyMOL的Viewer是PyMOL系统的心脏。

这是一个开放式图形语言（OpenGL）窗口，所有的3D图形在此展示，并且用户可直接操纵这些图形。

PyMOL的Viewer窗口和内部GUI（默认）

窗口内右边的内部GUI可使用户对特定对象（object）和特定原子选择（atomselection注意：

原子选择是用户选择了的原子、残基、链、片段、对象等等，相对object而言）进行操作。

从上到下，内部GUI包括对象列表、鼠标按钮配制矩阵、结构指示器和一套VCR（动画控制）。

窗口底部还有一个命令输入区。

在Viewer窗口也能查看PyMOL的文本输出（textoutput），任何时候都可以按ESC在文本输出和图形模式间进行切换。

Viewer完全可以自己运行，它拥有PyMOL核心系统的全部功能。

如果想这样的话，完全可去除命令和内部GUI。

通过标准菜单和控制，许多任务能更简单高效的完成。

在外部GUI可以找到绝大部分的功能选项。

2）外部GUI窗口

默认的Tcl/TK外部GUI

默认状态下，外部GUI包括标准菜单栏、输出区、命令输入区和一系列按钮。

外部GUI窗口的一个好处是能够对正文进行剪切和粘贴，而在Viewer中却没有此功能。

另外，必须用Ctrl−X、Ctrl−C和Ctrl−V进行剪切、复制和粘贴操作，因为在标准编辑菜单中没有这些功能。

3.下载PDB文件

Ø通过外部GUI菜单：

默认的外部GUI在File菜单有Open选项，可由此打开选择的文件。

Ø通过命令：

语法load#载入本地存在的PDB文件

fetch