chemdraw教程 21.docx
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chemdraw教程 21.docx
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chemdraw教程21
1)Preference命令
在ChemDraw7.0的版本里,Preference位于File菜单的下拉选项中。
各功能罗列入下,如图2-3。
●Units(单位)可以改变标尺,交叉校准线等单位,但一般不需要改动。
选择单位有cm,in(1in=2.54cm)等。
●Tolerance(容差)允许改变的光标快的大小尺寸。
Tolerance影响光标去选择和接触对象的远近和难易程度。
●IncludeFooter(打印页脚)包括文件名,最后制作的日期和时间,显示在打印文件的左下角。
●Show35mmSlideBoundaryGuides(35mm幻灯片界限设置)
●AutomaticAtomLabels(自动标记原子)建议选择此项功能,可以自动添加氢原子,标记其它元素,相当于快捷键。
●PrintBackgroundColour(打印背景颜色)去掉为白色。
●CheckStructureWhenCopyingtoClipboardorExporting(拷贝到粘贴板上时的结构检查)
●ShowAttachmentRankIndicators(显示接触顺序指示)用于显示顺序接触点的虚拟解释。
●AlwaysDisplayandPrintReactingMapping(显示和打印反应过程)
●AuomaticReactionMapping(自动反应图)建议选择
2)Documentsettings命令
●DrawingSettings设置如何绘制键的文件设置,因为化学科技论文有固定的格式,一般不需要改变设置,需要说明的仅有Fixedlength选项,有时候因为处理对象不同,需要取消对键长的固定。
如果做ppt演示,最好把linewidth放宽一点(画分子的时候也许Tolerances也要大点,并且所有的键、原子都可以选成不同的颜色,这样贴到powerpoint里面比较pp一些。
图2-3Preference对话框
●ColorPalette(调色板)可以添加,移动或变化默认的前景或背景的颜色。
1.5ChemDraw文件操作
ChemDraw文件本身的格式是*.cdx。
在File/ApplyDocumentSettingsfrom…中集成了国际很多通用的格式,经常用的会是ACM格式。
下面是ACS(美国化学会)所有杂志包括JACS对ChemDraw画分子结构的要求:
1)Asdrawingsettingsselect:
chainangle120°
bondspacing18%ofwidth
fixedlength14.4pt(0.508cm,0.2in.)
boldwidth2.0pt(0.071,0.0278in.)
linewidth0.6pt(0.021cm,0.0084in.)
marginwidth1.6pt(0.056cm,0.0222in.)
hashspacing2.5pt(0.088cm,0.0347in.)
2)Astextsttingsselect:
FontHelvetica
Size10pt
3)Underthepreferenceschoose:
UnitsPoints
Tolerances3Pixels
4)Setthepagesetupto100%
5)Labelthedrawings:
"Reduceto75%ofcurrentsizeforpublication."
每次打开一个文件就会出现一个新的文件窗口,如果打开多个文件,文件窗口只显示最后打开的文件,通过Ctrl+Tab可以进行窗口的变换。
第二节化学结构的绘制
2.1键工具
1.固定键的长度,角度
软件对键的长度有一定的限制,在Object下拉菜单中,点击Fixedlengths,则画出的键长度固定。
同样的方法Fixedangles用于固定键的角度,默认值15度为一个单位。
如果需要临时改变键的长度或者角度,按下Alt键,同时按动键到所需长度和角度即可。
2.楔键工具
点击楔键工具,从楔键窄面点按动到宽面另一点。
绘制完成后,将鼠标放在键上,单击即可改变键的方向。
3.多重键的绘制
在Chemoffice2002以后的版本中直接包含了绘制各种多重键的工具,直接点击即可。
也可以用比较原始的方法。
列在下面,尽管原始,但又是比较省事,免去切换功能键
1)双键选择实键工具,点击绘制单键,在单键基础上再按动一次即可得到双键。
通过在双键中间(出现光标块)的点击可以改变双键的位置,在上,在下或中间。
2)双抉择键在双键基础上,选择波浪键,在双键上点击即可。
3)叁键双键基础上,再次按动。
叁键再次点击后即成单键。
注意,以上按动和点击的区别,按动是按住鼠标,拉出一根键后松开,点击是单击的意思。
两者并不同。
4.碳氢长链的绘制
使用无环链工具,选择后单击,在弹出的对话框中输入键的个数即可。
按住鼠标,上下移动可以改变长链的方向。
2.2环工具
环己烷凳环可以用两个方位进行绘制,选择工具,点击即可得到水平方向环,按住shift点击则得到水平方向环。
除了环己烷凳环外,其他环工具在按住Ctrl键时点击均会得到不定域共轭结构,如图2-4。
图2-4组合键对环工具的影响
对于苯环,双键可以绘制成任意两个方向之一,可以通过按下shift键同时单击进行切换。
如图2-5。
图2-5shift键对于苯环方向的影响
2.3移动原子
将光标指向化学物结构式的任意原子,出现光标块,按下shift键和鼠标左键即可移走目标原字。
此功能在将6元环变为5元环时很方便。
2.4键的前后交叉
把一个被交叉在前面的建议到后面的办法。
选择任何键工具,用鼠标这项操作键的选择块,双击后即可变到后面。
也可以使用object菜单中的bringtofront和sendtoback实现。
第三节文本说明和文字标记
4.1文本
建立文本的方法:
利用文本工具,在所希望出单击即可。
需要重新编辑的话,在原文本处单击。
在工具栏Text下拉菜单中,可以改变字体,字形,以及字号。
在字形子菜单中包括三种常见字的操作:
Superscript、Subscript、Formula,Superscript是上标,Subscript是下标,Formula字形,数字自动缩小,比如输入C6H6时,自动形成C6H6。
文本文件默认的是左对齐,在Text下拉菜单中有FlushLeft(左对齐),Centered(中间对齐),FlushRight,Justified(两端对齐)StackedAbove(上标记调整)。
如图2-6。
●FlushLeft,第一行首字母与键相连。
全部左对齐
●Centered,中间字母与键相连。
●FlushRight,第一行首字母与键相连。
全部右对齐。
●StackedAbove,最后一行最左面的字母与键相连。
以上各点需注意,根据所标记原子的位置来选择正确的操作。
否则会出现原子与结构的重叠等错误。
图2-6Examplesoftheatomlabeljustifications
输入希腊字母和一些化学符号时,有两种方法:
1)通过模板中的specialcharacter中的字符进行输入。
这种操作优点是方便快捷,缺点在于对字号无法改变,放置位置不好掌握。
2)在Text菜单中的Font子菜单选择Symbol,字母与希腊字母对应关系α-a,β-b,π-p,ω-w等等,基本根据形声进行对应。
8.0以上版本中,在view菜单中,选择ShowCharacterMapWindow即可看到对应。
如图2-7
4.2原子符号的标记
选择文本工具,在一个原子上定位,单击即可输入。
实键工具双击进入标记。
图2-7CharacterMapWindow
在标记原子是可以采用快捷键,具体见后面第8节技巧的使用。
有一个方法可以重复标记相同的原子,选择文本,标记一个原子,在其他位置,双击既可重复。
而选择实键工具等时,双击标记原子,三击重复标记。
在File/Preference对话框中,有两个选项,RequireALT+ENTERtoCreateaNewLineinAtomLabels,RequireALT+ENTERtoCreateaNewLineinCaptions,分别表示在原子标记和说明文本中对换行的控制,选中,则代表需要用ALT+ENTER进行换行,直接回车则退出。
第四节绘制轨道和符号
4.1轨道工具
点击会出现一系列子目录,使用方便,可以绘制各种轨道,没有过多要说的。
4.2化学符号
即可进入,分别就一些并不常用的符号工具举例进行演示。
1)和
分别表示沿Z轴向平面外伸和进入的H原子。
如图2-8
图2-8H点H划的应用
2)和
阳离子阴离子符号,在对应原子附近定位,当出现反色的小方块时,点击即可,符号会自动集成到原字上。
表示带电的基团。
其他的仅举一例,如图2-9。
图2-9正电荷符号的应用
另外,所有化学符号,按住shift键同时拖动鼠标可以进行旋转。
第五节化学查询工具
querytools,化学查询工具,用于绘制化学查询结构,已用于在数据库中的查询。
1),可以用来编辑可替代基团的索引,例子如图2-10
2-10Alternativegroups
2),在任意原子处点击,出现*,表示查询时*处原子上的取代基可以为任意结构。
3),可以标记化学反应中原子位置的变化,以原子序数说明。
如图2-11。
图2-11AtomtoAtomTool
4)连接点工具,用于连接点的编号,这些编号表示子结构和母结构的对应。
5)立体化学标旗,用于给结构分配一个特殊的符号来确定一种解释,如图2-12
图2-12外消旋,绝对和相对符号
∙Racemic-Aracemicmixture.
∙Absolute-Apureenantiomerofknownconfiguration.
∙Relative-Apureenantiomerofunknownconfiguration.
6)元素列标记和非列标记
查询结构为指定元素之一或者除去所有指定元素,格式如下
结构绘制完成后,保存为F1查询文件,可以在数据库及chemfinder中进行调用。
查询原子和键的属性还可以在Structure/AtomProperties和Structure/BondProperties中进行设置。
因为使用较少,不在这里赘述,如果需要可以在帮助菜单中查寻。
另外帮助菜单中还有各个属性与不同数据库的匹配,均可进行参考。
第六节绘制箭头,弧及其他图形
6.1箭头工具
所有箭头工具如图2-13,根据需要选择,按中shift并用鼠标指向箭头头部,按住鼠标
左键可进行箭头的拉伸,缩短和转向。
选中箭头,可以进行整体的旋转,具体方法见选中工具。
图2-13箭头工具
6.2基元工具
内含一些球形工具,用于绘制3D分子结构,线工具,用于绘制直线虚线等,可以画立体图形,如正八面体等。
还有一些方框工具,可以把所绘结构放到方框中,更为正规。
6.3括号工具
内含大小中括号和两个短键工具,。
特别用于绘制有配位结构的化学方程式。
6.4弧形工具
可以绘制固定角度
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