Amorphous Cell.docx
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Amorphous Cell.docx
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AmorphousCell
反应物的优化是没有发生化学反应前的最低构象结构。
如果是A+B的反应,应该单独各自优化。
过渡态是发生化学反应生成产物的最低反应路径中能量的最高点——这个只针对基元反应而言,
如果不是基元反应,就没有过渡态这个说法——虽然复合反应也是多个基元反应的组合,其中每个基元反应
有每个基元反应自己的过渡态,但没有总体的说复合反应的过渡态的说法。
如果A+B放在一起优化,没用TS,没有虚频,而能量明显降低了,结构有明显变化,那就是出现了反应前期络合物,这个就要分步处理了。
如果能量变化不明显,也许是由于BSSE引起的,也许是属于物理吸附,典型的范德华力作用,这个不属于化学反应范畴。
所以,你优出来的的,要看能量变化,要看结构,没有虚频就是稳定构象,不会是过渡态。
能量变化大,结构变化大,就属于前期络合物,此为中间体,它的形成单独是一个基元反应,也应该有过渡态(不一定非要找,看情况处理),然后再找中间体和产物的过渡态去。
如果结构没有明显变化,那就没必要放在一起优化。
AmorphousCell:
提供AmorphousCell模块中的工具,可以建立复杂无定型系统中的代表性模型并预测它们的性质。
CASTEP:
提供CASTEP模块中的工具,可以进行第一原理量子力学计算,研究如半导体、陶瓷、金属、矿物和浮石等晶体或表面的性质。
Dmol3:
提供Dmol3模块中的工具,可以进行基于泛函密度理论的量子力学计算,分析分子和周期系统。
PDP:
提供PDP模块中的工具,可以进行大尺度长时间的介观动力学模拟。
Discover:
提供Discover经典模拟模块中的工具,可以优化分子结构,计算电子经典轨道,分析很大范围内的结构和轨道的性质。
Equilibria:
提供Equilibria模块中的工具,可以确定烷烃和其它小分子结构的相图。
Forcite:
提供Forcite模块中的分子动力学工具,可以研究很大范围内的系统。
它最主要的近似是原子核运动所处的势场用经典力场代替。
MesoDyn:
提供MesoDyn模块中的工具,可以研究复杂流体动力学和在大尺度长时间中的平衡状态。
Reflex:
提供Reflex和RelexPlus模块中的工具,可以查看、模拟、索引和精修粉末衍射的数据,求解晶体结构。
VAMP:
提供VAMP模块中的工具,可以使用半经验量子力学算法模拟气体和溶液中的反应和性质。
、
你guess一个过渡态以后,需要进行结构优化后才可以进行振动分析
搜索properties,搜到最后一个时停止,在附近就可以找到你需要的energyofbarrier.
Help菜单
它包括以下菜单项:
HelpTopics:
显示MaterialsStudioHelpViewer。
所有帮助主题都列在目录栏。
UsingHelp:
显示怎样使用帮助的主题。
GettingStarted:
显示开始使用MaerialsStudio的帮助主题,包括:
安装和系统需求。
许可。
从老版本升级。
简单演示
Tutorials:
显示已安装MaterialsStudio模块的演示。
AccelysontheWeb:
浏览Accelrys主页。
MaterialsStudioHomePage:
浏览MaterialsStudio主页
About:
显示有关MaterialsStudio安装的信息。
MaterialsStudio启动时默认不显示PropertiesExplorer。
你可以通过View|Explorers|PropertiesExplorer菜单命令控制它的显示与否。
你可以通过双击属性列表中适当的显示栏来编辑属性的值。
双击时,显示一个对话框,键入新值。
对话框的类型根据属性的不同而不同。
PropertiesExplorer顶部的Filter显示活动文档中选定对象的类型。
从Filter列表中选择一直对象类型后PropertiesExplorer就只显示那类对象的性质。
当选定一种以上对象类型(Filter没有设置为All),属性列表只显示选定对象的共有属性。
属性的值只在所有选定的对象都有相同的值时才显示。
并不是所有的属性都可以编辑。
不能编辑的属性以灰色显示。
注意:
现在,automatichydrogenadjustment(自动氢原子调整)在用PropertiesExplore改变原子和键的属性后不会自动执行。
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