MS软件问题.docx
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MS软件问题.docx
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MS软件问题
目录
Q1:
为什么使用Discover进行Dynamics计算时,如果设定了Pressure=1GPa,在计算结果中会出现Pressure等于0,而Stress的XX、YY、ZZ方向为1GPa的情况?
4
Q2:
如何在Discover计算中分别对相同环境原子分配不同力场类型?
4
Q3:
如何在CASTEP计算中限制某个原子的移动方向?
4
Q4:
在安装新的MS时,事先没有停掉LicenseServer,在卸载、安装MS后,发现MS的LicenseServer无法正常启动。
5
Q5:
如何修改Windows或者Linux下的端口号:
5
Q6:
如何使用DMol3进行动力学计算?
6
Q7:
如何让Discover程序输出.arc文件?
7
Q8:
如何使用rattle关键词来限制水分子的几何结构?
7
Q9,如何使用Standalone方式运行DMol程序?
7
Q10:
如何在DMol中加入外界电场?
7
Q12,如何以Standalone方式运行Discover作业?
8
Q13:
为什么我在QSAR模块中无法找到新加入的Jurs和DMol3描述符?
8
Q14:
如何在DMol模块中,对某一分子只允许其沿着Z方向进行优化,而XY方向则不变?
8
Q15:
如果CASTEP计算过程中断电,怎么能够重新开始计算呢?
在Keywords中有两个关键词Reuse和Continuation,它们有什么差异呢?
8
Q16:
如果我在Cleave一个平面的时候,选择的是(111)面,或者该晶体原来就是一个三斜晶胞,我怎么才能切出一个长方形的表面来呢?
9
Q17:
在使用DMol进行结构优化的时候失败,通过对轨迹的回放发现,整个分子在平面上下进行翻转,并由此导致能量振荡,这种情况应当如何处理?
9
Q18:
如何使用XRD数据快速建立相关的晶体结构。
9
Q19:
如何在DMol中考虑溶剂化效应?
10
Q20:
如何使用MS软件计算高分子的玻璃化温度?
11
Q21:
在使用MS进行计算的时候,中间的xcd文件无法及时更新,而其他文件则能正常显示,为什么?
12
Q22:
怎么样在MesoDyn中加入各种不同的限制?
12
Q23:
MS给出的DOS和能带图不是很清楚,我能不能自己来做图?
12
Q24:
怎么样能让CASTEP在并行计算时更有效?
12
Q25:
在使用DMol计算过渡态结构时,经常会发现出现不止一个虚频,怎么回事?
13
Q26:
怎么在Altix350上安装MS的Castep和DMol的补丁加速运算速度?
13
Q27:
为什么我在Linux下安装license的时候,总是报错呢?
13
Q28:
在使用SGIAltix350,打补丁后运行RunCASTEP.sh–npnseedname的时候,出现错误:
MPI:
asgetnetinfo_array('(null)')failed:
arrayservicesnotavailable,怎么解决?
14
Q29:
MS的GFA是怎么对参数进行杂交的?
参数多少与内存有无关系?
14
Q30:
DFT方法对计算量和内存的要求是什么样的?
15
Q31:
为什么当DMol3在我机器上运行过的时候,总是出现以下错误:
floating-pointassistfault?
16
Q32:
在使用DMol3算频率的时候,突然断电了,怎么才能继续算频率呢?
16
Q33:
在Castep模块中,Electronic中的Pseudopotentialrepresentation,有RealSpace和Reciprocalspace,如何取舍?
17
Q34:
如何从Discover的输出文件中查看每桢中原子的坐标以及速率等信息?
17
Q35:
我使用的是Standalone方式进行Castep和DMol3计算,完成后怎么才能看到最终结构和轨迹呢?
17
Q36:
DMol中有TSConformation也有TSOptimization,应该选取哪一个来搜索过渡态?
17
Q37:
在使用CASTEP进行过渡态(TS)搜索时,当用reactionpreview产生一个轨迹文件之后,对该轨迹文件进行TSsearch运算时,在本机直接计算可以进行,但是进行savefiles时,却无法完成提示UnabletosetUserID.Trajectoryfilewillbeinvalid.18
Q38:
在Castep中,怎样输出电荷密度?
相关数据的单位是什么?
18
Q39:
如何在Discover中使用BTCL语言进行多步MD计算?
18
Q40:
如何用Dmol3计算OverlayMatrix,并进一步分析?
21
Q41:
如何使用Castep程序计算IR振动,为什么计算老是说不收敛?
22
Q42:
为什么我在手工使用Castep计算能带结构、态密度或者声子谱的时候,程序始终提示没有Check文件?
22
Q43:
Discover的Non-bond中Summation的三种方法有什么区别?
22
Q44:
Castep中的EmptyBand有何用处?
怎么设置?
24
Q45:
CASTEP中如何控制能带结构的精细程度?
24
Q46:
如何在MS中加入非限制性约束条件,例如约束两个原子间距离?
26
Q47:
如何在DMol3中显示大于999号轨道的Homo和Lumo轨道?
26
Q1:
为什么使用Discover进行Dynamics计算时,如果设定了Pressure=1GPa,在计算结果中会出现Pressure等于0,而Stress的XX、YY、ZZ方向为1GPa的情况?
A1:
这是由于在进行Dynamics计算时,选用的Ensemble不相同,如果选用了Parrinello方法,将使用Stress来进行判断,此方法允许晶胞形状与大小都发生变化,已形成剪切,从而使内部的Stress与外部Pressure相等。
对于晶体计算来说,此方法应该更加合理。
而Andersen方法则只改变晶胞大小,不改变晶胞形状,此时使用Pressure来作为判断标准。
因此,计算后的Pressure值和设定值相同。
Q2:
如何在Discover计算中分别对相同环境原子分配不同力场类型?
A2:
在Discover中,使用Assign按钮为原子分配不同的力场类型。
在Setup选项中,将Automation中的FF和PartialCharge设置为No。
然后进行计算即可。
注意:
在具有周期边界条件的体系中,在No-bond中,选择Summation方式为Ewald(考虑分子间长程作用)然后进行计算才能正确生成能量表达式,其他方式计算可能会导致错误发生(分母为零)。
Q3:
如何在CASTEP计算中限制某个原子的移动方向?
A3:
CASTEP计算中只支持Fraction坐标,不支持Coordinate坐标。
采用常规方式无法限制原子的移动方向,需要手动修改CASTEP的Cell文件,具体方式如下,在
%BLOCKPOSITIONS_FRAC
Al0.00000000000.00000000000.0000000000
Al0.22701712830.20948378020.5009850469
Al0.50000000000.00000000000.5000000000
Al0.50000000000.50000000000.0000000000
%ENDBLOCKPOSITIONS_FRAC
中包括每个原子的分数坐标,请留意每个原子的编号,在下面的计算中会有所帮助。
在Cell文件中,关于原子坐标限制的部分如下:
FIX_COM:
false
%BLOCKIONIC_CONSTRAINTS
1Al11.00000000000.00000000000.0000000000
2Al10.00000000001.00000000000.0000000000
3Al10.00000000000.00000000001.0000000000
4Al31.00000000000.00000000000.0000000000
5Al30.00000000001.00000000000.0000000000
6Al30.00000000000.00000000001.0000000000
7Al41.00000000000.00000000000.0000000000
8Al40.00000000001.00000000000.0000000000
9Al40.00000000000.00000000001.0000000000
%ENDBLOCKIONIC_CONSTRAINTS
其中包括每行编号(紫色),原子类型(红色),原子编号(绿色)和需要限制的分数坐标(黑色)。
如果要限制第二个Al原子不能沿着X方向移动,那么在该部分的设置如下:
1Al11.00000000000.00000000000.0000000000
2Al10.00000000001.00000000000.0000000000
3Al10.00000000000.00000000001.0000000000
4Al21.00000000000.00000000000.0000000000
5Al20.00000000000.00000000001.0000000000
6Al31.00000000000.00000000000.0000000000
7Al30.00000000001.00000000000.0000000000
8Al30.00000000000.00000000001.0000000000
9Al41.00000000000.00000000000.0000000000
10Al40.00000000001.00000000000.0000000000
11Al40.00000000000.00000000001.0000000000
注意,编号要顺次后移,否则会出错,黑色部分分别对应于x、y、z三个方向,完成后,使用RunFiles方式即可进行计算。
此外,在
%BLOCKCELL_CONSTRAINTS
123
456
%ENDBLOCKCELL_CONSTRAINTS
中可以限制晶胞向量的变化,第一行分别表示三个晶胞参数a、b、c,第二行表示晶胞角度α、β、γ。
上述结构表明参数可以被优化,如果需要加以限制,则需要改为0。
Q4:
在安装新的MS时,事先没有停掉LicenseServer,在卸载、安装MS后,发现MS的LicenseServer无法正常启动。
A4:
在“控制面板|管理工具|服务”中,可以看到AccelrysLicenseServer启动,首先将此服务设置为“禁用”,然后在“开始|运行”中键入“Regedit”命令,查找“LicenseServer”,多选项只选择“项”,然后进行查找,将“Server”目录下的“AccelrysLicenseServer”全部删除。
重新启动机器。
按照正常流程启动LicenseServer即可。
Q5:
如何修改Windows或者Linux下的端口号:
A5:
在License文件中,第一行能够看到以下信息:
SERVERItanium00306EF38B481715
其中,Itanium是机器的主机名称(Hostname),00306EF38B48是机器网卡的物理地址(MAC地址),而1715表示的是LicenseServer的端口号,可以在这里将端口号改为任意端口XXXX(大于1000),按照标准方式安装License文件,此时,开放的端口就是所指定的端口XXXX了。
如果要改变Gateway的端口18888,在Linux下请执行以下几个命令:
1.进入
2.运行./msgateway_control_18888stop(18888是程序默认端口号)
3.运行./deconfigureall(删除已有的Gateway信息)
4.进入
$defs{gw_port}=18888;#thedefaultporttouse(程序默认使用的端口号)
将18888改为任意端口1XXXX,保存并退出。
5.运行./configuregateway(重新生成Gateway信息)
6.进入上级目录,并运行./msgateway_control_1XXXXstart(重新启动gateway)
经过上述步骤后,Gateway的端口号即被改为1XXXX。
Q6:
如何使用DMol3进行动力学计算?
A6:
需要使用命令行的方式进行提交,几个关键词是:
"MD_Time_Step","MD_Velocity",and"MD_SimAnn_Panel",详细地设置请参看:
#Taskparameters
CalculateMolecular_Dynamics
Opt_energy_convergence2.0000e-005
Opt_gradient_convergence4.0000e-003A
Opt_displacement_convergence5.0000e-003A
Opt_iterations50
Opt_max_displacement0.3000A
Symmetryon
#MDandSimulatedAnnealingKeywords
MD_Time_Step0.46185671
MD_VelocityRandom0
MD_SimAnn_Panel1
1100MD_NVT300.00010.000
#Electronicparameters
Spin_polarizationrestricted
Charge0
Basisdnd
Pseudopotentialnone
Functionalgga(p91)
Aux_densityoctupole
Integration_gridmedium
Occupationfermi
Cutoff_Global3.3000angstrom
Scf_density_convergence1.0000e-005
Scf_charge_mixing0.2000
Scf_iterations50
Scf_diis6pulay
#Printoptions
Printeigval_last_it
#Calculatedproperties
Frequency_analysison
Q7:
如何让Discover程序输出.arc文件?
A7:
打开.inp文件,在文件最后能够看到{printhistory},将其改为{printarchive}即可,如果只要输出坐标,那么可以采用+coordinates关键词。
完成后运行即可。
Q8:
如何使用rattle关键词来限制水分子的几何结构?
A8:
首先打开所需要进行限制的分子结构,在Dynamics选项下保存文件,会发现有一个叫做.car的文件,打开此文件进行编辑。
其中,关于水分子的部分按照如下方式进行修改:
H11.964314103-0.7716678388.750601768WTR1h*H0.410
O11.497763872-0.1317404668.158240318WTR1o*O-0.820
H20.676835179-0.6419673568.043372154WTR1h*H0.410
end
注意红色显示部分。
WTR为水分子的类型,注意WTR后有一个空格,为四字符格式。
完成后另存到其它目录。
然后重新打开此文件,在此文件的基础上进行修改,然后在.inp文件中加入以下语句:
rattlewater-waterTypeSPC-tolerance1e-4
完成上述操作后,运行此文件即可。
需要注意的有两点:
1.水分子必须是单独的结构,不要一堆水分子放在一起分不清楚(单个分子以end结束);2.修改完.car文件后,建议将原来的目录完全删除,这样再次打开的文件后缀将是.xsd文件,否则可能为.car。
通过此方法,还可以限制其它分子的几何结构。
Q9,如何使用Standalone方式运行DMol程序?
A9:
在MS中完成DMol设置后,保存Files,然后将.car和.input文件上传到Linux服务器上。
采用dos2unix命令转换.input文件格式。
完成后,使用RunDMol.sh–npnseedname来运行即可。
上传时请采用ftp工具,不要使用MS自带FTP工具。
Q10:
如何在DMol中加入外界电场?
A10:
在DMol的Input文件中加入以下命令:
Keywords:
Electric_Fieldxyz
其中xyz为电场的方向,例如要沿着Z方向加电场,则可输入0.00.00.2,其单位为标准单位制Hartree/Bohr,或者意味着52V/A(非常大的数量级,需要和实际体系联系起来使用,公式为E=U/l)。
下面是加了电场和没加电场得到的数据对比:
waterNoEFEF(Z)EF(X)
Energy-76.4228083-76.5010767-76.5010767
Dipole0.813401.099381.09938
OCharge-0.809-0.813-0.813
HCharge0.4050.4060.406
HOMO-0.248311-0.278503-0.278503
CnanocubeNoEFEF
Energy-2666.5623585-2683.287989
Homo-0.2204-0.0295
Q12,如何以Standalone方式运行Discover作业?
A12,在MS中完成DMol设置后,保存Files,对于MM和MD有不同的处理方式,对MM,需要上传.car和.inp文件到Linux操作系统下,使用命令dos2unix将.inp文件转换为Unix格式,再使用
Q13:
为什么我在QSAR模块中无法找到新加入的Jurs和DMol3描述符?
A13:
使用这两种描述符需要在QSAR模块中引入引入新的QSAR模块,具体方法是:
打开QSAR模块,在右侧工具栏上选择ImportModel,在
通过文本编辑器,可以打开相关的文件,从中可以看到相关的描述说明。
Q14:
如何在DMol模块中,对某一分子只允许其沿着Z方向进行优化,而XY方向则不变?
A14:
首先选择要优化的原子,在Modify菜单的Constrains中,固定其XYZ坐标,然后在DMol的Calculation对话框中进行相关设置,完成后SaveFiles。
打开Input文件,找到下面一行文件:
#Cartesianconstraints
Opt_fixed
1XYZ
其中,XYZ表示对XYZ坐标都进行限制,如果只沿着Z方向进行优化,那么要将这一行改为1XY,保存文件,并RunFiles就可以了。
如果1、2代表的原子不清楚,那么请打开mdf文件去查询。
Q15:
如果CASTEP计算过程中断电,怎么能够重新开始计算呢?
在Keywords中有两个关键词Reuse和Continuation,它们有什么差异呢?
A15:
这两个关键词都是为了在上一步成功计算的基础上,使用最终结构和输入参数进行更进一步的计算的,无法在断电未生成check文件时重新开始计算。
1)用reuse
reruse是开始一个全新的计算,使用最终结构以及其他的相关信息。
在这里可以对相关设置进行修改已开始其他的计算工作。
2)用continuation
也是开始一个新的计算工作,会使用到最终结构,参数设置和上次工作的几乎完全一致。
注意:
使用reuse和continuation关键词都会使用到.chk文件,如果工作计算失败,并且没有得到.chk文件,那么只能使用第一种方法开始重新计算。
如果要在断电后重新计算,那么可以采用以下方法。
用已经部分优化了的几何构型重新交作业;
使用的是最后一桢优化过的结构,能够接着上面的工作继续开始优化,但是第一次SCF计算过程会比较长一些,因为要估算受力情况,接下来就进入了正常计算部分。
Q16:
如果我在Cleave一个平面的时候,选择的是(111)面,或者该晶体原来就是一个三斜晶胞,我怎么才能切出一个长方形的表面来呢?
A16:
首先Cleave所需要的米勒面,例如(111)面,然后使用Lattice工具将此表面放大,找出垂直于U或者V轴的某个垂线上的原子X,将该原子X作为新的V轴或者U轴的末端点,并找到相应的分数坐标,然后在Cleave工具的SurfaceMesh中定义U、V取向即可。
小技巧:
可以先剪切平面,选择要重新定义u、v轴所对应的原子,然后到原来的晶体中去找该原子的分数坐标,直接输入mesh即可。
注意:
查找原子的XYZ坐标的目的是为了找到原来原子的分数坐标,如果能够通过数学变化来的得到的话,也可以直接进行数学变化。
另外,如果为了转换晶胞(如三斜转换为正交,在CleaveSurface的时候需要对Depth特别注意,一定要让上层原子和下层原子完全重合,然后再加0A的真空层。
)
Q17:
在使用DMol进行结构优化的时候失败,通过对轨迹的回放发现,整个分子在平面上下进行翻转,并由此导致能量振荡,这种情况应当如何处理?
A17:
在使用DMol进行优化的时候,可以在Optimization的设置中,将MaxStepSize调小,默认值为0.5,可以改为0.3或者0.1
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