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微生物生态学(microbialecology)研究微生物与其所在环境和群落之间相互关系的科学即微生物群体与周围环境的生物和非生物因素的相互关系的科学。
微生态学(Microecology)研究人类、动物及植物与其正常微生物群相互关系的学科。
研究内容正常微生物群与宿主之间的关系;
正常微生物群中群落之间的关系;
正常微生物群和宿主与大环境之间的关系
个体(individual)是指具有一定功能的生物体。
种群(population)相同多个个体;
群落(community)各种生物种群聚集在一起,形成一个群落
生境(habitat)微生物生存外环境局部小空间称为微小生境
龛(niche)也称为生态位。
微生物在生境中所处的位置,具有功能的涵义
土壤生境特征微生物生存与繁殖的理想场所;
微生物最稳定的生境;
人类活动影响大
微生物生态特征代谢旺盛、繁殖迅速—种多量大;
菌种资源库;
易形成抗逆结构:
芽孢、孢子、荚膜;
微生物间关系复杂;
是微生物主要来源
水的生境特征良好的溶剂;
营养丰富;
生物生境复杂;
生物生存的主要,重要生存环境。
水微生物生态特征多数为革兰阴性菌;
常具有鞭毛、纤毛等与水中生活相适应的结构特征;
具有附着生长及相互聚合的特性;
受环境影响大
空气微生物生态特征营养匮乏,仅可提供微生物生存场所;
只是微生物的暂居地;
空气中无固有微生物,来源于水、土壤、动植物等。
食品微生物生态特征营养丰富、水分、酸碱度等合适,微生物能在其中大量繁殖。
微生物在食品中的生长,极易对食品环境本身产生影响,从而影响微生物种群
微生物生态研究内容环境对微生物种群、数量分布、增殖速度及活力影响。
微生物群体结构稳定性及可修饰性。
微生物群体对环境功能。
微生物与其生存环境之间、与其他各种生物之间相互关系、作用和演变规律
最小因子定律基本核心:
任何生物的生物量决定于所存在环境中该生物生长所需的最低浓度营养,适用于“稳定状态”的环境
耐受性定律每种生物生长繁殖只能耐受一定范围的生态因子,生态因子在数量和质量上的不足或过多均可影响微生物的存亡。
耐受限度生物对生态因子所能耐受的最大值和最小值之间的范围
综合作用定律将谢氏耐受定律与利比西的限制因子定律结合起来的产物。
含义一个生物或一群生物的生存和繁殖取决于综合环境(非生物和生物因素)
微生物的特点体积小,殖率大,世代时间短,适应性强,生物细胞直接与环境接触,很容易受环境影响
变异(variation)的存在使遗传保守性与遗传变异性相互作用,使生物通过逐渐适应演化得以长期生存。
生物适应性(adaption)是指生物能适应在一定时间内的环境波动或剧变以保证其本身生活和生存的能力,分遗传,表型适应性。
1.互生关系
/
偏利共生(commensalism)指两种种群共同存在于一个生境中,其中一个获益,而另一个不受影响。
兼性与专性厌氧菌
互利共生(mutualism)指生活在同一生境的两种微生物互换产物,相互依赖,共同有利,在生理上形成一个整体。
海藻与表面之附着菌;
海藻供氧和有机物,菌供维生素和CO2。
互惠共生(synergism)两个种群的共同生存可以互相受益,但不是一种固定的关系,解除关系后双方都能独立存在。
溶源性噬菌体与白喉杆菌,后者只有在溶源状态产毒
2.寄生关系(parasitism)一种生物侵入到另一种生物体上,获得自己所需要的营养物质生长,使后者遭受损害。
病毒与宿主细胞,菌体与宿主细菌
3.拮抗关系(amensalism)一种微生物产生某种物质干扰其他微生物的代谢活动;
也称偏害共栖。
真菌产抗生素抑制细菌生长
4.捕食关系(predation)一种种群被另一种种群吞食。
原虫吞噬细菌
5.竞争关系(competition)两个种群共同生活于同一环境中,因需要相同的生长因子或其他环境条件而发生的争夺现象。
小核草履虫与大核草履虫
6.种间共处(neutralism)指两种生物同时生存于同一栖息场所内,但互不影响,不发生生态关系(至少没有直接的生态关系)。
(
微生物对所生活环境完全适应才能保持生态平衡。
打破生态平衡,发生生态失调(ecologicaldisturbance)生态失调常导致微生物种群演替,然后形成新的生态平衡。
微生物在人体内的正常菌群与机体的生命活动和免疫功能密切相关。
微生态失衡菌群失调症(dysbacteriosis)
第三章环境中微生物的主要类群
原核:
1.细菌(bacteria)
[
2.放线菌(Actinomycetes)细胞壁含有胞壁酸,对抗生素敏感;
无性繁殖(菌丝断裂、形成分生孢子或孢子囊的形式);
多数为腐生菌,人工培养比较困难;
分解有机物;
部分能产生抗生素
,
链霉菌属(Streptomyces)最高等的放线菌,孢子在固体培养基上萌发后长出向培养基内生长的营养菌丝,表面生长的气生菌丝。
分布土壤;
作用分解有机物、生产抗菌素
诺卡菌属(Nocardia)在固体培养基上生长时,只有营养菌丝,气生菌丝只有很薄一层或无,通过菌丝断裂形成孢子繁殖。
(化脓性感染,降解烃,转化氰)
小单孢菌属(Micromonospora)不形成气生菌丝,繁殖时从营养菌丝上长出孢子梗,梗的顶端着生一个分生孢子,分布土壤、污泥,作用分解有机物、产生抗菌素
3.鞘细菌(sheathedbacteria)单细胞连成的丝状体细菌,丝状体外包围一层由有机物或无机物组成鞘套
球衣菌(Sphaerotilus)细胞串成丝状,丝状体外包有鞘套;
分解有机物的能力强;
活性污泥曝气池常见菌,但数量过多引起污泥膨胀
铁细菌属(Crenothrix)带鞘的丝状菌,但丝状体多不分枝;
能将低铁氧化为高铁(铁质水管蚀、塞)
四、滑动细菌不借鞭毛而靠菌体蠕动进行滑动的一类细菌。
分布淡水、海水;
贝氏硫菌属(Beggiatoa)硫循环;
噬纤维菌属(Cytophaya)纤解
五.蓝细菌(bluebacteria)光合型微生物,光合色素主要叶绿素α及藻蓝素,有的还含有藻红/黄素,分布淡水、海水;
过量增殖:
水华,赤潮,水体富营养化,铜绿微囊藻(M.aeruginosa)曲鱼腥藻(A.contorta)
真核(真核细胞核,核膜,核仁,细胞器完整)
一、真菌(fungi)进化程度高于细菌,演化与放线菌无关。
细胞结构和繁殖方式类似于藻类;
但不含叶绿素、不光合作用,腐生或寄生。
不同于原生生物—细胞壁;
与细菌细胞壁区别-几丁质、无肽聚糖;
分布生物体内;
偏酸性和渗透压高的环境;
可发酵、制药等、但人类疾患、动植物病害,霉变、霉烂。
(酵母菌属(Saccharomyces)细胞卵圆形,时球形或香肠状,发酵及变败;
假丝酵母属-食用、工业;
红酵母属-污染、致病;
球拟酵母属;
毕赤酵母属-酱油、酒变败)
二.霉菌
曲霉属(Aspergillus)有横隔膜;
多细胞丝状体;
典型结构为孢子穗;
分布土壤、空气、谷物;
酿造、食品和制药、分解有机物能力极强;
但霉变、产毒。
青霉属(Penicillium)与曲霉类似,但孢子穗形态不同;
帚状枝重要鉴定特征。
抗生素及变败。
镰刀菌属工业及产毒。
交链孢霉属是土壤、空气和工业材料上常见腐生霉菌。
芽枝霉属引起食品霉变、污染谷物、纺织品、皮革、纸张和橡胶等。
根霉属分解有机物能力强,在酿造、生物制品领域应用较多。
毛霉属分解淀粉、蛋白质能力强,常用于发酵工业;
也是环境物质循环中的常见菌。
木霉属分布腐烂木材、植物残体、种子,土壤和空气;
可纤维素酶、维生素B2、抗生素;
但栽培蘑菇的劲敌。
三、藻类(algae)形态多样;
单细胞或多细胞;
丝状体者有横隔膜;
与高等植物相同,亦行光合作用。
原生动物(protozoa)单细胞低等动物;
在环境中分布广;
寄生或共生,更多腐生;
在活性污泥法处理污水中吞噬细菌;
无细胞壁;
通过细胞器完成摄食、呼吸、排泄、生殖等功能;
虽为单细胞生物,结构复杂,是一个独立而完整机体;
大多异养;
可形成休眠体。
鞭毛纲运动细胞器是鞭毛,体表有角质膜以维持形态;
肉足纲运动器官为肉足,也是捕捉食物的细胞器;
纤毛纲运动,摄食细胞器是纤毛;
每个细胞有大,小细胞核;
接合生殖,横分裂生殖;
异养型,分游泳型和固着型;
孢子纲某些有鞭毛或伪足;
复杂生活史;
常为寄生,环境中少见)
非细胞型微生物不具细胞结构,仅为一团遗传物质被蛋白质壳包裹而形成的颗粒。
病毒(virus)特点-结构简单;
专性寄生;
抵抗力特殊室内空气—来自人体,室外肠道为主,主要来自污水;
水-主要来自人、畜粪便及污水,多肠道内病毒,可来自土壤,可吸附悬浮固体物,高度蓄积于底泥;
土壤-土壤中病毒可吸附于颗粒内而延长存活时间;
食品-病毒性疾病-型传染性肝炎和胃肠炎;
贝类生活环境污染贝类对病毒具有过滤富集作用
第四章研究和检测方法
1.卫生微生物检验与医学微生物检验的区别与特点
2.样品的采集原则
!
3.影响采样代表性的因素有哪些
4.怎样使采样具有针对性
5.样品采集后为什么要尽快送检
6.怎样保护样品中的待检微生物
7.样品中抑菌物质去除方法有哪些
8.样品的处理策略(目的)与方法
9.怎样浓缩样品中的微生物
10.环境中的微生物数量低,怎样提高检出率
卫生微生物检测的特点
}
检测对象多病原+非致病和条件致病微生物;
特别是能反映环境、食品、健康相关产品等样品卫生质量的卫生指示微生物
检测范围广人体,空气,土壤,水食品等
检测方法敏感检测数量很低的致病微生物
定量测定和分型检测以探明感染性疾病的传染源、传播途径、流行情况
卫生微生物检测的基本原则
生物安全个人防护;
防标本和环境污染-无菌操作、恰当处理污染废弃物
代表性样品种类;
采样量,部位,时间;
采样随机和均匀性;
按批号抽样
采样方案的类型
】
防污染避免采样时外界微生物对样品新污染:
采样用具、容器需严格灭菌,以无菌操作采样。
防杀菌避免采样时对微生物的杀灭作用和引入新抑菌物质:
容器是否残留消毒剂,采样工具未冷却
细标记注意对样品的详细标记:
样品名称,编号,采样时间,采样者,检测项目
尽快送检应(一般不超过3~4小时)送检,减少待测微生物死亡,防止微生物繁殖对计数结果影响。
保护待检微生物温度调节,加入保护剂,去除其他不利于待测微生物生存因素,低温
运送培养基:
分离病毒的组织块可放于50%甘油缓冲液中()5℃;
也可用由%水解乳蛋白,2%小牛血清,青、链霉素各500u/ml,制霉菌素50u/ml组成的溶液保存。
分离鼠疫菌等革兰染色阴性菌多用卡—布半固体培养基运送,用磷酸盐缓冲液处理过的棉棒采样,插入培养基底部,拧紧管口螺旋盖运送。
★pH;
蛋白质;
抑制剂抑制非目的微生物;
渗透压;
气体
遵循完善的样品交接制度送往实验室的样品,必须附有样品送检单,实验室收到样品应按送检单逐项核对,检查样品是否符合检验要求,确证无误方可签收待检。
实验室检验原则
相应的硬件条件和设备;
具有合格检验人员;
标准/公认的检验方法;
实验室质量控制(实验室环境不应影响检验结果的准确性工作区与办公区分开;
工作面积应满足检验工作的需要;
温度、湿度、照度、噪声和洁净度等应符合工作要求;
整体布局应采用单方向工作流程,避免交叉污染;
一般样品检验:
洁净区(超净工作台或洁净实验室);
病原微生物分离鉴定;
应有检测不同病原菌的相应的条件和设备)
<
微生物按其是否致病、致病力强弱、危害人体严重性、传染性大小、当地人群免疫水平、有无免疫制剂和特效治疗药物等可分成不同危害等级。
危害等级I(低个体危害,低群体危害)不会导致健康工作者和动物致病的细菌、真菌、病毒和寄生虫等生物因子
Ⅱ(中等个体危害,有限群体危害)能引起人或动物发病,但一般情况下对健康工作者、群体、家畜或环境不会引起严重危害的病原体。
实验室感染不导致严重疾病,具备有效治疗和预防措施,并且传播风险有限。
III(高个体危害,低群体危害)能引起人类或动物严重疾病,或造成严重经济损失,但通常不能因偶然接触而在个体间传播,或能使用抗生素、抗寄生虫药治疗的病原体
Ⅳ(高个体危害,高群体危害)能引起人类或动物非常严重疾病,一般不能治愈,容易直接或间接或因偶然接触传播的病原体。
实验室生物安全与管理很重视
科研课题跨专业;
安全管理不重视;
技术操作不规范;
人员配备不严;
健康监测不到位;
执行制度不认真
、
实验室生物危害
微生物医学实验室研究过程中病原微生物对人、环境、生态和社会造成危害和污染
实验室生物安全为避免微生物和医学实验室中在进行各种有危害或有潜在危害的生物因子活动过程中,可能对人、环境和社会造成的危害或潜在危害,而采取的防护措施(硬件)和管理措施(软件),达到对人、环境和社会的安全防护目的主要考虑实验室生物安全防护,即实验室工作人员所处理的实验对象含有致病的微生物及其毒素时,通过在实验室设计建造、使用个体防护设施、严格遵从标准化的工作及操作程序和规程等方面采取综合措施,确保实验室工作人员不受实验对象的感染,确保周围环境不受实验对象的污染。
基础(p1)实验室一级生物安全水平(ABSL-1);
基础实验室二级;
防护实验室三级;
最高防护实验室四级
甲类传染病鼠疫、霍乱乙类传染病传染性非典型肺炎、艾滋病、病毒性肝炎、脊髓灰质炎、人感染高致病性禽流感、麻疹、流行性出血热、狂犬病、流行性乙型脑炎、登革热、炭疽丙类传染病流行性感冒,黑热病,手足口病
传染性非典型肺炎、肺炭疽和人感染高致病性禽流感,采取甲类传染病预防、控制措施
根据病原微生物的传染性、感染后对个体或者群体的危害程度,将病原微生物分为四类第一类病原微生物,是指能够引起人类或者动物非常严重疾病的微生物,以及我国尚未发现或者已经宣布消灭的微生物。
第二类病原微生物,是指能够引起人类或者动物严重疾病,比较容易直接或者间接在人与人、动物与人、动物与动物间传播的微生物。
第三类病原微生物,是指能够引起人类或者动物疾病,但一般情况下对人、动物或者环境不构成严重危害,传播风险有限,实验室感染后很少引起严重疾病,并且具备有效治疗和预防措施的微生物。
第四类病原微生物,是指在通常情况下不会引起人类或者动物疾病的微生物。
第一类、第二类病原微生物统称为高致病性病原微生物。
抑菌物质去除方法中和法,滤膜过滤法,稀释法,吸附法
指示微生物(indicatormicroorganism)是在常规卫生监测中,用以指示样品卫生状况及安全性的(非致病)微生物(或细菌)
类型
:
菌落总数(AerobicPlateCount)(细菌、霉菌和酵母菌数)-菌落总数是指被检样品的单位重量(g)、容积(ml)、表面积(cm2)或体积(m3)内,所含有的能在某种培养基上经一定条件、一定时间培养后长出的菌落数量,以菌落形成单位数(colonyformingunit,cfu);
用于判定检样被微生物污染的程度或动态观察。
也是某些样品的卫生限量标准。
常用标准平板计数法(standardplate-countingmethod)和表面涂布法(SpatulaMethod)
营养琼脂培养基的配方及培养基的消毒方法
倾注培养法与表面涂布法的区别与优缺点
大肠菌群、粪链球菌(fecalStrptococcusFs)、产气荚膜梭菌
大肠菌群(coliformgroup)是一群能在35~37C、24小时内发酵乳糖产酸产气的、需氧或兼性厌氧的、革兰阴性的无芽胞杆菌。
是存在于人和温血动物肠道中的一大群菌。
检品受人,畜粪便污染状况,间接反映肠道病原微生物存在;
埃希氏菌属(Escherichae)克雷伯氏菌属(Klebsiella)肠杆菌属(Enterobacter)枸橼酸杆菌属(Citrobacter)Serratia(沙雷菌属);
Proteus(变形杆菌属)根据生长温度的差异,将能在37C生长的称为总大肠菌群,而在C仍能生长的大肠菌群称粪大肠菌(主要成员是埃希氏菌属菌。
利用大肠杆菌产生的葡萄糖苷酸酶,分解吲哚葡萄糖苷酸,产生有色物质,而使大肠杆菌菌落显色,对大肠杆菌数进行测定)
产气荚膜梭菌(Clostirdia)是一类能还原亚硫酸盐为硫化物、厌氧生长的、革兰阳性梭状芽胞杆菌。
是人和动物,特别是食草动物肠道内的常住菌,数量少于大肠杆菌,每克粪便约为105~106。
由于能形成芽孢,有较强抵抗力,若样品中产气荚膜梭菌被大量检出而大肠菌群数量很少时,则表示样品曾受过粪便污染,即有陈旧性污染。
常被作为水或土壤指标菌
其它指示菌间接反映相关致病菌存在的可能性不得检出的致病菌沙门菌与志贺菌-粪口感染性疾病和食物中毒;
金黄色葡萄球菌-化脓,败血症,肠毒素-食物中毒;
铜绿假单胞菌-创口感染,外科特定菌,泳池;
破伤风梭菌-土壤,外创
病毒(包括噬菌体)间接反映肠道病毒存在
检出意义大肠杆菌〉耐热大肠菌群〉总大肠菌群
选择指示微生物总原则数量大易于检出;
检验方法简单、经济、方便;
有一定代表性,其数量变化能反映样品卫生状况及安全性
作为粪便污染指示菌的条件有哪些
①大量存在于人及温血动物肠道,未被粪便污染样品中无此种菌存在②在外环境中抵抗力,包括对消毒剂抵抗力与肠道致病菌大致相似或稍强③在外环境中不繁殖,存活时间与肠道致病菌大致相似或稍长;
检验方法简便,易于定量计数
为什么常常通过检测指示微生物反映样品卫生安全性
①致病微生物种类多,检测方法各异,对样品卫生安全性作出评价时,不可能分别检测各种微生物②致病微生物的数量少,而检测方法灵敏度不高;
或者受到检测量限制,可能导致假阴性结果③分离、鉴定致病微生物需时长,不能满足实际工作需要④分离、鉴定致病微生物费用高,而且对人员的技术要求也相对较高
08版大肠菌群MPN计数较03版优势操作更简单,适合批量检测;
检出概率大;
可修复已损伤的细胞;
采取增菌液接种,减少认为误差大肠菌群在结晶紫中性红胆盐琼脂(VRBA)上的生长情况-典型菌落:
紫红色,菌落周围有红色的胆盐沉淀环,菌落直径为0.5mm或更大。
与大肠菌群PetrifilmTM测试片计数法方法一致;
大肠杆菌蓝色带气泡的菌落/大肠菌群红色带气泡的菌落
卫生微生物样品特点数量低-浓缩;
细菌受损-复苏;
杂菌多-选择性增菌和分离
样品混匀使样品具有代表性;
样品中待测微生物释放
浓缩方式沉淀法细菌可通过普通离心机离心沉淀而浓缩,或者通过差速离心,去除杂质,收集菌体,达到浓缩的目的。
病毒浓缩需采用高速或超速离心机过滤法是将样品在负压或正压作用下,通过孔径为μm滤膜,细菌被阻留在膜上,而达到浓缩目的。
样品中的病毒可通过膜的静电吸附浓缩。
还可消除样品中的抑制剂对后续培养的影响吸附沉淀法可分特异性和非特异性吸附;
非特异性吸附如利用加入化学制剂,形成沉淀,细菌被共沉淀的方法;
而特异性吸附则是利用配体与受体的亲和力,吸附待检微生物,如为浓缩检样中的流感病毒,利用该病毒具有血凝素,可与红细胞结合特点,将检品中加入红细胞吸附病毒,低速离心收集红细胞
复苏环境样品中微生物,因经受冷、热、脱水干燥、辐照、高渗透压或消毒剂作用,可能引起亚致死性损伤,受损伤微生物用一般的培养方法不易培养,需预先进行复苏或修复,才能进行检测基本方法在细菌繁殖之前,将其置于无选择性压力的培养环境中,一般降低培养温度培养一定时间后,再进行检验
选择性增菌与分离物理方法主要通过调节培养的温度、气体条件和光照,进行选择性增菌与分离的方法;
化学方法利用目的微生物的特定生理功能在分离培养基中加入抑制其他微生物生长和显示目的微生物化学制剂,配制成选择性鉴别培养基,达到对目的微生物增菌分离的目的
定量计数法倾注平板计数法主要用于细菌,霉菌,酵母菌菌落总数,用基本透明培养基。
表面涂布计数法使用的培养基不透明;
需对计数的菌落再进行证实试验;
因倾注溶化的热琼脂对待检菌有损伤的情况。
MPN法样品中混其他细菌,无法用平板;
对被检菌数量少样品进行选择性计数;
大肠菌群,粪大肠菌群,产气荚膜梭菌计数
比浊法将菌悬浊液-硫酸钡标准浊度-推断(药敏试验)
分型鉴定的方法噬菌体分型/细菌素分型/耐药谱分型/血清学分型/质粒图谱分型
第七章水微生物
食品中致病菌污染的检测策略程序
pH水中微生物适宜范围,自然水pH值相适;
海水~,微生物生长最适
)
静水压水深每增加10米,静水压就增加一个大气压,90%的海水静水压大于100个大气压
影响分布类群因素温度、静水压、光照、溶解氧、氢离子强度、化学物质和营养物质
水中细菌总特点有鞭毛,能运动,聚集性,粘附性,营养要求低,多为革兰阴性(原因-阴性菌外膜比阳性菌更能适应营养成分稀薄的水环境,使细菌本身重要水解酶被保留在胞质中,不致被分泌和丢失到水环境中,并且能从水中吸收重要营养物质。
另外外膜的脂多糖(LPS)还可阻止某些有毒分子如脂肪酸和抗菌素)
来源固有微生物/外来微生物(下雨,自然沉降,生活,农业,工业,医院污水,灌溉,雨水冲刷)
种类细菌、真菌、病毒、藻类和原生动物
分布不均匀;
与水量、水体类型、层次、污染状况、季节等各种因素影响有关,垂直分布
富营养化水体内氮和磷等营养物质增加导致浮游生物异常增殖,使水体透明度下降、溶解氧降低,严重时还伴有鱼类和高等水生生物的大量死亡过程水华—淡水—藻类,赤潮—海水—浮游生物
地下水由于土壤过滤,营养成分和氧相对较少,细菌也比地面水少,主要为无色杆菌属、黄杆菌属
海水占地面总水量97%,海洋中盐含量高、渗透压大、温度低,静水力很高(特点菌体小,革兰阴性菌多,大多具鞭毛
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