973项目书CB529300胃癌新标志物的筛选及其预警和早诊作用的大规模人群研究Word下载.docx
- 文档编号:22233947
- 上传时间:2023-02-03
- 格式:DOCX
- 页数:23
- 大小:168.42KB
973项目书CB529300胃癌新标志物的筛选及其预警和早诊作用的大规模人群研究Word下载.docx
《973项目书CB529300胃癌新标志物的筛选及其预警和早诊作用的大规模人群研究Word下载.docx》由会员分享,可在线阅读,更多相关《973项目书CB529300胃癌新标志物的筛选及其预警和早诊作用的大规模人群研究Word下载.docx(23页珍藏版)》请在冰豆网上搜索。
幽门螺杆菌可导致胃癌风险增高已得到公认,但不同幽门螺杆菌菌株感染,给予宿主的刺激信号不同,导致其致病作用不同,但对何种菌株、那些基因在胃粘膜癌变过程中可引起恶性表型及其具体机制却有待于明确,同时在此过程密切相关的幽门螺杆菌特异毒素蛋白的功能及相关机制也有待阐明,这对阐明幽门螺杆菌相关性胃癌遗传标志,对于胃癌高风险个体预警以及幽门螺杆菌有效干预具有重要意义。
2.宿主高风险基因多态性对胃癌发生的影响及其作用机制
宿主的基因易感性是另一项决定幽门螺杆菌感染后转归的重要因素。
根除幽门螺杆菌感染能明显降低重度癌前病变及胃癌的发病风险。
然而,同样感染的个体胃粘膜病变的程度存在明显差异,根除感染后胃粘膜病变的转归也明显不同。
因此,进一步明确幽门螺杆菌感染致胃癌发生的相关机理,并从分子水平上评价干预效果,对筛选高危个体、有针对性开展预防具有重要意义。
3.胃癌前病变过程中用于诊断和预警的关键异常分子标志物
在胃癌前病变过程中,关键分子事件的出现对恶性表型的发生至关重要。
MG7、1A6、COX-2、EGR1/CYR61是本项目组以往发现的重要胃癌早诊标志物,但仅依靠单分子的预告模型无法达到临床应用的目的,利用基因组高通量手段可发现并鉴定更多的诊断标志物,有助于提出更多、更好的用于分子诊断的策略。
4.胃癌前病变中表观修饰调控的关键靶点
胃癌在发生过程中不仅有基因水平的变化,表观遗传变异是癌症发展过程中的另一个重要事件,本课题组以往证明,癌症相关基因的启动子甲基化在胃癌变过程中是一个普遍现象,在胃癌的发生和发展过程中有十分重要的作用,发现并利用这些甲基化基因有望找到更多具有潜在临床应用价值的关键靶点。
5.胃上皮细胞恶性转化过程中的效应分子与调控机制
胃癌发生呈明显的阶段性变化,伴随发生的分子事件众多,除可用于诊断和预警的分子标志物外,本课题组以往的研究还提示存在一些关键的效应分子,对这些过程中的关键因素进行阻断可逆转胃上皮细胞的恶性转化过程,明确这些关键因素有助于提出可用于干预的关键效应因子,达到早期治疗的目的。
6.胃癌高危人群的筛选及个体化预防模式的建立
胃癌标志分子对胃癌的不同信号途径具有不同的意义,本课题组在前期工作中建立了包括175个分子的胃癌恶性表型调控网络,如何对这些分子进行综合判断,寻找可用于预测胃癌高危人群及个体化预防的基因及组合,在大样本普查及临床人群中分析获得并验证这些分子的预告模式,是提出切实可行的胃癌防、诊、治策略的重要问题。
主要研究内容包括:
本项目组根据胃癌变过程中的生物标志物这一关键科学问题,根据我们在胃癌方面以往的研究基础,展开如下六方面的研究内容:
1.致癌相关幽门螺杆菌菌株及致病机理的研究
(1)在高发现场研究致癌幽门螺杆菌菌株的分子病理机理:
利用高发现场已建立的7000余例随访队列及根除Hp感染的干预队列,前瞻性验证感染不同Hp亚型者病变进展及发生胃癌的危险性。
同时,通过检测干预前后COX-2、p16等基因表达、甲基化状态,结合Hp感染亚型及胃粘膜病变的演变,进一步明确不同Hp亚型致胃癌发生及根除Hp感染预防胃癌的相关分子机理,并明确Hp感染是否能引起表观遗传异常,为有针对性干预奠定基础。
(2)在动物模型研究致癌幽门螺杆菌株感染致胃癌发生相关分子机理:
利用幽门螺杆菌感染蒙古沙土鼠致胃癌发生模型研究其相关分子病理机制,目的是从“宏观”的角度,利用激光显微切割-抗体芯片的蛋白组学技术,联合基因芯片技术动态观察胃粘膜感染Hp后发生胃癌的一系列病理改变过程中发生的组织学水平及相应的分子生物学水平的异常改变,全面而系统地分析病变过程中多种因素间的相互作用和影响,进一步阐明胃癌发生的机制;
比较于感染后病变发展不同时段根除后的MGs胃粘膜组织学的进一步改变,明确根除治疗后已发生的萎缩、肠化等癌前病变是否可以逆转,是否存在所谓的“不可逆转点”,在分子或蛋白水平有何特异性变化,以望筛选出其中的标志性基因。
2.影响胃癌易感性的关键基因及多态性的分子机制研究
(1)基因易感多态性在胃癌发生过程中的研究
利用已建立的胃癌高发现场长期随访和干预研究队列,在继续筛选胃癌易感基因的同时,对目前已知的主要胃癌易感基因多态性及其组合采用前瞻性研究方法加以验证,观察携带不同基因型者癌前病变的演变是否不同,并比较不同基因型者对根除Hp感染等干预措施的相应差异,以寻找可用于预测胃癌高危人群及个体化预防的易感基因及其组合。
(2)Hp相关胃癌发生发展过程中宿主与Hp交互作用分子机制研究
Hp感染过程中高风险基因多态群的作用及其机制研究,明确其与Hp相关性萎缩性胃炎和胃癌易感性关系,探讨其与IL-1、IL-8、IL-10及PGC基因多态的交互作用研究,并对其中重要的Hp0175基因在胃癌发生发展中的作用及其机制进行研究,明确Hp0175基因表达蛋白在胃疾病发生发展过程中预警作用的评价。
探讨遗传易感性如IL1-511B和NFKBIA基因多态性与胃癌发生预后的关系。
3.胃癌前病变中关键异常分子预警标志物的验证
利用本课题组在前期工作中收集的逾万例临床胃癌前病变标本,采用组织芯片和基因芯片等技术方法证实从大样本胃癌组织中初步筛选出和胃癌发生及进展相关的目的基因;
胃癌血清中筛选和胃癌发生进展相关的目的基因,并与组织中筛选的目的基因进行比较;
对于在大样本胃癌组织和血清中均显著表达与胃癌发生进展相关的目的基因,逐一通过体内外分子实验证实其在预警胃癌发生中的重要地位。
同时在前期研究基础上,进一步评价MG7、1A6、COX-2、EGR1/CYR61等基因在胃癌预警及早期诊断中的价值;
进一步鉴定MG7-Ag的性质;
进一步分离和鉴定胃癌特异的血清蛋白标志物等。
4.胃上皮细胞转化或逆转过程中的效应分子与调控机制
(1)胃上皮细胞转化或逆转过程中的关键效应分子的研究:
本项目组在既往研究中发现PDX1、FHL2、XAF1等基因可能参与从正常胃粘膜到癌前病变继而转化成胃癌的过程,拟评价上述分子在从正常胃粘膜或癌前病变胃粘膜向胃癌演变过程中的表达情况及干预后对胃癌前病变的逆转作用;
评价检测正常与胃癌患者胃液与外周血中E-cadherin、PDX1和XAF1甲基化DNA的可行性,及其对肿瘤进展复发和预后的预测价值;
比较上述分子在根除Hp治疗、应用Cox-2抑制剂前后表型修饰状态与表达的动态变化;
体外探讨Hp活菌、HpCagA蛋白对上述分子表型修饰与表达的影响与潜在机制;
体外探讨NSAIDs药物对上述分子表型修饰与表达的影响与效应机制;
了解上述分子在正常胃上皮细胞转化或逆转过程中的效应分子与调控机制。
(2)发现和寻找胃癌早期发现和诊断及预防的靶点天然反义RNA:
针对正常胃粘膜组织和萎缩性胃炎粘膜组织、胃癌区和胃癌旁组织及外周非癌组织标本,通过天然反义RNA数据库(NATsDB(NaturalAntisenseTranscriptsDataBase,AcidsRes.2007;
35:
D156-61)筛选肿瘤相关基因的天然反义RNA,与USSCGenomeBrowser和FantomcDNAproject对照,着重分析与细胞周期调节密切相关的肿瘤相关基因的天然反义RNA在胃癌前疾病向胃癌转化和胃癌发展过程的表达情况与生物学行为的关系等。
5.胃癌的表观遗传变化及预后标志物的评价
(1)胃癌的表观遗传学改变:
在大样本中验证甲基化的PCDH10和DKK3对胃癌预后判断的价值和意义,以及检测血清中甲基化的RNF180对胃癌早期诊断的意义和应用价值;
通过基因表达芯片分析去甲基化作用后的基因表达改变,进而确定新的通过甲基化调节的潜在靶基因;
使用染色体免疫共沉淀芯片(ChIP-chip)全基因组水平上筛选在胃癌细胞株和人胃癌组织中被H3K27triM修饰调节的靶基因。
(2)胃癌中异常表达的miRNA研究:
根据前期研究应用miRNA芯片谱找出的异常表达的miRNA,在胃癌患者的血清和组织中寻找出可以作为胃癌早期检测和预后标志物的miRNA;
评估miRNA识别标志作为胃癌的癌症检测和预后标志物;
特定miRNA及其目的基因的功能研究。
6.胃癌高危人群预测及个体化预防的分子标志谱研究
利用我们在前期工作中建立的胃癌相关分子群,以胃癌重要的生物学表型如血管生成、增殖、转移、耐药为评价标准,在大规模高发现场及临床人群中进行筛选和验证,通过多基因预告模型进行回归,提出用于筛选高危人群和个体化预防的策略。
在现有工作的基础上,对已获得的三联胃癌预后标志物进行大样本、多中心验证,同时通过对PRL-3、SNCG、ramp,YAP1及L2DTL等新的肿瘤标志物的检测,对现有组合进行优化,提高预后判断的准确性(争取在90%以上)。
同时,对组合标志物对细胞表型的影响进行功能及相关机制研究。
目前我国仅有的胃癌高发现场集中于辽宁庄河、山东临朐和福建长乐这三个近海地区,其胃癌发生的机制与广大内陆地区胃癌发生的机制可能存在差异之处。
我们拟在前期建立的三个大规模胃癌现场的基础上,选择西北内陆地区胃癌高发的甘肃武威建立新的胃癌高发现场研究基地,探讨经筛选获得的胃癌生物标志物在西北内陆地区胃癌高发现场的高危预警、早期诊断及有效治疗中的意义。
二、预期目标
本项目的总体目标:
本项目的总体目标是以严重危害我国人民健康的胃癌为对象,围绕胃癌发生的早期关键过程,研究胃癌前病变及早癌发生的分子机理;
寻找高危人群易患性的相关基因及生物标志;
探讨可能的监测和干预手段,研制可用于胃癌早诊早治的新方法、新制品、新方案或新策略;
培养一支能代表我国胃癌研究水平并能在国际肿瘤研究领域占一席之地的科技团队。
五年预期目标:
1.通过基础研究,从175个分子中筛得10-20个与胃癌恶性生物学表型直接相关的生物标志物,通过数万例临床病例的队列研究和大规模胃癌高发人群的现场验证,最终获得3-4个具有高危预警、早期诊断或有效治疗等应用价值的胃癌生物标志物;
2.建立3-4个可用于诊断或治疗的新方法、新制品、新方案或新策略,获得国家发明专利或国际专利10-20项,获得国家新药证书1-2项。
3.培养一支能代表我国胃癌研究水平并能在国际肿瘤研究领域占一席之地的科技团队。
4.发表一批高质量的研究论文,每年平均在国际重要杂志发表论文IF>
5.0超过10篇,五年IF≥10超过5篇,IF≥20的1篇以上。
5.争取获得2-3项国家级奖励,力争再获一项国家科技进步一等奖。
三、研究方案
(一)总体思路:
(二)技术途径:
具体技术途径示意图参考下页图3。
(1)在高发现场研究幽门螺杆菌感染致胃癌发生相关分子机理
不同Hp亚型者病变进展及发生胃癌的危险性分析:
通过对高发现场不同胃粘膜病变病例的Hp亚型分析,前瞻性验证感染不同Hp亚型者病变进展及发生胃癌的危险性。
Hp感染致胃癌发生相关分子机理研究:
通过检测干预前后COX-2、p16等基因表达,结合基因型、Hp感染亚型及干预后胃粘膜病变的演变等,进一步明确不同Hp亚型致胃癌发生及根除Hp感染预防胃癌相关分子机理。
评价Hp感染是否能引起表观遗传异常:
采用横断面研究,通过检测干预前COX-2等基因甲基化状态,结合Hp感染状况及感染密度,评价Hp感染是否能引起上述基因的异常甲基化。
其次,利用干预研究队列,通过检测干预前、后上述基因的甲基化状态,评价根除Hp感染是否能逆转上述基因的异常甲基化。
对根除Hp感染有效和无效人群进行高通量宿主易感基因多态性分析,以期获得有预测干预效果的宿主易感基因多态性组合。
(2)在动物模型研究幽门螺杆菌感染致胃癌发生相关分子机理
雌性蒙古沙土鼠分为感染组、根除组和对照组。
感染组、根除组均予以Hp标
图3技术途径示意图
准株ATCC43504灌胃,建立长期Hp感染的慢性胃炎-胃癌动物模型。
另一组沙土鼠不感染Hp作为空白对照。
分别于接种后的第8周、16周对部分感染的沙土鼠进行Hp根除治疗后继续饲养,最后按计划的时间点分批处死。
处死后留取动物的血样和脾脏备用;
分别检测胃粘膜血流量、胃酸水平、胃泌素水平、胃蛋白酶I/II水平等指标;
胃组织分别用来鉴定Hp感染状态、-80度冷冻以及固定后石蜡包埋,制成病理切片,比较持续感染组、根除组和对照组MGs胃粘膜病理改变情况,以及根除组根除治疗前后病理变化。
利用激光捕获显微切割(LCM)技术精确获取各组模型慢性萎缩、肠化、异型增生和胃癌等不同病变组织的单一组织细胞群,提取蛋白质,分别进行荧光标记后与抗体芯片杂交。
根据以上蛋白表达谱进行归纳,按蛋白不同功能分类,比较上述胃癌发生发展过程中不同组在不同阶段不同类型病变组织细胞的蛋白质谱差异表达,应用蛋白质组技术试寻找根除组治疗前后是否可能存在“不可逆转点”。
归纳、分析后筛选出有显著差异的、重要的功能蛋白。
利用石蜡包埋组织制作的组织芯片,对上述挑选出的异常表达的蛋白进行原位分析和检测,全面系统地了解感染Hp后组织形态学的变化及与其相关的分子机制,以进一步阐明胃癌发生的机制,为今后对胃癌的预防、早期诊断以及治疗寻找可能的关键靶点。
2.影响胃癌易感性的关键基因及多态性的分子机制研究
(1)基因易感基因多态性在胃癌发生过程中的研究
继续筛选胃癌易感基因:
采用病例-对照研究,对免疫反应相关基因、代谢酶基因及DNA修复基因及MMP-7、E-cadherin等基因多态与胃癌的易感性进行研究,评价携带不同基因型的个体发生胃癌的风险,并对有意义的位点进行功能学验证。
对已知胃癌相关基因多态性及其组合在队列中进行验证:
对目前已知的主要胃癌易感基因多态性及其组合采用前瞻性研究方法加以验证,观察携带不同基因型者癌前病变的演变是否不同。
评价携带不同基因型者干预效果的差异:
利用高发现场已建立的干预研究队列,比较携带不同基因型对根除Hp感染等干预措施的响应差异。
对不同队列(如患有相同癌前病变经过随访发生胃癌及癌前病变无进展)人群进行高通量基因组基因多态性分析,以期获得可用于预警的基因多态性组合。
TLR基因多态与Hp相关性萎缩性胃炎和胃癌易感性研究:
采用候选基因关联研究策略,利用国际HapMap计划公布的TLR2,TLR4,TLR9基因簇区域基因多态性数据,建出单体型域并据此挑选出单体型标签基因多态性进行基因分型,以Hp相关性萎缩性胃炎和胃癌作为疾病模型进行关联研究,建立Hp感染相关TLR基因多态群。
TLR基因多态群的功能和作用机制研究:
利用体内和体外实验手段,从DNA、RNA、蛋白质、细胞到人群的生物学功能和作用机制,对与Hp感染相关的TLR基因多态群进行系统研究。
TLR基因多态与IL-1、IL-8、IL-10及PGC基因多态的交互作用研究:
以Hp相关性萎缩性胃炎和胃癌作为疾病模型,运用多因子降维法(MDR)分析法,将Hp感染相关TLR基因多态群与IL-1、IL-8、IL-10及PGC基因多态组合,建立基因-基因交互作用模型,并构建最优的Hp感染相关高风险多基因logistic模型。
Hp感染相关高风险基因多态群与胃癌发生的队列随访研究:
大样本Hp相关性胃炎人群中前瞻性随访验证上述高风险多态基因logistic模型。
Hp0175基因在胃癌发生发展中的作用及其机制研究:
克隆、纯化Hp0175基因特异性毒素蛋白,利用体外作用于培养细胞系方法,研究其在炎症反应、细胞增殖、细胞凋亡、细胞转化等方面的作用及机制。
Hp0175基因表达蛋白在胃疾病发生发展过程中预警作用的评价:
利用医学生物信息学软件,分析、确定与萎缩性胃炎、胃癌有关的Hp0175特异性蛋白组合,利用胃癌高发区资源平台及现场人群,采用回顾性及前瞻性研究方法,评价Hp0175表达蛋白作为胃疾病发生发展预警标志的应用价值。
IL-1B和NFKBIA基因多态性与胃癌发生及预后的关系:
收集1010例广东低发病区胃癌病人的石蜡包埋组织,并收集了1500例与病人年龄性别相对应的健康对照10ml全血标本。
其中,在对照组人群中需要排除患有长期炎症或其他癌症。
已发现IL-1B-511位点的基因多态性与胃癌及特定亚型的胃癌相关。
通过对32例胃癌和34例正常对照进行NFKBIA全基因测序,发现NFKBIA基因存在19个多态性位点(其中包括8个新位点)。
目前已完成4个基因多态性位点的分析,剩余的位点继续使用Tagman实时定量PCR方法分析(Yu2008)。
比较病例组和对照组性别,年龄和Hp感染状态的区别。
对于在广东胃癌低发病区已检出的胃癌相关基因多态性位点,需要与高发现场已建立的研究队列比较这些基因多态性与胃癌的关系,评价宿主易感基因多态性在胃癌发生过程中的作用。
3.胃癌前病变过程中关键预警标志物的验证
(1)已有胃癌预警及早诊分子标志物的验证
用高发现场不同胃粘膜病变病例及胃癌病例,同时补充医院来源病例,采用病例-对照研究,继续筛选可用于胃癌预警及早诊分子标志物。
对已筛选的分子标志物进行验证。
利用高发现场长期随访研究队列,对已筛选的分子标志物如MG7、1A6、COX-2、EGR1等进行前瞻性验证,同时,补充医院来源病例扩大样本量,采用多中心、在不同人群中评价其在胃癌预警及早期诊断中的价值。
相关分子标志物的分离、鉴定及功能研究对筛选出的分子标志物进一步分离、鉴定并进行功能研究,如对MG7-Ag对应抗原的鉴定和功能研究、进一步分离和鉴定胃癌特异的血清蛋白标志物等。
(2)胃癌预警及早诊分子标志物的筛选和验证
利用组织库保存的胃癌组织大量样本、癌前病变组织以及正常胃粘膜组织标本对待测基因组进行初步筛选,通过基因芯片分析检测出在癌前病变和胃癌组织中表达均异常且有明显上升趋势的基因组。
对胃癌患者、癌前病变患者和正常对照人群的血清类似筛选,选出表达异常趋势相符合且与胃癌发生相关的基因。
通过对胃癌组织/血清来源的胃癌患者的临床病例资料和基因表达情况联系分析,初步评价出胃癌相关的基因在不同组织学胃癌中的地位及其与患者预后相关性。
分化诱导正常胃粘膜细胞恶化,采用RNA干扰技术对胃癌发生进展相关基因进行干扰表达后,观察培养的胃粘膜细胞恶变过程中基因水平变化和恶性变的相关性。
4.胃上皮细胞恶性转化过程中的效应分子与调控机制
(1)胃上皮细胞转化或逆转过程中的关键效应分子的研究
定性与半定量检测上述分子在正常或转化胃粘膜上皮细胞的表达情况;
动态观察、定性和半定量检测上述分子在从正常胃粘膜或癌前病变胃粘膜向胃癌演变过程中的表达情况;
评价应用血清学技术检测胃癌患者胃液与外周血中FHL2、survivin、cIAP1/2和XIAP蛋白的可行性,及其对肿瘤进展、复发和预后的预测价值;
评价检测正常与胃癌患者胃液与外周血中RNF180、E-cadherin、PDX1和XAF1甲基化DNA的可行性,及其对肿瘤进展复发和预后的预测价值;
比较上述分子在根除Hp治疗、应用COX-2抑制剂前后表型修饰状态与表达的动态变化;
(2)发现和寻找胃癌早期发现和诊断及预防的靶点天然反义RNA
针对正常胃粘膜组织和萎缩性胃炎粘膜组织、胃癌区和胃癌旁组织及外周非癌组织标本,通过天然反义RNA数据库筛选肿瘤相关基因的天然反义RNA。
培养胃癌细胞系MKN28、SGS7901和AGS,5-aza-dC或TSA/丁酸盐干预、目的基因天然反义RNA-siRNA、过表达天然反义RNA质粒转染;
并以Real-timePCR、Westernblot检测干预或转染前后目的基因的表达,流式细胞术计数细胞和分析细胞周期等,研究这些天然反义RNA通过影响各自靶基因而对细胞周期的调控情况。
5’和3’端快速扩增cRNA末端(RapidAmplificationcDNAEnds,RACE)实验分析天然反义RNA的结构特点及与靶mRNA互补配对情况。
同时,以亚硫酸氢钠修饰后测序和Pyrosequencing及其ChIP检测目的基因干预前后DNA甲基化、组蛋白甲基化与组蛋白乙酰化改变,期望了解天然反义RNA是否与其他的表观遗传修饰方式有关联。
通过这些研究为发现胃癌预防乃至治疗的新思路和策略提供理论依据。
5.胃癌的基因组、表观遗传修饰变化及预后标志物的评价
(1)胃癌的表观遗传学改变
在大样本中验证甲基化的PCDH10和DKK3对胃癌预后判断的价值和意义,以及检测血浆中甲基化的RNF180对胃癌早期诊断的意义和应用价值。
应用胃癌现场提供的大量血浆和组织标本对前期发现的三种重要胃癌抑制基因对其临床应用价值进行验证。
通过基因表达芯片分析去甲基化作用后的基因表达改变,进而确定通过甲基化调节的潜在靶基因。
(2)胃癌中异常表达的miRNA研究
根据前期研究应用miRNA芯片谱找出的异常表达的miRNA,在胃癌患者的血清和组织中寻找出可以作为胃癌早期检测和预后标志物的miRNA大部分胃腺癌都由慢性炎症发展而来,并与幽门螺杆菌感染有关。
我们将对前期研究中应用miRNA芯片谱找出的异常表达的miRNA采用实时定量PCR在胃癌组织和癌旁正常组织进行对比验证,并同时对慢性胃炎组织和正常胃粘膜上皮组织比较验证。
初步筛选并鉴定出与胃癌发生发展密切相关的一组miRNA,这些主要的miRNA将在大量人群中进一步确认其临床应用价值。
6.胃癌高危人群预测及个体化预防的分子标志谱研究
(1)胃癌恶性表型判断组合标志物的优化
根据我们
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- 973 项目 CB529300 胃癌 标志 筛选 及其 预警 作用 大规模 人群 研究
![提示](https://static.bdocx.com/images/bang_tan.gif)
链接地址:https://www.bdocx.com/doc/22233947.html