分子生物学重点归纳Word文档格式.docx

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再往下分，一层一层的了解。

DNA，又称脱氧核糖核酸，英文全称：

deoxyribonucleicacid。

RNA，又称核糖核酸，英文全称：

RibonucleicAcidDNA的组成单位：

一种高分子化合物，根本单位是脱氧核苷酸，脱氧核苷酸又由磷酸基团，脱氧核糖，含氮碱基组成，其中含氮碱基包括腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（Ｇ）、胞嘧啶（Ｃ）和胸腺嘧啶（Ｔ）。

5.DNA会有一级结构，二级结构到多级结构.我们会有这么一个概念的分类？

这里面和它的功能是密切相关的，所以说我们要了解DNA的高级结构以及高级结构在生物功能和调控方面所发挥的作用？

而且作为高级结构而言，我们生物体内绝大局部DNA都存在高级结构，那么维持这种高级结构的力或者因素在哪里？

谁来控制它？

谁来决定它的这种高级结构？

DNA的一级结构：

4种核苷酸的连接及其排列顺序，说明了该DNA分子的化学构成。

DNA的二级结构：

两条多核苷酸链反向平行盘绕所生成的双螺旋结构。

根本特点是1、由两条互相平行的脱氧核苷酸链长链盘绕而成。

2、脱氧核糖和磷酸交替连接，排在外侧，构成根本骨架，碱基排列在内侧，两条链上的碱基通过氢键相结合，形成碱基对。

DNA的高级结构是指DNA双螺旋进一步扭曲盘绕而形成的更复杂的特定空间结构，包括超螺旋，线性双旋中的纽结，多重螺旋等。

其中超螺旋是最主要形式，包括正超螺旋（右手超螺旋）和负超螺旋（左手超螺旋），负超螺旋是细胞里常见的DNA高级结构形式，正超螺旋是过度缠绕的双螺旋。

在不同类型的拓扑异构酶作用下相互转变。

（溴化乙锭介入）DNA的高级结构在生物功能调控方面的作用：

DNA超螺结构整体或局部的拓扑学变化及其调控对于DNA和RNA转录起到关键作用。

维持DNA一级结构的力：

共价键（糖环结构中C—C之间的键、核糖与磷酸之间、核糖与碱基之间相连的键都是共价键，磷酸二酯键也属于共价键。

）二级结构的力：

氢键、碱基堆积力（碱基堆积力指同一条链中相邻碱基之间的疏水作用力和范德华力）、正负电荷的作用。

高级结构的作用力：

DNA分子的末端固定或者是环状分子，双链不能自由转动，额外的张力不能释放导致DNA分子内部的空间位置的重排，造成扭曲，即出现超螺旋结构。

6.如果给你一段DNA，我希望从这个质粒DNA中别离出它的子，或者你能不能用实验来证明哪一段DNA或者哪一段区域是子？

或者反过头来说，当初人们是怎么做到的？

如何证明的？

7.DNA过程中各种各样的酶？

拓扑异构酶、DNA解链酶、单链结合蛋白、引物合成酶（引发酶）、DNA聚合酶、DNA连接酶等酶和蛋白质的参与。

拓扑异构酶能够消除解链造成的正超螺旋的堆积，消除阻碍解链继续进行的这种压力，使得以延伸；

DNA解链酶能够水解ATP获得能量来解开双链DNA；

单链结合蛋白（SSB蛋白）能够保证被解链酶解开的单链在完成前能够保持单链结构，没有解链的作用；

引物结合酶（引发酶）合成一小段RNA，用来引导DNA聚合酶起始DNA链的合成，引物合成酶需引发前体护送才能催化引物合成；

DNA聚合酶能够有引起脱氧核苷酸之间的聚合，聚合时必须有模板链和具有3’OH末端的引物链，链的延伸方向为5’—3’；

（从RNA引物3’端合成新的DNA链。

DNA聚合酶,以DNA为模板，从将DNA由5＇端点开始到3＇端的酶。

DNA聚合酶的主要活性是催化DNA的合成（在具备模板、引物、dNTP等的情况下）及其相辅的活性。

真核细胞有5种DNA聚合酶，分别为DNA聚合酶α（定位于胞核，参与引发具5－3外切酶活性），β（定位于核内，参与修复，具5－3外切酶活性），γ（定位于线粒体，参与线粒体具5－3和3－5外切活性），δ（定位核，参与，具有3－5和5－3外切活性），ε（定位于核，参与损伤修复，具有3－5和5－3外切活性）。

原核细胞有3种DNA聚合酶，都与DNA链的延长有关。

DNA聚合酶I是单链多肽，可催化单链或双链DNA的延长；

DNA聚合酶II那么与低分子脱氧核苷酸链的延长有关；

DNA聚合酶III在细胞中存在的数目不多，是促进DNA链延长的主要酶。

DNA连接酶将相邻的冈崎片段连接在一起形成大分子DNA。

8.DNA的三种模型，这三个模型得要了解一下。

最初人们从DNA的提出了这三个模型，是如何排除掉其他两个得到正确的呢？

全保存、半保存、随机。

（假说演绎法）所谓全保存，就是以亲代为模板，但后两条新生成的子链全部从亲代脱落，形成全新的子链，而亲代又恢复原样；

半保存，那么是亲代的两条链解开，每条链作为新链的模板，从而形成两个子代DNA分子，每一个子代DNA分子包含一条亲代链和一条新合成的链。

半保存的证明实验：

P43将大肠杆菌放在15NH4C1培养基中生长15代，使DNA被15N标记后，再将细菌移到只含有14NH4C1的培养基中培养。

分别取0代、1代、2代、3代的细胞，提取DNA，进行密度梯度离心，分辨重链DNA、正常的轻链DNA和包含一条重链和一条轻链的DNA“链”。

离心后从管底到管口DNA分子就停留在与其相当的CsC1密度处，紫外光下可以看到形成的区带。

14N-DNA密度较轻，停留在离管口较近的位置；

15N-DNA密度较大停留在较低的位置。

当含有15N-DNA的细胞在14NH4C1培养液中培养1代后，只有一条区带介于14N-DNA与15N-DNA之间。

培养2代后那么在14N-DNA区又出现一条带。

有等量的“链”和轻链密度。

这些结果只与半保存模型相符。

全保存模型可以排除，但分散模型却不能排除。

Meselson等又将第1代的14N/15N链变性使双链分开，再将变性前后的双链和单链分别进行CsCl密度梯度离心。

变性前双链只有一种带，密度为1.717g/cm3，变性后两条单链的密度不同而呈现了两条带，一条为15N带（1.740g/cm3），另一条为14N带（1.725g/cm3）。

作为对照的是从肺炎球菌（D.pneumoniae）中提取的DNA，变性前后都只有一条带，密度为1.700g/cm3。

这一结果完全符合半保存预期的结果，并否认了全保存模型和分散模型。

9.DNA在时，末端的时候会出现一个缺口，因为有引物的作用，那么它是如何来防止这种缩短呢？

产生原因：

的DNA聚合酶和RNA聚合酶都只能从5’端向3’端，线性DNA在中，当RNA引物被切除后，留下5’端的局部单链DNA，不能为DNA聚合酶所作用，使得子链短于母链。

线性DNA子末端的特殊机制：

1、将线性子转变为环状或多聚分子，T4和T7噬菌体，缺口被聚合酶作用填满，再DNA连接酶作用生成二联体2、DNA末端形成发夹结构，使得该分子没有游离的末端，草履虫的线性线粒体DNA3、在末端蛋白的介入下，在真正的末端上启动，腺病毒DNA和￥29噬菌体DNA。

依靠链取代法，从一个末端启动一条新链合成，以此取代原来在双链中配对的DNA链10.生物体的修复方式老师提了8种？

是什么?

要能够比拟详细的说出哪几种？

错配修复（只要DNA过程中发生错配）、碱基切除修复（带有不同类型的能识别核酸位点的核苷水解酶，特异性切除受损核苷酸上的N-β糖苷键，在DNA上形成去嘌呤或去嘧啶位点，统称为AP位点）、重组修复（后修复，机体细胞对在起始时未修复的DNA损伤部位先后修复，在新和成链上留下一个对应于损伤序列的缺口）、DNA的直接修复（把损伤的碱基回复到原来状态的一种修复）、SOS反响（细胞DNA受到损伤或系统受到抑制的紧急情况下，为求生存而产生的一种应急措施，包括DNA损伤修复，诱变效应，细胞的抑制和溶原性细菌释放噬菌体）、核苷酸切除修复（DNA链上的相应位置的核苷酸发生损伤，导致双链之间无法形成氢键）、单链缺口修复、双链缺口修复。

能比拟详细的说出两三种。

11.中心法那么？

提出的人？

是指遗传信息从DNA传递给RNA，再从RNA传递给蛋白质，即完成遗传信息的转录和翻译的过程。

也可以从DNA传递给DNA，即完成DNA的过程。

这是所有有细胞结构的生物所遵循的法那么。

在某些病毒中的RNA自我（如烟草花叶病毒等）和在某些病毒中能以RNA为模板逆转录成DNA的过程（某些致癌病毒）是对中心法那么的补充。

提出的人是佛朗西斯·

克里克。

12.转录的章节里面提到的，反义链，有义链，编码链，非编码链？

与mRNA序列相同的那条DNA链成为编码链，或称有意义链；

把另一条根据碱基互补配对原那么指导mRNA合成的DNA链称为模板链或称反义链。

13.转录和翻译比拟一下学习。

转录翻译模板DNAmRNA原料核糖核苷酸氨基酸产物RNA蛋白质酶RNA聚合酶氨酰-tRNA合成酶DNA（细胞内）转录翻译概念DNA是指DNA双链在细胞以前进行的过程，的结果是一条双链变成两条一样的双链（如果过程正常的话），每条双链都与原来的双链一样DNA分子首先解开双链以DNA的一条链为模板按照碱基互补配对原那么合成RNA的过程以mRNA为模板，以tRNA为运载工具．合成具有一定氨基酸顺序的蛋白质的过程K|S|5U场所细胞核、线粒体、叶绿体细胞核、线粒体、叶绿体K|S|5U细胞质（核糖体）K|S|5U原料4种游离脱氧核苷酸4种游离核糖核苷酸K|S|5U20种游离氨基酸K|S|5U模板DNA分子中的两条链DNA中的一条链K|S|5UmRNAK|S|5U酶解旋酶、DNA聚合酶等（DNA连接酶）K|S|5U（解旋酶、RNA聚合酶等不要求氨基酰tRNA合成酶、氨肽酶等K|S|5U能量ATPATPATP过程1、解旋：

在解旋酶作用下，利用ATP释放的能量解开双螺旋；

2、在DNA聚合酶的作用下，按照碱基互补配对原那么，把游离的脱氧核苷酸连接到模板链上，并使脱氧核苷酸之间过磷酸二酯键连接；

3、沿着模板链不断延伸，最终形成两个一模一样的DNA分子。

1、解旋：

2、以解开的一条DNA链为模板，按碱基互补配对原那么，游离的核糖核苷酸与脱氧核苷酸配对，3、核糖核苷酸间通过磷酸二酯键连接成RNA（mRNA，tRNA，rRNA）mRNA从核孔进入细胞质，与核糖体结合，从起始子（AUG）开始翻译。

tRNA一端携带氨基酸进入核糖体．另一端的反子与mRNA上的子配对，两氨基酸间形成肽键。

核糖体继续沿mRNA，每次一个子，至终止结束，肽链形成模板去向后，模板链与新形成的子链形成双螺旋结构转录后，模板链与非模板链重新形成双螺旋结构分解成核糖核苷酸特点1、边解旋边；

2、半保存边解旋边转录一条mRNA可与多个核糖体结合翻译成多条相同的多肽链产物形成两个完整的DNA分子三种单链RNA蛋白质（多肽链）14.转录单位？

启动子？

终止子？

转录单位：

是一段从启动子开始至终止子结束的DNA序列，RNA聚合酶从转录起点开始沿着模板前进，直到终止子为止，转录出一条RNA链。

一个简单的转录单位只携带合成一种蛋白质的信息，复合转录单位可携带不止一种蛋白质分子的信息。

启动子：

是基因转录起始所必需的一段DNA序列，是基因表达调控上游顺式作用元件之一。

是一段位于结构基因5’端上游区的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确地相结合并具有转录起始的特异性.终止子：

位于已经转录的序列中，可被RNA聚合酶或其他辅助因子所识别的终止。

15.当初人们是如何通过实验来确定转录起始的那个区域？

这两个实验有什么相似之处吗？

让你用一个实验或者两个实验分别来证明这个质粒上那一局部是？

哪一局部是转录？

（写大概思路）引物延伸分析:

引物延伸实验可标定转录产物的5`-端，确定转录的精确起始。

特异的末端标记的引物退火到RNA链的互补区域，随后用RNA作为模板，用反转录酶延伸引物得到cDNA。

将扩增产物连接入质粒载体测序，其测序结果5＇端即为转录起始位点。

通常在真核生物中，转录起始位点距ATG翻译起始位点上游100bp左右，包含明显的TATAbox序列。

实验区分质粒和转录：

用提供放射性3H标记脱氧核苷酸作为细菌的脱氧核苷酸，利用放射自显影图像的方法，如果进行的是，那么可以观察到放射性标记的DNA链产生，而进行的是翻译那么不会有上述现象。

16.原核和真核的启动子差异？

要联合起来看，以及和启动子一起的概念，增强子，启动子（了解）原核生物：

绝大多数启动子都存在两端共同序列：

即位于-10bp处的TTAA区和-35bp位的TTGACA区。

现已经查明，-10bp位的TTAA区和-35区的TTGACA区是RNA聚合酶与启动子的结合位点，能与σ因子相互识别且具有很高的亲和力。

真核生物：

有类似原核生物的区域，位于转录位点上游的-25~-30bp处的共同序列TATAA，也称TATA区，另外在起始位点上游的-70~-78bp还有一段共同序列CCAAT，与原核生物的-35bp区相对应称CAAT区。

在-80~-110含有GCCACACCC或GGGCGGG（GC区，GCbox），习惯上，把TATA区上游的保守序列称为上游启动子元件（ＵＰＥ）或称为上游激活序列（UAS），另外大多数真核基因还含有增强子区。

增强子：

能使与它连锁的基因转录频率明显增加的DNA序列，因为它也能强化转录的起始，又称强化子，它不是启动子的一局部。

启动子如上1417.转录信使RNA的？

这一块要去了解一下，不经过是不能被直接使用的真核生物转录生成的初级转录产物，是不具备生物活性及功能的前体RNA，必须经过适当的处理，（切除内含子，使外显子拼接形成成熟mRNA）才能变为成熟的、有活性的RNA。

18.转录后有些什么样呢？

带帽，加尾等带帽：

mRNA的5’端加“G”，成帽子结构，往往帽子会被甲基化。

帽子结构（G）是GTP和原mRNA5’三磷酸腺苷或鸟苷缩合反响的产物，加帽子过程是在鸟苷酸转移酶作用下进行的。

分为零号帽子，1号帽子，2号帽子。

帽子的功能：

1、使得mrna免受核酸酶的破坏2、使得mrna更容易被蛋白质合成的起始因子所识别，从而促进蛋白质的合成3、提高翻译效率4、提高mrna的剪接效率加尾：

mRNA的3’端由内切酶切开特定的部位后，多（A）合成酶催化合成多（A）结构。

功能：

是mrna由细胞核进入细胞质基质所必须的形式，大大提高了mrna在细胞质基质中的稳定性，可能保护mrna，延长mrna寿命，可能参与控制翻译的效率。

RNA剪接：

从RNA中分子中切除内含子。

从mrna前体分子中切除被称为内含子的非编码区，并使基因中被称为外显子的编码区拼接形成成熟mrna。

RNA切割：

从前体RNA中释放成熟的tRNA和rRNA分子19.诺贝尔奖获得——具有催化活性RNA，核酶，考核重点核酶（ribozyme）：

是一类具有催化功能的RAN分子，通过催化靶位点RNA链中磷酸二酯键的断裂，特异性的切除底物RNA分子，从而阻断基因的表达。

核酶具有多种空间结构，目前的有锤头型核酶，发夹形核酶，具有自我剪切能力的RNA大多数都能形成锤头型结构，该结构的特点是，由三个茎（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ），茎区由互补碱基构成的局部双链结构，包围着一个11~13个保守核苷酸构成的催化活性中心，核酶的切除通常发生在H（除G以外的任一核苷酸）。

同一核酶分子由具有催化中心的核酶和含有剪切位点的底物局部组成锤头型结构，底物局部是切割部位两端的核苷酸，它与核酶的茎Ⅰ和茎Ⅲ结合，在切割之后该底物释放，新的底物取代，使得切割反响得以重复进行。

核酶分为两大类：

剪切型核酶和剪接型核酶剪切型核酶只剪不接，能够催化自身RNA或者不同的RNA分子切下特异的核苷酸序列。

剪接型核酶具有序列特异的内切核酸酶、RNA连接酶等多种酶的活性，它既能切割RNA分子，也能通过转酯反响连接切割后的RNA分子，锤头型和发夹型结构的核酶都能催化产物的连接，但发夹型核酶连接活性高于自身切割活性10倍，锤头型切割反响活性高于连接反响的活性100倍。

意义：

核酶的发现为基因治疗提供了新的策略，根据其自剪接的特点可以人工合成多种核酶以抑制破坏病毒或癌基因等有害基因的功能；

对RNA的重要功能又有了新的认识，为生命起源的研究提供了新的思路。

20.tRNA的转录和比拟特别，涉及好几步的修饰？

而且每一步的修饰和以后所对应的功能是密切相关的，所以要重点了解,是一道跨章节的题目，修饰以后的功能密切在哪里？

要经过这一个修饰？

内含子的剪接，切除tRNA中的内含子，作用：

切除内含子后的tRNA才成熟，（大肠杆菌RNaseP可特异剪切tRNA前体的5’旁顺序，tRNA前体的剪切尚需要一个3’-核酸内切酶，这可将tRNA前体3’端的一段核苷酸序列切下来。

此外RNaseD是tRNA3’端成熟酶）3’端添加CCA，作用添加CCA-OH结构，哎蛋白质翻译中才具有生物活性。

核苷酸修饰，高级结构：

tRNA上运载的氨基酸必须靠近核糖体大亚基的多肽合成位点，而tRNA上的反子必须与小亚基mRNA相配对，所以要求结构中不同的基团最大限度的别离。

21.本的起始子是什么样的？

终止子是什么样的？

以及在这张表内遗传存在什么特征？

归纳总结一下。

起始子：

指定蛋白质合成起始位点的子，有两个，甲硫氨酸AUG、缬氨酸GUG终止子：

不能被任何tRNA分子识别，但可被特殊蛋白结合并引起新合成的肽链从核糖体上释放的子（没有相应的tRNA的存在）UAA、UAG、UGA表遗传的特征：

子的连续性：

翻译由5’端起始子开始一直到3’端终止子结束，其中没有间断或者重叠；

即起始子决定了所有后续子的位置，说明三联子是连续的。

子的简并性：

一种氨基酸可以有多种子相对应；

（第三个碱基具有摆动现象，保证了物种稳定性）由一种以上子编码同一个氨基酸的现象称为简并，对应于同一个氨基酸的子称为同一子，（使氨基酸序列不会因为某个碱基被意外替换而导致氨基酸错误）另外，AUG和GUG即是甲硫氨酸及缬氨酸的子又是起始子，具有双重功能（编码某一个氨基酸的子越多，氨基酸在蛋白质中的出现频率越高）子的通用性与特殊性：

遗传无论在体外还是在体内，无论对于病毒还是其他生物而言都是通用的；

子与反子相互作用：

子与反子碱基互补配对。

22.蛋白翻译后的和转录后的又是一个比照？

蛋白质RNA过程N端fMet或Met的切除；

二硫键的形成；

特定氨基酸的修饰；

且相处新生肽中的非功能片段。

加帽子反响，加尾（A）反响，RNA的剪接，RAN的切割产物蛋白质RNA酶蛋白酶核酸内切酶23.在分子生物学常用技术这一方面，重点注意它的工具酶，CAS9和argo也是工具酶？

故限制性内切酶要重点看？

比方说他有什么特点啊？

（有一到两道大题）酶的区别NgAgo使用的是23~25-ntDNA，这是和CRISPR的系统最大的不同。

DNA相比RNA的优点也是明显的，DNA-DNA识别的精确度和效率理论上一般比RNA-DNA识别要高。

文章测试了NgAgo对碱基错配的容忍度，单个碱基会明显降低效率，多个碱基错配完全失去活性。

这是我认为比照Cas9最大的优势，Cas9有时候错配5、6个碱基一样可以切。

不依赖特殊结构，是个ssDNA都能上，这就限制了系统的通用性，但凡ssDNA含量较高的物种都不能用。

最后对长度的限制根本上让NgAgo在除了基因以外没什么拓展性可谈了。

Ago结合13~25nt的ssDNA，这25个碱基全用来识别了。

所以在ssDNA上我们不能设计任何其他功能了。

而Cas9技术在根底科学的应用上却可以玩的五花八门，全赖于其gRNA除了识别区段之外，还有很大的空间去设计其他功能，包括不限于：

募集转录因子控制基因表达（StanleyQiLab），募集荧光蛋白进行定点标记（StanleyQiLab），加一段lncRNA用来研究非编码RNA的调控功能（JohnRinnLab），招募一个单碱基置换的酶

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