Clustal的使用Word下载.docx
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Clustal的使用Word下载.docx
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这是理论分析方法中最关键的一步。
完成这一工作必须使用多序列比较算法。
常用的程序包有CLUSTAL等;
Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具,由HigginsD.G.等开发。
有应用于多种操作系统平台的版本,包括linux版,DOS版的clustlw,clustalx等。
CLUSTAL是一种渐进的比对方法,先将多个序列两两比对构建距离矩阵,反应序列之间两两关系;
然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树,对关系密切的序列进行加权;
然后从最紧密的两条序列开始,逐步引入临近的序列并不断重新构建比对,直到所有序列都被加入为止。
Clustalx的工作界面(多序列比对模式)
Clustalx的工作界面(剖面(profile)比对模式)
Clustal的工作原理
Clustal输入多个序列>
>
快速的序列两两比对,计算序列间的距离,获得一个距离矩阵。
邻接法(NJ)构建一个树(引导树)>
根据引导树,渐进比对多个序列。
Clustal的应用
1.输入输出格式。
输入序列的格式比较灵活,可以是前面介绍过的FASTA格式,还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。
输出格式也可以选择,有ALN、GCG、PHYLIP和NEXUS等,用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。
2.两种工作模式。
a.多序列比对模式。
b.剖面(profile)比对模式。
3.一个实际的例子。
输入文件的格式(fasta):
KCC2_YEAST
NYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN……
DMK_HUMAN
DFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYAMKIMNK…….
KPRO_MAIZE
TRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN……
DAF1_CAEEL
QIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD……
1CSN
HYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNLLNN……
来源:
(-多序列比对与Clustal的使用
(一)_雪地里的稻草人_新浪博客
第一步:
输入序列文件。
第二步:
设定比对的一些参数。
参数设定窗口。
第三步:
开始序列比对。
第四步:
比对完成,选择保存结果文件的格式
Clustalw的使用
(一)
(-多序列比对与Clustal的使用
(二)_雪地里的稻草人_新浪博客
Clustalw还提供了命令调用形式的使用方式,方便于批处理过程,下面是一个典型的执行多序列比对的clustalw命令:
$./clustalw–infile=dna.fa–type=dna–gapopen=10–gapext=2–output=gcg–outfile=align.gcg-align
EBI提供的在线clustalw服务
http:
//www.ebi.ac.uk/clustalw/
可以在这里得到更多关于clustal的帮助:
//www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
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