生物化学重点内容一Word格式.docx
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②极性中性氨基酸(7种);
③酸性氨基酸(Glu和Asp);
④碱性氨基酸(Lys、Arg和His)。
记忆歌诀
1.人体八种必须氨基酸
“假设来借一两本淡色书”(异亮氨酸、亮氨酸、色氨酸、苏氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸、蛋氨酸、缬氨酸)。
2.生糖、生酮、生糖兼生酮氨基酸:
>
生酮+生糖兼生酮=“一两色素本来老”(异亮氨酸、亮氨酸、色氨酸、苏氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸、酪氨酸),其中生酮氨基酸为“亮赖”;
除了这7个氨基酸外,其余均为生糖氨基酸。
3.酸性氨基酸:
天谷酸——天上的谷子很酸,(天冬氨酸、谷氨酸)
4.碱性氨基酸:
赖精组
5.色老笨---芳香族氨基酸在280nm处有最大吸收峰(色氨酸、酪氨酸、苯丙氨酸),顺序一定要记清,色>
;
酪>
苯丙。
6.一碳单位的来源
“肝胆阻塞死”(甘氨酸、蛋氨酸、组氨酸、色氨酸、丝氨酸)。
是Val,因其疏水性最强!
二、肽键与肽链:
肽键(peptidebond)是指由一分子氨基酸的α-羧基与另一分子氨基酸的α-氨基经缩水而形成的特殊酰胺键(-CO-NH-)。
氨基酸分子在参与形成肽键之后,由于脱水而产生的不完整结构,称为氨基酸残基。
每条多肽链都有两端:
即自由氨基端(N端)与自由羧基端(C端),肽链的方向是N端→C端。
三、肽键平面(肽单位):
肽键具有部分双键的性质,不能自由旋转;
使得组成肽键的四个原子及其相邻的两个α碳原子处在同一个平面上,构成刚性平面结构,称为肽键平面(肽单位)。
例题1:
根据下面给出的数据,判断二肽Glu-Ala和二肽Ala-Lys能否用等电聚焦电泳方法分离。
氨基酸
PK’(α-COOH)
PK’(α-NH3+)
PK’(R)
Ala
2.34
9.69
Glu
2.19
9.67
4.25
Lys
2.18
8.95
10.53
答<
1>
计算二肽Glu-Ala的等电点:
PI=(4.25+2.34)/2=3.3
<
2>
计算二肽Ala-Lys的等电点:
PI=(9.69+10.53)/2=10.11
<
3>
它们的等电点不同,故能用等电聚焦电泳方法分离。
注意:
单一氨基酸的解离顺序:
α-COOH>
α-NH3+>
R
形成肽后,计算PI,一般是取相近的两个求平均。
例题2:
用下列实验数据推导某寡肽的一级结构并简述判断的理由。
完全酸水解后产生的aa组成为:
Ala、Arg、2Ser、Lys、Phe、Met、Pro
用DNFB处理并水解得到DNP-Ala和ε-DNP-Lys
羧肽酶A和B都对此肽不作用
4>
用CNBr处理获得2个片段,其中一个片段含有Pro、Trp、Ser
5>
用糜蛋白酶作用产生3个片段,1个含有Pro、Ser;
另1个含有Met、Trp;
最后一个含有Phe、Lys、Ser、Ala、Arg
6>
用胰蛋白酶处理产生3个片段,1个含有Ala、Arg;
另1个含有Lys、Ser;
最后一个含有Phe、Trp、Met、Ser、Pro
条件
判断
结论
可能有Trp被酸破坏,因此这可能是个9肽,浏览一下下面,果然是9肽
Ala、Arg、2Ser、Lys、Phe、Met、Pro、Trp
N端AA是Ala,Lys处于中间
Ala-(Arg、2Ser、Lys、Phe、Met、Pro、Trp)
C端是Pro,
羧肽酶A:
Arg、Lys、Pro除外
羧肽酶B:
仅Arg、Lys
Ala-(Arg、2Ser、Lys、Phe、Met、Trp)-Pro
CNBr:
-Met↓-
Ala-(Arg、Ser、Lys、Phe)-Met-(Ser、Trp)-Pro
糜蛋白酶:
-(Trp、Tyr、Phe)↓-
Ala-(Arg、Ser、Lys)-Phe-Met-Trp-Ser-Pro
胰蛋白酶:
-(Arg、Lys)↓-
Ala-Arg-Ser-Lys-Phe-Met-Trp-Ser-Pro
天然存在的活性肽
生物体内存在大量的多肽和寡肽,其中有很多具有很强的生物活性,称活性肽。
生物的生长、发育、细胞分化、大脑功能、免疫、生殖、衰老、病变等都涉及到活性肽。
活性肽是细胞内部、细胞间、器官间信息沟通的主要化学信使。
很多激素、抗生素都属于肽类或肽的生物。
1、谷胱甘肽Glu—Cys—Gly
广泛存在于动、植、微生物细胞内,在细胞内参与氧化还原过程,清除内源性过氧化物和自由基,维护蛋白质活性中心的巯基处于还原状态。
2、短杆菌肽(抗生素)
由短杆菌产生的10肽环。
抗革兰氏阳性细菌,临床用于治疗化浓性病症。
LOrn—LLeu—DPhe—LPro—LVal—LOrn—LLeu—DPhe—LPro—LVal
3、脑啡肽(5肽)已发现几十种
Met
脑啡肽:
Tyr—Gly—Gly—Phe—Met
Leu
Tyr—Gly—Gly—Phe—Leu
具有镇痛作用。
四、蛋白质的分子结构:
蛋白质的分子结构被人为分为一级、二级、三级和四级结构等层次。
一级结构为线状结构,二、三、四级结构为空间结构。
蛋白质分子量=aa数目*110
1.一级结构:
指多肽链中氨基酸的排列顺序,由肽键维系。
蛋白质的一级结构决定其空间结构。
2.二级结构:
指多肽链主链骨架盘绕折叠而形成的构象,借氢键维系。
主要有以下几种类型:
(1)α-螺旋:
其结构特征为:
①主链骨架围绕中心轴盘绕形成右手螺旋;
②螺旋每上升一圈是3.6个氨基酸残基,螺距为0.54nm;
③相邻螺旋圈之间形成许多氢键;
④侧链基团位于螺旋的外侧。
影响α-螺旋形成的因素主要是:
①侧链基团较大的氨基酸残基;
②连续带相同电荷的氨基酸残基;
③脯氨酸残基。
(2)β-折叠:
①若干条肽链或肽段平行或反平行排列成片;
②所有肽键的C=O和N—H形成链间氢键;
③侧链基团分别交替位于片层的上、下方。
(3)β-转角:
多肽链180°
回折部分,通常由四个氨基酸残基构成,借1、4残基之间形成氢键维系。
(4)无规卷曲:
主链骨架无规律盘绕的部分。
3.三级结构:
指多肽链所有原子的空间排布。
其维系键主要是非共价键(次级键):
氢键、疏水键、范德华力、离子键等,也可涉及二硫键。
4.四级结构:
指亚基之间的立体排布、接触部位的布局等,其维系键为非共价键。
亚基是指参与构成蛋白质四级结构的而又具有独立三级结构的多肽链。
例3:
IgG分子由四条肽链组成,因此具有四级结构。
错
例4:
、维持球蛋白三级结构稳定的最重要的键或作用力是()
A.二硫键B.盐键C.氢键D.范德华力E.疏水键
答案:
E
考点:
维持蛋白质结构的化学键
解析:
维持蛋白质一级结构的主要是肽键,二级结构主要是氢键,三级和四级结构靠次级键维持,这其中最主要的是疏水作用,疏水键、盐键、氢键、范德华力、二硫键都参与三级结构的形成,要区分这些化学键的含义:
蛋白质中众多疏水基团之间的作用力即为疏水键;
酸性和碱性氨基酸可带电荷,正负电荷相互作用形成盐键;
与氢共用电子对形成的键为氢键;
半胱氨酸之间可以二硫键结合。
五、蛋白质的理化性质:
1.两性解离与等电点:
蛋白质分子中仍然存在游离的氨基和游离的羧基,因此蛋白质与氨基酸一样具有两性解离的性质。
蛋白质分子所带正、负电荷相等时溶液的pH值称为蛋白质的等电点。
2.蛋白质的胶体性质:
蛋白质具有亲水溶胶的性质。
蛋白质分子表面的水化膜和表面电荷是稳定蛋白质亲水溶胶的两个重要因素。
3.蛋白质的紫外吸收:
蛋白质分子中的色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸残基对紫外光有吸收,以色氨酸吸收最强,最大吸收峰为280nm。
4.蛋白质的变性:
蛋白质在某些理化因素的作用下,其特定的空间结构被破坏而导致其理化性质改变及生物活性丧失,这种现象称为蛋白质的变性。
引起蛋白质变性的因素有:
高温、高压、电离辐射、超声波、紫外线及有机溶剂、重金属盐、强酸强碱等。
绝大多数蛋白质分子的变性是不可逆的。
例题5:
不能发生双缩脲反应的是
A.二肽B.三肽C.多肽D.蛋白质A
例题6:
不能够将蛋白质中二硫键拆分的试剂为
A.巯基乙醇B.过甲酸C.碘代乙酸D.尿素D
例题7:
从生物功能上看
A.α-螺旋>
无规卷曲B.β-折叠>
无规卷曲
C.α-螺旋>
β-折叠D.无规卷曲>
α-螺旋D
例题8:
蛋白质的生物功能直接由其______来决定。
A.AA序列B.肽链个数C.构象D.构型C
例题9:
对蛋白质的二级结构α-螺旋起破坏作用的AA是
A.AlaB.CysC.MetD.ProD
六、蛋白质的分离与纯化:
1.盐析与有机溶剂沉淀:
在蛋白质溶液中加入大量中性盐,以破坏蛋白质的胶体性质,使蛋白质从溶液中沉淀析出,称为盐析。
常用的中性盐有:
硫酸铵、氯化钠、硫酸钠等。
盐析时,溶液的pH在蛋白质的等电点处效果最好。
凡能与水以任意比例混合的有机溶剂,如乙醇、甲醇、丙酮等,均可引起蛋白质沉淀。
2.电泳:
蛋白质分子在高于或低于其pI的溶液中带净的负或正电荷,因此在电场中可以移动。
电泳迁移率的大小主要取决于蛋白质分子所带电荷量以及分子大小。
3.透析:
利用透析袋膜的超滤性质,可将大分子物质与小分子物质分离开。
4.层析:
利用混合物中各组分理化性质的差异,在相互接触的两相(固定相与流动相)之间的分布不同而进行分离。
主要有离子交换层析,凝胶层析,吸附层析及亲和层析等,其中凝胶层析可用于测定蛋白质的分子量。
5.超速离心:
利用物质密度的不同,经超速离心后,分布于不同的液层而分离。
超速离心也可用来测定蛋白质的分子量,蛋白质的分子量与其沉降系数S成正比。
例10:
如何从血液中分离纯化清蛋白(MW:
68500,PI=4.9)?
请举出两种分离纯化的方法,简要说明各种方法的基本原理及基本流程。
蛋白质的分离与纯化
分离纯化蛋白质的方法有多种,应利用蛋白质物理、化学性质的差异,选择合适的方法,将其分离纯化。
如本题中可利用清蛋白分子量与其他蛋白不同的性质,采用凝胶过滤层析的方法,也可利用蛋白质沉淀的性质,采用盐析的方法,或利用其两性游离及等电点、分子大小等与其他蛋白的差异采用电泳的方法等。
1.凝胶过滤层析:
层析柱内填充带有网孔的凝胶颗粒,根据清蛋白分子量,选用合适大小网孔的凝胶,将血液加于柱顶端,以其所含的清蛋白球蛋白为例,清蛋白分子小进入凝胶孔内,球蛋白分子量大于网孔的分离上限,不进入孔内而直接流出,清蛋白因在孔内被滞留随后流出,从而清蛋白与球蛋白得以分离,而血液中含有的其他杂蛋白同理因其与清蛋白的分子大小的差异,可以与清蛋白分离,最终得到纯化的清蛋白。
2.盐析:
硫酸铵等中性盐因能破坏蛋白质在溶液中稳定存在的两大因素,故能使蛋白质发生沉淀,不同蛋白质分子颗粒大小不同,亲水程度不同,盐析所需要的盐浓度也不同,从而将蛋白质得以分离。
如用硫酸铵分离纯化清蛋白,在半饱和的硫酸铵溶液中,球蛋白即可从血清中沉淀析出而除掉,再加硫酸铵溶液至饱和,则清蛋白沉淀析出,从而清蛋白可以分离出来,再用透析,除去清蛋白中所含的硫酸铵,清蛋白即可被纯化。
七、氨基酸顺序分析:
蛋白质多肽链的氨基酸顺序分析,即蛋白质一级结构的测定,主要有以下几个步骤:
1.分离纯化蛋白质,得到一定量的蛋白质纯品;
2.取一定量的样品进行完全水解,再测定蛋白质的氨基酸组成;
3.分析蛋白质的N-端和C-端氨基酸;
4.采用特异性的酶(如胰凝乳蛋白酶)或化学试剂(如溴化氰)将蛋白质处理为若干条肽段;
5.分离纯化单一肽段;
6.测定各条肽段的氨基酸顺序。
一般采用Edman降解法,用异硫氰酸苯酯进行反应,将氨基酸降解后,逐一进行测定;
7.至少用两种不同的方法处理蛋白质,分别得到其肽段的氨基酸顺序;
8.将两套不同肽段的氨基酸顺序进行比较,以获得完整的蛋白质分子的氨基酸顺序。
例11:
已知某多肽组成是Ala5、Lys1,Phe1与2,4-二硝基氟苯(DNFB)反应后再酸解产生一个游离的DNFB-Ala,胰蛋白酶解得一个三肽:
Lys1,Ala2和一个四肽Ala3、Phe1,
整个多肽经糜蛋白酶解产生一个六肽和一个游离氨基酸,写出这个多肽的一级结构
氨基酸序列分析
1.多肽与DNFB反应再酸解产生一个游离的DNFB-Ala,说明此肽的N末端氨基酸残基是Ala。
2.胰蛋白酸水解Lys、Arg羧基侧的肽键,题中多肽无Arg。
且被此酸水解成一个三肽和一个四肽,说明第3位氨基酸残基是Lys。
3.糜蛋白酶水解Phe、Tyr、Trp羧基侧的肽键,此多肽中只存在Phe,且被此酶水解成一个六肽和一个游离氨基酸,说明其第6位氨基酸残基是Phe。
4.此多肽一共有7个氨基酸残基组成5个Ala,1个Lys,1个Phe,所以剩余的2、4、5、7位全是Ala。
故此多肽一级结构为(从N端到C端):
Ala-Ala-Lys-Ala-Ala-Phe-Ala
第三章酶和维生素
一、酶的概念:
酶(enzyme)是由活细胞产生的生物催化剂,这种催化剂具有极高的催化效率和高度的底物特异性,其化学本质是蛋白质。
酶按照其分子结构可分为单体酶、寡聚酶和多酶体系(多酶复合体和多功能酶)三大类。
二、酶的分子组成:
酶分子可根据其化学组成的不同,可分为单纯酶和结合酶(全酶)两类。
结合酶则是由酶蛋白和辅助因子两部分构成,酶蛋白部分主要与酶的底物特异性有关,辅助因子则与酶的催化活性有关。
与酶蛋白疏松结合并与酶的催化活性有关的耐热低分子有机化合物称为辅酶。
与酶蛋白以共价键牢固结合并与酶的催化活性有关的耐热低分子有机化合物称为辅基。
三、辅酶与辅基的来源及其生理功用:
辅酶与辅基的生理功用主要是:
(1)运载氢原子或电子,参与氧化还原反应。
(2)运载反应基团,如酰基、氨基、烷基、羧基及一碳单位等,参与基团转移。
大部分的辅酶与辅基衍生于维生素。
维生素(vitamin)是指一类维持细胞正常功能所必需的,但在许多生物体内不能自身合成而必须由食物供给的小分子有机化合物。
维生素可按其溶解性的不同分为脂溶性维生素和水溶性维生素两大类。
脂溶性维生素有VitA、VitD、VitE和VitK四种;
水溶性维生素有VitB1,VitB2,VitPP,VitB6,VitB12,VitC,泛酸,生物素,叶酸等。
1.TPP:
即焦磷酸硫胺素,由硫胺素(VitB1)焦磷酸化而生成,是脱羧酶的辅酶,在体内参与糖代谢过程中α-酮酸的氧化脱羧反应。
2.FMN和FAD:
即黄素单核苷酸(FMN)和黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD),是核黄素(VitB2)的衍生物。
FMN或FAD通常作为脱氢酶的辅基,在酶促反应中作为递氢体(双递氢体)。
3.NAD+和NADP+:
即尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+,辅酶Ⅰ,CoⅠ)和尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP+,辅酶Ⅱ,CoⅡ),是VitPP的衍生物。
NAD+和NADP+主要作为脱氢酶的辅酶,在酶促反应中起递氢体的作用,为单递氢体。
4.PLP:
磷酸吡哆醛和磷酸吡哆胺,是VitB6的衍生物。
磷酸吡哆醛和磷酸吡哆胺可作为氨基转移酶,氨基酸脱羧酶,半胱氨酸脱硫酶等的辅酶。
5.CoA:
泛酸(遍多酸)在体内参与构成辅酶A(CoA)。
CoA中的巯基可与羧基以高能硫酯键结合,在糖、脂、蛋白质代谢中起传递酰基的作用,是酰化酶的辅酶。
6.生物素:
是羧化酶的辅基,在体内参与CO2的固定和羧化反应。
7.FH4:
由叶酸衍生而来。
四氢叶酸是体内一碳单位基团转移酶系统中的辅酶。
8.VitB12衍生物:
VitB12分子中含金属元素钴,故又称为钴胺素。
VitB12在体内有多种活性形式,如5´
-脱氧腺苷钴胺素、甲基钴胺素等。
其中,5´
-脱氧腺苷钴胺素参与构成变位酶的辅酶,甲基钴胺素则是甲基转移酶的辅酶。
四、金属离子的作用:
1.稳定构象:
稳定酶蛋白催化活性所必需的分子构象;
2.构成酶的活性中心:
作为酶的活性中心的组成成分,参与构成酶的活性中心;
3.连接作用:
作为桥梁,将底物分子与酶蛋白螯合起来。
五、酶的活性中心:
酶分子上具有一定空间构象的部位,该部位化学基团集中,直接参与将底物转变为产物的反应过程,这一部位就称为酶的活性中心。
参与构成酶的活性中心的化学基团,有些是与底物相结合的,称为结合基团,有些是催化底物反应转变成产物的,称为催化基团,这两类基团统称为活性中心内必需基团。
在酶的活性中心以外,也存在一些化学基团,主要与维系酶的空间构象有关,称为酶活性中心外必需基团。
六、酶促反应的特点:
1.具有极高的催化效率:
酶的催化效率可比一般催化剂高106~1020倍。
酶能与底物形成ES中间复合物,从而改变化学反应的进程,使反应所需活化能阈大大降低,活化分子的数目大大增加,从而加速反应进行。
2.具有高度的专一性:
一种酶只作用于一种或一类化合物,以促进一定的化学变化,生成一定的产物,这种现象称为酶作用的特异性。
(1)绝对特异性:
一种酶只能作用于一种化合物,以催化一种化学反应,称为绝对特异性,如琥珀酸脱氢酶。
(2)相对特异性:
一种酶只能作用于一类化合物或一种化学键,催化一类化学反应,称为相对特异性,如脂肪酶。
(3)立体异构特异性:
一种酶只能作用于一种立体异构体,或只能生成一种立体异构体,称为立体异构特异性,如L-精氨酸酶。
3.作用条件温和:
酶一般适合的作用条件为37℃,pH7,和一个大气压。
4.活性可以调节:
如代谢物可调节酶的催化活性,对酶分子的共价修饰可改变酶的催化活性,也可通过改变酶蛋白的合成来改变其催化活性。
5.酶易变性失活:
酶是蛋白质,在一些理化因子存在下会变性失活。
七、酶促反应的机制:
1.中间复合物学说与诱导契合学说:
酶催化时,酶活性中心首先与底物结合生成一种酶-底物复合物(ES),此复合物再分解释放出酶,并生成产物,即为中间复合物学说。
当底物与酶接近时,底物分子可以诱导酶活性中心的构象以生改变,使之成为能与底物分子密切契合的构象,这就是诱导契合学说。
2.与酶的高效率催化有关的因素:
①趋近效应与定向作用;
②张力作用;
③酸碱催化作用;
④共价催化作用;
⑤酶活性中心的低介电区(表面效应)。
八、酶促反应动力学:
酶促反应动力学主要研究酶催化的反应速度以及影响反应速度的各种因素。
在探讨各种因素对酶促反应速度的影响时,通常测定其初始速度来代表酶促反应速度,即底物转化量<5%时的反应速度。
1.底物浓度对反应速度的影响:
(1)底物对酶促反应的饱和现象:
由实验观察到,在酶浓度不变时,不同的底物浓度与反应速度的关系为一矩形双曲线,即当底物浓度较低时,反应速度的增加与底物浓度的增加成正比(一级反应);
此后,随底物浓度的增加,反应速度的增加量逐渐减少(混合级反应);
最后,当底物浓度增加到一定量时,反应速度达到一最大值,不再随底物浓度的增加而增加(零级反应)。
(2)米氏方程及米氏常数:
根据上述实验结果,Michaelis&
Menten于1913年推导出了上述矩形双曲线的数学表达式,即米氏方程:
其中,Vmax为最大反应速度,Km为米氏常数。
(3)Km和Vmax的意义:
①当
时,Km=[S]。
Km等于酶促反应速度达最大值一半时的底物浓度。
②Km可以反映酶与底物亲和力的大小,即Km值越小,则酶与底物的亲和力越大;
反之,则越小。
③Km可用于判断反应级数:
当[S]<
0.01Km时,ν=(Vmax/Km)[S],反应为一级反应,即反应速度与底物浓度成正比;
当[S]>
100Km时,ν=Vmax,反应为零级反应,即反应速度与底物浓度无关;
当0.01Km<
[S]<
100Km时,反应处于零级反应和一级反应之间,为混合级反应。
④Km是酶的特征性常数:
在一定条件下,某种酶的Km值是恒定的,因而可以通过测定不同酶(特别是一组同工酶)的Km值,来判断是否为不同的酶。
⑤Km可用来判断酶的最适底物:
当酶有几种不同的底物存在时,Km值最小者,为该酶的最适底物。
⑥Km可用来确定酶活性测定时所需的底物浓度:
当[S]=10Km时,ν=91%Vmax,为最合适的测定酶活性所需的底物浓度。
⑦Vmax可用于酶的转换数的计算:
当酶的总浓度和最大速度已知时,可计算出酶的转换数,即单位时间内每个酶分子催化底物转变为产物的分子数。
(4)Km和Vmax的测定:
主要采用Lineweaver-Burk双倒数作图法和Hanes作图法。
2.酶浓度对反应速度的影响:
当反应系统中底物的浓度足够大时,酶促反应速度与酶浓度成正比,
即ν=k[E]。
3.温度对反应速度的影响:
一般来说,酶促反应速度随温度的增高而加快,但当温度增加达到某一点后,由于酶蛋白的热变性作用,反应速度迅速下降。
酶促反应速度随温度升高而达到一最大值时的温度就称为酶的最适温度。
酶的最适温度与实验条件有关,因而它不是酶的特征性常数。
低温时由于活化分子数目减少,反应速度降低,但温度升高后,酶活性又可恢复。
4.pH对反应速度的影响:
观察pH对酶促反应速度的影响,通常为一钟形曲线,即pH过高或过低均可导致酶催化活性的下降。
酶催化活性最高时
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