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乙酰CoA首先与草酰乙酸缩合生成枸橼酸,转运至胞液中裂解释出乙酰CoA及草酰乙酸,乙酰CoA即可用以合成脂肪酸及胆固醇,而草酰乙酸则还原成苹果酸被转运入线粒体内。
苹果酸也可在苹果酸酶作用下氧化脱羧生成丙酮酸,再转运入线粒体内。
第六章
生物氧化
biological
oxidation:
即生物氧化,指物质在生物体内进行的氧化过程,主要是糖、脂肪、蛋白质等在体内分解时逐步释放能量,最终生成二氧化碳和水的过程。
其中相当一部分能量可使ADP生成ATP,供生命活动的需要。
2.
P/O值:
P/O比值是指物质氧化时,每消耗1摩尔氧原子所消耗的无机磷的摩尔数,即生成ATP的摩尔数。
3.氧化磷酸化:
代谢物脱下的2H在呼吸链传递过程中偶联ADP磷酸化并生成ATP的过程,称为氧化磷酸化(oxidative
phosphorylation)。
氧化磷酸化是体内产生ATP的主要方式。
4.苹果酸
天冬氨酸穿梭:
是胞液中NADH穿梭至线粒体进行氧化的一种方式,通过此种方式,NADH在线粒体中进入NADH氧化呼吸链,生成了ATP分子。
5.解偶联作用:
使氧化与磷酸化偶联过程脱离的作用,使呼吸链传递电子过程中泵出的H+不经ATP合酶的F0质子通道回流,而通过线粒体内膜中其他途径返回线粒体基质,从而破坏了内膜两侧的电化学梯度,使ATP的生成受到抑制,由电化学梯度贮存的能量以热能的形式释放。
6.底物水平磷酸化:
指物质在脱氢或脱水过程中产生高能键,由于分子内能量重排,使ADP生成ATP的过程。
例如磷酸烯醇式丙酮酸转变为丙酮酸的过程。
7.α-磷酸甘油穿梭:
指线粒体外的NADH在胞液中磷酸甘油脱氢酶催化下,使磷酸二羟丙酮还原成α-磷酸甘油,后者通过线粒体外膜,再经位于线粒体内膜的磷酸甘油脱氢酶催化下氧化生成磷酸二羟丙酮和FADH2磷酸二羟丙酮可穿出线粒体外膜至胞液,继续进行穿梭,而FADH2则进入琥珀酸氧化呼吸链,生成2分子ATP。
主要存在于脑和骨骼肌中。
第七章
氨基酸代谢
1.转氨基作用:
氨基酸在转氨酶催化下,可逆地把氨基酸的氨基转移给α酮酸,氨基酸脱去氨基,转变成α-酮酸,而α-酮酸则接受氨基变成另一种氨基酸,称为氨基酸的转氨基作用。
转氨酶的辅酶是维生素B6的磷酸酯,即磷酸吡哆醛和磷酸吡哆胺。
2.嘌呤核苷酸循环:
骨骼肌和心肌主要通过嘌呤核苷酸循环进行脱氨基作用。
氨基酸首先通过连续的转氨基作用将氨基酸的氨基转移给草酰乙酸,生成天冬氨酸;
天冬氨酸与次黄嘌呤核苷酸生成腺苷酸代琥珀酸,经裂解生成AMP,AMP在腺苷酸脱氨酶催化下脱去氨基。
由此可见,嘌呤核苷酸循环实际上也可以看成是另一种形式的联合脱氨基作用。
3.葡萄糖-丙氨酸循环:
肌肉中的氨基酸将氨基转给丙酮酸生成丙氨酸,经血液到肝。
在肝中脱去氨基,用于合成尿素,生成的酮酸可转成葡萄糖随血液达到肌肉组织,经糖分解途径生成丙酮酸,再加氨基生成丙氨酸,称为葡萄糖丙氨酸循环。
该循环是肌肉与肝之间的氨运输方式。
4.
transaminase:
即转氨基,催化某一氨基酸的氨基转移到另一种酮酸的酮基上,生成相应的氨基酸,原来的氨基酸则转为酮酸。
5.蛋氨酸循环:
蛋氨酸与ATP作用转变成蛋氨酸(SAM),SAM是甲基的直接供体,参与许多甲基化反应;
与此同时产生的S-腺苷同型半胱氨酸进一步转变成同型半胱氨酸,后者可接受N5—CH3—FH4的甲基重新生成蛋氨酸,形成一个循环过程,称蛋氨酸循环。
其生理意义是:
SAM提供甲基以进行体内广泛存在的甲基化反应。
②N5—CH3—FH4提供甲基合成蛋氨酸,同时使N5—CH3—FH4的FH4释放,再参与一碳单位的代谢。
6.氮平衡:
机体内蛋白质代谢的情况可根据氮平衡实验来确定,即测定尿与粪中的含氮量(排出氮)及摄入食物的含氮量(摄入氮)可以反映人体蛋白质的代谢情况。
①氮总平衡:
摄入氮=排出氮,反映正常成人的蛋白质代谢情况,即氮的“收支”平衡。
②氮正平衡:
摄入氮>排出氮,部分摄入的氮用于合成体内蛋白质。
儿童、孕妇及恢复期患者属于此种情况。
③氮负平衡:
排出氮>摄入氮。
7.鸟氨酸循环:
体内的氨主要在肝经鸟氨酸循环(尿素)合成鸟氨酸,使有毒的氨合成无毒的尿素,随尿液排出体外。
首先CO2和氨在氨基甲酰磷酸合成酶I(CPS-I)催化下生成氨基甲酰磷酸,再与鸟氨酸缩合成瓜氨酸;
瓜氨酸与天冬氨酸缩合成精氨酸代琥珀酸,后者裂解为精氨酸和延胡索酸;
精氨酸由精氨酸酶催化释放1分子尿素和鸟氨酸,形成一个循环,称鸟氨酸循环。
8.S-腺苷蛋氨酸:
蛋氨酸与ATP在蛋氨酸腺苷转移酶的作用下生成S-腺苷蛋氨酸,它是甲基的直接供体,在甲基转移酶的催化下可将甲基转移到另一物质使其甲基化,而自身再通过蛋氨酸循环重新合成蛋氨酸。
体内有许多重要的物质需要甲基化,如肾上腺素、肌酸
9.蛋白质的腐败作用:
在蛋白质消化过程中,有一部分蛋白质不被消化,也有一小部分消化产物不被吸收。
肠道细菌对这部分蛋白质及其消化产物所起的作用,称为腐败作用。
大多数腐败作用产物对人体有害,例如胺类、氨、苯酚、吲哚及硫化氢等
。
10.
蛋白质的互补作用:
指营养价值较低的食物蛋白同时食用时,必需氨基酸可以相互补充,从而提高营养价值。
11.丙氨酸-葡萄糖循环:
肌肉中的氨基酸将氨基转给丙酮酸生成丙氨酸,丙氨酸进入血液运输到肝。
在肝中脱去氨基,用于合成尿素。
生成的丙酮酸可转变成葡萄糖,葡萄糖进入血液,运输到达肌肉组织,经糖分解途径生成丙酮酸,丙酮酸再加氨基生成丙氨酸,称为丙氨酸-葡萄糖循环。
该循环是肌肉与肝之间氨运输的方式。
12.联合脱氨基作用:
是氨基酸脱氨基作用的一种最重要的方式,氨基酸首先与α-酮戊二酸作用生成α-酮酸和谷氨酸,然后谷氨酸再脱去氨基生成α-酮戊二酸,后者再继续参加转氨基作用
第八章
核甘酸代谢
一碳单位:
某些氨基酸在分解代谢中产生的含有一个碳原子的基团,称为一碳单位,其代谢的辅酶是四氢叶酸。
一碳单位参与嘌呤、胸腺嘧啶的合成,例如甲基、甲烯基、甲酰基等。
2.核苷酸的从头合成:
指由磷酸核糖、甘氨酸、天冬氨酸、谷氨酰胺、一碳单位及CO2等简单物质为原料,经过多步酶促反应合成嘌呤核苷酸的过程。
3核苷酸的补救合成:
指利用体内游离的嘧啶碱或嘌呤碱、嘧啶核苷酸或嘌呤核苷酸为原料,经过简单的酶促反应合成嘧啶核苷酸或嘌呤核苷酸的过程。
4核苷酸合成的反馈调节:
指核苷酸合成过程中,反应产物对反应过程中某些调节酶的抑制作用。
反馈调节一方面使核苷酸合成能适应机体的需要,同时又不会合成过多,以节省营养物质及能量的消耗。
5.嘌呤核苷酸循环:
是肌肉中存在的一种联合脱氨基形式,即通过嘌呤核苷酸循环方式
脱去氨基:
氨基酸+α-酮戊二酸
->
谷氨酸+α-酮酸谷氨酸+草酰乙酸
天冬氨酸+α酮戊二酸天冬氨酸+IMP
精氨酸代琥珀酸->
延胡索酸+AMPAMP
IMP+氨
第九章
物质代谢的联系与调节
蛋白激酶:
促进蛋白质共价修饰的酶,可由ATP提供磷酸基和能量,催化酶蛋白或其他蛋白多肽的丝氨酸、苏氨酸或酪氨酸的羟基发生磷酸化,改变酶与蛋白的活性。
2.变构酶:
指代谢途径中受变构调节的关键酶,常为寡聚酶,有催化亚基(含结合底物催化反应的活性中心)及调节亚基(含与变构效应剂结合引起调节作用的调节部位)。
3.泛素:
为高度保守的蛋白质,广泛分布于真核细胞胞液,可由酶催化选择性结合于待降解的蛋白质,促进泛素化的蛋白迅速降解。
4.限速酶(关键酶):
在代谢途径的一系列酶促反应中,催化速度最慢的酶常具有调节作用,其活性改变可影响、决定整个代谢途径的速度,或改变代谢的方向,这些酶称为调节代谢的关键酶。
其活性常被某些因素调节。
5.细胞凋亡:
细胞在一定的生理或病理条件下,遵循自身的程序,在基因严格调控下发生的主动的细胞自杀现象,亦称为程序性细胞死亡。
6.酶的化学修饰调节:
酶蛋白上的特殊基团在细胞内其他酶作用下进行可逆的共价修饰,从而快速改变酶的活性。
以磷酸化和脱磷酸最为多见。
7.变构调节:
某些小分子变构效应剂非共价结合于变构酶的调节部位,快速引起酶的构象改变,引起酶活性改变,使酶被激活或抑制,调节其活性。
第十章
DNA的生物合成
冈崎片段:
后随链解链方向与复制方向相反,复制时需解
链达足够长度,然后在引发体作用下,形成引物再合成一段DNA。
因此,随从链的复制需要多次生成引物,形成一些不连续的DNA
片段,这些片段又称为冈崎片段。
原核生物、真核生物的冈崎片段分别为1000~2000数百个核苷酸。
2.滚环复制:
环状DNA复制时,双链一股先开一个缺口,5′端向外伸展,在伸展出的单链上进行不连续复制;
没有开环的一股
则可以一边滚动,一边进行连续复制。
两股链均直接作为模板,不需要引物。
3.半保留复制:
DNA进行复制时,双螺旋结构解开,以两股单链分别作为模板,dNTP(dATP、dGTP、dCTP、dTTP)为原料,
按照碱基配对(A—T、G—C)的原则与模板上的碱基相配对,经依赖DNA的DNA聚合酶(DNApol),合成一条与模板互补的
新链。
新形成的两个子代DNA与亲代DNA结构完全相同,子代
DNA分子中一条链是亲代DNA链,另一条链是新合成的,故称为半保留复制。
4.基因:
是指为生物活性产物编码的DNA功能片段。
5.镰形红细胞贫血:
由于正常血红蛋白β链第6号密码子
的点突变(CTC—CAC),导致β链6位谷氨酸残基(GAG)被疏水性非极性氨基酸缬氨酸(GVG)取代,导致红细胞呈镰刀状,易破碎引起溶血性贫血。
6.DNA修复:
指针对已发生了的缺陷而施行的补救机制,主要有光修复、切除修复、重组修复和SOS修复等。
7.端粒与端粒酶:
端粒是真核生物染色体线性DNA分子末端的结构,端粒在维持染色体的稳定性DNA复制的完整性有重要作用。
端粒酶是一种DNA
蛋白质复合物,在端粒DNA复制上,端粒酶既有模板,又有反转录酶的作用,首先是端粒酶借助其RNA与DNA单链
有互补碱基序列而辨认结合,再以RNA为模板,DNA末端得以延长,端粒通过这种方式,可以
补偿由除去引物引起的末端缩短。
8.复制叉:
DNA复制时有固定的起始点。
原核细胞内只有1个,真核细胞内有多个复制起始点,复制时首先由DNA拓扑异构酶、解链酶分别对DNA复制起始点局部的双链解旋、解链,并
由DNA结合蛋白保护和稳定已打开的DNA双链,形成Y字形
结构,称为复制叉。
9.依赖DNA的DNA聚合酶(或称DNA指导的DNA聚合
酶):
以DNA为模板,dNTP为原料,催化dNTP间以磷酸二酯键相连合成DNA的酶。
10.转录:
指以RNA为模板,dNTP为原料,在RNA指导
的DNA聚合酶(RDDP,又称逆转录酶)催化下,合成与RNA互
补的DNA的过程。
11.DNA(cDNA):
是指与mRNA分子有互补碱基序列的单链DNA,由反转录酶催化生成。
cDNA无内含子,用于分子克隆或作为分子探针。
12.cDNA与反转录:
反转录是依赖RNA的DNA合成作用,以RNA为模板,由dNTP聚合
成DNA分子,此过程中,核酸合成与转录过程遗传信息的流动方向相反,故称为反转录。
在基因工程中,常需将RNA反转录成DNA进行操作,此种方式生成的DNA即为cDNA。
13.point
mutation:
即点突变,指DNA链上单个碱基的改变,若发生在基因的编码区域,可导致氨基酸的改变。
14.NA可自身复制,也可转录成RNA,再翻译成蛋白质,这种遗传信息的传递和表达
方式,即为中心法则,RNA也可以反转录生成DNA,是对中心法则的补充。
15.oding
strand:
即编码链,DNA转录时只有其中的一股链进行转录,相对的另一条链称编码链。
16RNA的DNA聚合酶(或称RNA指导的DNA聚合
以RNA为模板,dNTP为底物,催化dNTP间以磷酸二酯键
相连合成DNA的酶,又称为反转录酶。
第十一章
RNA的生物合成
端粒酶:
是一种RNA
蛋白质复合物,本身有RNA模板和反转录酶两方面作用,端粒酶借助其RNA与DNA单链有互补碱
基序列而辨认结合,依赖酶分子RNA模板催化合成端粒DNA。
2.核酶(ribozyme):
具有酶催化活性的RNA分子。
3.剪接(splicing):
从mRNA前体中去掉内含子序列,使外显
子序列拼接在一起而产生成熟mRNA的加工过程。
hnRNA:
真核生物核内mRNA转录的初级产物,须经加工去除内含子。
5.转录因子:
真核生物中能直接或间接结合RNA聚合酶的反式作用因子。
6.启动子(promoter):
结合RNA聚合酶并启动转录的DNA
短区段。
7.
σ因子:
是原核生物RNA聚合酶全酶的组成部分,功能是
辨认转录起始点。
在原核生物已发现多种相对分子质量不同、功能各异的σ因子,其中σ是最典型的辨认转录起始点的蛋白质。
8.不对称转录:
有两重含义,一是双链DNA分子中只有一股单链作为模板转录,另一股链不转录;
二是不同基因的模板链可在DNA分子的不同链上。
9.多聚核糖体:
由1个mRNA分子与一定数目的单个核糖体结合而成的,呈串珠状排列。
每个核糖体可以独立完成1条肽链的合成,所以多聚核糖体上可以同时进行多条肽链的合成,可以加速蛋白质合成速度,提高mRNA的利用率。
Hogness
box:
真核生物转录起始需要DNA聚合酶对起始区上游DNA序列作辨认和结合,生成起始复合物。
起始点上游多数有共同的5′→3′TATA序列,称为Hogness或盒TATA盒。
11.受体剪接部位:
mRNA进行转录后的剪接时,大多数内含子的右侧为ApOH-3′,与相邻外显子的左侧相连接。
这一部位称受体剪接部位。
12.核酶:
具有催化功能(酶的作用)的RNA分子。
核酶通常具有特殊的分子结构,如锤头结构。
13.外显子:
真核生物的结构基因为断裂基因,断裂基因上及其转录初级产物上可表达的序列,或转录初级产物上通过拼接作用而保留于成熟中的RNA序列或基因中与成熟RNA相对应的DNA序列。
14.
RNA聚合酶:
RNA聚合酶是参与RNA合成的酶,原核生物的RNA聚合酶由α2ββ′σ组成,称为全酶。
α2ββ′称为核心酶。
活细胞的转录起始需要全酶,但至转录延长阶段,则仅需要核心酶。
真核生物有3种RNA聚合酶,分别称为RNA聚合酶Ⅰ、Ⅱ、
Ⅲ。
它们专一性地转录不同的基因,产生不同的转录产物。
15.断裂基因:
真核生物的结构基因由若干个编码区和非编码区相互间隔开但又连续镶嵌而成,为一个由连续氨基酸组成的完整的蛋白质编码,因一个基因被非编码区间隔开,故称为断裂基因。
16.
Pribnow盒:
各种原核生物基因启动序列特定区域内,通常
在转录起始点上游-10及-35区域存在一些相似序列,称为共有序列;
E.coli及一些细菌启动序列的共有序列在-10区域是TATAAT,因由Pribnow首先发现,又称Pribnow盒(Pribnow
box)。
17.内含子:
真核生物的基因,由若干个编码区和非编码区互相间隔开,但又连续镶嵌而成,为一个由连续氨基酸组成的完整蛋白质编码,因此称为断裂基因,内含子表示把编码区间隔开的基因序列。
18.顺式作用元件,真核生物转录起始也需要RNA聚合酶对起始区上游DNA序列作辨认和结合,生成起始复合物,这种上游DNA序列,即为顺式作用元件。
19.直接或间接地识别或结合在各顺式作用元件上参与调控靶基因转录的一组蛋白质称为反式作用因子(trans-acting
factor)。
20.反转录病毒:
某些病毒的基因组是RNA而不是DNA,能以单链RNA为模板合成双链DNA。
反应由病毒内的反转录酶催化,先以单链RNA的基因组为模板,催化合成一条单链DNA,产物与模板生成RNA:
DNA杂化双链,杂化双链中的RNA被水
解后,再以新合成的单链DNA为模板,催化合成第二链的DNA。
第十二章
蛋白质的生物合成
1.遗传密码:
DNA编码链或mRNA上的核苷酸,以3个为
一组(三联体)决定1个氨基酸的种类,称为三联体密码。
转录和翻译是连续的,因此遗传密码也决定蛋白质的一级结构。
2.移框突变:
由于碱基的缺失或插入突变导致三联体密码的阅读方式改变,造成蛋白质氨基酸排列顺序发生改变,从而翻译出完全不同的蛋白质,这种突变称为框移突变。
3.终止子:
基因转录中,DNA模板上终止转录的区域。
但转录终点是可以被跨越而继续转录的。
4.释放因子:
在翻译终止阶段起作用的蛋白因子不叫终止因子而称其为释放因子。
有RF和RR两种。
RF辨认mRNA上的终止密码,并结合于A位上。
RF-1和RF-2分别辨认3种不同的终止密码,RF-3激活核糖体上的转肽酶,使之表现为酯酶的水解活性。
5.密码的摆动性:
指密码子与反密码子相互辨认时,可不遵从碱基配对规律,出现不严格配对,此为密码的摆动性。
如反密码第1位为I时,可与密码第3位的A、C、U配对。
6.SRP:
也称信号肽识别粒子。
可辨认、结合信号肽,并把正在合成蛋白质的核糖体带到细胞膜的胞质内膜面。
7.转肽酶:
是延长因子EF-G,真核生物的E可以催化已生成的肽酰tRNA从A位转至P位。
使A位留空,便于接受新的氨基酰
tRNA。
存在于核糖体大亚基上,在肽链延长的成肽过程中起催化作用。
转肽酶催化P位的氨基酰或肽酰的—CO与A位的氨基酰tRNA的—NH2形成肽键。
另外在翻译终止时,转肽酶尚有酯酶的水解活性,可使合成的肽链与tRNA分离,进而释放新生肽链。
8.信号识别颗粒:
在真核细胞胞质内存在的一种由小分子RNA(7S
RNA)和6种不同蛋白质共同组成的复合物,它能特异地识别和结合信号肽,并与核糖体结合暂时阻断多肽链的合成,进而与内质网外膜上的SRP受体结合,信号肽就可插入内质网进入内腔,被内质网内膜壁上的信号肽酶水解。
SRP与受体解离并进入新的循环,而信号肽后序肽段也进入内质网内腔,并开始继续合成多肽链。
SRP对翻译阶段作用的重要生理意义在于:
分泌性蛋白及早进入细胞的膜性结构,能够正确的折叠、进行必要的后期加工与修饰并顺利分泌出细胞。
9.核糖体循环(狭义):
指翻译过程的肽链延长。
每次循环包括进位、成肽和转位3个步骤。
每循环1次,肽链延长1个氨基酸。
如此不断重复,直至多肽链合成终止。
翻译:
即蛋白质合成,就是把核酸4种符号(A,T,C,G)组成的遗传信息,以遗传密码破读的方式转变为蛋白质分子中氨基酸(20种)的排列顺序,好像将一种语言翻译成另一种语言。
11.开放读框:
从mRNA
5′至3′方向,由起始密码子AUG开始至终止密码子(不包括终止密码子)前的一段mRNA序列,为一段有连续氨基酸序列的蛋白质编码。
开放读框内每3个碱基组成的三联体,决定一个氨基酸的遗传密码。
12.多聚核糖体:
是由1个mRNA分子与一定数目的单个核糖体结合而成的,呈串珠状排列。
每个核糖体可以独立完成一条肽链的合成,所以多个核糖体上可以同时进行多条肽链的合成,可以加速蛋白质的合成速度,提高模板mRNA的利用率。
13.SD序列:
位于mRNA分子AUG起始密码子上游约8~13个核苷酸处,由4~6个核苷酸组成的富含嘌呤的序列,以—AG—GA—为核心。
SD序列同16SrRNA的3′末端序列互补,在核糖体与mRNA的结合过程中起重要作用。
14.多核糖体循环:
指翻译过程的肽链延长,每次循环包括进位、成肽、转位三个步骤,循环一次,肽链延长一个氨基酸,如此不断重复,直至肽链合成终止。
15.基因组文库:
用限制性内切酶切割细胞的整个基因组DNA,可以得到大量的基因组DNA
片段,然后将这些DNA片段与载体连接,再转化到细菌中去,让宿主菌长成克隆。
这样,一个克隆内的每个细胞的载体上都包含有特定的基因组DNA片段,这样的一套克隆就叫做基因组克隆;
其中克隆的一套基因组DNA片段就叫做基因组文库。
16.核糖体循环:
原核生物在同一DNA模板上,有多个转录同时在进行,当转录尚未完成,翻译已在进行,一个mRNA分子同时有多个核糖体在进行蛋白质合成,即mRNA循环一次,肽链延长一个氨基酸,如此不断重复,直至肽链合成终止。
17.氨基酰tRNA合成酶:
催化氨基酸与tRNA生成氨基酰tRNA的酶。
该酶具有绝对专一性,对氨基酸、tRNA两种底物都能高度特异地识别,反应消耗ATP。
18.信号肽:
是未成熟的分泌性蛋白质中可被细胞转运系统识别的特征性氨基酸序列。
有碱性末端区、疏水核心区及加工区3个区段。
第十三章
基因表达调控
衰减子(attenuator):
在原核生物的Trp操纵子结构中,第一个结构基因与启动子P之间有一个区域含Trp密码子,称衰减子。
当环境中Trp浓度很高时,它可通过编码并翻译成Trp而终止Trp操纵子的表达。
这种转录衰减实质上是转录与一个前导肽翻译过程的偶联,它是原核生物特有的一种基因调控机制。
2.增强子(enhancer):
真核生物基因上远离转录起始点(1~30kb)、决定基因的时间、空间特异性表达、增强启动子转录活性的DNA序列,其发挥作用的方式通常与方向、距离无关。
3.操纵子(元)(operon):
原核生物的几个功能相关的结构基因往往排列在一起,转录生成一段mRNA,然后分别翻译成几种不同的蛋白质。
这些蛋白可能是催化某一代谢过程的酶,或共同完成某种功能。
这些结构基因与其上游的启动子,操纵基因共同构成转录单位,称操纵子。
4.上游启动子元件:
蛋白质基因启动子除了-30区附近的TATA盒之外,还包括上游区域一
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