工欲善其事必先利其器这些分子生物学软件你值得拥有11Word文件下载.docx
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一、核苷酸序列获得
NCBI是我们序列来源的主要数据库,这里小编主要介绍Snapgene和VectorNTI。
Snapgene和VectorNTI都可以从NCBI直接下载核苷酸序列,同时会按照NCBI中序列的注释做相应的标记,序列注释包括信号肽,CDS区,外显子等。
举例CXCL8基因NM_000584转录本。
图1为使用Snapgene下载NM_000584;
图2是使用VectorNTI下载NM_000584。
从两个图展示的信息,小编更喜欢Snapgene,信息简明,完整。
二、查找ORF
通常我们拿到一个核苷酸序列,想看看其可能的ORF区。
在这里小编主要介绍Snapgene、VectorNTI、Generunner。
依然使用CXCL8基因NM_000584转录本举例。
图3是Snapgene分析ORF区结果;
图4是VectorNTI分析ORF结果;
图5是Generunner分析ORF结果。
Snapgene会从两个方向查找可能的ORF,同时可以很方便的调整,比如我只想从一个方向查找可能的ORF;
VectorNTI同样会从两个方向查找可能的ORF,但是界面不如Snapgene清晰
Generunner分析ORF结果界面不是很友好,这个软件会从序列的第一个碱基,第二个碱基,第三个碱基开始翻译,给定一段核苷酸序列,在一个方向上会有三个可能的ORF区就是这么来的。
但是Generunner软件小编非常喜欢用,后面会讲到。
三、氨基酸序列分析
假定我们从上面的分析中确定了ORF,此时我们知道这段ORF对应的氨基酸序列,小编在这里介绍两个软件:
Generunner、Lasergene。
图6是Generunner翻译序列的结果;
图7是使用Lasergene中的EditSeq得到的结果。
Generunner小编非常喜欢使用,特别是在翻译氨基酸的时候,同时我们都知道氨基酸有三字母和单字母两种简写方式,Generunner都可以设置。
Lasergene中的EditSeq也能很方便的得到氨基酸序列,但是最好是已经确定序列就是一个完整的ORF。
四、序列比对
序列比对的方法有很多,在线比对和本地比对。
在线比对可以看下吉凯基因微信公众号7月25日的文章:
巧用数据库|我是如何使用NCBI,UCSC,Ensembl,Uniprot四个数据?
小编在这里介绍VectorNTI和Snapgene。
图8是使用VectorNTI对两段序列进行比对的结果;
图9是使用Snapgene对两段序列进行比对的结果。
VectorNTI可以看到比对全貌,非常容易的找到不一致的区域。
Snapgene同样可以看到比对全貌,但是当查看具体的突变区域的时候,就比较麻烦,比对结果类似于NCBIBLASTN,需要比对的说明来判断。
五、序列分析(重复序列)
做PCR跑电泳经常会碰到有非特异性条带的情况,这种通常就是引物特异性不好造成的。
小编在这里给大家介绍Lasergene中的GeneQuest软件和Snapgene软件,可以用来分析序列中的重复结果,可以很有效的避免非特异性扩增产物的出现。
当然,小编优先会选择GeneQuest来分析序列重复结构。
图10是使用GeneQuset分析序列重复的结果。
GeneQuest可以分析正向重复序列,反向重复序列,会根据默认条件找出所有的重复序列,非常直观。
图11是使用Snapgene分析。
Snapgene是一款很好的引物设计软件。
使用这个软件标记引物的时候会提示引物有多个结合位点。
六、峰图查看
当我们构建好载体,往往都需要测序验证构建的序列是否正确。
通常测序公司发来的测序结果都是.ab1格式的测序结果。
小编在这里介绍Chromas和Snapgene两个软件。
查看单个测序结果小编更喜欢使用Chromas软件。
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图12是Chromas打开.ab1测序结果的界面;
图13是使用Snapgene打开.ab1测序结果的界面。
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七、测序结果分析
目前sanger测序一个反应的有效读长大概在700bp。
当我们构建的序列长度超过一个反应的有效读长后,就需要增加测序反应。
此时就需要对测序结果进行拼接。
小编在这里只为大家介绍Lasergene中的SeqMan软件。
SeqMan是目前用的最多的测序结果拼接软件。
介绍了这么多,大家会发现每个软件展示的都是结果,如果大家对软件学习感兴趣,我们也有视频提供。
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