Popgene 132中文手册Word下载.docx

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POPGENE/Co-Dominant和Dominantmarkers两个对话框：

HaploidData

Analysis和DiploidDataAnalysis。

每个对话框里有3个等级的Hierarchical

Structure：

SinglePopulations,Groups和Multiplepopulations。

SingleLocus

和Multilocus遗传参数的评定通过选择一个或多个HierarchicalStructure核对

框实现的。

HAPLOIDDATAANALYSIS

GeneFrequency:

从原始数据中判断每个locus的基因频率

AlleleNumber:

计数非零频率等位基因的数量

2

EffectiveAlleleNumber:

评价彼此的结合性

PolymorphicLoci:

不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比

GeneDiversity：

判断Nei’s（1973）基因多样性

ShannonIndex:

判断Shannon信息指数，以此作为基因多样性的程度

HomogeneityTest:

构建双向相依表和进行（χ2）和相似率（G2）测试

F-Statistics:

为Groups或MultiplePopulations判断Nei’s（1973）GST，以及GST

和GCS

GeneFlow:

从GST或FST中的判断中来进一步判断基因流

GeneticDistance:

判断Nei’s（1972）遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗

传距离

Dendrogram:

用UPGMA做基于Nei’s遗传距离的树形图

NeutralityTest:

用Manly提出的算法，为临界稳定执行Ewens-Watterson测试

Two-locusLD:

判断loci和χ2测试之间的gameticdisequilibria

Brown:

计算观察的和预想的K的moments

Smouse:

编码常出现的等位基因为1，假的等位基因为0.判断平均内在关系

DIPLOIDDATAANALYSIS

GenotypicFrequency:

从针对co-dominantmarkers的原始数据中判断每个

locus的基因频率

HWTest:

在随机杂交的情况下，用Levence计算法则计算预想的遗传型频率，

并且执行基于Hardy-Weinberg平衡（χ2）和相似率（G2）的测试，仅限于

co-dominantmarkers

FixationIndex:

判断FIS作为异形接合体缺失或过多的判据

AlleleFrequency:

判断原始数据的基因频率

计数非零频率等位基因的数量

评价彼此的结合性

Obs.Homozygosity:

判断给定locus观察到杂合子的比例，仅对于co-dominant

markers

3

Exp.Homozygosity:

判断随即杂交的情况下，预想杂合子的比例，仅对于

构建双向相依表和进行（χ2）和相似率（G2）测试，测试针对于

Groups或者MultiplePopulations

为Groups或MultiplePopulations判断F-statistics

用UPGMA做基于Nei’s遗传距离的树形图

编码常出现的等位基因为1，假的等位基因为0，他们的异形接合体为

1/2.判断平均内在关系

三、软件的使用

输入文件格式

输入文件应该由表头和数据两部分构成。

表头的格式应该是这样：

（1）用

/*...*/符号限定；

（2）populations的数量；

（3）loci数量；

（4）locus的名字。

数据开始为每个population的ID#和population的名字，这两个都是可

选项。

如果这两项没有给出的话，就应该在populations之间留下至少一个空白

行，该软件会自动给你产生population的ID。

如果这两项给出来的话，你的

population的ID#和population的名字之间必须是不重复的。

原始数据的格式很

自由，纵行之间可以带或不带1个或更多的空格，但他们之间不能有空行。

对于

haploids和dominantmarkers像RAPDs无值的位置要以“.“代替（也就是

说把出现或未出现等位基因的代表为一个点），对diploidsco-dominantmarkers

的用“..“。

下面给出三个例子。

头两个例子纵行之间有空格，第三个数据中是

4

空格和无空格的混合以说明数据输入的灵活性。

例1：

haploiddata的输入格式

/*Haploidnumericdataof3populationseachwith3records（gametes）&

19loci

*/

Numberofpopulations=3

Numberofloci=19

locusname:

AAT-1AAT-2ACOADHAPHDIA-2DIA-3GDHG6HIDHMDH-1MDH-2MDH-3MDH-4

MEPGI

PGM6PG-16PG-2

ID=1

1112111121112111111

3113111121112111211

ID=2

1112111121113111111

1111111121116311111

1111111121133111111

ID=3

113231*********1111

1112311121112111111

113211*********1111

例2：

diploiddata,co-dominantmarker的输入格式

/*Diploidalphabeticdataof3populationseachwithvaryingrecords

（genotypes）&

21loci*/

5

Numberofloci=21

Locusname:

AAT-1AAT-2AAT-3ACOADHDIA-1DIA-3EST-2GDHG6PHA

IDHMDH-1MDH-2MDH-3MDH-4PEP-1PEP-2PGI-2PGMSPG-2

AAAAAAAAAAAAAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAABBBA3AAABBBAAAAAAAAAAAAAAAAAAABAAAA

AAAAAAAABCACAAABABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAABBCCAABBABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAABACAABBAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAABAA

AAAAAAABABACAAABABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

ABAAAAAABCACAAABABAAAAAAAAABAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAA

AAAAAAAAAABCAAABAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAABBCBCAABBABAAAAAAAAABAAAAAAAAAAACAA

AAAAAAABACABAABBBBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAABACAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAABCABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAA

AAAAAAABAAACAAABABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAAABBBBAAAAAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAAAACACAABBABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAABBBBCAABBAAACAAAAAAAAAAAAAAAAACADAA

AAAAAAAAABBCAAABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAABBBCAABBAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAACAA

AAAAAAAAAABCAAABABAAAAAAAAAAAABCAAAAAAAAAA

AAAAAAAAABBCAAABABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAAABDBCAAABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAEAA

AAAAAAABCCBBAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABAA

AAAAAAAABCBBAAABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAABCCBBAAAAABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABAA

6

AAAAAAAABBBCAAABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAAABBCAAAABBAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAABACABAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABAA

AAAAAAABBCBBAABBBBAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAABABABAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAABBABAAAAAAAAAAAAAAAAAABBAAAAAAAAAA

AAAAAAAAACBCAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAAACCBCAAABABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAACAA

AAAAAAAABBACAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAAA

AAAAABAABEBBAABBABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAAAABBCAAABAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAABBAACCAAABABAAAAAAAAAAAABCAAAAAAAAAA

AAAAAAABACBCAABBBBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

AAAAAAABAABBAAACABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAABBBACAABBAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAAAACACAAAAABAAAAAAABAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAAAAAABAAABABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAA

AAAAAAAABCBCAABBABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAACAA

例3：

diploiddata,dominantmarker的输入格式

Numberofpopulations=2

Numberofloci=28

OPA01-1OPA01-2OPA01-3OPA01-4OPA01-5

OPA03-1OPA03-2OPA03-3OPA03-4OPA03-5OPA03-6

OPA04-1OPA04-2OPA04-3OPA04-4OPA04-5OPA04-6OPA04-7

OPA07-1OPA07-2OPA07-3OPA07-4OPA07-5OPA07-6

OPA11-1OPA11-2OPA11-3OPA11-4

name=SlaveLake

7

fis=-0.238

1110110010001110100010001001

1011010010000110100010000001

1110010010000110100010000001

1111110010000110100010100001

1011010110000110100010101101

1100010010010010100010000001

1110110010001010100010001001

1011010010000001101111010001

1100110010001110100010101001

1110110110001010100010001001

1110010010000110101100001001

1110111110000110100010000001

1111111100001010100010000001

1100010010000000100010100001

1100110010001100100010001001

1110110100010000100010001001

name=LittleSmoky

fis=0.0

1110111110101110101110001111

1110111110000110100010001111

1111010000110110101010101011

1110111100000110100010110001

1010111111100110101110000101

1100010000001110101110100111

1000110100000110100110001001

1110110111100110100110101001

1100110101000110101010101011

1101111110000110100110101011

8

1111011110100110100010010011

1100111111110110100010101001

1111111111000000101110100111

1101110100000110100010000001

1110110000011110100010001001

1111110000011110100010001001

1110010110000010100001010110

1100110110001000101101001001

1010110010000110100000101001

1100111100000100100010000001

9

四软件具体操作步骤：

（1）打开菜单中File/Loaddata，然后选择一个合适的数据设置进行分析.

10

（2）打开你的数据文件后，点击菜单上的Co-Dominant，根据你的数据

类型选择Haploid或Diploid.

11

（3）打开HaploidDataAnalysis或者DiploidDataAnalysis对话框核对：

是否变量（markerloci）或记录（individualorganisms）是柱状输入；

是否你的分析通过SinglePopulations,Groups和/或MultiplePopulations;

正确的SingleLocus简要统计；

正确的Multilocus简要统计；

下面的是一个HaploidDataAnalysis对话框。

注意下面的CheckAll是激活

的。

如果你不确定什么样的特殊分析要进行就检查一下所有的选项，然后点击

OK。

下面是一个关于co-dominantmarkers的DiploidDataAnalysis对话框。

注

意仅仅部分分析选项被选择了。

12

（4）现在，可能会被程序问道：

‘Doyouwanttoretainalllociforfurther

analysis?

"

，点击Yes或No根据自己的情况。

13

如果你选择No，那么DeleteLocus对话框会弹出让你删除部分你选择的loci

14

（5）接着，回答问题"

Doyouwanttoretainallpopulationsforfurther

analysis?

‘

如果你选择No，那么DeletePopulations对话框会弹出让你删除部分你选择的

populations

15

（6）如果你在第（3）步选择了Groups，在enterthenumberofgroups

对话框输入组数

16

点击OK打开GroupPopulations对话框，为每个group选择正确的populations

17

（7）如果Two-locusLD在第（3）步被选择Check的话，你需要选一个

significancelevel（P）去测试loci之间的linkagedisequilibria。

重要的：

在你有大量的alleles/locus,loci和populations时，一个高的P值能导

致一个极大的输出大部分例子中，P应该小于等于0.05

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（8）如果NeutralityTest在第（3）步被选择Check的话，你需要选择去

测试neutrality的为计算95%上下限的置信界限的simulations的数量。

推荐500–1000simulations为置信界限的可信估计。

19

（9）如果你正确的完成了从

（1）到（8）的操作，这是会出现result.dat

输出窗口，显示了你选择数据的分析结果。

打开File|Saveas...保存成SCII

码形式，可以进一步使用或者直接复制粘贴到word中。

下面是关于dominantmarkers的DiploidDataAnalysis对话框。

你可能需要在

HWequilibrium（i.e.,FIS=0）或HWdisequilibrium（i.e.,FIS≠0）之间进行选

择。

注意到在你的数据中，你可以为每一个population指定FIS值。

如果你没

有指定FIS值，程序会默认假定你的population处于HWequilibrium。

当

你选择了HWdisequilibrium，程序会在判断等位基因频率的时候读FIS值并且

使