CB504800病毒潜伏感染的分子机制文档格式.docx
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弄清病毒基因和/或相关细胞因子如何对DCs细胞、NK细胞等免疫细胞的功能进行调控,揭示病毒基因在免疫逃逸中的作用及机制。
4.揭示使神经前体/干细胞(NPCs)丧失增殖和分化能力的HCMV的关键成分(基因/抗原),从表观遗传学角度弄清HCMV使NPCs丧失增殖、分化能力的分子机制,揭示先天性HCMV感染致中枢神经发育畸形的机制。
5.培养一批在病毒潜伏感染和疱疹病毒研究领域具有国际竞争力的优秀中青年科学家和后备人才,造就一支跨学科、跨领域、精诚合作、团结奋进的科研队伍。
培养80名博士和硕士研究生,新增国家杰出青年科学基金获得者、中科院“百人计划”、教育部“新世纪优秀人才”支持计划入选者2-3名。
6.在病毒潜伏感染研究领域取得一些开拓性的科研突破,发表一系列具有国际前沿水平的科研论文(SCI论文50篇),在控制病毒潜伏与激活的药物靶标等方面申请国家发明专利5项。
三、研究方案
研究方案
1)学术思路:
本项目的总体学术思路是:
立足于我国重要病毒性传染病的流行特点,选择HCMV、EBV、KSHV等在我国危害严重的代表性病毒为研究对象,聚焦国际前沿的科学问题,以研究病毒、细胞、机体三个方面各自在潜伏感染中的作用为基础,结合潜伏感染在人类重大疾病(小儿神经畸形、鼻咽癌、卡波氏肉瘤等)发生和发展中的作用机制,揭示以疱疹病毒为代表的病毒潜伏感染和激活的分子机制,为药物和新型疫苗设计提供科学依据。
通过本项目的研究,希望形成一支在病毒潜伏感染研究领域具有国际竞争力的优秀团队,契合我国防治病毒性疾病这一重大需求,为保障人民健康提供技术支撑。
本项目拟从5个方面开展联合攻关:
首先,根据本项目组成员在疱疹病毒研究领域的优势,利用已建和新建的病毒-细胞模型,通过生物化学和分子生物学方法发现或确定潜伏感染中发挥关键作用的病毒基因(课题一);
其次,根据本项目成员在信号通路、免疫学等方面积累的理论和技术优势,在病毒潜伏感染与激活过程中细胞的信号转导调控(课题二)和机体免疫应答(课题三)等方面展开研究;
同时,结合上述研究成果,阐述病毒潜伏感染在神经系统病变(课题四)和肿瘤的发生与发展(课题五)中的作用。
课题与课题之间既相对独立,又相互交叉;
既在各自的研究领域有创新性,又对其它的课题有指导或借鉴作用。
2)技术途径:
本项目将利用病毒学、生物化学与分子生物学、细胞生物学和蛋白质组学等方法,在病毒、细胞、机体、临床等多个水平上开展病毒潜伏感染机制研究,为消除病毒的潜在性威胁,研发新的抗病毒药物提供理论依据与技术支撑。
2.1细胞学
在本项目组成员特有HCMV允许性感染的神经前体/干细胞(NPCs)模型、HCMV潜伏感染的T98G神经细胞模型的基础上,建立全新的可控激活的HCMV潜伏感染的人骨髓细胞系模型(单核-巨噬THP-1和CD34+造血干细胞),用于HCMV对细胞分化及神经发育畸形等机制的研究;
以本项目组成员特有的EBV高效感染的细胞模型为基础,阐明EBV感染上皮细胞的分子机制;
通过不同细胞模型间的相互比较,研究病毒潜伏感染对细胞分化和迁移的影响,及与肿瘤形成的相关性。
2.2病毒学
使用本项目组成员特有的单个病毒基因缺失的HCMV突变毒株,在2.1中所建立的潜伏感染模型中系统鉴定HCMV基因在病毒潜伏感染中所发挥的作用;
比较裂解复制、潜伏感染、激活三种情况下病毒在细胞和动物模型中转录本及蛋白表达谱的差异,阐明病毒在潜伏感染及激活条件下基因的级联表达途径;
以本项目组成员特有的鼠疱疹病毒MHV-68感染的动物模型研究“分子开关”RTA调控潜伏-激活的分子机制及其与肿瘤发生的关系。
2.3分子生物学
利用生物化学与分子生物学方法,以病毒蛋白不同的功能结构域为诱饵,通过酵母双杂交筛选、免疫共沉淀和蛋白质质谱分析与其相互作用的宿主蛋白;
通过病毒基因定点突变、嵌合体构建等分子生物学手段和生物芯片等技术,找出病毒与宿主/细胞在建立与维持潜伏感染中的关键分子。
2.4组学水平
从蛋白质的磷酸化修饰组学角度分析维持病毒潜伏感染的主要病毒蛋白、宿主细胞因子及其相互作用。
以各类疱疹病毒感染宿主细胞模型,用液相色谱-串联质谱-数据库检索联用的方法进行大规模磷酸化蛋白质组学分析,建立病毒潜伏感染时期的病毒/宿主细胞磷酸化蛋白质组数据库,分析几种病毒在潜伏时期以及同种病毒在不同时期磷酸化蛋白及位点的差异,揭示病毒潜伏感染的调控机制,为寻找抗病毒的重要分子靶标提供理论依据。
2.5临床调研
充分利用本项目组现有的鼻咽癌标本的采集和管理系统,建成鼻咽癌生物资源库,为开展鼻咽癌的系统生物学研究打下良好基础;
收集并系统检测临床卡波氏肉瘤组织样本,明确Sel10等在宿主细胞周期调控和凋亡调控中的功能,并进一步探讨病毒miRNA作为治疗靶点和早期诊断分子标志物的可能性。
3)创新点与特色:
在项目申请团队现有的工作基础上,紧密围绕我国重大病毒性传染病防治的需求,针对病毒潜伏感染前沿科学问题开展联合攻关。
本项目的研究内容既相对独立,又相互交叉;
既有鲜明的创新性,又是在各自研究工作基础上的合理延伸和拓展。
其创新点和特色主要体现在以下方面:
3.1在本项目团队具有优势的研究基础上,聚焦国际前沿科学问题保证了本项目的创新性
病毒感染与致病是一个非常复杂的过程,病毒潜伏是设计药物和疫苗对病毒进行清除时的特殊难点,本项目针对病毒潜伏这一前沿科学问题开展原创性研究。
首先,对于病毒潜伏感染过程中发挥作用的病毒和细胞因子知之甚少,目前仅有少量的病毒基因产物被发现,且功能尚不清楚,因此,发现和证实新的病毒基因或细胞因子在病毒潜伏和激活过程中的作用,无论是对阐明病毒潜伏的分子机制、还是对业已潜伏的病毒进行清空性治疗,都至关重要,本项目组成员在系统鉴定和新发现病毒基因功能方面有丰富的经验,做出过重大贡献(Dunnetal,PNAS,2003;
Heetal,JVirol,2008),为本研究方向的开展奠定了基础。
其次,在病毒感染时细胞的免疫应答和信号调控方面,本项目组成员通过研究病毒感染时细胞信号转导(Liuetal,JBiolChem,2004;
Yangetal,CancerRes,2006;
Dongetal,JBiolChem,2006;
Zhengetal,JImmunol,2008)、细胞迁移和天然免疫的分子机制(Zenetal,JImmuno,2007;
Melissaetal,JExpMed,2004),已取得一系列令国内外同行关注的学术成就,已有成熟的技术,通过在潜伏感染中细胞迁移和表观遗传调控方面的联合攻关,可保证所获研究成果的创新性。
再次,在疱疹病毒感染致畸、致癌方面,本项目组成员的成果填补了国际上HCMV致中枢神经发育畸形的研究空白(Luoetal,JVirol,2007a,2007b,2008,2010),在EBV潜伏感染导致鼻咽癌细胞分化多样性和临床转归恶化等研究方面亦作出重要贡献(Duetal,Int.J.Cancer,2009;
Songetal,JClinInvest,2009),继续深入研究将保证我国在上述领域的领先地位。
总之,本项目从选题和提出科学问题上保证了创新性,充分利用项目团队现有的工作基础,并发挥集中攻关的优势。
3.2立足于我国病毒性传染病的防治,运用多种研究手段从各个层面进行系统性研究是本项目的特色
本项目选择HCMV、EBV、KSHV等在我国具有极高感染率、对我国人民健康具有严重危害的代表性病毒为研究对象,聚焦病毒潜伏感染的分子机制这一国际前沿的科学问题,以研究病毒、细胞、机体各自在潜伏感染中的作用为基础,结合潜伏感染在人类重大疾病(小儿神经畸形、鼻咽癌、卡波氏肉瘤等)发生和发展中的作用及机制,揭示以疱疹病毒为代表的病毒潜伏感染和激活的分子规律,为药物和新型疫苗设计提供科学依据。
本项目充分利用项目团队已掌握的病毒和临床样本资源,运用病毒学、分子生物学、免疫学、细胞生物学和蛋白质组学等方法,从病毒、细胞、活体(包括临床)等多个层面上开展研究。
做到课题
相互渗透、紧密联系,技术相互借鉴和互补。
4)可行性分析:
本项目的总体方案切实可行,相信会取得突破性成果。
人才队伍:
承担本项目研究的课题负责人和学术骨干是我国病毒学研究领域的优秀中青年科学家、有主持/负责国家研究项目的丰富经验,多数都是从海外留学归来并已卓有成效地开展工作的研究人员,有丰富的研究成果和研究经验,在病毒学、分子生物学、免疫学、肿瘤医学等领域均做出过重要贡献,以第一作者或通讯作者多次在国际权威期刊(如Cell,JExpMed,Blood,PNAS,JImmunol,JVirol,JBiolChem,JMolBiol,RNA等)发表过有影响力的论文。
科学问题:
在研究团队已有的工作基础上、根据最新研究动态提出了聚焦国际前沿的关键性科学问题,学术思想和技术体系具有先进性和可操作性(见3.1创新性)。
前期基础:
在系统鉴定病毒的基因及其功能、疱疹病毒潜伏感染致畸和致癌机制、病毒感染相关的免疫学研究等方面具有优势力量(详见七和八)。
技术平台:
本项目依托病毒学、华南肿瘤学、病毒基因工程、医药生物技术等4个国家重点实验室以及满足病毒研究需要的BSL-3/ABSL-3实验室和实验动物设施,具备完成本项目所必备的实验平台和关键设施设备。
本项目预计将在
(1)HCMV基因在潜伏感染和致畸中的作用、
(2)EBV和KSHV的表观遗传调控及其致癌机制等方面取得重大突破。
四、年度计划
研究内容
预期目标
第
一
年
1.建立全新的可控激活的HCMV潜伏感染的人骨髓细胞系模型(单核-巨噬THP-1和CD34+造血干细胞);
2.比较不同疱疹病毒病毒对内质网应激反应、死亡受体、凋亡抑制蛋白和Caspase酶的信号级联反应,深入探究这些病毒在潜伏感染期抑制细胞凋亡的调控机制;
3.开展HCMV感染单核细胞以及促使单核细胞跨血管内皮迁移的机制的研究;
4.用带回国的HCMV感染的NPCs样本进行预试验;
5.完善CHPI法的工作条件,筛选、鉴定与HCMV基因组相互作用的病毒/宿主细胞因子;
6.寻找可能作用于EBV基因的miRNA(细胞和病毒),合成相应的miRNA,在细胞内进行初步验证;
7.构建携带EBVmiRNA的可诱导型慢病毒表达载体,导入鼻咽癌细胞,构建可诱导表达的稳定细胞株;
8.构建携带EBVLMP1和LMP2稳定表达载体;
9.EBV各种膜糖蛋白的表达和纯化,标记。
sDC-SIGN-Fc蛋白的表达纯化和标记。
EBV病毒的制备和标记;
10.筛选EBV+人群(正常人、IgA/VCA阳性人、鼻咽癌患者)利用ELISA、FACS、REAL-TIMEPCR等检测CD3+T、CD4+T、CD8+T、CD4+CD25+T、IFN、IL、TNF、EB病毒载量。
1.对所建模型通过分子生物学、病毒学等多个层面加以验证。
以此作为研究HCMV及疱疹病毒潜伏感染机制的重要平台;
2.完成病毒在潜伏感染期抑制细胞凋亡的调控机制的研究;
3.完成HCMV感染单核细胞以及促使单核细胞跨血管内皮迁移的机制的研究;
4.完善研究SOX2、DCX基因甲基化、乙酰化的条件和方法。
复苏、培养NPCs,并从临床获得样本建立、鉴定新细胞系;
5.初步筛选出与HCMV基因组相互作用的病毒/宿主细胞因子;
6.获得几种作用于EBV基因的miRNA;
7.获得2种EBVmiRNA的可诱导型鼻咽癌细胞株;
8.分别获得EBVLMP1和LMP2稳定表达载体;
9.获得足量纯化的用于筛选EBV受体的“鱼饵”蛋白。
二
1.在所获新建潜伏感染模型中,利用荧光定量RT-PCR、Microarray等技术测定HCMV病毒潜伏感染时的特异性病毒基因转录产物;
2.利用单个病毒基因缺失的HCMV突变毒株,在潜伏感染细胞模型中系统鉴定HCMV全部170个基因在病毒潜伏感染和激活中所发挥的作用;
3.通过细胞、动物实验,研究在病毒感染宿主的潜伏期相关基因的启动子的甲基化程度、组蛋白修饰情况(乙酰化/去乙酰化)、染色质重塑和非编码RNA调控、潜伏-激活时期表观遗传修饰调控疱疹病毒基因转录的机制;
4.开展HCMV感染对单核细胞向巨噬细胞的分化的调控机制的研究;
5.HCMV感染NPCs,研究HCMV感染对SOX2、DCX基因甲基化、乙酰化的影响;
6.继续筛选、鉴定与HCMV基因组相互作用的病毒/宿主细胞因子;
7.克隆EBV基因的3’-UTR至pGL3-control载体,验证miRNA对EBV蛋白表达的调控;
8.在EBVmiRNA的可诱导型鼻咽癌细胞株中比较诱导前后细胞蛋白表达谱(2-D电泳+质谱分析),初步获得EBVmiRNA可能调控的宿主靶基因;
(参考数据库和软件分析结果);
9.获得转LMP1和LMP2鼻咽癌细胞基因差异表达谱;
10.用“鱼饵”蛋白筛选EBV高效感染的N5-Bmi-1细胞全蛋白库,蛋白组方法鉴定筛选的蛋白;
11.分别用EBV的各种“鱼饵”蛋白流式和免疫共沉淀筛选EBV的受体,质谱鉴定。
1.初步测定出HCMV病毒潜伏感染时的特异性病毒基因转录产物;
2.完成鉴定HCMV50%的基因在病毒潜伏感染和激活中所发挥的作用;
3.完成病毒感染宿主的潜伏期相关基因的启动子的甲基化程度、组蛋白修饰情况(乙酰化/去乙酰化)、染色质重塑和非编码RNA调控、潜伏-激活时期表观遗传修饰调控疱疹病毒基因转录的机制的研究;
4.完成HCMV感染对单核细胞向巨噬细胞的分化的调控机制的研究;
5.分析、比较获得的病毒/宿主细胞因子的可能作用,各选择2-3个代表因子,着手研究代表因子在HCMV潜伏中的作用;
6.初步筛选获得EBVmiRNA可能的作用靶基因;
7.初步筛选获得EBV的受体;
8.获得转LMP1和LMP2鼻咽癌细胞基因差异表达谱。
。
三
1.根据所获得HCMV潜伏感染时表达的病毒转录本和潜在的蛋白产物数据,并通过特异性抗体等手段鉴定病毒蛋白的存在。
继续利用单个病毒基因缺失的HCMV突变毒株,在潜伏感染细胞模型中系统鉴定HCMV全部170个基因在病毒潜伏感染和激活中所发挥的作用;
2.采用液相色谱-串联质谱-数据库检索联用的方法进行磷酸化蛋白质组学分析;
3.开展HCMV病毒基因和/或相关细胞因子对DCs细胞以及NK细胞等免疫细胞功能(包括细胞激素分泌、细胞吞噬等)的调控机制的研究;
4.继续完成HCMV感染对SOX2、DCX基因甲基化、乙酰化的影响的研究;
5.研究代表性的病毒/宿主细胞因子在HCMV潜伏中的作用;
6.通过定量RT-PCR和Westernblotting分析验证质谱分析结果;
7.构建一系列含野生型和突变性3’-UTR的pGL3-control载体;
8.PCR、Westernblotting验证LMP1和LMP2鼻咽癌细胞基因差异表达谱。
荧光素酶实验鉴定LMP1和LMP2靶基因;
9.用生物芯片技术筛选EBV高效感染的N5-Bmi-1细胞与不感染EBV的N5细胞膜蛋白的差异,生物信息学筛选EBV的受体;
10.方向验证DC-SIGN介导EBV感染DC细胞,并筛选和确定DC-SIGN结合何种EBV膜糖蛋白DC细胞,并筛选和确定DC-SIGN结合何种EBV膜糖蛋白;
11.EBNA1、LMP2特异性CD4+、CD8+T多肽表位激活体外培养的外周血淋巴细胞,利用ELISPOT、ELISA、FACS、REAL-TIMEPCR等进行EBNA1特异性CD4+T水平,LMP2特异性CD8+T细胞IFN、IL、TNF等检测。
1.在潜伏感染细胞模型中系统鉴定HCMV余下50%的基因在病毒潜伏感染和激活中所发挥的作用;
2.建立病毒潜伏感染时期的病毒/宿主蛋白质的修饰组学数据库;
3.分析不同种病毒在潜伏感染时期以及同种病毒在不同时期修饰的蛋白质及位点的差异,为阐明病毒潜伏与激活的表观遗传调控机制、寻找抗病毒分子靶标提供理论依据;
4.完成HCMV病毒基因和/或相关细胞因子对DCs细胞以及NK细胞等免疫细胞功能(包括细胞激素分泌、细胞吞噬等)的调控机制的研究。
5.用已有的HCMV缺失突变株感染、已有的HCMV基因表达载体转染NPCs,确定病毒基因/抗原在SOX2、DCX基因甲基化、乙酰化中的作用;
6.进一步证实细胞miRNA对EBV基因表达的调控作用,得到获选一系列含野生型和突变性细胞基因的3’-UTR的pGL3-control载体;
7.进一步筛选获得N5-Bmi-1细胞上EBV的受体;
8.找到DC-SIGN介导EBV进入DC细胞的配体;
4.鉴定LMP1和LMP2的靶基因。
四
1.通过microarray等技术手段,比较裂解复制、潜伏感染、激活三种情况下病毒在细胞感染模型中转录本及蛋白表达谱的差异,研究病毒在潜伏感染及激活条件下基因的级联表达途径,通过酵母单杂家或双杂交筛选、免疫共沉淀和蛋白质质谱分析与病毒基因产物相互作用的宿主蛋白;
2.对不同病毒潜伏感染所引发的细胞周期停滞的分子机理进行比较研究,研究可能的控制靶点;
3.开展通过蛋白组学寻找HCMV病毒潜伏感染的主要病毒蛋白、宿主细胞因子的研究。
4.继续鉴定导致SOX2、DCX基因甲基化、乙酰化改变的HCMV关键的基因/抗原;
5.继续研究代表性的病毒/宿主细胞因子在HCMV潜伏中的作用;
6.进一步研究EBVmiRNA调控细胞基因表达的作用机制(位点、序列);
7.在携带完整EBV基因组的细胞株中,导入相应的miRNA的抑制剂,考察EBV相关基因表达情况和其存在状态;
8.免疫组化检测LMP1和LMP2靶基因在鼻咽癌中的表达;
9.验证筛选的EBV受体在感染N5-Bmi-1细胞的作用,并确定游离EBV感染N5-Bmi-1细胞的分子机制;
10.研究DC-SIGN在介导携带EBV的DC细胞通过紧密接触反式感染鼻咽上皮细胞的作用。
1.阐明病毒在潜伏感染及激活条件下基因的级联表达途径;
2.对不同病毒潜伏感染所引发的细胞周期停滞的分子机理进行比较研究,确定可能的控制靶点。
3.完成通过蛋白组学寻找HCMV病毒潜伏感染的主要病毒蛋白、宿主细胞因子的研究。
;
4.完成鉴定导致SOX2、DCX基因甲基化、乙酰化改变的HCMV关键的基因/抗原;
5.完成代表性的病毒/宿主细胞因子在HCMV潜伏中的作用的研究;
6.进一步阐明EBVmiRNA对宿主细胞基因表达的调控及其的分子机制;
7.进一步阐明宿主miRNA对EBV基因表达的调控作用及其机制;
8.阐明游离EBV感染N5-Bmi-1细胞细胞的分子机制;
9.阐明DC-SIGN在介导携带EBV的DC细胞通过紧密接触反式感染鼻咽上皮细胞中的作用。
五
1.通过病毒基因定点突变、嵌合体构建等分子生物学手段和生物芯片等技术,找出病毒与宿主/细胞在建立与维持潜伏感染中的关键分子;
2.比较不同信号转导途径在疱疹病毒潜伏感染激活中的作用机制,以寻找共性的信号转导通路;
3.开展新的HCMV病毒蛋白、宿主细胞因子的相互作用的研究;
4.研究HCMV关键的基因/抗原导致SOX2、DCX基因甲基化、乙酰化改变的信号通路;
5.研究HCMV潜伏感染的关键因子的信号通路和HCMV潜伏感染对细胞行为的影响;
6.通过分析这些宿主靶基因的功能,分析EBVmiRNA在EBV潜伏感染、免疫逃逸或致癌等过程中发挥的作用;
7.统计分析LMP1和LMP2靶基因与鼻咽癌临床病理及预后的关系;
8.siRNA敲除N5-Bmi-1和DC细胞上筛选的EBV的配体,反向验证筛选的EBV配体是正确的;
9.数据整理、总结EBNA1特异性CD4+T细胞对体液和细胞免疫应答的影响。
1.阐明病毒基因对病毒潜伏感染和激活的调控原理;
2.验证所获得的与病毒基因产物相互作用的宿主蛋白;
3.通过对信号通路中的某些关键分子进行干预得以控制病毒潜伏感染的激活;
4.完成新的HCMV病毒蛋白、宿主细胞因子的相互作用的研究;
5.研究HCMV关键的基因/抗原导致SOX2、DCX基因甲基化、乙酰化改变的信号通路,获得初步结果为下一步工作做准备。
6.研究HCMV潜伏感染的关键因子的信号通路和HCMV潜伏感染对细胞行为的影响,获得初步结果,为进一步研究HCMV潜伏感染的激活机制研究作铺垫。
7.提出EBV与宿主之间通过miRNA相互作用的分子机制及其在EBV潜伏及致癌中的作用;
8.发现对鼻咽癌生物学行为和病人临床转归起重要作用的EB病毒潜伏感染相关分子标记,用于鼻咽癌早期诊断和预后预测;
9.提出游离EBV和携带EBV的DC细胞分别感染鼻咽上皮细胞的分子模型。
一、研究内容
本项目将重点围绕确定病毒潜伏感染相关基因、发现潜伏和激活相关细胞因子及表观遗传调控机制、阐明病毒潜伏与重要疾病(神经发育畸形、肿瘤)的关系等开展以下研究:
1、潜伏感染的病毒学
1.1病毒在建立和维持潜伏感染中关键基因的确定
在现有的HCMV等疱疹病毒持续/潜伏感染的细胞模型和MHV-68感染小鼠的动物模型基础上,建立潜伏感染并能可控激活的CD14+单核细胞和CD34+造血干细胞的体外模型。
在上述模型中,采用本项目组特有的HCMV各个基因缺失系列突变株等特色病毒资源,系统测试病毒各基因缺失后对潜伏感染的影响。
1.2病毒潜伏感染时的转录本
利用上述细胞或动物模型,结合荧光定量PCR、Microarray等技术,分别在群体细胞和单个细胞(激光捕获)水平上分析潜伏和激活时HCMV等病毒转录本的变化,确认病毒潜伏感染时的基因转录产物。
阐明这些基因产物在维持潜伏感染中的作用。
1.3病毒miRNA在潜伏感染中的功能
研究KSHV、EBV等潜伏感染时产生的miRNA所对应的病毒或细胞
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