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反硝化杆菌属（Denitrobacterium）
伊格尔兹氏菌属（Eggerthella）
欧陆森氏菌属（Olsenella）
斯莱克氏菌属（Slackia）
非消化糖杆菌属（Asccharobacter）
肠杆菌属（Enterorhabdus）
戈登氏杆菌属（Gordonibacter）
类伊格尔兹氏菌属（Paraeggerthella）
四、腈基降解菌亚纲（Nitriliruptoride）
1腈基降解菌目（Nitriliruptorales）
腈基降解菌科（Nitriliruptoraceae）
腈基降解菌属（Nitriliruptor）
2尤泽比氏菌目（Euzebyales）
尤泽比氏菌科（Euzebyaceae）
尤泽比氏菌属（Euzebya）
五、放线菌亚纲（Actinobacteridae）
1放线菌目（Actinobacterales）
放线菌亚目（Actinomycineae）
放线菌科（Actinomycetaceae）
放线菌属（Actinomyces）
放线杆菌属（Actinobaculum）
隐秘杆菌属（Arcanobacterium）
动弯杆菌属（Mobiluncus）
弯曲短杆菌属（Varibaculum）
链霉菌亚目（Streptomycineae）
链霉菌科（Sterptomycetaceae）
链霉菌属（Streptomyces）
北里孢菌属（Kitasatospora）
链嗜酸菌属（Streptacidiphilus）
链孢囊菌亚目（Streptosporangineae）
链孢囊菌科（Streptosporangiaceae）
链孢囊菌属（Streptosporangium）
小双孢菌属（Microbispora）
小四孢菌属（Microtetraspora）
野野村氏菌属（Nonomuraea）
游动单孢菌属（Planomonospora）
游动双孢菌属（Planobispora）
草孢菌属（Herbidospora）
游动四孢菌属（Planotetraspora）
高温多孢菌属（Thermopolyspora）
果实包囊菌属（Acrocarpospora）
球状包囊菌属（Sphaerisporangium）
拟诺卡氏菌科（Nocardiopsaceae）
拟诺卡氏菌属（Nocardiopsis）
高温双岐菌属（Thermobifida）
链单孢菌属（Streptomonospora）
盐放线孢菌属（Haloactinospora）
海洋放线孢菌属（Marinactinospora）
高温单孢菌科（Thermomonosporaceae）
高温单孢菌属（Thermomonospora）
马杜拉放线菌属（Actinomadura）
螺孢菌属（Spirillospora）
珊瑚放线菌属（Actinocorallia）
高温双孢菌属（Thermobispora）
小单孢菌亚目（Micromonosporineae）
小单孢菌科（Micromonosporaceae）
小单孢菌属（Micromonospora）
游动放线菌属（Actinoplanes）
指孢囊菌属（Dactylosporangium）
发仙菌属（Pilimelia）
短链孢菌属（Catellatospora）
短链游动菌属（Catenuloplanes）
库奇游动菌属（Couchiolanes）
螺旋游动菌属（Spirilliplanes）
疣孢菌属（Verrucosispora）
杆状孢囊菌属（Virgisporangium）
长孢菌属（Longispora）
阿森诺氏菌属（Asanoa）
盐孢菌属（Salinispora）
放线短链孢菌属（Actinocatenispora）
多形态孢菌属（Polymorphospora）
克拉西利尼科夫菌属（Krasilnikovia）
卢得曼氏菌属（Luedemannella）
假孢囊菌属（Pseudosporangium）
游动孢囊菌属（Planosporangium）
短链球孢囊菌（Catelliglobosispora）
滨田氏菌属（Hamadaea）
植物放线孢囊菌（Plantactinospora）
皱纹单孢菌属（Rugosimonospora）
植物栖居菌属（Phytohabitans）
放线橘橙孢菌属（Actinaurispora）
异短链球孢菌属（Allocatelliglobosispora）
糖霉菌亚目（Glycomycineae）
糖霉菌科（Glycomycetaceae）
糖霉菌属（Glycomyces）
斯塔堪布瑞德氏菌属（Stackebrandtia）
盐糖霉菌属（Haloglycomyces）
细链孢菌亚目（Catenulisporineae）
细链孢菌科（Catenulisporaceae）
细链孢菌属（Catenulispora）
丛生放线菌科（Actinospicaceae）
丛生放线菌属（Actinospica）
放线多孢菌亚目（Actinopolysporineae）
放线多孢菌科（Actinopolysporaceae）
放线多孢菌属（Actinopolyspora）
动球菌亚目（KIneococcineae）
动球菌科（KIneococcaceae）
动球菌属（KIneococcus）
动孢菌属（Kineosporia）
四折叠球菌属（Quadrisphaera）
假诺卡氏亚目（Pseudonocardineae）
假诺卡氏菌科（Pseudonocardiaceae）
假诺卡氏菌属（Pseudonocardia）
异壁放线菌菌属（Actinoalloteichus）
拟无枝酸菌属（Amycolatopsis）
克洛斯氏菌属（Crossiella）
拟孢囊菌属（Kibdelosporangium）
库兹涅尔氏菌属（Kutzneria）
古德飞罗氏菌属（Goodfellowia）
普劳斯氏菌属（Prauserella）
糖单孢菌属（Saccharomonospora）
糖多孢菌属（Saccharopolyspora）
异壁链霉菌属（Streptoalloteichus）
放线孢菌属（Actinomycetospora）
异库兹涅尔氏菌属（Allokutzneria）
南海海洋所菌属（Sciscionella）
束丝放线菌科（Actinosynnemataceae）
束丝放线菌属（Actinosynnema）
列舍瓦列氏菌属（Lechevalier）
伦兹氏菌属（Lentzea）
糖丝菌属（Saccharothrix）
动孢放线菌属（Actinokineospora）
梅泽宾夫氏菌属（Umezawaea）
弗兰克氏菌亚目（Frankineae）
弗兰克氏菌科（Frankiaceae）
弗兰克氏菌属（Frankia）
热酸菌科（Acidothermaceae）
热酸菌属（Acidothermus）
隐孢囊菌科（Cryptosporangiaceae）
隐孢囊菌属（Cryptosporangium）
矿生菌属（Fodinicola）
地嗜皮菌科（Geodermatophilaceae）
地嗜皮菌（Geodermatophilus）
芽生球菌属（Blastococcus）
贫养杆菌属（Modestobacter）
中村氏菌科（Nakamurellaceae）
潮湿球菌属（Humicoccus）
鱼孢菌科（Sporichthyaceae）
鱼孢菌属（Sporichthya）
棒杆菌亚目（Corynebacterineae）
棒杆菌科（Corynebacteriaceae）
棒杆菌属（Corynebacterium）
苏黎世菌属（Turicella）
迪茨氏菌科（Dietziaceae）
分枝杆菌科（Mycobacteriaceae）
分枝杆菌属（Mycobacterium）
诺卡氏菌科（Nocardiaceae）
诺卡氏菌属（Nocardia）
戈登氏菌属（Gordonia）
红球菌属（Rhodococcus）
斯科曼氏菌属（Skermania）
威廉姆斯氏菌属（Williamsia）
米利斯氏菌属（Millisia）
慢反应脂肪酸菌科（Segniliparaceae）
慢反应脂肪酸菌属（Segniliparus）
冢村氏菌科（Tsukamurellaceae）
冢村氏菌属（Tsukamurella）
微球菌亚目（Micrococcineae）
微球菌科（Micrococcaceae）
微球菌属（Micrococcus）
螨共生菌属（Acaricomes）
节杆菌属（Arthrobacter）
柠檬球菌属Citricoccus）
考克氏菌属（Kocuria）
涅斯捷连科氏（Nesterenkonia）
肾杆菌属（Renibacterium）
罗氏菌属（Rothia）
志恒刘菌属（zhihengliuella）
中国单孢菌属（Sinomonas）
口腔球菌属（Stomatococcus）
布登堡菌科（Beutenbergiaceae）
布登堡菌属（Beutenbergia）
乔治菌属（Georgenia）
萨勒河菌属（Salana）
博戈里亚湖菌科（Bogoriellaceae）
博戈里亚湖菌属（Bogoriella）
短杆菌科（Brevibacteriaceae）
短杆菌属（Brevibacterium）
纤维单孢菌科（Cellulomonadaceae）
纤维单孢菌属（Cellulomonas）
光柱菌属（Actinotalea）
去甲基醌菌属（Demequina）
厄氏菌属（Oerskovia）
吸收不良菌属（Tropheryma）
皮杆菌科（Dermabacteraceae）
皮杆菌属（Dermabacter）
短状杆菌属（Brachybacterium）
皮生球菌科（Dermacoccaceae）
皮生球菌属（Dermacoccus）
肥沃菌属（Demetria）
皮革球菌属（Kytococus）
嗜皮菌科（Dermatophilaceae）
嗜皮菌属（Dermatophilus）
动球菌属（Kineosphaera）
间孢囊菌科（Intrasporangiaceae）
间孢囊菌属（Intrasporangium）
砒酸球菌属（Arsenicicoccus）
两面神菌属（Janibacter）
诺尔士菌属（Knoellia）
鸟氨酸球菌属（Ornithinicoccus）
鸟氨酸微球菌（Ornithinimicrobium）
稻田土壤菌属（Oryzihumus）
丝氨酸球菌属（Serinicoccus）
地杆菌属（Terrabacter）
土壤球菌属（Terracoccus）
四球菌属（Tetrasphaera）
潮湿芽孢杆菌属（Humibacillus）
韩国生工所菌属（Kribbia）
矿杆菌属（Fordinibacter）
小石球菌属（Lapillicoccus）
海藻球菌属（Phycicoccus）
海居菌属（Marihabitans）
潮湿居菌属（Humihabitans）
琼斯菌科（Jonesiaceae）
琼斯菌属（Jonesia）
微杆菌科（Microbacteriaceae）
微杆菌属（Microbacterium）
阿格雷氏菌属（Agreia）
壤球菌属（Agrococcus）
壤霉菌属（Agromyces）
棍状杆菌属（Clavibacter）
喜冷杆菌属（Cryobaterium）
短小杆菌属（Curtobacterium）
冷杆菌属（Frigoribacterium）
叶居菌属（Frondihabitans）
喜珍品杆菌属（Gulosibacter）
拉贝达氏菌属（Labedella）
利夫森氏菌属（Leifsonia）
无色杆菌属（Leucobacter）
微孢菌属（Microcella）
小土居菌属（Microterricola）
栖霉菌属（Mycetocola）
奥卡河杆菌属（Okibacterium）
盐水杆菌属（Salinibacterium）
栖地下菌属（Subtercola）
假棍状杆菌属（Pseudoclavibactet）
植物杆菌属（Plantibacter）
拉氏杆菌属（Rathayibacter）
赤球菌属（Rhodoglobus）
朴勇河氏菌属（Yonghaparkia）
舒曼氏菌属（Schumannella）
海藻菌属（Phycicola）
克鲁格氏菌属（Klugiella）
潮湿杆菌属（Humibacter）
冰伽杆菌属（Glaciibacter）
齐默曼氏菌属（Zimmermannella）
原小单孢菌科（Promicromonospore）
原小单孢菌属（Promicromonospora）
纤维微菌属（Cellulosimicrobium）
栖白蚁菌属（Isoptericola）
产丝菌属（Myceligenerans）
解木聚糖杆菌属（Xylanibacterium）
解木聚糖微菌属（Xylanimicrobium）
解木聚糖单孢菌属（Xylanimonas）
稀有杆菌科（Rarobacteraceae）
稀有杆菌属（Rarobacter）
血杆菌科（Sanguibacteraceae）
血杆菌属（Sanguibacter）
阎氏菌科（Yaniellaceae）
阎氏菌属（Yaniella）
阮氏菌科（Ruaniaceae）
阮氏菌属（Ruania）
嗜盐放线杆菌属（Haloactinobacterium）
丙酸杆菌亚目（Propionibacterineae）
丙酸杆菌科（Propionibacteriaceae）
丙酸杆菌属（Propionibacterium）
黄球菌属（Luteococcus）
小月菌属（Microlunatus）
产丙酸菌属（Propioniferax）
产丙酸微球菌（Propionimicrobium）
四圆形菌属（Tessaracoccus）
弗莱德门氏菌属（Friedmanniella）
微白霜菌属（Micropruina）
产丙酸单孢菌属（Propionicimonas）
潮汐滩菌属（Aestuariimicrobium）
布克劳氏菌属（Brooklawnia）
颗粒球菌属（Granulicoccus）
产丙酸细胞菌属（Propionicicella）
类诺卡氏菌科（Nocardioidaceae）
类诺卡氏菌属（Nocardioides）
多形态放线菌属（Actinopolymorpha）
气微菌属（Aeromicrobium）
姜氏菌属（Jiangella）
韩国生工菌属（Kribbella）
大理石雕菌属（Marmoricola）
2双栖杆菌目（Bifidobacteriales）
双栖杆菌科（Bifidobacteriaceae）
双栖杆菌属（Bifidobacterium）
加德纳氏菌属（Gardnerella）
斯卡多维亚氏菌属（Scardovia）
类斯卡多维亚氏菌属（Parascardovia）
卡多维亚氏菌属（Aeriscardovia）
异斯卡多维亚菌属（Alloscardovia）
另类斯卡多维亚氏菌属（Metascardovia）
高温放线菌
高温放线菌科（Thermoactinomycetaceae）
高温放线菌属（Thermoactinomyces）
来斯氏菌属（Laceyella）
高温黄色微菌属（Thermoflavimicrobium）
清野氏菌属（Seinonella）
直丝菌属（Planifilum）
皂硫-洛克菌属（Mechercharimyces）
岛津氏菌属（Schimazuella）
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