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75
3.常用核酸蛋白换算数据
(1)重量换算
1μg=10-6g 1pg=10-12g
1ng=10-9g 1fg=10-15g
(2)分光亮度换算:
1A260双链DNA=50μg/ml
1A260单链DNA=30μg/ml
1A260单链RNA=40μg/ml
(3)DNA摩尔换算:
1μg100bpDNA==末端
1μgpBR322DNA=
1pmol1000bpDNA=μg
1pmolpBR322=μg
1kb双链DNA(钠盐)=×
105道尔顿
1kb单链DNA(钠盐)=×
1kb单链RNA(钠盐)=×
(4)蛋白摩尔换算:
100pmol分子量100,000蛋白质=10μg
100pmol分子量50,000蛋白质=5μg
100pmol分子量10,000蛋白质=1μg
氨基酸的平均分子量=道尔顿
(5)蛋白质/DNA换算:
1kbDNA=333个氨基酸编码容量=×
104MW蛋白质
10,000MW蛋白质=270bpDNA
30,000MW蛋白质=810bpDNA
50,000MW蛋白质=
100,000MW蛋白质=DNA
4.常用蛋白质分子量标准参照物
(1)高分子量标准参照
(2)中分子量标准参照
(3)低分子量标准参照
肌球蛋白
磷酸化酶B
97,400
碳酸酐酶
31,00
212,000
牛血清白蛋白
66,200
大豆脻蛋白酶
21,500
β-半乳糖甘酶B
116,000
谷氨酶脱氢酶
55,000
抑制剂
卵白蛋白
42,700
马心肌球蛋白
16,900
醛缩酶
40,000
溶菌酶
14,400
过氧化氢酶`
57,000
31,000
肌球蛋白(F1)
8,100
肌球蛋白(F2)
6,200
肌球蛋白(F3)
2,500
5.常用DNA分子量标准参照物
λDNA/HindⅢ
λDNA/EcoRⅠ
λ/HindⅢ+EcoRⅠ
pBR322/HaeⅢ
23130
21226
21227
587
123
9416
7421
5148
405
6557
5804
4973
504
89
4361
5643
4268
458
80
2322
4843
3530
434
64
2027
267
57
564
1904
234
51
125
1584
213
21
1375
192
18
974
184
11
831
124
7
续上表
pBR322/HinfⅠ
φχ174/HinfⅠ
φχ174/HaeⅢ
φχ174/TapⅠ
1631
726
140
1353
2914
517
713
118
1078
1175
506
553
100
872
404
396
500
82
603
327
344
417
66
310
231
298
413
48
281
141
221
311
42
271
87
220
249
40
54
154
200
24
194
33
151
20
72
二、常用缓冲液
1.分子克隆常用缓冲液
2.磷酸缓冲液
(1)25℃下L磷酸钾缓冲液的配制※
pH
1mol/LK2HPO4(ml)
1mol/LKH2PO4(ml)
(2)25℃下L磷酸钠缓冲液的配制※
1mol/LNa2HPO4(ml)
1mol/LNaH2PO4(ml)
※:
用蒸馏水将混合的两种1mol/L贮存液稀释至1000ml,根据Henderson-Hasselbalch方程计算其pH值:
pH=pK’+1g([质子受体]/[质子供体])
在此,pK’=(25℃)。
3.电泳缓冲液
测序凝胶加样缓冲液
98%去离子甲酰胺
10mol/LEDTA
%二甲苯青FF
%溴酚蓝
甲酰胺:
许多批号的试剂级甲酰胺,其纯度符合使用要求,无须再进行处理。
不过,一旦略呈黄色,则应用在磁力搅拌器上将甲酰胺与DowexXG8混合床树脂共同搅拌1小时进行去离子处理,并用Whatman1号滤纸过滤2次,去离子甲酰胺分装成小份,充氮存于-70℃。
常用的电泳缓冲液
缓冲液
使用液
浓贮存液(每升)
Tris-乙酸(TAE)
1×
:
LTris-乙酸
50×
242gTris碱
LEDTA
冰乙酸
100mlLEDTA
Tris-磷酸(TPE)
:
LTris-磷酸
10×
10gTris碱
%磷酸(ml)
40mlLEDTA
Tris-硼酸(TBE)a
LTris-硼酸
5×
54gTris碱
硼酸
20mlLEDTA
碱性缓冲液b
50mmol/LNaOH
5ml10mol/LNaOH
1mmol/LEDTA
2mlLEDTA
Tris-甘氨酸c
25mmol/LTris
Tris
250mmol/L甘氨酸
94g苷氨酸(电泳级)()
%SDS
50ml10%SDS(电泳级)
说明:
①TBE溶液长时间存放后会形成沉淀物,为避免这一问题,可在室温下用玻璃瓶保存5×
溶液,出现沉淀后则予以废弃。
以片都以1×
TBE作为使用液(即1:
5稀释浓贮液)进行琼脂糖凝胶电泳。
但×
的使用液已具备足够的缓冲容量。
目前几乎所有的琼脂糖胶电泳都以1:
10稀释的贮存液作为使用液。
进行聚丙烯酰胺凝胶垂直槽的缓冲液槽较小,故通过缓冲液的电流量通常较大,需要使用1×
TBE以提供足够的缓冲容量。
②碱性电泳缓冲液应现用现配。
③Tris-甘氨酸缓冲液用SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳。
2×
SDS凝胶加样缓冲液:
100mmol/LTris·
HCl
200mmol/L二硫苏糖醇(DTT)
4%SDS(电泳级)
20%甘油
不含DTT的2×
SDS凝胶加样缓冲液可保存于室温,应在临用前取1mol/L贮存液现加于上述缓冲液中。
4.凝胶加样缓冲液
缓冲液类型
6×
贮存温度
Ⅰ
4℃
40%(W/V)蔗糖水溶液
Ⅱ
溴酚蓝
室温
15%聚蔗糖(Ficoll400)
Ⅲ
30%甘油水溶液
Ⅳ
碱性加样缓冲液:
300mmol/LNaOH
6mmol/LEDTA
Ⅴ
18%聚蔗糖(Ficoll400)
%溴甲酚绿
使用以上凝胶加样缓冲液的目的有三:
增大样品密度;
以确保DNA均匀进入样品孔内;
使样品呈现颜色,从而使加样操作更为便利,含有在电块中能以可预知速率向阳极泳动的染料。
溴酚蓝在琼脂糖中移动的速率约为二甲苯青FF的倍,而与琼脂糖浓度无关。
以×
TBF作电泳液时,溴酚蓝在琼脂糖中的泳动速率约与长300bp的双链线状DNA相同,而二甲苯青FF的泳动则与长4kb的双链线状DNA相同。
在琼脂糖浓度为%~%的范围内,这些对应关系受凝胶浓度变化的影响并不显着。
选用哪一种加样染料纯属个人喜恶。
但是,对于碱性凝胶应当使用溴甲酚绿作为示踪染料,因为在碱性pH条件下其显色较溴酚更蓝为鲜明。
5.各种pH值的Tris缓冲液的配制
各种pH值的Tris缓冲液的配制
所需pH值(25℃)
LHCl的体积
7.1
45.7
7.2
44.7
7.3
43.4
7.4
42.0
7.5
40.3
7.6
38.5
7.7
36.6
7.8
34.5
7.9
32.0
8.0
29.2
某一特定pH值的LTris缓冲液的配制:
将50mlLTris碱溶液与上表所示相应体积(单位:
ml)的LHCl混合,加水将体积调至100ml
(2)温度对50mmol/LTris·
HCl液pH值的影响
25℃
37℃
8.1
8.2
8.3
8.4
8.5
8.6
8.7
8.8
8.9
9.0
9.1
9.2
9.3
9.4
(6)常用缓冲液的pKa值
pKa值
缓冲范围
Trisa
~
HEPESb
MPOSc
PIPESd
MESe
a:
三羟甲基氨基甲烷;
b:
N-2-羟乙基哌嗪-N’-2-乙磷酸;
c:
3-(N-吗啉代)丙磺酸;
d:
N,N’-双(2-乙磺酸)哌嗪;
e:
2-(N-吗啉代)乙磺酸。
7.温度对常用缓冲液pH的影响
缓冲体系
pKa(20℃)
△pKa/10℃
Mes
Ada
PiPes
Aces
Bes
Mops
Tes
Hepes
Tricine
Tris
Bicine
Glycylglycine
三、常用酶的配制
1.溶菌酶
用水配制成50mg/ml的溶菌酶溶液,分装成小份并保存于-20℃。
每一小份一经使用后便予丢弃。
2.蛋白水解酶类
贮存液
反应浓度
反应缓冲液
温度
预处理
LTris
链霉蛋白酶a
20mg/ml
-20℃(溶于水)
1mg/ml
自消化b
蛋白酶Kc
50μg/ml
37~56℃
无须预处理
链霉蛋白酶是从链球菌(Streptomycesgriseus)中分离到的一种丝氨酸酶和酸性蛋白酶的混合物。
自消化可消除DNA酶和RNA酶的污染,经自消化的链酶蛋白酶的配制方法如下:
把该酶的粉末溶解于10mmol./LTris·
HCl、10mmol/LNaCl中,配成20mg/ml浓度,于37℃温育1h。
经消化的链霉蛋白酶分装成小份放在密封试管中,保存-20℃。
蛋白酶K是一种枯草蛋白酶类的高活性蛋白酶,从林伯氏白色念球菌(TritirachiumalbumLimber)中纯化得到。
该酶有两个Ca2+结合位点,它们离酶的活性中心有一定距离,与催化机理并无直接关系。
然而,如果从该酶中除去Ca2+,由于出现远程的结构变化,催化活性将丧失80%左右,但其剩余活性通常已足以降解在一般情况下污染酸制品的蛋白质。
所以,蛋白酶K消化过程中通常加入EDTA(以抑制依赖于Mg2+的核酸酶的作用)。
但是,如果要消化对蛋白酶K具有较强耐性的蛋白,如角蛋白一类,则可能需要使用含有1mmol/LCa2+而不含EDTA的缓冲液。
在消化完毕后、纯化核酸前要加入EGT()至终浓度为2mmol/L,以鳌合Ca2+。
3.无DNA酶的RNA酶
将胰RNA酶(RNA酶A)溶于10mmol/LTris·
HCl、15mmol/LNaCl中,配成10mg/ml的浓度,于100℃加热15min,缓慢冷却至室温,分装成小份保存于-20℃。
四、常用抗生素溶液
抗生素
贮存液a
工作浓度
浓度
保存条件
严紧型质粒
松弛型质粒
氨苄青霉素
50mg/ml(溶于水)
-20℃
20μg/ml
60μg/ml
羧苄青霉素
氯霉素
34mg/ml(溶于乙醇)
25μg/ml
170μg/ml
卡那霉素
10mg/ml(溶于水)
10μg/ml
链霉素
四环素b
5mg/ml(溶于乙醇)
以水为溶剂的抗生素贮存液通过μm滤器过滤除菌。
以乙醇为溶剂的抗生素溶液无须除菌处理。
所有抗生素溶液均应放于不透光的容器保存。
镁离子是四环素的拮抗剂,四环素抗性菌的筛选应使用不含镁盐的培养基(如LB培养基)。
五、常用贮存液的配制
1.30%丙烯酰胺溶液
【配制方法】
将29g丙烯酰胺和1gN,N’-亚甲双丙烯酰胺溶于总体积为60ml的水中。
加热至37℃溶解之,补加水至终体积为100ml。
用Nalgene滤器(μm孔径)过滤除菌,查证该溶液的pH值应不大于,置棕色瓶中保存于室温。
【注意】
丙烯酰胺具有很强的神经毒性并可以通过皮肤吸收,其作用具累积性。
称量丙烯酰胺和亚甲双丙烯酰胺时应戴手套和面具。
可认为聚丙烯酰胺无毒,但也应谨慎操作,因为它还可能会含有少量未聚合材料。
一些价格较低的丙烯酰胺和双丙烯酰胺通常含有一些金属离子,在丙烯酰胺贮存液中加入大约体积的单床混合树脂(MB-1Mallinckrodt),搅拌过夜,然后用Whatman1号滤纸过滤以纯化之。
在贮存期间,丙烯酰胺和双丙烯酰胺会缓慢转化成丙烯酰和双丙烯酸。
2.40%丙烯酰胺
把380g丙烯酰胺(DNA测序级)和20gN,N’-亚甲双丙烯酰胺溶于总体积为600ml的蒸馏水中。
继续按上述配制30%丙烯酰胺溶液的方法处理,但加热溶解后应以蒸馏水补足至终体积为1L。
见上述配制30%丙烯酰胺的说明,40%丙烯酰胺溶液用于DNA序列测定。
3.放线菌素D溶液
把20mg放线菌素D溶解于4ml100%乙醇中,1:
10稀释贮存液,用100%乙醇作空白对照读取OD440值。
放线菌素D(分子量为1255)纯品在水溶液中的摩尔消化系数为21,900,故而1mg/ml的放线菌素D溶液在440nm处的吸光值为,放线菌素D的贮存液应放在包有箔片的试管中,保存于-20℃。
放线菌素D是致畸剂和致癌剂,配制该溶液时必须戴手套并在通风橱内操作,而不能在开放在实验桌面上进行,谨防吸入药粉或让其接触到眼睛或皮肤。
药厂提供的作治疗用途的放线菌素D制品常含有糖或盐等添加剂。
只要通过测量贮存液在440nm波长处的光吸收确定放线菌素D的浓度,这类制品便可用于抑制自身引导作用。
4.L腺苷三磷酸(ATP)溶液
在水中溶解60mgATP,用LNaOH调至pH值至,用蒸馏水定容1ml,分装成小份保存于-70℃
5.10mol/L乙酸酰溶液
把770g乙酸酰溶解于800ml水中,加水定容至1L后过滤除菌。
6.10%过硫酸铵溶液
把1g过硫酸铵溶解于终量为10ml的水溶液中,该溶液可在4℃保存数周。
7.BCIP溶液
把的5-溴-4-氯-3-吲哚磷酸二钠盐(BCIP)溶解于10ml100%的二甲基甲酰胺中,保存于4℃
8.2×
BES缓冲盐溶液
用总体积90ml的蒸馏水溶解盐溶液BES[N,N-双(2-羟乙基)-2-氨基乙磺酸]、NaCl和Na2HPO4,室温下用HCl调节该溶液的pH值至、然后加入蒸馏水定容至100ml,用μm滤器过滤除菌,分装成小份,保存于-20℃。
9.1mol/LCaCl2溶液
在200ml蒸馏水中溶解54gCaCl2·
6H2O,用μm滤器过滤除菌,分装成10ml小份贮存于-20℃。
制备感受态细胞时,取出一小份解冻并用蒸馏水稀释至100ml,用Nalgene滤器(μm孔径)过滤除菌,然后骤冷至0℃。
10.LCaCl2溶液
在20ml蒸馏水中溶解CaCl2·
6H2O,用μm滤器过滤除菌,分装成1ml小份贮存于-20℃。
11.1mol/L二硫苏糖醇(DTT)溶液
用20mlL乙酸钠溶液()溶解DTT,过滤除菌后分装成1ml小份贮存于-20℃。
DTT或含有DTT的溶液不能进行高压处理。
12.脱氧核苷三磷酸(dNTP)溶液
把每一种dNTP溶解于水至浓度各为100mmol/L左右,用微量移液器吸取LTris碱分别调节每一dNTP溶液的pH值(用pH试纸检测),把中和后的每种dNTP溶液各取一份作适当稀释,在下表中给出的波长下读取光密度计算出每种dNTP的实际浓度,然后用水稀释成终浓度为50mmol/L的dNTP,分装成小份贮存于-70℃。
碱基
波长(nm)
消化系数(ε)[L/(mol·
cm)]
A
259
G
253
C
103
T
260
比色杯光径为1cm时,吸亮度=εM
13.LEDTA溶液
在800ml水中加入二水乙二胺四乙酸二钠(EDTA-Na·
2H2O),在磁力搅拌器上剧烈搅拌,用NaOH调节溶液的pH值至(约需20gNaOH颗粒)然后定容至1L,分装后高压灭菌备用。
EDTA二钠盐需加入NaOH将溶液的pH值调至接近,才能完全溶解。
14.溴化乙锭(10mg/ml溶液)
在100ml水中加入1g溴化乙锭,磁力搅拌数小时以确保其完全溶解,然后用铝箔包裹容器或转移至棕色瓶中,保存于室温。
小心:
溴化乙锭是强诱变剂并有中度毒性,使用含有这种染料的溶液时务必戴上手套,称量染料时要戴面罩。
15.2×
HEPES缓冲盐溶液
用总量为90ml的蒸馏水溶解NaCl、KCl、Na2PO4·
2H2O、葡聚糖和1gHEPES,用LNaOH调节pH值至,再用蒸馏水定容至100ml。
用μm滤器过滤除菌,分装成5ml小份,贮存于-20℃。
16.IPTG溶液
IPTG为异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(分子量为),在8ml蒸馏水中溶解2gIPTG后,用蒸馏水定容至10ml,用μm滤器过滤除菌,分装成1ml小份贮存于-20℃。
17.1mol/L乙酸镁溶液
在800ml水中溶解四水乙酸镁,用水定容至1L过滤除菌。
18.1mol/LMgCl2溶液
在800ml水中溶解MgCl2·
6H2O,用水定容至1L,分装成小份并高压灭菌备用。
MgCl2极易潮解,应选购小瓶(如100g)试剂,启用新瓶后勿长期存放。
19.β-巯基乙醇(BME)溶液
一般得到的是L溶液,应装在棕色瓶中保存于4℃。
BME或含有BME的溶液不能高压处理。
20.NBT溶液
把氯化氮蓝四唑溶解于10ml70%的二甲基甲酰胺中,保存于4℃。
21.酚/氯仿溶液
把酚和氯仿等体积混合后用LTris·
HCl抽提几次以平衡这一混合物,置棕色玻璃瓶中,上面覆盖等体积的LTris·
HCl液层,保存于4℃。
酚腐蚀性很强,并可引起严重灼伤,操作时应戴手套及防护镜,穿防护服。
所有操作均应在化学通风橱中进行。
与酚接触过的部位皮肤应用大量的水清洗,并用肥皂和水洗涤,忌用乙醇。
22.10mmol/L苯甲基磺酰氟(PMSF)溶液
用异丙醇溶解PMSF成ml(10mmol/L),分装成小份贮存于-20℃。
如有必要可配成浓度高达ml的贮存液(100mmol/L)。
PMSF严重损害呼吸道粘膜、眼睛及皮肤,吸入、吞进或通过皮肤吸收后有致命危险。
一旦眼睛或皮肤接触了PMSF,应立即用大量水冲洗之。
凡被PMSF污染的衣物应予丢弃。
PMSF在水溶液中不稳定。
应在使用前从贮存液中现用现加于裂解缓冲液中。
PMSF在水溶液中的活性丧失速率随pH值的升高而加快,且25℃的失活速率高于4℃。
pH值为时,20μmmol/LPMSF水溶液的半寿期大约为85min,这表明将PMSF溶液调节为碱性(pH>
)并在室温放置数小时后,可安全地予以丢弃。
23.磷酸盐缓冲溶液(PBS)溶液
在800ml蒸馏水中溶解8gNaCl、KCl、Na2HPO4和KH2PO4,用HCl调节溶液的pH值至加水定容至1L,在15lbf/in2(1034×
105Pa)高压下蒸气灭菌20min。
保存于室温。
24.1mol/L乙酸钾()溶液
将乙酸钾溶解于90ml纯水中,用2mol/L乙酸调节pH值至后加入纯水定容到1L,保存于-20℃。
25.乙酸钾溶液(用于碱裂解)
在60ml
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