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P<
5
Ring
0.9488(6)
-0.1535(17)
-0.2760(17)
3.45
(2)#O(3)
0.003
(2)#N
(2)
-0.003(3)#N(3)
0.005(4)#C(16)
-0.005(4)
说明:
Nr1代表第一个环
#O(3)
0.005(4)#C(16)代表这个环(或者平面)是由O(3)N
(2)C(16)组成的
3.计算二面角:
Angles(Degrees)BetweenPlanes示例:
1,2=
75.1(3)
1,3=
1.95(19)
1,4=
3.6
(2)
1,5=
72.0
(2)
1,6=
8.62(14)
1,7=
57.37(17)
1,8=
61.32(19)
1,9=
86.15(17)
1,10=
52.05(18)
1,11=
34.29(19)
1,12=
1.95(15)
1,13=
19.0
(2)
1,14=
20.5
(2)
1,15=
39.6
(2)
1,16=
75.3
(2)
1,17=
14.2
(2)
1,18=
72.05(19)
2,3=
74.0(3)
2,4=
72.0(3)
2,5=
4.8(3)
2,6=
73.7
(2)
2,7=
69.6
(2)
2,8=
31.5(3)
2,9=
19.4
(2)
2,10=
58.4(3)
2,11=
80.4(3)
2,12=
73.5
(2)
2,13=
83.6(3)
75.1(3)代表由环1、环2平面的二面角为75.1(3)度
4.计算平面Q,T值(每个原子偏离由该组原子构成平面的程度)
RingPuckeringAnalysis示例:
====================================================================================================================================
6-MemberedRing
(1)
Cu
(1)
-->
O(3)
C(21)
C(16)
C(15)
N(3)
sp3
sp2
sp2
Dev.(Ang)
-0.2468
0.1930
-0.0247
-0.0898
0.0361
0.1322
Cs(I)-Asym-Par(Deg)
9.47
17.77
27.11
27.11
C2(I)-Asym-Par(Deg)
41.03
38.18
32.23
32.23
RingBondAngle(Deg)
91.46
125.24
122.00
122.78
127.35
121.97
Tors(I-J)(Deg)
33.15
-26.30
1.64
4.54
12.84
-26.10
Cs(I-J)-Asym-Par
(Deg)
38.44
28.94
35.98
35.98
C2(I-J)-Asym-Par
7.92
31.08
26.11
7.92
26.11
RingBondDistance(Ang)
1.9005
1.3627
1.4050
1.4777
1.2575
2.0189
WeightedAverageRingBondDistance=1.5704(999,999)Ang.-NOTE:
1stesd.Internal,2ndesdExternal.
WeightedAverageAbs.TorsionAngl.=
17.43(41,528)Deg.
see:
e.g.Domenicanoetal.,ActaCryst.(1975),B31,221-234.
Cremer&
PoplePuckeringParameters
Q
(2)
=
0.2978Ang.,
Phi
(2)
=191.7850Deg
Q(3)
-0.1922Ang.
:
C&
P-PuckeringAnalysismaybeDUBIOUSsince%(BondDistanceRange/Average)=
48.5>
25.0%
PuckeringAmplitude(Q)=
0.3544Ang,Theta=
122.84Deg,
Phi
该六元环由Cu
(1)
N(3)组成
计算结果为PuckeringAmplitude(Q)=
但有时程序不能计算Puckering,如果计算的话就会给出数值。
5.pi-pi等弱相互作用
ShortRing-Interactions示例:
AnalysisofShortRing-InteractionswithCg-CgDistances<
6.0AngstromandBeta<
60.0Deg.
-Cg(I)
=PlanenumberI(=ringnumberin()above)
-Alpha
=DihedralAnglebetweenPlanesIandJ(Deg)
-Beta
=AngleCg(I)-->
Cg(J)orCg(I)-->
MevectorandnormaltoplaneI(Deg)
-Gamma
=AngleCg(I)-->
Cg(J)vectorandnormaltoplaneJ(Deg)
-Cg-Cg
=DistancebetweenringCentroids(Ang.)
-CgI_Perp=PerpendiculardistanceofCg(I)onringJ(Ang.)
-CgJ_Perp=PerpendiculardistanceofCg(J)onringI(Ang.)
-Slippage=DistancebetweenCg(I)andPerpendicularProjectionofCg(J)onRingI(Ang).
-P,Q,R,S
=J-PlaneParametersforCarth.Coord.(Xo,Yo,Zo)
Cg(I)Res(I)
Cg(J)
Cg-Cg
TransformedJ-PlaneP,Q,R,S
Alpha
Beta
GammaCgI_PerpCgJ_PerpSlippage
Cg
(1)
->
Cg
(1)
4.282
(2)
-0.94880.15350.2760
-0.0349
0.00
37.10
3.415
2.583
4.299
(2)
-6.9128
36.35
3.463
2.548
Cg
(2)
5.489(3)
-0.0914-0.47010.8779
-1.6886
75.12
51.28
56.49
3.030
3.433
5.099(3)
-2.3511
47.51
62.33
2.368
3.445
Cg(3)
4.267
(2)
-0.95280.11990.2790
-0.4655
1.95
37.13
38.43
3.342
3.402
5.939
(2)
-7.3721
54.17
53.12
3.565
3.476
Cg(4)
5.891
(2)
-0.94620.09990.3079
-0.6473
3.58
55.13
55.82
3.309
3.367
4.357
(2)
-0
里面的符号如Cg-Cg等在数据前面都有解释:
Cg-Cg环重心间的距离
CgI_Perp环I到环J的垂直距离
6.氢键作用分析
PotentialHydrogenBonds示例:
AnalysisofPotentialHydrogenBondsandSchemeswithd(D...A)<
R(D)+R(A)+0.50,d(H...A)<
R(H)+R(A)-0.12Ang.,D-H...A>
100.0Deg
Note:
-ARUcodesin
arewithreferencetotheCoordinatesprintedabove(Possiblytransformed,whenMOVE.NE.1.555)
NrTypResDonor---H....Acceptor
D-H
H...A
D...A
D-H...A
A..H..A*A'
..H..A"
Sum(XY,YZ)
Sum(XZ)
1Intra1O(3)
--H(37)
..O(4)
0.91
2.24
2.6084
104
2
1O(3)
..O(5)
2.11
2.9767
161'
85'
350.00
3Intra1O(6)
--H(38)
..O(7)
0.89
2.18
2.6027
108
4
1O(6)
..O(10)
0.89
2.09
2.9482
163'
88'
359.00
5
1O(5)
--H(39)
..O
(1)
0.90
2.14
2.8616
137
6
..O
(2)
3.0557
150'
72'
--H(40)
..O(3)
2.40
122
8
2.12
2.9481
153'
70'
345.00
9
1O(10)--H(41)
..O(6)
2.52
110
10
2.08
2.9566
166'
68'
344.00
11
1O(10)--H(42)
..O(8)
2.21
2.9609
141
12
..O(9)
2.20
2.9627
143'
356.00
3>
O(15)--H(44)
..?
0.90
13
1C
(1)
--H
(1)
..N(7)
0.93
3.3012
163
14Intra1C(36)--H(36A)..O(3)
0.97
2.50
3.3334
144
15
1C(36)--H(36B)..O(11)
0.97
2.49
3.3706
151
TranslationofARU-codetoEquivalentPositionCode
===================================================
=2-x,-y,-z
=1-x,1-y,-z
=1-x,-y,-z
分析出分子内氢键(intra)和分子间氢键(标有对称性代码的如2755.01,对称操作见底部的注释:
=2-x,-y,-z)
需要指出,platon有时计算的值是错误的,最好用mercury检查一下,相差太大肯定就有问题。
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- platon 常用 功能