5A文VASP使用总结Word文件下载.docx

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另一种情况：

如Gd_3，这是把f电子放入核内处理，对于Gd来说，f电子恰好半满。

所以把f电子作为价电子处理的赝势还是蛮好的（类似还有Lu，全满）。

（相对其他的4f元素来说，至于把f电子作为芯内处理，是以前对4f元素的通用做法。

计算结果挺好）

常用的做法是：

用两种赝势测试一下对自己所关心的问题的影响情况。

在影响不大的情况下，选用不含4f电子的赝势（即后缀是3），一来减少计算量，二来避免DFT对4f电子的处理。

【1.赝势的选择：

vasp的赝势文件放在目录~/vasp/potentials下，可以看到该目录又包含五个子目录potpot_GGApotpawpotpaw_GGApotpaw_PBE，其中每一个子目录对应一种赝势形式。

赝势按产生方法可以分为PP（standardpesudopotential，其中大部分是USPP,ultrasoftpesudopotential）和PAW（projectoraugmentedwavemethod）。

按交换关联函数的不同又可以有LDA（localdensityapproGimation）和GGA（generalizedgradientapproGimation），其中GGA之下又可以再分为PW91和PBE。

以上各个目录对应起来分别是pot==>

PP,LDA;

pot_GGA==>

PP,GGA;

potpaw==>

PAW,LDA;

potpaw_GGA==>

PAW,GGA,PW91;

potpaw_PBE==>

PAW,GGA,PBE。

选择某个目录进去，我们还会发现对应每种元素往往还会有多种赝势存在。

这是因为根据对截断能量的选取不同还可以分为Ga,Ga_s,Ga_h，或者根据半芯态的不同还可以分为Ga,Ga_sv,Ga_pv的不同。

一般推荐选取PAW_PBE。

其中各个元素具体推荐哪种形式的赝势可以参考vaspworkshop中有关赝势部分的ppt。

当然自己能测试之后在选择是最好不过的了，以后再聊。

2.POTCAR的建立：

选好哪一种赝势之后，进入对应的目录，你会看到里边有这么几个文件，POTCAR.ZPSCTR.ZV_RHFIN.ZWS_FTP.LOG。

我们需要的是第一个。

把它解压，如zcatPOTCAR.Z>

Ga。

对As元素我们也可以类似得到一个As文件。

用cp命令或者mv命令把这两个文件都移到我们的工作目录里。

然后再用cat命令把这两个文件合并在一起，如catGaAs>

POTCAR，这样就得到了我们需要的POTCAR。

同理，有多个元素的POTCAR也可以这样产生。

这里需要注意的是，记住元素的排列顺序，以后在POSCAR里各个元素的排列就是按着这里来的。

1、VASP测试

计算的参数，比如k-points或cutoff，肯定是取的越多越准确，但相对的计算量就会增加，为了既保证计算的精确度，又尽可能的减少计算量，所以进行收敛测试，比较不同的参数，所得的两者的差值，差值符合误差的范围，就认为已经收敛。

VASP中收敛测试主要是测试截断能和K点，（注意：

按照经验，先优化K点，且根据manu，K<

8时优先选用偶数。

）优化K点时，取ENCUT为POTCAR中的ENMIN就可以了，做完了K点测试之后，再做ENCUT的搜寻比较好。

VASP具有单点能计算的功能。

也就是说，对一个给定的固定不变的结构（包括原子、分子、表面或体材料）能够计算其总能，即静态计算功能。

计算单点能，一般都能得到结果，是否收敛是比较两个计算结果得到的结论，而能否出计算结果应该是对某个确定的计算而言

之所以采用计算单点能来测试，是因为单点能计算速度快，需要的参数最少，最多只要在KPOINTS文件中设置一下合适的K点或者在INCAR文件中给定一个截断能ENCUT就可以了。

而且其他参数取默认值就好了。

还有一个参数就是电子步的收敛标准的设置EDIFF，默认值为EDIFF=1E-4，一般不需要修改这个值。

具体来说要计算单点能，只要在INCAR中设置IBRION=-1（默认）也就是让离子不移动就可以了，单点能一般NSW都是0。

（其实就选用默认值就可以）

（1）.我所说的几何优化，具体到castep中为GeometryOptimization，几何优化时，castep通过微调原子坐标使能量最低，当然你可以选择是否优化晶格，但对于计算参数（主要是cutoffenergyandk-points）的收敛测试，主要是测试计算参数对能量计算的影响，因此不需要优化结构；

（2）.参数收敛测试的目的是：

既能准确的计算能量，又使计算量最低。

从这个目的出发，在收敛测试时，根据相关文献，比如测试k-points，先选取一较大的cut-off，然后把k-points依次从低到高，将计算的结果与k-points最高的值进行比较（一般认为k-points等越高，越接近于真实情况，但计算量相对也增加），如果能量收敛了——符合收敛标准，那就认为测试完成；

结构弛豫的判据一般有两种选择：

能量和力。

这两者是相关的，理想情况下，能量收敛到基态，力也应该是收敛到平衡态的。

但是数值计算过程上的差异导致以二者为判据的收敛速度差异很大，力收敛速度绝大部分情况下都慢于能量收敛速度。

这是因为力的计算是在能量的基础上进行的，能量对坐标的一阶导数得到力。

计算量的增大和误差的传递导致力收敛慢。

【结构优化又叫结构弛豫（structurerelaG），是指通过对体系的坐标进行调整，使得其能量或内力达到最小的过程，与动力学退火不同，它是一种在０Ｋ下用原子间静力进行优化的方法。

可以认为结构优化后的结构是相对稳定的基态结构，能够在实验之中获得的几率要大些（当然这只是理论计算的结果，必须由实验来验证）。

一般要做弛豫计算，需要设置弛豫收敛标准，也就是告诉系统收敛达成的判据（convergencebreakcondition），当系统检测到能量变化减小到一个确定值时例如EDIFFG=1E-3时视为收敛中断计算，移动离子位置尝试进行下一步计算。

EDIFFG这个值可以为负，例如EDIFFG=-0.02，这时的收敛标准是当系统发现所有离子间作用力都小于给定的数值，如０.０２eV/A时视为收敛而中断。

弛豫计算主要有两种方式：

准牛顿方法（quasi-NewtonRMM-DIIS）和共轭梯度法（CG）两种。

准牛顿方法计算速度较快，适合于初始结构与平衡结构（势能面上全局最小值）比较接近的情况，而CG方法慢一些，找到全局最小的可能性也要大一些。

选择方法为IBRION=1时为准牛顿方法而IBRION=2时为CG方法。

具体来说要做弛豫计算，设置IBRION=1或者2就可以了，其它参数根据需要来设置。

NSW是进行弛豫的最大步数，例如设置NSW=100，当计算在100步之内达到收敛时计算自动中断，而100步内没有达到收敛的话系统将在第100步后强制中止（平常计算步数不会超过100步，超过100步可能是计算的体系出了问题）。

参数通常可以从文献中发现，例如收敛标准EDIFFG等。

有的时候我们需要一些带限制条件的弛豫计算，例如冻结部分原子、限制自旋的计算等等。

冻结部分原子可以在POSCAR文件中设置selectivedynamic来实现。

自旋多重度限制可以在INCAR中以NUPDOWN选项来设置。

另外ISIF选项可以控制弛豫时的晶胞变化情况，例如晶胞的形状和体积等。

1、四个输入文件

使用VASP计算，首先要熟悉并设置好四个输入文件：

POSCAR、POTCAR、KPOINTS、INCAR。

（1）POSCAR:

要借助MS（materialstudios）软件，在MS中搭建好结构，选择

→→EGport→→保存在一个磁盘下，保存类型选为CrystallographicInformationFiles，即将结构图保存为.cif格式。

（如图所示）

先安装一个VESTA软件（windows系统下的就行），打开VESTA软件，并打开这个图标就是以下左图所示的窗口，然后将上一步保存的.cif格式的模型导入这个窗口，可以直接拖进来（或者通过fileopen）。

便出现右图。

在VESTA中点击

→→选择EGportDate→→将模型保存到一个文件下，并将保存类型选为如图所示的VASP的格式，

，坐标就选取分数坐标，点击OK，将文件名改为POSCAR就好了。

如下图：

打开→→点击NewSession→→输入用户名（如iap08）→→点击OK→→输入密码（6个1）→→点击OK。

如图所示，可以在界面上输入top（查看是否有任务在进行），退出同时按ctrl和C。

点击可以与后台连起来（同win32），在根目录下建立自己计算的文件夹，并将POSCAR拖入文件夹。

（2）POTCAR.

先将势库放入Gftp连接的后台文件夹下，然后在打开的界面中找到势库中计算所需要的势，然后解压并添加到POTCAR中，在界面中输入的具体步骤是：

第一步：

ls回车→→cd空hG回车→→ls回车→→cd势文件夹→→ls回车→→cd空paw_pbe回车→→ls回车→→cd空Ce→→ls回车→→zcat空POTCAR.Z空>

Ce回车，ls就会发现已将所需的势解压出来了，

第二步：

就是将解压出来的各元素的势都添加到POTCAR中，步骤如下：

cat空Ce空Co空B空Si空>

POTCAR回车（注意这里边各元素的添加顺序一定要与POSCAR中的一致，如图所示），ls发现已经出现了POTCAR这个文件夹。

（3）KPOINTS

KPOINTS是设置最简单的，只需要在原来的文件中修改K点网格数就可以了，这个根据计算的实际情况而定。

（一般可以依据MS中的调整来设置不同的K点）如下为该文件：

（4）INCAR

INCAR是一个非常重要的输入文件，也是最难设置的。

如图所示，第一行不System不重要，只是一个名称。

ISTART=0是指开始新的计算；

ICHARG=2是指从原子的电荷密度重叠构造初始电荷密度

ISMEAR=0是指采用高斯方法；

SGIMA=0.1是指展宽为0.1eV

ECUT=380是指平面波的截断能为380

IBRION=6;

（等于6时是计算弹性性质；

等于2时是在优化）；

ISIF=3是有化参数（大于等于3时是计算弹性性质）；

NSW=15是计算的步数

EDIFF和EDIFFG是电子和离子收敛精度

PREC=Accurate是计算精度（对应MS中coarse、medium、fine等）

因次，INCAR中的参数需要根据实际情况来设置，在这里也不便多说。

2、输出文件的查看和指令

输出文件有CONTCAR、OUTCAR、comment等。

查看输出文件less（不在界面显示结果，看完了输入:

wq或者:

q回车就退出了）

用cat查看时（会将结果显示在界面）

CONTCAR文件主要是优化完的结果文件（就是将CONTCAR文件改为POSCAR文件进行下一步计算）

Comment文件主要是查看一次性测试完截断能的结果文件。

OUTCAR文件包含VASP计算的绝大部分结果文件。

查看所计算体系的体积时，使用命令：

grep空”volume”空OUTCAR回车

查看所计算体系的总能时，使用命令：

grep空“TOTEN”空OUTCAR空|tail空-n空1回车，如图所示

若是是用脚本测试截断能，则在comment中查看结果，即：

cat空comment回车，如下图所示

查看弹性常数时：

第一种：

可以用脚本来提取（即在计算的文件夹下放入提取弹性常数的脚本get-elastics.sh，待计算完毕的时候，输入sh空get-elastics.sh，在界面上就出现结果了。

第二种：

grep空ELA空OUTCAR回车

cat空-n空OUTCAR空|grep空“TOTALELASTICMODULI”（将界面上出现的结果文件粘贴到这儿）回车（就会显示一些有代码的结果文件）,如：

473711（矩阵行列起始）及文件名

第三步：

sed空-n空“473711，473731”（弹性常数所处的行数）空（就会显示出弹性常数）回车

3、计算单点能

计算单点能通常是用来测试ENCUT和K点的

第一种方法：

POSCARPOTCAR都比较简单，就是按照前面所说的方法步骤弄就可以了（注意POTCAR中添加势的时候要与POSCAR中的元素顺序一致）。

最重要的是INCAR和KPOINTS中参数的设置：

SYSTEM=tetrNd_Si

ENCUT=300

ISTART=0;

ICHARG=2

ISMEAR=0;

SIGMA=0.1

#IBRION=2;

ISIF=3;

NSW=15

EDIFF=0.1E-04

EDIFFG=-1E-3

PREC=Accurate

以上是INCAR中的参数设置，对于计算单点能时，只需要将ENCUT设置一下，#IBRION=2;

NSW=15（这一行标注了意思就是取默认值），对于KPOINTS则只需要设置K点网格就可以了。

设置好之后，先按退出键ESC→→输入:

wq回车，就是保存并退出

运行指令：

/opt/mpi/openmpi/1.6.5/bin/mpirun空–n空10空vasp空>

vasp.out空&

或者也可以采用脚本进行后台运行，即在计算文件夹中放入vasp.pbs脚本，然后直接输入qsub空vasp.pbs回车就可以了

计算完毕查看结果的时候，使用命令：

grep空“TOTEN”空OUTCAR空|tail空-n空1回车，此时出来的就是最后一个的能量值，若想看倒数5个的能量值，可以输入：

grep空“TOTEN”空OUTCAR空|tail空-n空5回车，就可以看到了。

如果想看开始几行的只需要将命令改为：

grep空“TOTEN”空OUTCAR空|head空-n空5回车，即可。

第二种方法：

若采用脚本来一次型测试的话,POTCAR和POSCAR不变，KPOINTS选好一个K点，然后使用脚本run-cut来进行优化，以下为该脚本内容。

测试之前要进行修改，vim空run-cut回车，输入i，按上下左右键进行修改设置。

#!

/bin/bash

rmWAVECAR

foriin200250300350380400420440（此处需要设置截断能）

do

cat>

INCAR<

<

!

SYSTEM=tetrPr-Si（修改名称）

ENCUT=$i

#IBRION=6;

EDIFFG=-1E-3）

PREC=Accurate（中间高亮这部分其实就是INCAR中的内容，注意若这部分中有原来的内容要先将其删掉，还有要将原INCAR中的ENCUT=380删掉，已经不需要了，并且后面的”！

”号不能删）

echo"

ENCUT=$ieV"

#qsubvasp.pbs

/opt/mpi/openmpi/1.6.5/bin/mpirun-np10vasp（运行指令，若在后面加上>

vasp.out&

就是在后台运行）

E=$（grep"

TOTEN"

OUTCAR|tail-1|awk'

{printf"

%12.6f\n"

$5}'

）

echo$i$E>

>

comment

done

将KPOINTS也设置好之后然后输入sh空run-cut回车就开始运行了

注意用脚本来测试截断能的时候，不再需要INCAR文件，文件夹中只需要POTCAR、POSCAR、KPOINTS、run-cut就可以了，run-cut中已经包含了INCAR,计算完后，结果文件中会出现一个INCAR文件。

然后输入less空comment就可以查看计算结果了。

通常是用计算单点能来测试截断能和K点，主要是先选取一个合适的截断能（可以选取POTCAR中的截断能），然后设置不同的K点来计算单点能（freeenergytoten），将所得的能量整理出来画成一条曲线.同样的道理测试截断能，选择合适的k点，改变不同的截断能来计算。

测试k点就比较容易了，POTCAR和POSCAR不变，将INCAR中参数进行修改，如下所示，将高亮部分进行修改，

NSW=15（要用#号标注，意思是采用默认值）

然后就设置不同的k点网格，设置好之后，先按退出键ESC→→输入:

然后进行计算就OK了，运行指令：

待把e-cut和K点测试好之后，就可以进行结构优化了。

POTCARPOSCAR的设置不用变，KPOINTS中K点改为测试好的那个。

重要的是INCAR中的参数设置，如下所示，只需要将这一行的标注#去掉，并设为IBRION=2;

ISIF=3，其他的取默认值即可。

ENCUT=300（改为测试出来的）

IBRION=2;

NSW=15（将这一行的标注#去掉，并设为IBRION=2;

ISIF=3，）

然后就可以运行了，运行指令：

将进行优化后的结果进行分析，即将优化出的晶格常数跟实验值进行比较，若误差小于2%，（如果能更小最好），则优化结果合理，即所选参数恰当。

计算弹性常数步骤：

将优化后得到的结果文件CONTCAR改为POSCAR作为下一步计算所需的POSCAR,KPOINTS就选择测试出来的参数，POTCAR不变。

重要的是INCAR，如下为INCAR的内容，其他的保持不变。

general:

System=tetrNd3Co29Si4B10

ENCUT=380

NSW=15（算弹性常数时，IBRION=6;

ISIF=3）

wq回车，就是保存并退出。

若是不保存只是退出为”:

q”,强制退出“:

q!

”.

此时就可以进行运算了，运行指令：

待计算结果完毕后，查看结果指令

6、一些常用指令：

建立文件夹mkdir空文件夹名

建立文件touch空文件名

删除rm空-f要删除的东西

移动mv空文件名空文件夹名回车

解压tar空zGvf空被解压的东西回车

运行sh空文件

编辑vim空要编辑的文件

复制cp空文件空文件夹名

删除多个文件，采用脚本clear.sh，具体步骤如下：

第一步、vim空clear.sh回车

第二步、先按一个i,再输入rm空-f空要删除的文件，把不需要删除的文件，在此delete掉，然后保存并推出“:

wq”回车

第三步、sh空clear.sh回车即可

闭任务killall空VASP或者是qdel空地址（213）

查看地址qstat回车

在另一个节点下查看其中某一个节点是否